ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48771

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.013, 0.046, 0.078, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.046 std_dev=0.033
O4 A 0, -0.003, 0.085, 0.173, 0.215 max_d=0.215 avg_d=0.085 std_dev=0.088
C2' A 0, 0.045, 0.159, 0.272, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.159 std_dev=0.114
O4' A 0, 0.008, 0.134, 0.260, 0.404 max_d=0.404 avg_d=0.134 std_dev=0.126
O2' A 0, 0.091, 0.225, 0.359, 0.442 max_d=0.442 avg_d=0.225 std_dev=0.134
C4' A 0, 0.045, 0.226, 0.406, 0.593 max_d=0.593 avg_d=0.226 std_dev=0.181
C3' A 0, 0.070, 0.266, 0.462, 0.639 max_d=0.639 avg_d=0.266 std_dev=0.196
C5' A 0, 0.045, 0.352, 0.658, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.352 std_dev=0.306
O3' A 0, 0.160, 0.485, 0.811, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.485 std_dev=0.326
P B 0, 0.223, 0.597, 0.970, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.597 std_dev=0.374
OP1 B 0, 0.262, 0.656, 1.049, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.656 std_dev=0.393
O5' A 0, 0.132, 0.556, 0.981, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.556 std_dev=0.424
OP2 B 0, 0.407, 0.975, 1.543, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.975 std_dev=0.568
C3' B 0, 0.143, 0.737, 1.331, 1.730 max_d=1.730 avg_d=0.737 std_dev=0.594
O3' B 0, 0.162, 0.869, 1.576, 2.375 max_d=2.375 avg_d=0.869 std_dev=0.707
O5' B 0, 0.571, 1.383, 2.195, 2.069 max_d=2.069 avg_d=1.383 std_dev=0.812
C5' B 0, 0.529, 1.403, 2.276, 2.541 max_d=2.541 avg_d=1.403 std_dev=0.874
OP2 A 0, 0.163, 1.242, 2.320, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.242 std_dev=1.078
P A 0, 0.128, 1.215, 2.301, 2.698 max_d=2.698 avg_d=1.215 std_dev=1.086
C4' B 0, 0.190, 1.300, 2.410, 3.320 max_d=3.320 avg_d=1.300 std_dev=1.110
C2' B 0, 0.549, 2.048, 3.548, 4.152 max_d=4.152 avg_d=2.048 std_dev=1.500
O2' B 0, 0.059, 1.681, 3.302, 4.543 max_d=4.543 avg_d=1.681 std_dev=1.621
OP1 A 0, 0.062, 1.691, 3.321, 4.016 max_d=4.016 avg_d=1.691 std_dev=1.630
O4' B 0, 0.796, 2.889, 4.983, 5.973 max_d=5.973 avg_d=2.889 std_dev=2.093
C1' B 0, 1.157, 3.351, 5.544, 6.217 max_d=6.217 avg_d=3.351 std_dev=2.193
N9 B 0, 1.837, 5.026, 8.215, 8.765 max_d=8.765 avg_d=5.026 std_dev=3.189
N3 B 0, 1.359, 5.020, 8.681, 9.517 max_d=9.517 avg_d=5.020 std_dev=3.661
C4 B 0, 1.869, 5.630, 9.391, 10.142 max_d=10.142 avg_d=5.630 std_dev=3.761
C8 B 0, 2.643, 6.615, 10.588, 10.608 max_d=10.608 avg_d=6.615 std_dev=3.973
C2 B 0, 1.565, 6.094, 10.622, 11.487 max_d=11.487 avg_d=6.094 std_dev=4.528
C5 B 0, 2.695, 7.388, 12.080, 12.585 max_d=12.585 avg_d=7.388 std_dev=4.693
N2 B 0, 1.477, 6.231, 10.984, 12.274 max_d=12.274 avg_d=6.231 std_dev=4.754
N7 B 0, 3.189, 8.043, 12.896, 12.877 max_d=12.877 avg_d=8.043 std_dev=4.853
N1 B 0, 2.231, 7.556, 12.881, 13.774 max_d=13.774 avg_d=7.556 std_dev=5.325
C6 B 0, 2.926, 8.426, 13.925, 14.571 max_d=14.571 avg_d=8.426 std_dev=5.499
O6 B 0, 3.660, 10.055, 16.451, 16.913 max_d=16.913 avg_d=10.055 std_dev=6.396

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.35 0.31 0.41
C2 0.01 0.00 0.08 0.09 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.10 0.01 0.04 0.14 0.44 0.46 0.52
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.05 0.03 0.08 0.11 0.00 0.01 0.09 0.00 0.05 0.07 0.09 0.15
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.12 0.00 0.12 0.02 0.11 0.06 0.11 0.10 0.02 0.01 0.14 0.01 0.14 0.23 0.21 0.10
C4 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.16 0.00 0.04 0.20 0.44 0.52 0.51
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.01 0.01 0.15 0.08 0.16
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.15 0.01 0.05 0.21 0.38 0.46 0.45
C5' 0.02 0.04 0.01 0.02 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.03 0.04 0.02 0.12 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.05 0.18 0.33 0.37 0.40
N1 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.02 0.13 0.37 0.38 0.45
N3 0.01 0.00 0.08 0.11 0.00 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.13 0.01 0.04 0.17 0.47 0.51 0.54
O2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.13 0.02 0.06 0.12 0.48 0.46 0.54
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.11 0.00 0.05 0.09 0.04 0.06 0.08 0.09 0.16
O3' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.16 0.04 0.15 0.02 0.12 0.06 0.13 0.13 0.05 0.00 0.19 0.03 0.22 0.46 0.38 0.27
O4 0.01 0.01 0.09 0.14 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.19 0.00 0.05 0.21 0.49 0.56 0.54
O4' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03 0.05 0.00 0.14 0.47 0.35 0.47
O5' 0.10 0.14 0.05 0.14 0.20 0.01 0.21 0.01 0.18 0.13 0.17 0.12 0.06 0.22 0.21 0.14 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.35 0.44 0.07 0.23 0.44 0.15 0.38 0.07 0.33 0.37 0.47 0.48 0.08 0.46 0.49 0.47 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.31 0.46 0.09 0.21 0.52 0.08 0.46 0.02 0.37 0.38 0.51 0.46 0.09 0.38 0.56 0.35 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.41 0.52 0.15 0.10 0.51 0.16 0.45 0.01 0.40 0.45 0.54 0.54 0.16 0.27 0.54 0.47 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.75 3.98 1.06 0.37 3.15 0.84 3.54 0.83 4.22 2.44 4.39 4.16 3.34 3.08 2.42 1.05 0.26 1.72 0.58 4.51 0.24 0.25 0.23
C2 1.53 3.68 0.88 0.29 2.81 0.71 3.02 0.72 3.57 1.99 3.88 3.89 3.11 2.50 2.11 0.82 0.30 1.56 0.59 3.68 0.24 0.26 0.23
C2' 1.68 3.78 0.94 0.31 3.01 0.83 3.39 0.81 4.02 2.36 4.16 3.95 3.18 2.99 2.33 0.86 0.25 1.69 0.58 4.32 0.31 0.29 0.28
C3' 1.69 3.95 0.96 0.31 3.08 0.80 3.48 0.75 4.19 2.39 4.36 4.18 3.29 3.05 2.36 0.92 0.25 1.67 0.60 4.55 0.35 0.32 0.32
C4 1.23 3.47 0.68 0.24 2.50 0.39 2.69 0.43 3.27 1.68 3.64 3.87 2.86 2.18 1.79 0.61 0.33 1.16 0.59 3.40 0.37 0.29 0.33
C4' 1.85 4.20 1.14 0.40 3.30 0.87 3.76 0.82 4.52 2.61 4.67 4.43 3.50 3.33 2.55 1.18 0.24 1.76 0.57 4.95 0.26 0.25 0.24
C5 1.34 3.74 0.77 0.25 2.70 0.44 2.94 0.47 3.61 1.83 3.99 4.13 3.05 2.39 1.94 0.73 0.33 1.25 0.60 3.80 0.37 0.29 0.32
C5' 1.86 4.35 1.17 0.42 3.36 0.84 3.82 0.78 4.63 2.61 4.83 4.64 3.60 3.35 2.57 1.24 0.26 1.73 0.56 5.09 0.24 0.22 0.22
C6 1.50 3.92 0.88 0.28 2.89 0.58 3.18 0.58 3.88 2.03 4.22 4.25 3.22 2.63 2.12 0.86 0.31 1.43 0.59 4.10 0.32 0.27 0.29
N1 1.59 3.90 0.94 0.31 2.96 0.71 3.25 0.70 3.91 2.14 4.21 4.14 3.24 2.73 2.22 0.91 0.29 1.57 0.58 4.11 0.26 0.26 0.25
N3 1.33 3.46 0.75 0.25 2.55 0.53 2.70 0.56 3.22 1.72 3.58 3.78 2.90 2.19 1.87 0.66 0.31 1.34 0.60 3.30 0.29 0.28 0.28
O2 1.62 3.54 0.94 0.32 2.85 0.85 3.05 0.87 3.51 2.10 3.73 3.63 3.07 2.58 2.19 0.86 0.30 1.69 0.57 3.58 0.19 0.26 0.18
O2' 1.79 3.67 1.00 0.35 3.05 0.96 3.49 0.94 4.06 2.58 4.07 3.77 3.14 3.21 2.45 0.94 0.21 1.81 0.54 4.40 0.27 0.29 0.24
O3' 1.72 3.88 0.95 0.31 3.06 0.85 3.48 0.78 4.16 2.43 4.29 4.12 3.26 3.10 2.37 0.90 0.20 1.71 0.59 4.55 0.40 0.36 0.35
O4 1.06 3.20 0.57 0.26 2.27 0.26 2.48 0.37 3.02 1.57 3.34 3.62 2.62 2.05 1.61 0.47 0.35 0.95 0.59 3.15 0.43 0.32 0.38
O4' 1.85 4.22 1.18 0.43 3.31 0.86 3.74 0.83 4.51 2.58 4.69 4.45 3.52 3.28 2.55 1.23 0.27 1.75 0.56 4.90 0.23 0.24 0.21
O5' 1.87 4.44 1.16 0.46 3.36 0.84 3.75 0.75 4.57 2.50 4.87 4.80 3.67 3.21 2.54 1.24 0.24 1.73 0.49 4.97 0.19 0.16 0.14
OP1 2.47 5.16 1.73 1.03 3.96 1.35 4.30 1.08 5.16 2.98 5.53 5.62 4.35 3.69 3.09 1.92 0.68 2.25 0.46 5.54 0.28 0.30 0.25
OP2 2.22 4.90 1.52 0.88 3.70 1.12 4.03 0.89 4.87 2.72 5.27 5.34 4.09 3.41 2.85 1.63 0.54 2.00 0.35 5.21 0.32 0.31 0.25
P 2.35 4.96 1.64 0.97 3.81 1.27 4.15 1.05 4.98 2.86 5.34 5.38 4.18 3.55 2.97 1.79 0.63 2.15 0.42 5.35 0.35 0.38 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.02 0.31 0.01 0.39 0.04 0.23 0.93 0.43
C2 0.05 0.00 0.36 0.42 0.01 0.58 0.01 1.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.48 0.37 1.51 0.03 1.29 2.14 1.57
C2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.18 0.02 0.08 0.23 0.14 0.21 0.26 0.44 0.35 0.13 0.03 0.00 0.03 0.03 0.21 0.11 0.31 0.45 0.25
C3' 0.02 0.42 0.01 0.00 0.17 0.01 0.15 0.02 0.17 0.37 0.30 0.56 0.41 0.31 0.13 0.02 0.01 0.02 0.26 0.16 0.29 0.34 0.21
C4 0.02 0.01 0.18 0.17 0.00 0.25 0.01 0.52 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.30 0.19 0.94 0.02 0.77 1.62 1.01
C4' 0.01 0.58 0.02 0.01 0.25 0.00 0.11 0.01 0.22 0.29 0.43 0.74 0.55 0.19 0.04 0.26 0.03 0.01 0.01 0.16 0.40 0.35 0.13
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.18 0.08 0.93 0.02 0.96 1.75 1.08
C5' 0.09 1.15 0.23 0.02 0.52 0.01 0.29 0.00 0.51 0.37 0.89 1.46 1.05 0.22 0.10 0.07 0.22 0.02 0.01 0.40 0.41 0.31 0.01
C6 0.03 0.02 0.14 0.17 0.01 0.22 0.01 0.51 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.29 0.24 0.16 1.10 0.00 1.06 1.98 1.26
C8 0.02 0.01 0.21 0.37 0.00 0.29 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.40 0.06 0.19 0.89 0.04 1.08 1.44 0.99
N1 0.04 0.01 0.26 0.30 0.01 0.43 0.01 0.89 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.21 0.38 0.28 1.35 0.02 1.16 2.16 1.46
N2 0.07 0.01 0.44 0.56 0.02 0.74 0.01 1.46 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.26 0.56 0.45 1.82 0.03 1.68 2.44 1.91
N3 0.05 0.01 0.35 0.41 0.01 0.55 0.01 1.05 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.19 0.48 0.37 1.32 0.03 1.10 1.82 1.34
N7 0.02 0.01 0.13 0.31 0.01 0.19 0.00 0.22 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.42 0.05 0.10 0.92 0.04 1.22 1.64 1.10
N9 0.01 0.02 0.03 0.13 0.01 0.04 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.20 0.18 0.01 0.67 0.03 0.60 1.31 0.75
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.18 0.26 0.31 0.07 0.29 0.40 0.21 0.26 0.19 0.42 0.20 0.00 0.08 0.17 0.21 0.36 0.22 0.45 0.13
O3' 0.31 0.48 0.03 0.01 0.30 0.03 0.18 0.22 0.24 0.06 0.38 0.56 0.48 0.05 0.18 0.08 0.00 0.21 0.29 0.19 0.36 0.35 0.23
O4' 0.01 0.37 0.03 0.02 0.19 0.01 0.08 0.02 0.16 0.19 0.28 0.45 0.37 0.10 0.01 0.17 0.21 0.00 0.37 0.11 0.23 0.98 0.48
O5' 0.39 1.51 0.21 0.26 0.94 0.01 0.93 0.01 1.10 0.89 1.35 1.82 1.32 0.92 0.67 0.21 0.29 0.37 0.00 1.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.04 0.03 0.11 0.16 0.02 0.16 0.02 0.40 0.00 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.36 0.19 0.11 1.08 0.00 1.18 2.03 1.29
OP1 0.23 1.29 0.31 0.29 0.77 0.40 0.96 0.41 1.06 1.08 1.16 1.68 1.10 1.22 0.60 0.22 0.36 0.23 0.01 1.18 0.00 0.01 0.00
OP2 0.93 2.14 0.45 0.34 1.62 0.35 1.75 0.31 1.98 1.44 2.16 2.44 1.82 1.64 1.31 0.45 0.35 0.98 0.01 2.03 0.01 0.00 0.00
P 0.43 1.57 0.25 0.21 1.01 0.13 1.08 0.01 1.26 0.99 1.46 1.91 1.34 1.10 0.75 0.13 0.23 0.48 0.00 1.29 0.00 0.00 0.00