ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48773

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 2, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.009, 0.018, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.027 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.016, 0.037, 0.059, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.037 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.030 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.021, 0.059, 0.098, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.059 std_dev=0.039
P B 0, 0.075, 0.245, 0.414, 0.562 max_d=0.562 avg_d=0.245 std_dev=0.170
C2' A 0, 0.059, 0.325, 0.590, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.325 std_dev=0.266
O4' A 0, 0.037, 0.325, 0.614, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.325 std_dev=0.289
OP1 B 0, 0.228, 0.613, 0.997, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.613 std_dev=0.385
OP2 B 0, 0.444, 0.852, 1.259, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.852 std_dev=0.408
O2' A 0, 0.060, 0.490, 0.921, 1.259 max_d=1.259 avg_d=0.490 std_dev=0.431
C4' B 0, 0.227, 0.668, 1.109, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.668 std_dev=0.441
O5' B 0, 0.382, 0.829, 1.276, 1.452 max_d=1.452 avg_d=0.829 std_dev=0.447
C4' A 0, 0.064, 0.586, 1.108, 1.409 max_d=1.409 avg_d=0.586 std_dev=0.522
C3' A 0, 0.049, 0.613, 1.177, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.613 std_dev=0.564
O5' A 0, 0.247, 0.838, 1.428, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.838 std_dev=0.590
C5' A 0, 0.140, 0.772, 1.405, 1.715 max_d=1.715 avg_d=0.772 std_dev=0.632
P A 0, 0.335, 0.972, 1.608, 1.929 max_d=1.929 avg_d=0.972 std_dev=0.637
OP1 A 0, 0.416, 1.088, 1.760, 2.061 max_d=2.061 avg_d=1.088 std_dev=0.672
OP2 A 0, 0.324, 1.000, 1.676, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.000 std_dev=0.676
C5' B 0, 0.021, 0.731, 1.442, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.731 std_dev=0.711
O4' B 0, 0.648, 1.507, 2.366, 2.976 max_d=2.976 avg_d=1.507 std_dev=0.859
O3' A 0, 0.102, 1.026, 1.951, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.026 std_dev=0.924
C1' B 0, 1.200, 2.150, 3.099, 3.236 max_d=3.236 avg_d=2.150 std_dev=0.949
C3' B 0, 0.860, 1.910, 2.960, 2.873 max_d=2.873 avg_d=1.910 std_dev=1.050
C2' B 0, 1.589, 2.777, 3.966, 3.599 max_d=3.599 avg_d=2.777 std_dev=1.189
O3' B 0, 0.960, 2.377, 3.794, 3.877 max_d=3.877 avg_d=2.377 std_dev=1.417
O2' B 0, 2.034, 3.666, 5.297, 5.048 max_d=5.048 avg_d=3.666 std_dev=1.631
N9 B 0, 1.860, 3.634, 5.409, 5.332 max_d=5.332 avg_d=3.634 std_dev=1.775
N3 B 0, 2.392, 4.643, 6.894, 6.184 max_d=6.184 avg_d=4.643 std_dev=2.251
C8 B 0, 1.996, 4.369, 6.742, 6.762 max_d=6.762 avg_d=4.369 std_dev=2.373
C4 B 0, 2.309, 4.705, 7.102, 6.440 max_d=6.440 avg_d=4.705 std_dev=2.397
C2 B 0, 2.841, 5.930, 9.020, 8.244 max_d=8.244 avg_d=5.930 std_dev=3.089
N2 B 0, 3.058, 6.175, 9.293, 8.460 max_d=8.460 avg_d=6.175 std_dev=3.117
N7 B 0, 2.580, 5.779, 8.978, 8.469 max_d=8.469 avg_d=5.779 std_dev=3.199
C5 B 0, 2.702, 5.979, 9.257, 8.256 max_d=8.256 avg_d=5.979 std_dev=3.277
N1 B 0, 3.181, 7.175, 11.170, 10.279 max_d=10.279 avg_d=7.175 std_dev=3.995
C6 B 0, 3.218, 7.345, 11.473, 10.419 max_d=10.419 avg_d=7.345 std_dev=4.128
O6 B 0, 3.782, 8.673, 13.565, 12.339 max_d=12.339 avg_d=8.673 std_dev=4.892

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.16 0.04 0.01 0.14 0.15 0.22 0.14
C2 0.03 0.00 0.07 0.17 0.02 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.07 0.03 0.09 0.16 0.19 0.26 0.17
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.08 0.10 0.10 0.03 0.05 0.12 0.01 0.04 0.04 0.02 0.23 0.31 0.32 0.26
C3' 0.03 0.17 0.01 0.00 0.31 0.01 0.34 0.02 0.30 0.20 0.25 0.08 0.04 0.01 0.33 0.03 0.08 0.10 0.12 0.07
C4 0.04 0.02 0.04 0.31 0.00 0.16 0.01 0.22 0.02 0.03 0.01 0.01 0.28 0.22 0.01 0.07 0.25 0.30 0.33 0.27
C4' 0.02 0.05 0.05 0.01 0.16 0.00 0.21 0.01 0.20 0.08 0.09 0.09 0.29 0.01 0.17 0.01 0.01 0.07 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.08 0.34 0.01 0.21 0.00 0.26 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.30 0.01 0.09 0.27 0.30 0.31 0.27
C5' 0.05 0.11 0.10 0.02 0.22 0.01 0.26 0.00 0.21 0.10 0.15 0.13 0.19 0.17 0.24 0.03 0.01 0.07 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.10 0.30 0.02 0.20 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01 0.22 0.24 0.02 0.11 0.21 0.22 0.23 0.18
N1 0.01 0.01 0.03 0.20 0.03 0.08 0.02 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.07 0.03 0.02 0.14 0.17 0.23 0.14
N3 0.03 0.01 0.05 0.25 0.01 0.09 0.01 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01 0.24 0.10 0.02 0.07 0.20 0.23 0.30 0.21
O2 0.04 0.00 0.12 0.08 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.21 0.03 0.15 0.17 0.18 0.26 0.17
O2' 0.03 0.18 0.01 0.04 0.28 0.29 0.27 0.19 0.22 0.16 0.24 0.14 0.00 0.08 0.32 0.20 0.10 0.15 0.27 0.13
O3' 0.16 0.07 0.04 0.01 0.22 0.01 0.30 0.17 0.24 0.07 0.10 0.21 0.08 0.00 0.25 0.11 0.25 0.34 0.33 0.29
O4 0.04 0.03 0.04 0.33 0.01 0.17 0.01 0.24 0.02 0.03 0.02 0.03 0.32 0.25 0.00 0.07 0.28 0.34 0.38 0.31
O4' 0.01 0.09 0.02 0.03 0.07 0.01 0.09 0.03 0.11 0.02 0.07 0.15 0.20 0.11 0.07 0.00 0.09 0.07 0.16 0.10
O5' 0.14 0.16 0.23 0.08 0.25 0.01 0.27 0.01 0.21 0.14 0.20 0.17 0.10 0.25 0.28 0.09 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.15 0.19 0.31 0.10 0.30 0.07 0.30 0.07 0.22 0.17 0.23 0.18 0.15 0.34 0.34 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.26 0.32 0.12 0.33 0.02 0.31 0.03 0.23 0.23 0.30 0.26 0.27 0.33 0.38 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.17 0.26 0.07 0.27 0.01 0.27 0.02 0.18 0.14 0.21 0.17 0.13 0.29 0.31 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.65 1.85 0.66 0.53 1.35 0.27 1.69 0.57 1.86 1.69 1.90 2.22 1.52 1.97 1.15 0.61 0.30 0.38 0.35 2.06 0.11 0.16 0.09
C2 0.35 1.59 0.47 0.44 0.90 0.25 0.93 0.53 1.12 1.05 1.44 2.00 1.33 1.11 0.63 0.50 0.30 0.22 0.34 1.12 0.12 0.13 0.09
C2' 0.79 1.91 0.72 0.52 1.45 0.28 1.79 0.45 1.98 1.77 2.01 2.25 1.56 2.02 1.27 0.69 0.41 0.52 0.49 2.18 0.09 0.14 0.22
C3' 0.72 2.09 0.68 0.49 1.51 0.26 1.87 0.52 2.12 1.75 2.17 2.51 1.70 2.08 1.25 0.63 0.26 0.43 0.42 2.38 0.11 0.14 0.21
C4 0.48 2.00 0.55 0.54 1.08 0.35 0.86 0.51 1.26 0.39 1.82 2.45 1.67 0.42 0.53 0.60 0.48 0.45 0.29 1.11 0.23 0.17 0.12
C4' 0.72 2.29 0.74 0.61 1.64 0.44 2.02 0.71 2.34 1.76 2.39 2.74 1.88 2.19 1.28 0.65 0.36 0.45 0.28 2.65 0.14 0.16 0.10
C5 0.42 2.10 0.55 0.56 1.10 0.35 0.96 0.56 1.36 0.67 1.92 2.63 1.71 0.77 0.55 0.60 0.46 0.39 0.31 1.28 0.21 0.14 0.11
C5' 0.67 2.42 0.76 0.69 1.61 0.51 1.94 0.76 2.31 1.61 2.46 2.98 1.97 2.05 1.18 0.68 0.44 0.47 0.24 2.63 0.22 0.18 0.10
C6 0.39 2.00 0.54 0.55 1.09 0.32 1.14 0.58 1.44 1.05 1.86 2.53 1.61 1.22 0.68 0.56 0.39 0.29 0.33 1.49 0.17 0.11 0.09
N1 0.43 1.80 0.54 0.50 1.08 0.28 1.24 0.56 1.44 1.27 1.70 2.26 1.48 1.45 0.81 0.54 0.31 0.25 0.34 1.53 0.13 0.11 0.08
N3 0.36 1.71 0.48 0.47 0.90 0.30 0.71 0.50 1.02 0.56 1.51 2.12 1.45 0.55 0.43 0.52 0.39 0.33 0.30 0.89 0.19 0.14 0.10
O2 0.44 1.36 0.45 0.38 0.87 0.20 0.99 0.49 1.08 1.22 1.25 1.69 1.14 1.26 0.76 0.49 0.24 0.27 0.36 1.12 0.08 0.19 0.10
O2' 1.02 1.99 0.84 0.55 1.70 0.33 2.06 0.51 2.25 1.95 2.19 2.17 1.68 2.23 1.52 0.84 0.49 0.70 0.34 2.46 0.27 0.31 0.21
O3' 0.84 2.35 0.75 0.55 1.75 0.47 2.08 0.74 2.39 1.76 2.46 2.74 1.97 2.16 1.38 0.70 0.42 0.57 0.26 2.66 0.16 0.15 0.16
O4 0.63 2.12 0.64 0.57 1.25 0.38 1.05 0.47 1.46 0.25 1.99 2.50 1.78 0.37 0.70 0.68 0.56 0.57 0.26 1.32 0.28 0.21 0.14
O4' 0.65 2.14 0.72 0.64 1.51 0.45 1.87 0.73 2.13 1.68 2.18 2.58 1.77 2.09 1.18 0.63 0.38 0.42 0.23 2.39 0.22 0.25 0.13
O5' 0.60 2.41 0.69 0.67 1.45 0.51 1.64 0.72 2.02 1.34 2.34 3.03 1.95 1.70 0.99 0.66 0.46 0.47 0.21 2.22 0.29 0.18 0.12
OP1 0.57 2.51 0.68 0.67 1.46 0.51 1.64 0.71 2.08 1.26 2.45 3.18 1.99 1.63 0.95 0.65 0.46 0.46 0.21 2.31 0.35 0.19 0.15
OP2 0.61 2.59 0.64 0.60 1.38 0.55 1.28 0.63 1.77 0.77 2.40 3.31 2.09 1.03 0.75 0.71 0.46 0.60 0.29 1.78 0.45 0.24 0.25
P 0.53 2.49 0.63 0.63 1.37 0.51 1.45 0.68 1.89 1.08 2.36 3.20 1.99 1.41 0.82 0.65 0.45 0.49 0.24 2.05 0.33 0.17 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.08 0.03 0.04 0.06 0.09 0.08 0.03 0.01 0.02 0.13 0.01 0.29 0.02 0.49 0.45 0.28
C2 0.08 0.00 0.45 0.29 0.00 0.34 0.03 0.37 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.68 0.24 0.50 0.63 0.02 1.05 1.25 0.86
C2' 0.01 0.45 0.00 0.01 0.27 0.03 0.18 0.14 0.27 0.18 0.39 0.52 0.43 0.08 0.06 0.00 0.02 0.02 0.37 0.24 0.54 0.54 0.38
C3' 0.03 0.29 0.01 0.00 0.29 0.01 0.38 0.02 0.41 0.32 0.37 0.26 0.24 0.39 0.24 0.02 0.01 0.03 0.35 0.45 0.37 0.50 0.30
C4 0.04 0.00 0.27 0.29 0.00 0.13 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.34 0.21 0.25 0.48 0.01 0.88 0.77 0.58
C4' 0.02 0.34 0.03 0.01 0.13 0.00 0.11 0.01 0.12 0.31 0.23 0.45 0.33 0.26 0.10 0.22 0.04 0.01 0.02 0.13 0.19 0.34 0.05
C5 0.02 0.03 0.18 0.38 0.01 0.11 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.22 0.34 0.10 0.46 0.01 0.97 0.55 0.52
C5' 0.08 0.37 0.14 0.02 0.16 0.01 0.23 0.00 0.20 0.50 0.25 0.52 0.35 0.46 0.19 0.12 0.15 0.03 0.01 0.25 0.33 0.38 0.03
C6 0.03 0.03 0.27 0.41 0.01 0.12 0.00 0.20 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.32 0.39 0.20 0.51 0.00 1.09 0.74 0.64
C8 0.04 0.03 0.18 0.32 0.02 0.31 0.01 0.50 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.30 0.27 0.30 0.46 0.03 0.77 0.22 0.35
N1 0.06 0.01 0.39 0.37 0.01 0.23 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.52 0.33 0.38 0.58 0.01 1.11 1.08 0.80
N2 0.09 0.01 0.52 0.26 0.02 0.45 0.03 0.52 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.83 0.23 0.61 0.72 0.03 1.09 1.49 1.00
N3 0.08 0.01 0.43 0.24 0.01 0.33 0.03 0.35 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.65 0.18 0.50 0.59 0.02 0.93 1.14 0.78
N7 0.03 0.04 0.08 0.39 0.02 0.26 0.01 0.46 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.21 0.37 0.18 0.48 0.03 0.93 0.19 0.42
N9 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.10 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.14 0.02 0.37 0.01 0.70 0.44 0.36
O2' 0.02 0.68 0.00 0.02 0.34 0.22 0.22 0.12 0.32 0.30 0.52 0.83 0.65 0.21 0.11 0.00 0.08 0.15 0.30 0.26 0.29 0.59 0.31
O3' 0.13 0.24 0.02 0.01 0.21 0.04 0.34 0.15 0.39 0.27 0.33 0.23 0.18 0.37 0.14 0.08 0.00 0.10 0.30 0.46 0.31 0.47 0.24
O4' 0.01 0.50 0.02 0.03 0.25 0.01 0.10 0.03 0.20 0.30 0.38 0.61 0.50 0.18 0.02 0.15 0.10 0.00 0.21 0.14 0.32 0.41 0.18
O5' 0.29 0.63 0.37 0.35 0.48 0.02 0.46 0.01 0.51 0.46 0.58 0.72 0.59 0.48 0.37 0.30 0.30 0.21 0.00 0.51 0.03 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.24 0.45 0.01 0.13 0.01 0.25 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.26 0.46 0.14 0.51 0.00 1.14 0.59 0.62
OP1 0.49 1.05 0.54 0.37 0.88 0.19 0.97 0.33 1.09 0.77 1.11 1.09 0.93 0.93 0.70 0.29 0.31 0.32 0.03 1.14 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 1.25 0.54 0.50 0.77 0.34 0.55 0.38 0.74 0.22 1.08 1.49 1.14 0.19 0.44 0.59 0.47 0.41 0.02 0.59 0.02 0.00 0.01
P 0.28 0.86 0.38 0.30 0.58 0.05 0.52 0.03 0.64 0.35 0.80 1.00 0.78 0.42 0.36 0.31 0.24 0.18 0.01 0.62 0.01 0.01 0.00