ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48774

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.014 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.028 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.029 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.013, 0.028, 0.044, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.014, 0.030, 0.045, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.036, 0.074, 0.111, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.074 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.063, 0.139, 0.215, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.139 std_dev=0.076
OP1 B 0, 0.187, 0.474, 0.761, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.474 std_dev=0.287
C2' A 0, 0.040, 0.371, 0.703, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.371 std_dev=0.331
O4' A 0, 0.024, 0.381, 0.738, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.381 std_dev=0.357
C4' A 0, 0.021, 0.485, 0.948, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.485 std_dev=0.464
P B 0, 0.324, 0.789, 1.255, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.789 std_dev=0.466
OP2 B 0, 0.393, 0.912, 1.432, 1.583 max_d=1.583 avg_d=0.912 std_dev=0.519
O2' A 0, 0.020, 0.869, 1.718, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.869 std_dev=0.849
C3' A 0, -0.016, 0.851, 1.718, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.851 std_dev=0.867
C5' A 0, -0.054, 1.093, 2.240, 2.725 max_d=2.725 avg_d=1.093 std_dev=1.147
O5' B 0, 0.276, 1.809, 3.342, 3.860 max_d=3.860 avg_d=1.809 std_dev=1.533
O3' A 0, -0.073, 1.481, 3.034, 3.351 max_d=3.351 avg_d=1.481 std_dev=1.554
O5' A 0, -0.069, 1.654, 3.378, 3.942 max_d=3.942 avg_d=1.654 std_dev=1.723
C5' B 0, 0.090, 2.727, 5.364, 6.030 max_d=6.030 avg_d=2.727 std_dev=2.637
OP2 A 0, -0.034, 2.685, 5.405, 5.990 max_d=5.990 avg_d=2.685 std_dev=2.719
P A 0, -0.087, 2.637, 5.361, 6.087 max_d=6.087 avg_d=2.637 std_dev=2.724
C4' B 0, 0.049, 3.478, 6.906, 7.684 max_d=7.684 avg_d=3.478 std_dev=3.429
OP1 A 0, -0.147, 3.645, 7.437, 8.386 max_d=8.386 avg_d=3.645 std_dev=3.792
C3' B 0, 0.017, 3.966, 7.915, 8.743 max_d=8.743 avg_d=3.966 std_dev=3.949
O4' B 0, -0.018, 3.946, 7.910, 8.771 max_d=8.771 avg_d=3.946 std_dev=3.964
O3' B 0, 0.049, 4.044, 8.038, 8.942 max_d=8.942 avg_d=4.044 std_dev=3.994
C8 B 0, -0.186, 4.094, 8.375, 9.202 max_d=9.202 avg_d=4.094 std_dev=4.281
N7 B 0, -0.224, 4.370, 8.964, 9.820 max_d=9.820 avg_d=4.370 std_dev=4.594
C1' B 0, -0.038, 4.651, 9.340, 10.256 max_d=10.256 avg_d=4.651 std_dev=4.689
C2' B 0, 0.051, 4.788, 9.525, 10.485 max_d=10.485 avg_d=4.788 std_dev=4.737
N9 B 0, -0.153, 4.702, 9.557, 10.480 max_d=10.480 avg_d=4.702 std_dev=4.855
O2' B 0, 0.220, 5.180, 10.139, 11.146 max_d=11.146 avg_d=5.180 std_dev=4.960
C5 B 0, -0.227, 5.215, 10.656, 11.637 max_d=11.637 avg_d=5.215 std_dev=5.441
C4 B 0, -0.200, 5.428, 11.057, 12.083 max_d=12.083 avg_d=5.428 std_dev=5.629
O6 B 0, -0.192, 5.867, 11.925, 12.956 max_d=12.956 avg_d=5.867 std_dev=6.059
C6 B 0, -0.223, 5.888, 11.998, 13.055 max_d=13.055 avg_d=5.888 std_dev=6.110
N3 B 0, -0.190, 6.215, 12.619, 13.760 max_d=13.760 avg_d=6.215 std_dev=6.404
N1 B 0, -0.225, 6.682, 13.590, 14.764 max_d=14.764 avg_d=6.682 std_dev=6.907
C2 B 0, -0.211, 6.825, 13.860, 15.073 max_d=15.073 avg_d=6.825 std_dev=7.035
N2 B 0, -0.198, 7.656, 15.511, 16.839 max_d=16.839 avg_d=7.656 std_dev=7.855

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.35 0.01 0.01 0.53 0.36 0.10 0.36
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.17 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.32 0.36 0.01 0.17 0.41 0.36 0.33 0.38
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.05 0.20 0.05 0.03 0.07 0.08 0.00 0.05 0.06 0.02 0.65 0.70 0.06 0.50
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.30 0.00 0.36 0.02 0.33 0.18 0.20 0.03 0.01 0.02 0.31 0.01 0.10 0.08 0.39 0.03
C4 0.01 0.01 0.06 0.30 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.02 0.00 0.02 0.74 1.28 1.11 1.06
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.13 0.00 0.06 0.01 0.04 0.09 0.17 0.22 0.29 0.03 0.13 0.00 0.02 0.41 0.35 0.22
C5 0.01 0.01 0.05 0.36 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.33 0.20 0.01 0.11 0.97 1.74 1.37 1.39
C5' 0.05 0.28 0.20 0.02 0.12 0.01 0.08 0.00 0.15 0.06 0.27 0.43 0.08 0.20 0.14 0.02 0.01 0.42 0.19 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.33 0.01 0.04 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00 0.25 0.18 0.01 0.14 0.98 1.53 1.13 1.25
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.09 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.23 0.15 0.01 0.02 0.64 0.75 0.54 0.67
N3 0.01 0.00 0.07 0.20 0.01 0.17 0.01 0.27 0.01 0.01 0.00 0.01 0.40 0.23 0.01 0.12 0.52 0.68 0.66 0.63
O2 0.03 0.00 0.08 0.03 0.01 0.22 0.01 0.43 0.00 0.00 0.01 0.00 0.28 0.60 0.01 0.30 0.18 0.25 0.15 0.11
O2' 0.02 0.32 0.00 0.01 0.40 0.29 0.33 0.08 0.25 0.23 0.40 0.28 0.00 0.08 0.43 0.22 0.28 0.36 0.71 0.07
O3' 0.35 0.36 0.05 0.02 0.02 0.03 0.20 0.20 0.18 0.15 0.23 0.60 0.08 0.00 0.03 0.22 0.52 0.53 1.18 0.73
O4 0.01 0.01 0.06 0.31 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.43 0.03 0.00 0.03 0.76 1.39 1.25 1.14
O4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.02 0.00 0.11 0.02 0.14 0.02 0.12 0.30 0.22 0.22 0.03 0.00 0.33 0.14 0.07 0.13
O5' 0.53 0.41 0.65 0.10 0.74 0.02 0.97 0.01 0.98 0.64 0.52 0.18 0.28 0.52 0.76 0.33 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.36 0.36 0.70 0.08 1.28 0.41 1.74 0.42 1.53 0.75 0.68 0.25 0.36 0.53 1.39 0.14 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.33 0.06 0.39 1.11 0.35 1.37 0.19 1.13 0.54 0.66 0.15 0.71 1.18 1.25 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.36 0.38 0.50 0.03 1.06 0.22 1.39 0.02 1.25 0.67 0.63 0.11 0.07 0.73 1.14 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.97 0.42 1.08 1.22 0.56 1.26 0.33 1.33 0.13 0.62 0.21 0.43 0.59 0.34 0.74 1.15 1.35 1.13 0.70 0.11 0.12 0.23 0.19
C2 0.75 0.07 0.76 0.88 0.20 1.08 0.11 1.22 0.33 0.28 0.23 0.08 0.24 0.10 0.43 0.89 0.96 0.99 0.68 0.59 0.09 0.19 0.23
C2' 1.49 1.07 1.64 1.77 1.16 1.71 0.95 1.73 0.78 1.16 0.87 1.09 1.21 0.92 1.29 1.69 1.91 1.58 0.97 0.55 0.07 0.39 0.36
C3' 0.98 0.39 1.14 1.33 0.55 1.31 0.32 1.40 0.11 0.62 0.18 0.39 0.57 0.35 0.73 1.21 1.51 1.13 0.66 0.17 0.10 0.19 0.17
C4 1.49 0.75 1.21 1.18 1.00 1.56 0.75 1.60 0.47 1.22 0.53 0.73 0.98 0.84 1.26 1.31 1.00 1.77 1.02 0.21 0.14 0.11 0.32
C4' 0.57 0.10 0.70 0.91 0.12 0.92 0.10 1.04 0.33 0.27 0.29 0.12 0.11 0.04 0.33 0.77 1.08 0.74 0.42 0.55 0.23 0.05 0.05
C5 1.79 1.24 1.55 1.51 1.47 1.77 1.30 1.75 1.05 1.68 1.07 1.20 1.42 1.42 1.67 1.59 1.33 1.99 1.06 0.81 0.17 0.07 0.32
C5' 0.34 0.34 0.46 0.68 0.10 0.70 0.27 0.83 0.52 0.13 0.52 0.39 0.15 0.15 0.14 0.51 0.83 0.53 0.22 0.72 0.40 0.29 0.22
C6 1.58 1.06 1.47 1.50 1.25 1.66 1.07 1.68 0.84 1.38 0.88 1.04 1.23 1.14 1.43 1.52 1.43 1.75 0.97 0.62 0.15 0.10 0.29
N1 1.13 0.51 1.12 1.23 0.68 1.36 0.44 1.44 0.22 0.78 0.30 0.51 0.70 0.47 0.89 1.21 1.27 1.32 0.81 0.05 0.11 0.18 0.25
N3 0.91 0.15 0.78 0.85 0.33 1.18 0.06 1.31 0.23 0.44 0.13 0.16 0.36 0.06 0.59 0.93 0.82 1.21 0.80 0.49 0.09 0.06 0.28
O2 0.30 0.46 0.41 0.59 0.31 0.74 0.62 0.90 0.83 0.28 0.71 0.42 0.25 0.65 0.09 0.58 0.78 0.53 0.45 1.08 0.08 0.28 0.16
O2' 1.95 1.58 2.22 2.37 1.62 2.21 1.35 2.18 1.19 1.51 1.34 1.64 1.72 1.26 1.72 2.29 2.60 1.98 1.38 0.93 0.46 0.86 0.74
O3' 1.32 0.56 1.53 1.77 0.77 1.77 0.48 1.89 0.21 0.87 0.29 0.57 0.80 0.52 1.01 1.64 2.02 1.51 1.16 0.15 0.54 0.81 0.75
O4 1.66 0.87 1.22 1.09 1.14 1.61 0.89 1.60 0.58 1.42 0.64 0.83 1.10 1.00 1.44 1.33 0.79 1.99 1.08 0.32 0.16 0.25 0.33
O4' 0.50 0.15 0.60 0.77 0.06 0.83 0.16 0.94 0.39 0.20 0.34 0.16 0.06 0.11 0.26 0.67 0.91 0.69 0.39 0.60 0.27 0.07 0.07
O5' 1.38 0.75 1.52 1.71 1.00 1.67 0.84 1.75 0.59 1.20 0.58 0.70 0.95 0.97 1.21 1.54 1.85 1.52 1.05 0.38 0.36 0.44 0.55
OP1 1.61 1.27 1.81 1.96 1.44 1.77 1.39 1.75 1.24 1.57 1.19 1.22 1.39 1.49 1.55 1.78 2.09 1.62 1.06 1.13 0.36 0.33 0.48
OP2 1.61 1.28 1.70 1.78 1.44 1.70 1.39 1.67 1.25 1.57 1.21 1.23 1.39 1.48 1.55 1.69 1.84 1.65 1.12 1.16 0.31 0.42 0.54
P 1.54 1.11 1.69 1.84 1.31 1.73 1.23 1.74 1.04 1.46 1.01 1.05 1.25 1.33 1.45 1.68 1.96 1.61 1.08 0.91 0.35 0.40 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.15 0.01 0.10 0.29 0.16
C2 0.01 0.00 0.12 0.13 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.20 0.03 0.48 0.01 0.39 0.96 0.62
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.09 0.14 0.12 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.28 0.05 0.14 0.31 0.25
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.06 0.12 0.10 0.17 0.13 0.10 0.05 0.01 0.01 0.02 0.42 0.05 0.33 0.27 0.36
C4 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.10 0.02 0.51 0.01 0.44 0.92 0.64
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.03 0.11 0.03 0.07 0.05 0.09 0.04 0.07 0.01 0.00 0.02 0.04 0.13 0.18 0.04
C5 0.00 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.68 0.01 0.73 1.24 0.90
C5' 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.09 0.17 0.05 0.03 0.01 0.17 0.08 0.07 0.02 0.01 0.01 0.10 0.11 0.37 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.06 0.00 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.10 0.02 0.70 0.00 0.80 1.36 0.97
C8 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.11 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.13 0.01 0.67 0.02 0.71 1.06 0.84
N1 0.01 0.01 0.09 0.10 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.03 0.61 0.01 0.62 1.21 0.82
N2 0.02 0.00 0.14 0.17 0.01 0.07 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.25 0.04 0.42 0.02 0.27 0.88 0.53
N3 0.01 0.00 0.12 0.13 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.18 0.03 0.40 0.01 0.26 0.79 0.49
N7 0.00 0.01 0.04 0.10 0.00 0.09 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.02 0.77 0.02 0.91 1.37 1.04
N9 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.45 0.01 0.37 0.75 0.54
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.07 0.06 0.07 0.09 0.04 0.12 0.18 0.14 0.04 0.02 0.00 0.02 0.04 0.07 0.08 0.35 0.06 0.13
O3' 0.01 0.20 0.01 0.01 0.10 0.01 0.07 0.02 0.10 0.13 0.16 0.25 0.18 0.10 0.05 0.02 0.00 0.01 0.37 0.08 0.31 0.12 0.28
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.02 0.21 0.05 0.07
O5' 0.15 0.48 0.28 0.42 0.51 0.02 0.68 0.01 0.70 0.67 0.61 0.42 0.40 0.77 0.45 0.07 0.37 0.11 0.00 0.77 0.01 0.01 0.01
O6 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.08 0.02 0.77 0.00 0.96 1.54 1.10
OP1 0.10 0.39 0.14 0.33 0.44 0.13 0.73 0.11 0.80 0.71 0.62 0.27 0.26 0.91 0.37 0.35 0.31 0.21 0.01 0.96 0.00 0.01 0.00
OP2 0.29 0.96 0.31 0.27 0.92 0.18 1.24 0.37 1.36 1.06 1.21 0.88 0.79 1.37 0.75 0.06 0.12 0.05 0.01 1.54 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.62 0.25 0.36 0.64 0.04 0.90 0.01 0.97 0.84 0.82 0.53 0.49 1.04 0.54 0.13 0.28 0.07 0.01 1.10 0.00 0.00 0.00