ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48775

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.005, 0.028, 0.052, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.021, 0.125, 0.229, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.125 std_dev=0.104
C2' A 0, 0.021, 0.138, 0.255, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.138 std_dev=0.117
C3' A 0, 0.101, 0.241, 0.380, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.241 std_dev=0.139
O3' A 0, 0.155, 0.327, 0.498, 0.513 max_d=0.513 avg_d=0.327 std_dev=0.172
C4' A 0, 0.026, 0.203, 0.381, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.203 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.076, 0.275, 0.475, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.275 std_dev=0.199
P B 0, 0.187, 0.429, 0.671, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.429 std_dev=0.242
OP1 B 0, 0.249, 0.523, 0.796, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.523 std_dev=0.273
C5' A 0, 0.029, 0.304, 0.578, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.304 std_dev=0.275
O5' A 0, 0.042, 0.342, 0.642, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.342 std_dev=0.300
O5' B 0, 0.213, 0.556, 0.898, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.556 std_dev=0.342
C5' B 0, 0.312, 0.689, 1.066, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.689 std_dev=0.377
OP2 A 0, 0.263, 0.689, 1.115, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.689 std_dev=0.426
P A 0, 0.260, 0.688, 1.116, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.688 std_dev=0.428
OP2 B 0, 0.017, 0.460, 0.902, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.460 std_dev=0.443
C4' B 0, 0.262, 0.728, 1.194, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.728 std_dev=0.466
O4' B 0, 0.253, 0.721, 1.190, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.721 std_dev=0.469
C8 B 0, 0.222, 0.731, 1.240, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.731 std_dev=0.509
N7 B 0, 0.256, 0.782, 1.308, 1.450 max_d=1.450 avg_d=0.782 std_dev=0.526
C3' B 0, 0.283, 0.873, 1.463, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.873 std_dev=0.590
N9 B 0, 0.237, 0.827, 1.418, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.827 std_dev=0.591
C1' B 0, 0.230, 0.827, 1.424, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.827 std_dev=0.597
OP1 A 0, 0.592, 1.209, 1.825, 1.822 max_d=1.822 avg_d=1.209 std_dev=0.617
O3' B 0, 0.315, 0.939, 1.562, 1.761 max_d=1.761 avg_d=0.939 std_dev=0.623
C5 B 0, 0.290, 0.917, 1.544, 1.773 max_d=1.773 avg_d=0.917 std_dev=0.627
C4 B 0, 0.280, 0.947, 1.615, 1.899 max_d=1.899 avg_d=0.947 std_dev=0.668
C2' B 0, 0.260, 0.937, 1.615, 1.915 max_d=1.915 avg_d=0.937 std_dev=0.677
O6 B 0, 0.372, 1.052, 1.732, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.052 std_dev=0.680
C6 B 0, 0.346, 1.040, 1.735, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.040 std_dev=0.695
O2' B 0, 0.265, 0.992, 1.720, 2.067 max_d=2.067 avg_d=0.992 std_dev=0.727
N3 B 0, 0.319, 1.086, 1.852, 2.219 max_d=2.219 avg_d=1.086 std_dev=0.766
N1 B 0, 0.379, 1.175, 1.971, 2.330 max_d=2.330 avg_d=1.175 std_dev=0.796
C2 B 0, 0.368, 1.195, 2.022, 2.424 max_d=2.424 avg_d=1.195 std_dev=0.827
N2 B 0, 0.421, 1.350, 2.278, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.350 std_dev=0.928

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.24 0.03 0.11
C2 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.03 0.04 0.28 0.06 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.07 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.25 0.04 0.12
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.24 0.03 0.14
C4 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.02 0.07 0.30 0.12 0.14
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.00 0.01 0.13 0.02 0.05
C5 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.08 0.30 0.14 0.15
C5' 0.02 0.04 0.03 0.02 0.08 0.01 0.11 0.00 0.10 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.08 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.07 0.29 0.12 0.14
N1 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.01 0.01 0.04 0.28 0.07 0.13
N3 0.01 0.00 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.01 0.02 0.05 0.29 0.09 0.13
O2 0.01 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.08 0.01 0.05 0.05 0.26 0.03 0.11
O2' 0.02 0.09 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.05 0.05 0.09 0.13 0.00 0.05 0.08 0.02 0.05 0.24 0.01 0.12
O3' 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.04 0.08 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.23 0.08 0.18
O4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.02 0.07 0.30 0.13 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.21 0.03 0.09
O5' 0.03 0.04 0.05 0.07 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.05 0.05 0.11 0.07 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.24 0.28 0.25 0.24 0.30 0.13 0.30 0.08 0.29 0.28 0.29 0.26 0.24 0.23 0.30 0.21 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.06 0.04 0.03 0.12 0.02 0.14 0.01 0.12 0.07 0.09 0.03 0.01 0.08 0.13 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.12 0.12 0.14 0.14 0.05 0.15 0.01 0.14 0.13 0.13 0.11 0.12 0.18 0.15 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.30 0.17 0.13 0.26 0.12 0.30 0.10 0.34 0.23 0.33 0.30 0.26 0.28 0.22 0.18 0.11 0.17 0.17 0.38 0.15 0.35 0.13
C2 0.19 0.24 0.16 0.12 0.22 0.13 0.25 0.12 0.27 0.21 0.26 0.24 0.22 0.24 0.20 0.17 0.11 0.18 0.16 0.30 0.18 0.27 0.13
C2' 0.15 0.27 0.13 0.09 0.23 0.09 0.27 0.10 0.32 0.18 0.31 0.28 0.23 0.25 0.18 0.14 0.08 0.12 0.22 0.37 0.14 0.46 0.19
C3' 0.12 0.25 0.11 0.07 0.20 0.08 0.24 0.10 0.30 0.15 0.30 0.26 0.21 0.21 0.15 0.11 0.07 0.09 0.22 0.36 0.14 0.44 0.18
C4 0.17 0.21 0.13 0.12 0.20 0.12 0.23 0.17 0.25 0.21 0.24 0.20 0.19 0.24 0.19 0.15 0.14 0.14 0.23 0.28 0.21 0.11 0.07
C4' 0.14 0.28 0.13 0.10 0.23 0.09 0.27 0.09 0.33 0.18 0.32 0.29 0.23 0.24 0.18 0.13 0.09 0.12 0.18 0.38 0.14 0.37 0.14
C5 0.22 0.27 0.19 0.15 0.26 0.16 0.29 0.18 0.31 0.26 0.29 0.26 0.25 0.29 0.24 0.20 0.16 0.18 0.26 0.34 0.20 0.23 0.10
C5' 0.11 0.25 0.11 0.09 0.20 0.08 0.25 0.10 0.30 0.16 0.30 0.26 0.21 0.23 0.15 0.10 0.08 0.09 0.20 0.36 0.15 0.36 0.14
C6 0.21 0.28 0.17 0.13 0.26 0.13 0.30 0.14 0.33 0.26 0.31 0.27 0.25 0.30 0.24 0.19 0.13 0.16 0.23 0.36 0.17 0.31 0.10
N1 0.19 0.26 0.15 0.10 0.24 0.11 0.27 0.10 0.31 0.22 0.29 0.26 0.23 0.27 0.21 0.17 0.09 0.16 0.18 0.34 0.16 0.32 0.11
N3 0.16 0.20 0.12 0.10 0.18 0.11 0.21 0.12 0.24 0.18 0.22 0.19 0.18 0.21 0.17 0.14 0.11 0.15 0.17 0.27 0.19 0.17 0.09
O2 0.25 0.28 0.22 0.19 0.26 0.19 0.28 0.17 0.30 0.25 0.30 0.28 0.26 0.27 0.25 0.23 0.16 0.25 0.17 0.32 0.21 0.27 0.17
O2' 0.17 0.29 0.16 0.12 0.23 0.13 0.27 0.13 0.33 0.18 0.32 0.29 0.24 0.24 0.19 0.17 0.12 0.16 0.24 0.38 0.17 0.52 0.25
O3' 0.11 0.27 0.11 0.08 0.20 0.07 0.24 0.09 0.31 0.13 0.31 0.28 0.22 0.20 0.14 0.12 0.07 0.09 0.22 0.36 0.13 0.47 0.20
O4 0.17 0.21 0.14 0.15 0.20 0.15 0.23 0.22 0.25 0.22 0.23 0.20 0.19 0.24 0.19 0.16 0.18 0.15 0.24 0.27 0.23 0.09 0.10
O4' 0.18 0.29 0.16 0.12 0.25 0.11 0.29 0.10 0.34 0.21 0.33 0.29 0.25 0.27 0.21 0.16 0.10 0.15 0.17 0.38 0.16 0.32 0.12
O5' 0.14 0.28 0.14 0.10 0.23 0.07 0.27 0.08 0.33 0.18 0.32 0.29 0.24 0.25 0.18 0.13 0.08 0.10 0.19 0.38 0.14 0.36 0.13
OP1 0.34 0.39 0.34 0.31 0.38 0.29 0.40 0.26 0.42 0.37 0.41 0.39 0.37 0.39 0.36 0.34 0.30 0.31 0.28 0.45 0.32 0.33 0.24
OP2 0.12 0.24 0.12 0.08 0.19 0.05 0.22 0.08 0.27 0.15 0.27 0.25 0.20 0.20 0.15 0.12 0.07 0.07 0.20 0.31 0.14 0.37 0.13
P 0.19 0.29 0.19 0.15 0.25 0.12 0.28 0.12 0.33 0.22 0.32 0.29 0.26 0.27 0.22 0.18 0.14 0.14 0.20 0.37 0.17 0.35 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.13 0.11 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.08 0.01 0.13 0.25 0.12
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.09 0.03
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.09 0.00 0.07 0.25 0.10
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04 0.05
C5 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.12 0.01 0.11 0.32 0.14
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.04 0.06 0.08 0.06 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.11 0.00 0.15 0.33 0.16
C8 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.15 0.01 0.07 0.29 0.10
N1 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.02 0.09 0.00 0.16 0.30 0.14
N2 0.01 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.02 0.07 0.01 0.14 0.23 0.11
N3 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.21 0.09
N7 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.15 0.01 0.09 0.35 0.15
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.00 0.05 0.21 0.07
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.11 0.07 0.06
O3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.08 0.06 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.09 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.21 0.07 0.07
O5' 0.06 0.08 0.04 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.11 0.15 0.09 0.07 0.07 0.15 0.10 0.01 0.03 0.05 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00
O6 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.12 0.00 0.17 0.36 0.17
OP1 0.13 0.13 0.05 0.07 0.07 0.09 0.11 0.03 0.15 0.07 0.16 0.14 0.09 0.09 0.05 0.11 0.09 0.21 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.25 0.09 0.06 0.25 0.04 0.32 0.01 0.33 0.29 0.30 0.23 0.21 0.35 0.21 0.07 0.04 0.07 0.01 0.36 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.12 0.03 0.04 0.10 0.05 0.14 0.01 0.16 0.10 0.14 0.11 0.09 0.15 0.07 0.06 0.03 0.07 0.00 0.17 0.01 0.00 0.00