sequences=5
<param>
maxmove=0.1
pval=0.1
usescval=false
complexatt=true
cooling=1.0
currcool=1.0
attfactor=10.0
attvalpow=1
repfactor=10.0
repvalpow=1
dampening=1.0
minattract=1.0
cluster2d=false
blastpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/blastall -p blastp -M PAM70 -F F -e 10000 -b 500 -v 500
formatdbpath=/home/sdh/apps/blast-2.2.17/bin/formatdb
showinfo=true
zoom=1.0
dotsize=0
ovalsize=10
groupsize=4
usefoldchange=false
avgfoldchange=false
colorcutoffs=0.0;0.1;0.2;0.3;0.4;0.5;0.6;0.7;0.8;0.9;
colorarr=(230;230;230):(207;207;207):(184;184;184):(161;161;161):(138;138;138):(115;115;115):(92;92;92):(69;69;69):(46;46;46):(23;23;23):
</param>
<rotmtx>
1.0;0.0;0.0;
0.0;1.0;0.0;
0.0;0.0;1.0;
</rotmtx>
<seq>
>3CME-01958-01903
X
>3CD6-01958-01903
X
>1YJW-01958-01903
X
>3CCS-01958-01903
X
>3CCJ-01958-01903
X
</seq>
<hsp>
0 1:0.482013508656
0 2:1.0
0 3:0.571171381091
0 4:0.658251884936
1 2:0.895248784936
1 3:0.403485379576
1 4:0.823406630005
2 3:0.552709873253
2 4:0.617072558111
3 4:0.576873960132
</hsp>