ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48776

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.003, 0.017, 0.032, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.017 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.007, 0.041, 0.075, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.041 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.019, 0.079, 0.139, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.079 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.051, 0.140, 0.228, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.140 std_dev=0.089
O4 A 0, -0.006, 0.092, 0.190, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.092 std_dev=0.098
C4' A 0, 0.081, 0.206, 0.330, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.206 std_dev=0.125
C3' A 0, 0.110, 0.261, 0.412, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.261 std_dev=0.151
O2' A 0, 0.099, 0.254, 0.409, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.254 std_dev=0.155
OP2 B 0, 0.105, 0.268, 0.431, 0.487 max_d=0.487 avg_d=0.268 std_dev=0.163
O5' B 0, 0.163, 0.355, 0.546, 0.539 max_d=0.539 avg_d=0.355 std_dev=0.192
P B 0, 0.148, 0.340, 0.533, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.340 std_dev=0.192
C8 B 0, 0.124, 0.332, 0.540, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.332 std_dev=0.208
OP1 A 0, 0.099, 0.312, 0.525, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.312 std_dev=0.213
C5' A 0, 0.111, 0.332, 0.553, 0.603 max_d=0.603 avg_d=0.332 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.167, 0.389, 0.612, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.389 std_dev=0.223
N7 B 0, 0.093, 0.322, 0.551, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.322 std_dev=0.229
C5' B 0, 0.198, 0.429, 0.659, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.429 std_dev=0.230
N9 B 0, 0.168, 0.401, 0.634, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.401 std_dev=0.233
O4' B 0, 0.203, 0.439, 0.674, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.439 std_dev=0.235
O3' A 0, 0.190, 0.435, 0.680, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.435 std_dev=0.245
C1' B 0, 0.206, 0.456, 0.705, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.456 std_dev=0.249
C4' B 0, 0.215, 0.466, 0.717, 0.687 max_d=0.687 avg_d=0.466 std_dev=0.251
C5 B 0, 0.149, 0.408, 0.667, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.408 std_dev=0.259
C3' B 0, 0.216, 0.478, 0.741, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.478 std_dev=0.262
P A 0, 0.217, 0.487, 0.758, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.487 std_dev=0.270
C4 B 0, 0.171, 0.445, 0.719, 0.801 max_d=0.801 avg_d=0.445 std_dev=0.274
C2' B 0, 0.222, 0.499, 0.775, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.499 std_dev=0.277
O3' B 0, 0.238, 0.540, 0.841, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.540 std_dev=0.301
C6 B 0, 0.182, 0.489, 0.797, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.489 std_dev=0.308
O2' B 0, 0.236, 0.547, 0.858, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.547 std_dev=0.311
O6 B 0, 0.199, 0.514, 0.829, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.514 std_dev=0.315
O5' A 0, 0.213, 0.530, 0.846, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.530 std_dev=0.317
N3 B 0, 0.207, 0.543, 0.879, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.543 std_dev=0.336
OP2 A 0, 0.342, 0.701, 1.060, 0.959 max_d=0.959 avg_d=0.701 std_dev=0.359
N1 B 0, 0.205, 0.578, 0.951, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.578 std_dev=0.373
C2 B 0, 0.218, 0.603, 0.988, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.603 std_dev=0.385
N2 B 0, 0.265, 0.724, 1.183, 1.214 max_d=1.214 avg_d=0.724 std_dev=0.459

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.07 0.06 0.11 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.05 0.09 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.05 0.09 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.10 0.11 0.12 0.10
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.08 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.03 0.09 0.09 0.12 0.09
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.10 0.00 0.08 0.00 0.06 0.06 0.09 0.09 0.02 0.03 0.11 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.07 0.06 0.11 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.10 0.05
N3 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.02 0.09 0.09 0.12 0.09
O2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.01 0.05 0.08 0.07 0.12 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.07 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.10 0.10 0.07
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.03 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.11 0.07
O4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.03 0.11 0.14 0.12 0.11
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.09 0.03
O5' 0.01 0.07 0.02 0.02 0.10 0.00 0.09 0.00 0.07 0.05 0.09 0.08 0.05 0.06 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.05 0.05 0.11 0.04 0.09 0.02 0.06 0.04 0.09 0.07 0.10 0.08 0.14 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.11 0.09 0.09 0.12 0.08 0.12 0.04 0.11 0.10 0.12 0.12 0.10 0.11 0.12 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.04 0.04 0.10 0.03 0.09 0.01 0.07 0.05 0.09 0.08 0.07 0.07 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.16 0.15 0.14 0.11 0.13 0.11 0.14 0.12 0.14 0.15 0.14 0.13 0.13 0.15 0.15 0.11 0.11 0.14 0.16 0.12 0.12
C2 0.10 0.10 0.14 0.13 0.09 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.07 0.09 0.13 0.14 0.07 0.09 0.08 0.14 0.09 0.09
C2' 0.12 0.13 0.15 0.14 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.11 0.12 0.14 0.15 0.11 0.11 0.12 0.17 0.11 0.12
C3' 0.10 0.10 0.13 0.12 0.10 0.09 0.09 0.08 0.10 0.09 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.12 0.12 0.08 0.08 0.10 0.14 0.09 0.09
C4 0.05 0.05 0.11 0.10 0.04 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.06 0.06 0.03 0.04 0.11 0.12 0.03 0.05 0.03 0.04 0.08 0.06
C4' 0.11 0.12 0.13 0.12 0.12 0.09 0.12 0.09 0.13 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.11 0.12 0.13 0.09 0.09 0.13 0.15 0.11 0.11
C5 0.07 0.07 0.12 0.10 0.06 0.06 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.07 0.04 0.06 0.12 0.12 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.05
C5' 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.08 0.05 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.05 0.10 0.10 0.07 0.06
C6 0.09 0.10 0.13 0.12 0.09 0.07 0.08 0.06 0.08 0.07 0.09 0.11 0.10 0.06 0.08 0.13 0.13 0.06 0.06 0.07 0.08 0.05 0.05
N1 0.10 0.11 0.14 0.13 0.11 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.11 0.09 0.10 0.13 0.14 0.08 0.08 0.10 0.13 0.08 0.08
N3 0.07 0.07 0.12 0.11 0.06 0.07 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.08 0.07 0.03 0.06 0.12 0.13 0.05 0.06 0.02 0.08 0.05 0.05
O2 0.11 0.10 0.15 0.15 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.10 0.13 0.16 0.09 0.11 0.10 0.20 0.13 0.13
O2' 0.17 0.17 0.20 0.19 0.17 0.17 0.17 0.17 0.16 0.17 0.17 0.17 0.17 0.16 0.17 0.19 0.19 0.16 0.16 0.16 0.22 0.16 0.18
O3' 0.10 0.10 0.13 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.12 0.12 0.09 0.09 0.10 0.15 0.09 0.10
O4 0.04 0.10 0.09 0.07 0.08 0.03 0.09 0.05 0.11 0.06 0.11 0.11 0.09 0.09 0.05 0.09 0.10 0.02 0.05 0.13 0.09 0.13 0.11
O4' 0.13 0.16 0.16 0.14 0.15 0.11 0.15 0.10 0.17 0.13 0.17 0.16 0.15 0.14 0.14 0.15 0.15 0.10 0.10 0.17 0.15 0.12 0.11
O5' 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.05 0.09 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.06 0.07 0.07 0.06 0.05 0.10 0.11 0.07 0.06
OP1 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.06 0.07 0.06 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.06 0.10 0.15 0.12 0.11
OP2 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.06 0.11 0.06 0.06
P 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.03 0.06 0.12 0.08 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.06 0.04 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.02
N1 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01
N2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02
N7 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.02
N9 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.02
O3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.10 0.06 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04
O5' 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
O6 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02
OP1 0.02 0.02 0.04 0.06 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.06 0.10 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00