ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48777

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.006, 0.020, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.012, 0.030, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.010, 0.032, 0.053, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.022
C2 A 0, 0.009, 0.032, 0.056, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.032 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.018, 0.058, 0.098, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.058 std_dev=0.040
O4 A 0, -0.001, 0.100, 0.201, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.100 std_dev=0.101
O4' A 0, 0.016, 0.127, 0.238, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.127 std_dev=0.111
C3' A 0, 0.037, 0.164, 0.290, 0.379 max_d=0.379 avg_d=0.164 std_dev=0.127
C4' A 0, 0.010, 0.177, 0.343, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.177 std_dev=0.167
C2' A 0, -0.004, 0.170, 0.344, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.170 std_dev=0.174
O3' A 0, 0.058, 0.254, 0.450, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.254 std_dev=0.196
O2' A 0, -0.008, 0.292, 0.593, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.292 std_dev=0.300
OP1 B 0, 0.023, 0.455, 0.886, 1.130 max_d=1.130 avg_d=0.455 std_dev=0.432
OP2 B 0, 0.062, 0.530, 0.998, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.530 std_dev=0.468
P B 0, 0.023, 0.534, 1.045, 1.154 max_d=1.154 avg_d=0.534 std_dev=0.511
C5' A 0, -0.073, 0.455, 0.982, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.455 std_dev=0.528
O5' A 0, -0.218, 0.640, 1.497, 2.310 max_d=2.310 avg_d=0.640 std_dev=0.857
OP1 A 0, -0.261, 0.957, 2.176, 3.303 max_d=3.303 avg_d=0.957 std_dev=1.218
O5' B 0, -0.320, 1.004, 2.327, 3.499 max_d=3.499 avg_d=1.004 std_dev=1.324
P A 0, -0.471, 0.920, 2.311, 3.670 max_d=3.670 avg_d=0.920 std_dev=1.391
N7 B 0, -0.290, 1.237, 2.764, 4.055 max_d=4.055 avg_d=1.237 std_dev=1.527
O6 B 0, -0.280, 1.387, 3.053, 4.429 max_d=4.429 avg_d=1.387 std_dev=1.666
OP2 A 0, -0.553, 1.260, 3.073, 4.813 max_d=4.813 avg_d=1.260 std_dev=1.813
C8 B 0, -0.498, 1.391, 3.280, 5.002 max_d=5.002 avg_d=1.391 std_dev=1.889
C5' B 0, -0.623, 1.443, 3.509, 5.466 max_d=5.466 avg_d=1.443 std_dev=2.066
C6 B 0, -0.522, 1.590, 3.703, 5.616 max_d=5.616 avg_d=1.590 std_dev=2.112
C5 B 0, -0.563, 1.561, 3.686, 5.637 max_d=5.637 avg_d=1.561 std_dev=2.125
N9 B 0, -0.939, 1.825, 4.589, 7.246 max_d=7.246 avg_d=1.825 std_dev=2.764
N1 B 0, -0.884, 1.973, 4.830, 7.538 max_d=7.538 avg_d=1.973 std_dev=2.857
C4 B 0, -0.974, 1.929, 4.832, 7.622 max_d=7.622 avg_d=1.929 std_dev=2.903
C4' B 0, -1.139, 1.846, 4.832, 7.760 max_d=7.760 avg_d=1.846 std_dev=2.985
O4' B 0, -1.098, 1.977, 5.052, 8.044 max_d=8.044 avg_d=1.977 std_dev=3.075
C3' B 0, -1.329, 1.936, 5.202, 8.431 max_d=8.431 avg_d=1.936 std_dev=3.266
C1' B 0, -1.337, 2.135, 5.608, 9.010 max_d=9.010 avg_d=2.135 std_dev=3.472
C2 B 0, -1.280, 2.323, 5.925, 9.420 max_d=9.420 avg_d=2.323 std_dev=3.602
N3 B 0, -1.357, 2.333, 6.024, 9.621 max_d=9.621 avg_d=2.333 std_dev=3.690
O3' B 0, -1.498, 2.340, 6.178, 9.947 max_d=9.947 avg_d=2.340 std_dev=3.838
C2' B 0, -1.616, 2.266, 6.148, 9.987 max_d=9.987 avg_d=2.266 std_dev=3.882
N2 B 0, -1.607, 2.699, 7.005, 11.215 max_d=11.215 avg_d=2.699 std_dev=4.306
O2' B 0, -2.140, 2.813, 7.765, 12.694 max_d=12.694 avg_d=2.813 std_dev=4.953

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.08 0.02 0.00 0.10 0.14 0.26 0.22
C2 0.02 0.00 0.08 0.06 0.02 0.02 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.04 0.02 0.19 0.31 0.48 0.39
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.10 0.11 0.10 0.02 0.04 0.17 0.01 0.02 0.06 0.03 0.25 0.20 0.47 0.38
C3' 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.13 0.03 0.01 0.03 0.01 0.18 0.02 0.29 0.20
C4 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.04 0.08 0.05 0.00 0.01 0.16 0.43 0.44 0.43
C4' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.04 0.06 0.04
C5 0.01 0.02 0.10 0.06 0.01 0.03 0.00 0.19 0.00 0.02 0.01 0.02 0.14 0.05 0.02 0.03 0.13 0.42 0.32 0.38
C5' 0.06 0.11 0.11 0.02 0.17 0.01 0.19 0.00 0.18 0.13 0.14 0.08 0.10 0.06 0.18 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.06 0.01 0.03 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.02 0.14 0.05 0.02 0.04 0.10 0.35 0.26 0.33
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.02 0.00 0.13 0.28 0.35 0.33
N3 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.08 0.03 0.01 0.19 0.38 0.51 0.44
O2 0.04 0.01 0.17 0.13 0.04 0.04 0.02 0.08 0.02 0.02 0.03 0.00 0.24 0.14 0.06 0.04 0.23 0.28 0.53 0.39
O2' 0.02 0.10 0.01 0.03 0.08 0.02 0.14 0.10 0.14 0.05 0.05 0.24 0.00 0.02 0.11 0.03 0.30 0.21 0.60 0.43
O3' 0.08 0.10 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.05 0.07 0.08 0.14 0.02 0.00 0.04 0.09 0.14 0.11 0.26 0.12
O4 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.02 0.02 0.18 0.02 0.02 0.03 0.06 0.11 0.04 0.00 0.01 0.17 0.46 0.47 0.46
O4' 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.09 0.01 0.00 0.15 0.07 0.16 0.08
O5' 0.10 0.19 0.25 0.18 0.16 0.01 0.13 0.01 0.10 0.13 0.19 0.23 0.30 0.14 0.17 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.31 0.20 0.02 0.43 0.04 0.42 0.05 0.35 0.28 0.38 0.28 0.21 0.11 0.46 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.26 0.48 0.47 0.29 0.44 0.06 0.32 0.02 0.26 0.35 0.51 0.53 0.60 0.26 0.47 0.16 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.22 0.39 0.38 0.20 0.43 0.04 0.38 0.01 0.33 0.33 0.44 0.39 0.43 0.12 0.46 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 2.16 1.79 2.92 2.48 1.71 1.77 1.30 1.14 1.17 1.34 1.46 1.94 1.94 1.03 1.77 3.35 2.68 1.58 0.88 0.83 0.25 0.26 0.13
C2 1.49 1.18 2.13 1.79 1.16 1.23 0.90 0.82 0.80 0.97 0.97 1.25 1.28 0.74 1.24 2.26 1.79 1.06 0.67 0.57 0.23 0.24 0.07
C2' 2.36 2.15 3.16 2.58 2.03 1.83 1.61 1.18 1.50 1.59 1.81 2.31 2.28 1.31 2.04 3.67 2.75 1.69 0.97 1.15 0.31 0.17 0.20
C3' 2.63 2.43 3.41 2.81 2.24 2.06 1.74 1.32 1.63 1.68 2.02 2.65 2.57 1.36 2.23 4.10 3.10 1.93 1.04 1.21 0.30 0.20 0.21
C4 0.62 0.61 1.19 0.89 0.59 0.32 0.52 0.21 0.51 0.51 0.56 0.64 0.62 0.47 0.58 1.18 0.89 0.25 0.20 0.45 0.07 0.11 0.24
C4' 2.42 2.18 3.18 2.66 2.00 1.93 1.52 1.20 1.41 1.49 1.78 2.40 2.32 1.17 2.00 3.82 2.97 1.77 0.90 1.02 0.23 0.27 0.13
C5 0.90 0.86 1.57 1.23 0.81 0.57 0.70 0.29 0.67 0.67 0.77 0.91 0.88 0.60 0.81 1.65 1.28 0.41 0.27 0.57 0.07 0.10 0.21
C5' 2.43 2.32 3.18 2.63 2.11 1.88 1.69 1.18 1.61 1.61 1.97 2.54 2.42 1.35 2.08 3.81 2.91 1.75 0.95 1.26 0.27 0.13 0.18
C6 1.35 1.21 2.07 1.70 1.14 1.00 0.92 0.57 0.87 0.92 1.03 1.30 1.27 0.76 1.15 2.28 1.80 0.81 0.48 0.69 0.11 0.15 0.13
N1 1.66 1.39 2.38 2.00 1.33 1.33 1.04 0.84 0.95 1.08 1.15 1.49 1.49 0.85 1.39 2.63 2.09 1.14 0.67 0.70 0.19 0.21 0.08
N3 0.92 0.77 1.46 1.15 0.76 0.66 0.63 0.40 0.58 0.66 0.67 0.81 0.82 0.54 0.80 1.47 1.11 0.53 0.36 0.46 0.14 0.17 0.16
O2 1.83 1.34 2.43 2.11 1.35 1.61 1.00 1.16 0.86 1.14 1.07 1.43 1.50 0.81 1.48 2.56 2.04 1.44 0.91 0.57 0.33 0.31 0.17
O2' 2.48 2.21 3.26 2.61 2.13 1.91 1.68 1.27 1.54 1.69 1.86 2.35 2.37 1.37 2.16 3.75 2.73 1.80 1.05 1.15 0.36 0.20 0.27
O3' 2.90 2.54 3.65 3.06 2.35 2.36 1.73 1.56 1.56 1.71 2.02 2.80 2.75 1.31 2.37 4.47 3.43 2.24 1.16 1.06 0.32 0.26 0.25
O4 0.22 0.32 0.66 0.39 0.30 0.19 0.31 0.41 0.32 0.29 0.32 0.32 0.30 0.31 0.28 0.55 0.48 0.38 0.25 0.32 0.08 0.13 0.32
O4' 2.16 1.87 2.91 2.48 1.74 1.75 1.32 1.10 1.21 1.33 1.52 2.04 2.00 1.04 1.77 3.41 2.75 1.57 0.82 0.87 0.21 0.26 0.11
O5' 2.45 2.56 3.19 2.57 2.31 1.78 1.98 1.11 1.97 1.81 2.28 2.76 2.59 1.65 2.21 3.75 2.75 1.70 1.00 1.69 0.23 0.19 0.22
OP1 2.45 2.59 3.20 2.59 2.33 1.81 2.02 1.17 2.02 1.84 2.33 2.80 2.61 1.70 2.23 3.75 2.78 1.71 1.07 1.76 0.40 0.35 0.36
OP2 2.49 2.88 3.19 2.51 2.61 1.72 2.45 1.15 2.53 2.17 2.76 3.03 2.82 2.17 2.44 3.60 2.55 1.71 1.21 2.39 0.51 0.77 0.58
P 2.49 2.67 3.21 2.59 2.43 1.81 2.18 1.20 2.19 1.98 2.46 2.85 2.67 1.88 2.32 3.70 2.71 1.75 1.15 1.97 0.45 0.51 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.08 0.01 0.05 0.04 0.02 0.03 0.07 0.05 0.01 0.07 0.10 0.08 0.01 0.01 0.05 0.29 0.01 0.17 0.04 0.14 0.27 0.20
C2 0.08 0.00 0.28 0.30 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.50 0.11 0.13 0.01 0.11 0.26 0.20
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.13 0.04 0.04 0.16 0.10 0.17 0.20 0.34 0.28 0.11 0.03 0.01 0.05 0.03 0.33 0.06 0.32 0.45 0.37
C3' 0.05 0.30 0.01 0.00 0.23 0.01 0.24 0.03 0.27 0.19 0.30 0.34 0.28 0.22 0.16 0.04 0.02 0.02 0.11 0.28 0.29 0.14 0.18
C4 0.04 0.01 0.13 0.23 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.33 0.06 0.12 0.02 0.12 0.27 0.20
C4' 0.02 0.06 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.11 0.05 0.10 0.07 0.10 0.05 0.29 0.05 0.00 0.02 0.08 0.09 0.03 0.03
C5 0.03 0.01 0.04 0.24 0.00 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.26 0.02 0.10 0.01 0.12 0.25 0.18
C5' 0.07 0.10 0.16 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.12 0.07 0.11 0.11 0.09 0.11 0.06 0.16 0.13 0.02 0.01 0.14 0.07 0.01 0.01
C6 0.05 0.01 0.10 0.27 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.25 0.33 0.04 0.10 0.00 0.11 0.23 0.18
C8 0.01 0.01 0.17 0.19 0.01 0.11 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.24 0.09 0.11 0.08 0.02 0.13 0.28 0.18
N1 0.07 0.00 0.20 0.30 0.02 0.05 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.25 0.43 0.08 0.11 0.01 0.10 0.24 0.19
N2 0.10 0.01 0.34 0.34 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.29 0.60 0.14 0.14 0.02 0.10 0.25 0.21
N3 0.08 0.01 0.28 0.28 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.23 0.49 0.11 0.14 0.01 0.11 0.27 0.20
N7 0.01 0.01 0.11 0.22 0.01 0.10 0.01 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.15 0.07 0.09 0.02 0.13 0.25 0.17
N9 0.01 0.02 0.03 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.15 0.21 0.02 0.13 0.02 0.13 0.28 0.20
O2' 0.05 0.25 0.01 0.04 0.19 0.29 0.24 0.16 0.25 0.24 0.25 0.29 0.23 0.28 0.15 0.00 0.06 0.22 0.18 0.28 0.15 0.41 0.22
O3' 0.29 0.50 0.05 0.02 0.33 0.05 0.26 0.13 0.33 0.09 0.43 0.60 0.49 0.15 0.21 0.06 0.00 0.21 0.12 0.30 0.47 0.18 0.23
O4' 0.01 0.11 0.03 0.02 0.06 0.00 0.02 0.02 0.04 0.11 0.08 0.14 0.11 0.07 0.02 0.22 0.21 0.00 0.12 0.03 0.09 0.20 0.16
O5' 0.17 0.13 0.33 0.11 0.12 0.02 0.10 0.01 0.10 0.08 0.11 0.14 0.14 0.09 0.13 0.18 0.12 0.12 0.00 0.10 0.03 0.01 0.01
O6 0.04 0.01 0.06 0.28 0.02 0.08 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.28 0.30 0.03 0.10 0.00 0.11 0.20 0.16
OP1 0.14 0.11 0.32 0.29 0.12 0.09 0.12 0.07 0.11 0.13 0.10 0.10 0.11 0.13 0.13 0.15 0.47 0.09 0.03 0.11 0.00 0.01 0.01
OP2 0.27 0.26 0.45 0.14 0.27 0.03 0.25 0.01 0.23 0.28 0.24 0.25 0.27 0.25 0.28 0.41 0.18 0.20 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.20 0.37 0.18 0.20 0.03 0.18 0.01 0.18 0.18 0.19 0.21 0.20 0.17 0.20 0.22 0.23 0.16 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00