ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48778

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.041, 0.145, 0.249, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.145 std_dev=0.104
C4' A 0, 0.076, 0.242, 0.409, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.242 std_dev=0.167
C2' A 0, -0.053, 0.158, 0.370, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.158 std_dev=0.212
P B 0, -0.008, 0.220, 0.448, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.220 std_dev=0.228
P A 0, 0.122, 0.362, 0.602, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.362 std_dev=0.240
OP1 A 0, 0.179, 0.541, 0.904, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.541 std_dev=0.363
C5' A 0, 0.121, 0.530, 0.939, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.530 std_dev=0.409
O5' A 0, 0.185, 0.653, 1.122, 1.124 max_d=1.124 avg_d=0.653 std_dev=0.469
O2' A 0, 0.137, 0.607, 1.077, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.607 std_dev=0.470
OP1 B 0, 0.113, 0.675, 1.237, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.675 std_dev=0.562
C3' A 0, 0.011, 0.579, 1.147, 1.268 max_d=1.268 avg_d=0.579 std_dev=0.568
OP2 A 0, 0.180, 0.791, 1.401, 1.493 max_d=1.493 avg_d=0.791 std_dev=0.611
OP2 B 0, 0.168, 1.029, 1.891, 2.031 max_d=2.031 avg_d=1.029 std_dev=0.862
O3' A 0, -0.046, 1.030, 2.107, 2.345 max_d=2.345 avg_d=1.030 std_dev=1.076
O5' B 0, 0.252, 1.517, 2.781, 2.921 max_d=2.921 avg_d=1.517 std_dev=1.264
N7 B 0, 0.541, 2.572, 4.602, 4.611 max_d=4.611 avg_d=2.572 std_dev=2.030
C8 B 0, 0.511, 2.704, 4.898, 4.989 max_d=4.989 avg_d=2.704 std_dev=2.193
C5' B 0, 0.120, 2.344, 4.567, 4.953 max_d=4.953 avg_d=2.344 std_dev=2.224
O6 B 0, 0.552, 3.342, 6.132, 6.461 max_d=6.461 avg_d=3.342 std_dev=2.790
C5 B 0, 0.472, 3.329, 6.185, 6.542 max_d=6.542 avg_d=3.329 std_dev=2.856
N9 B 0, 0.387, 3.534, 6.680, 7.126 max_d=7.126 avg_d=3.534 std_dev=3.147
C6 B 0, 0.463, 3.637, 6.810, 7.276 max_d=7.276 avg_d=3.637 std_dev=3.174
C4' B 0, 0.132, 3.577, 7.022, 7.653 max_d=7.653 avg_d=3.577 std_dev=3.445
C4 B 0, 0.334, 3.934, 7.534, 8.128 max_d=8.128 avg_d=3.934 std_dev=3.600
O4' B 0, 0.192, 3.800, 7.407, 8.045 max_d=8.045 avg_d=3.800 std_dev=3.607
C2' B 0, 0.245, 3.954, 7.663, 8.312 max_d=8.312 avg_d=3.954 std_dev=3.709
C1' B 0, 0.280, 4.012, 7.745, 8.368 max_d=8.368 avg_d=4.012 std_dev=3.733
C3' B 0, 0.159, 4.082, 8.005, 8.730 max_d=8.730 avg_d=4.082 std_dev=3.923
N1 B 0, 0.295, 4.490, 8.685, 9.463 max_d=9.463 avg_d=4.490 std_dev=4.195
N3 B 0, 0.150, 4.806, 9.463, 10.357 max_d=10.357 avg_d=4.806 std_dev=4.657
O2' B 0, 0.248, 5.005, 9.762, 10.631 max_d=10.631 avg_d=5.005 std_dev=4.757
C2 B 0, 0.137, 5.029, 9.921, 10.885 max_d=10.885 avg_d=5.029 std_dev=4.892
O3' B 0, 0.082, 5.220, 10.358, 11.363 max_d=11.363 avg_d=5.220 std_dev=5.138
N2 B 0, -0.048, 5.882, 11.812, 13.043 max_d=13.043 avg_d=5.882 std_dev=5.930

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.00 0.17 0.16 0.41 0.17
C2 0.01 0.00 0.06 0.12 0.01 0.03 0.01 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.19 0.01 0.03 0.16 0.19 0.41 0.22
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.04 0.08 0.20 0.09 0.02 0.03 0.13 0.00 0.04 0.03 0.02 0.39 0.37 0.51 0.32
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.29 0.01 0.35 0.04 0.32 0.17 0.19 0.04 0.01 0.01 0.31 0.04 0.38 0.30 0.16 0.24
C4 0.01 0.01 0.03 0.29 0.00 0.08 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.32 0.19 0.00 0.03 0.13 0.23 0.33 0.24
C4' 0.03 0.03 0.04 0.01 0.08 0.00 0.10 0.00 0.10 0.05 0.05 0.02 0.28 0.05 0.08 0.01 0.01 0.05 0.30 0.03
C5 0.01 0.01 0.08 0.35 0.01 0.10 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00 0.30 0.29 0.00 0.06 0.12 0.23 0.31 0.24
C5' 0.11 0.13 0.20 0.04 0.14 0.00 0.13 0.00 0.13 0.14 0.14 0.13 0.09 0.27 0.14 0.01 0.01 0.06 0.37 0.02
C6 0.01 0.00 0.09 0.32 0.00 0.10 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.24 0.25 0.00 0.07 0.14 0.21 0.37 0.23
N1 0.01 0.00 0.02 0.17 0.00 0.05 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.13 0.00 0.01 0.16 0.19 0.42 0.22
N3 0.01 0.00 0.03 0.19 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.31 0.13 0.00 0.03 0.15 0.21 0.38 0.24
O2 0.01 0.00 0.13 0.04 0.01 0.02 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.00 0.27 0.36 0.01 0.06 0.16 0.18 0.43 0.20
O2' 0.02 0.26 0.00 0.01 0.32 0.28 0.30 0.09 0.24 0.19 0.31 0.27 0.00 0.03 0.35 0.12 0.39 0.37 0.50 0.27
O3' 0.24 0.19 0.04 0.01 0.19 0.05 0.29 0.27 0.25 0.13 0.13 0.36 0.03 0.00 0.21 0.14 0.58 0.66 0.38 0.54
O4 0.01 0.01 0.03 0.31 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.35 0.21 0.00 0.03 0.12 0.24 0.29 0.24
O4' 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.03 0.06 0.12 0.14 0.03 0.00 0.09 0.06 0.31 0.10
O5' 0.17 0.16 0.39 0.38 0.13 0.01 0.12 0.01 0.14 0.16 0.15 0.16 0.39 0.58 0.12 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.19 0.37 0.30 0.23 0.05 0.23 0.06 0.21 0.19 0.21 0.18 0.37 0.66 0.24 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.41 0.51 0.16 0.33 0.30 0.31 0.37 0.37 0.42 0.38 0.43 0.50 0.38 0.29 0.31 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.22 0.32 0.24 0.24 0.03 0.24 0.02 0.23 0.22 0.24 0.20 0.27 0.54 0.24 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.39 0.51 1.90 1.98 0.75 1.28 0.53 0.81 0.33 0.89 0.35 0.47 0.74 0.59 1.01 2.32 2.13 1.01 0.68 0.24 0.26 0.14 0.09
C2 0.97 0.31 1.40 1.41 0.47 0.92 0.38 0.63 0.32 0.70 0.32 0.30 0.40 0.48 0.71 1.64 1.37 0.71 0.56 0.34 0.29 0.12 0.08
C2' 1.82 0.85 2.45 2.53 1.09 1.63 0.75 1.01 0.48 1.13 0.56 0.85 1.14 0.77 1.36 3.01 2.81 1.33 0.90 0.24 0.37 0.29 0.23
C3' 1.85 0.95 2.49 2.49 1.17 1.58 0.85 0.99 0.59 1.20 0.66 0.95 1.24 0.86 1.42 3.12 2.76 1.31 0.94 0.34 0.46 0.32 0.28
C4 0.31 1.13 0.30 0.06 0.69 0.56 0.62 0.56 0.82 0.22 1.06 1.35 0.97 0.34 0.38 0.52 0.22 0.68 0.12 0.77 0.53 0.32 0.05
C4' 1.48 0.59 2.06 2.07 0.84 1.27 0.59 0.77 0.34 0.95 0.36 0.55 0.85 0.65 1.10 2.59 2.28 1.00 0.71 0.16 0.31 0.18 0.13
C5 0.18 1.11 0.53 0.29 0.62 0.42 0.57 0.45 0.80 0.18 1.06 1.35 0.91 0.28 0.29 0.84 0.07 0.61 0.05 0.78 0.50 0.33 0.05
C5' 0.99 0.02 1.65 1.61 0.35 0.76 0.15 0.35 0.17 0.57 0.21 0.10 0.28 0.28 0.65 2.20 1.77 0.47 0.41 0.34 0.21 0.23 0.16
C6 0.42 0.62 1.05 0.91 0.25 0.21 0.28 0.08 0.50 0.36 0.66 0.80 0.40 0.22 0.27 1.42 0.80 0.12 0.25 0.54 0.43 0.24 0.07
N1 0.92 0.27 1.46 1.44 0.40 0.79 0.31 0.48 0.27 0.65 0.32 0.31 0.33 0.41 0.65 1.81 1.43 0.56 0.50 0.32 0.34 0.15 0.09
N3 0.35 0.56 0.77 0.64 0.29 0.22 0.33 0.11 0.47 0.39 0.59 0.69 0.40 0.31 0.28 0.97 0.48 0.14 0.24 0.50 0.42 0.17 0.06
O2 1.47 0.68 1.77 1.93 0.88 1.56 0.68 1.16 0.52 0.99 0.54 0.65 0.87 0.72 1.12 1.98 1.99 1.32 0.81 0.42 0.15 0.20 0.08
O2' 1.89 0.96 2.44 2.64 1.08 1.76 0.64 0.97 0.39 0.96 0.57 1.05 1.26 0.56 1.32 3.04 3.15 1.44 0.68 0.15 0.10 0.52 0.31
O3' 2.00 1.30 2.60 2.60 1.37 1.66 0.97 0.95 0.75 1.19 0.94 1.40 1.55 0.86 1.54 3.33 2.99 1.43 0.81 0.47 0.25 0.10 0.05
O4 0.91 1.64 0.38 0.71 1.16 1.25 0.97 1.11 1.14 0.47 1.47 1.89 1.53 0.57 0.85 0.17 1.02 1.30 0.45 1.02 0.58 0.42 0.03
O4' 1.16 0.36 1.68 1.70 0.59 1.01 0.42 0.62 0.27 0.77 0.27 0.32 0.55 0.51 0.84 2.10 1.80 0.77 0.56 0.24 0.25 0.09 0.05
O5' 0.89 0.41 1.60 1.47 0.42 0.60 0.35 0.30 0.41 0.63 0.48 0.49 0.38 0.42 0.64 2.16 1.52 0.37 0.43 0.48 0.35 0.20 0.12
OP1 0.39 0.74 1.19 1.03 0.24 0.07 0.36 0.18 0.68 0.18 0.86 0.95 0.43 0.10 0.12 1.79 1.05 0.25 0.11 0.79 0.23 0.13 0.14
OP2 0.21 1.37 0.64 0.45 0.80 0.48 0.83 0.61 1.15 0.27 1.41 1.64 1.07 0.50 0.41 1.16 0.36 0.80 0.27 1.20 0.27 0.25 0.35
P 0.24 0.87 1.01 0.85 0.36 0.06 0.44 0.26 0.75 0.10 0.95 1.09 0.57 0.16 0.03 1.55 0.82 0.35 0.06 0.83 0.23 0.14 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.06 0.05 0.00 0.00 0.04 0.19 0.00 0.07 0.01 0.05 0.16 0.09
C2 0.05 0.00 0.24 0.04 0.00 0.38 0.01 0.52 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.61 0.33 0.49 0.34 0.01 0.34 0.45 0.39
C2' 0.00 0.24 0.00 0.00 0.12 0.04 0.06 0.06 0.11 0.20 0.18 0.28 0.23 0.13 0.04 0.00 0.05 0.03 0.07 0.10 0.09 0.11 0.08
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.10 0.01 0.07 0.05 0.10 0.03 0.02 0.00 0.01 0.12 0.05 0.26 0.20 0.18
C4 0.02 0.00 0.12 0.01 0.00 0.18 0.00 0.29 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.25 0.24 0.24 0.01 0.26 0.42 0.31
C4' 0.01 0.38 0.04 0.00 0.18 0.00 0.11 0.00 0.18 0.17 0.31 0.47 0.35 0.10 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.14 0.10 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.05 0.00 0.11 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.21 0.09 0.27 0.02 0.35 0.55 0.40
C5' 0.02 0.52 0.06 0.02 0.29 0.00 0.23 0.00 0.33 0.20 0.47 0.63 0.46 0.15 0.10 0.05 0.05 0.02 0.00 0.29 0.02 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.04 0.00 0.18 0.01 0.33 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.28 0.24 0.19 0.32 0.00 0.40 0.61 0.45
C8 0.01 0.01 0.20 0.10 0.00 0.17 0.01 0.20 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.12 0.29 0.28 0.03 0.34 0.46 0.39
N1 0.04 0.00 0.18 0.01 0.01 0.31 0.01 0.47 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.48 0.29 0.37 0.34 0.01 0.38 0.55 0.44
N2 0.06 0.00 0.28 0.07 0.00 0.47 0.01 0.63 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.75 0.36 0.60 0.37 0.01 0.39 0.42 0.42
N3 0.05 0.00 0.23 0.05 0.00 0.35 0.01 0.46 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.58 0.32 0.48 0.29 0.01 0.28 0.37 0.32
N7 0.00 0.01 0.13 0.10 0.00 0.10 0.00 0.15 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.14 0.16 0.28 0.03 0.41 0.59 0.44
N9 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.18 0.02 0.17 0.02 0.19 0.33 0.24
O2' 0.04 0.61 0.00 0.02 0.29 0.02 0.14 0.05 0.28 0.29 0.48 0.75 0.58 0.16 0.02 0.00 0.03 0.04 0.09 0.21 0.12 0.17 0.11
O3' 0.19 0.33 0.05 0.00 0.25 0.03 0.21 0.05 0.24 0.12 0.29 0.36 0.32 0.14 0.18 0.03 0.00 0.13 0.14 0.23 0.44 0.24 0.25
O4' 0.00 0.49 0.03 0.01 0.24 0.00 0.09 0.02 0.19 0.29 0.37 0.60 0.48 0.16 0.02 0.04 0.13 0.00 0.13 0.12 0.06 0.25 0.17
O5' 0.07 0.34 0.07 0.12 0.24 0.01 0.27 0.00 0.32 0.28 0.34 0.37 0.29 0.28 0.17 0.09 0.14 0.13 0.00 0.33 0.02 0.02 0.01
O6 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.14 0.02 0.29 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.21 0.23 0.12 0.33 0.00 0.46 0.69 0.50
OP1 0.05 0.34 0.09 0.26 0.26 0.10 0.35 0.02 0.40 0.34 0.38 0.39 0.28 0.41 0.19 0.12 0.44 0.06 0.02 0.46 0.00 0.02 0.00
OP2 0.16 0.45 0.11 0.20 0.42 0.03 0.55 0.02 0.61 0.46 0.55 0.42 0.37 0.59 0.33 0.17 0.24 0.25 0.02 0.69 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.39 0.08 0.18 0.31 0.01 0.40 0.01 0.45 0.39 0.44 0.42 0.32 0.44 0.24 0.11 0.25 0.17 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00