ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48779

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.009, 0.022, 0.036, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.017, 0.048, 0.079, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.048 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.054, 0.132, 0.211, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.132 std_dev=0.079
C4' A 0, -0.004, 0.081, 0.167, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.081 std_dev=0.085
C3' A 0, 0.032, 0.131, 0.229, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.131 std_dev=0.098
O3' A 0, 0.073, 0.186, 0.300, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.186 std_dev=0.113
C2' A 0, 0.018, 0.152, 0.286, 0.360 max_d=0.360 avg_d=0.152 std_dev=0.134
O4' A 0, 0.032, 0.185, 0.339, 0.419 max_d=0.419 avg_d=0.185 std_dev=0.154
C5' A 0, 0.010, 0.201, 0.392, 0.508 max_d=0.508 avg_d=0.201 std_dev=0.191
O5' A 0, 0.037, 0.275, 0.514, 0.640 max_d=0.640 avg_d=0.275 std_dev=0.239
P A 0, 0.107, 0.361, 0.616, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.361 std_dev=0.255
P B 0, 0.190, 0.454, 0.717, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.454 std_dev=0.264
OP2 A 0, 0.168, 0.433, 0.698, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.433 std_dev=0.265
O2' A 0, 0.052, 0.325, 0.598, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.325 std_dev=0.273
OP2 B 0, 0.183, 0.465, 0.748, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.465 std_dev=0.282
OP1 A 0, 0.171, 0.464, 0.758, 0.764 max_d=0.764 avg_d=0.464 std_dev=0.294
OP1 B 0, 0.200, 0.500, 0.800, 0.797 max_d=0.797 avg_d=0.500 std_dev=0.300
O5' B 0, 0.217, 0.558, 0.898, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.558 std_dev=0.341
C5' B 0, 0.216, 0.565, 0.913, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.565 std_dev=0.348
C4' B 0, 0.232, 0.615, 0.999, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.615 std_dev=0.383
O4' B 0, 0.240, 0.628, 1.016, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.628 std_dev=0.388
C8 B 0, 0.291, 0.706, 1.122, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.706 std_dev=0.415
C3' B 0, 0.263, 0.693, 1.122, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.693 std_dev=0.430
O3' B 0, 0.273, 0.715, 1.156, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.715 std_dev=0.442
C1' B 0, 0.270, 0.715, 1.161, 1.210 max_d=1.210 avg_d=0.715 std_dev=0.445
N7 B 0, 0.327, 0.785, 1.242, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.785 std_dev=0.458
N9 B 0, 0.297, 0.756, 1.214, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.756 std_dev=0.458
C2' B 0, 0.279, 0.745, 1.211, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.745 std_dev=0.466
O2' B 0, 0.285, 0.767, 1.249, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.767 std_dev=0.482
C5 B 0, 0.361, 0.887, 1.413, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.887 std_dev=0.526
C4 B 0, 0.339, 0.867, 1.394, 1.425 max_d=1.425 avg_d=0.867 std_dev=0.527
N3 B 0, 0.357, 0.954, 1.552, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.954 std_dev=0.597
C6 B 0, 0.410, 1.008, 1.606, 1.565 max_d=1.565 avg_d=1.008 std_dev=0.598
O6 B 0, 0.434, 1.054, 1.675, 1.584 max_d=1.584 avg_d=1.054 std_dev=0.620
N1 B 0, 0.431, 1.089, 1.748, 1.770 max_d=1.770 avg_d=1.089 std_dev=0.658
C2 B 0, 0.408, 1.071, 1.734, 1.814 max_d=1.814 avg_d=1.071 std_dev=0.663
N2 B 0, 0.444, 1.190, 1.937, 2.056 max_d=2.056 avg_d=1.190 std_dev=0.746

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.00 0.06 0.07 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.01 0.04 0.09 0.01 0.04 0.03
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.13 0.08 0.10
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.08 0.16 0.07 0.09
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.11 0.04 0.05 0.03
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.03 0.07 0.09 0.03
C5 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.09 0.03 0.11 0.04
C5' 0.03 0.06 0.05 0.03 0.06 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.07 0.06 0.04 0.05 0.07 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.06 0.09 0.03 0.13 0.05
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.09 0.03 0.08 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.04 0.01 0.03 0.11 0.02 0.03 0.04
O2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.13 0.05 0.01 0.08 0.09 0.02 0.05 0.04
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.07 0.13 0.00 0.02 0.04 0.02 0.10 0.18 0.09 0.12
O3' 0.05 0.05 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.02 0.00 0.04 0.04 0.09 0.19 0.08 0.10
O4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.00 0.02 0.12 0.07 0.03 0.04
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.06 0.00 0.03 0.08 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.09 0.15 0.07
O5' 0.06 0.09 0.09 0.08 0.11 0.03 0.09 0.01 0.09 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.12 0.04 0.00 0.03 0.01 0.00
OP1 0.07 0.01 0.13 0.16 0.04 0.07 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.18 0.19 0.07 0.09 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.04 0.08 0.07 0.05 0.09 0.11 0.06 0.13 0.08 0.03 0.05 0.09 0.08 0.03 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.03 0.10 0.09 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.12 0.10 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.08 0.17 0.09 0.09
C2 0.06 0.06 0.09 0.10 0.06 0.08 0.07 0.11 0.07 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.11 0.06 0.11 0.09 0.18 0.08 0.10
C2' 0.08 0.09 0.09 0.12 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.05 0.12 0.08 0.11 0.11 0.19 0.12 0.12
C3' 0.04 0.06 0.04 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.07 0.06 0.05 0.03 0.07 0.05 0.06 0.07 0.16 0.09 0.08
C4 0.10 0.09 0.12 0.14 0.09 0.12 0.09 0.15 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.13 0.14 0.10 0.17 0.14 0.15 0.08 0.12
C4' 0.03 0.03 0.06 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.02 0.10 0.06 0.02 0.07 0.03 0.17 0.08 0.08
C5 0.09 0.08 0.11 0.12 0.08 0.11 0.09 0.13 0.11 0.07 0.10 0.07 0.08 0.08 0.07 0.12 0.12 0.09 0.15 0.13 0.15 0.09 0.11
C5' 0.10 0.09 0.11 0.08 0.08 0.08 0.07 0.10 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.06 0.08 0.15 0.07 0.09 0.11 0.07 0.19 0.11 0.11
C6 0.07 0.06 0.09 0.10 0.07 0.09 0.07 0.11 0.09 0.06 0.08 0.06 0.06 0.07 0.06 0.10 0.11 0.07 0.13 0.11 0.16 0.09 0.10
N1 0.06 0.06 0.08 0.09 0.06 0.08 0.07 0.10 0.08 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.05 0.09 0.10 0.05 0.11 0.10 0.17 0.09 0.10
N3 0.08 0.07 0.11 0.13 0.07 0.11 0.08 0.14 0.09 0.07 0.08 0.06 0.07 0.08 0.07 0.12 0.14 0.08 0.15 0.11 0.17 0.08 0.11
O2 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.06 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.08 0.07 0.06 0.06 0.08 0.10 0.06 0.08 0.07 0.18 0.08 0.09
O2' 0.20 0.21 0.22 0.24 0.21 0.22 0.21 0.20 0.20 0.21 0.20 0.22 0.22 0.21 0.21 0.17 0.25 0.19 0.20 0.21 0.23 0.19 0.19
O3' 0.09 0.12 0.07 0.08 0.11 0.08 0.09 0.05 0.08 0.08 0.10 0.15 0.13 0.07 0.09 0.06 0.08 0.10 0.04 0.06 0.12 0.06 0.05
O4 0.12 0.11 0.14 0.15 0.10 0.14 0.11 0.16 0.13 0.09 0.12 0.10 0.11 0.10 0.10 0.14 0.15 0.12 0.19 0.16 0.13 0.08 0.12
O4' 0.10 0.07 0.12 0.11 0.07 0.10 0.06 0.10 0.06 0.06 0.07 0.07 0.07 0.05 0.08 0.17 0.12 0.08 0.11 0.06 0.18 0.10 0.11
O5' 0.12 0.11 0.12 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.16 0.10 0.11 0.15 0.11 0.23 0.15 0.15
OP1 0.07 0.10 0.07 0.07 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.03 0.08 0.12 0.09 0.02 0.06 0.12 0.10 0.06 0.11 0.03 0.22 0.10 0.12
OP2 0.14 0.17 0.13 0.07 0.14 0.07 0.11 0.06 0.11 0.09 0.15 0.20 0.17 0.08 0.12 0.20 0.07 0.11 0.07 0.08 0.17 0.05 0.07
P 0.11 0.12 0.10 0.07 0.09 0.07 0.07 0.09 0.08 0.06 0.10 0.14 0.11 0.05 0.09 0.16 0.07 0.09 0.11 0.07 0.21 0.10 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.07 0.05
C2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.06 0.02 0.05 0.01 0.06 0.12 0.08
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.08 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.07 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.04 0.03
C4 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.05 0.01 0.06 0.12 0.08
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.06 0.12 0.08
C5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.05 0.10 0.06
C8 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.02 0.04 0.03 0.05 0.12 0.08
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.11 0.07
N2 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.03 0.07 0.02 0.07 0.13 0.09
N3 0.03 0.01 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.03 0.06 0.01 0.06 0.12 0.08
N7 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.03 0.03 0.06 0.12 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02 0.04 0.11 0.07
O2' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.09 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.07 0.03 0.04
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.04 0.08 0.05 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.10 0.09 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.05 0.04 0.03 0.00 0.05 0.09 0.05
OP1 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.04 0.07 0.10 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01
OP2 0.07 0.12 0.02 0.04 0.12 0.02 0.12 0.02 0.10 0.12 0.11 0.13 0.12 0.12 0.11 0.03 0.09 0.07 0.02 0.09 0.00 0.00 0.01
P 0.05 0.08 0.01 0.03 0.08 0.01 0.08 0.01 0.06 0.08 0.07 0.09 0.08 0.07 0.07 0.04 0.06 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00