Doublet Group distance statistics: 48781

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
N1	A	0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N3	A	0, 0.002, 0.006, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C2	A	0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6	A	0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5	A	0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4	A	0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C1'	A	0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.010
O2	A	0, 0.003, 0.022, 0.041, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.019
O4	A	0, 0.008, 0.062, 0.116, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.062 std_dev=0.054
C3'	A	0, 0.044, 0.153, 0.262, 0.245 max_d=0.245 avg_d=0.153 std_dev=0.109
O3'	A	0, 0.031, 0.152, 0.272, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.152 std_dev=0.121
C2'	A	0, 0.055, 0.194, 0.334, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.194 std_dev=0.140
O4'	A	0, 0.057, 0.212, 0.366, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.212 std_dev=0.154
C4'	A	0, 0.078, 0.286, 0.495, 0.491 max_d=0.491 avg_d=0.286 std_dev=0.208
O2'	A	0, 0.086, 0.372, 0.658, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.372 std_dev=0.286
OP1	B	0, 0.122, 0.423, 0.724, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.423 std_dev=0.301
C5'	A	0, 0.147, 0.509, 0.872, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.509 std_dev=0.363
P	B	0, 0.153, 0.540, 0.926, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.540 std_dev=0.387
O5'	A	0, 0.162, 0.564, 0.966, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.564 std_dev=0.402
OP2	B	0, 0.176, 0.611, 1.046, 0.979 max_d=0.979 avg_d=0.611 std_dev=0.435
P	A	0, 0.237, 0.856, 1.476, 1.445 max_d=1.445 avg_d=0.856 std_dev=0.620
OP2	A	0, 0.258, 0.963, 1.669, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.963 std_dev=0.706
OP1	A	0, 0.273, 1.056, 1.840, 1.875 max_d=1.875 avg_d=1.056 std_dev=0.784
O5'	B	0, 0.194, 1.329, 2.464, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.329 std_dev=1.135
N7	B	0, 0.428, 1.762, 3.095, 3.225 max_d=3.225 avg_d=1.762 std_dev=1.333
C8	B	0, 0.369, 1.874, 3.379, 3.685 max_d=3.685 avg_d=1.874 std_dev=1.505
C5'	B	0, 0.025, 1.806, 3.587, 4.230 max_d=4.230 avg_d=1.806 std_dev=1.781
O6	B	0, 0.511, 2.459, 4.408, 4.765 max_d=4.765 avg_d=2.459 std_dev=1.948
C5	B	0, 0.367, 2.522, 4.677, 5.264 max_d=5.264 avg_d=2.522 std_dev=2.155
C6	B	0, 0.398, 2.805, 5.213, 5.879 max_d=5.879 avg_d=2.805 std_dev=2.407
N9	B	0, 0.216, 2.689, 5.161, 5.970 max_d=5.970 avg_d=2.689 std_dev=2.473
C4'	B	0, -0.078, 2.552, 5.183, 6.172 max_d=6.172 avg_d=2.552 std_dev=2.630
O4'	B	0, 0.066, 2.717, 5.367, 6.311 max_d=6.311 avg_d=2.717 std_dev=2.650
C4	B	0, 0.193, 3.088, 5.983, 6.960 max_d=6.960 avg_d=3.088 std_dev=2.895
C3'	B	0, -0.179, 2.818, 5.814, 6.968 max_d=6.968 avg_d=2.818 std_dev=2.997
C1'	B	0, 0.058, 3.123, 6.188, 7.288 max_d=7.288 avg_d=3.123 std_dev=3.065
N1	B	0, 0.232, 3.614, 6.995, 8.133 max_d=8.133 avg_d=3.614 std_dev=3.381
C2'	B	0, -0.070, 3.335, 6.739, 8.010 max_d=8.010 avg_d=3.335 std_dev=3.405
O3'	B	0, -0.424, 3.072, 6.568, 7.963 max_d=7.963 avg_d=3.072 std_dev=3.496
N3	B	0, 0.010, 3.896, 7.782, 9.201 max_d=9.201 avg_d=3.896 std_dev=3.886
C2	B	0, 0.036, 4.122, 8.208, 9.690 max_d=9.690 avg_d=4.122 std_dev=4.086
O2'	B	0, -0.250, 4.284, 8.819, 10.559 max_d=10.559 avg_d=4.284 std_dev=4.535
N2	B	0, -0.151, 4.897, 9.946, 11.846 max_d=11.846 avg_d=4.897 std_dev=5.049

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.07	0.01	0.00	0.04	0.03	0.07	0.05
C2	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.04	0.00	0.00	0.00	0.00	0.03	0.10	0.00	0.03	0.11	0.09	0.20	0.12
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.00	0.04	0.01	0.01	0.02	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.02	0.03	0.02
C3'	0.01	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.03	0.01	0.03	0.01	0.01	0.04	0.01	0.00	0.02	0.00	0.02	0.03	0.04	0.01
C4	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.04	0.00	0.09	0.00	0.00	0.00	0.01	0.06	0.08	0.00	0.04	0.18	0.20	0.33	0.23
C4'	0.00	0.02	0.01	0.00	0.04	0.00	0.07	0.00	0.07	0.03	0.02	0.05	0.01	0.01	0.05	0.00	0.01	0.02	0.01	0.01
C5	0.01	0.00	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.10	0.05	0.00	0.06	0.19	0.24	0.34	0.25
C5'	0.00	0.04	0.04	0.01	0.09	0.00	0.11	0.00	0.10	0.05	0.06	0.05	0.04	0.00	0.10	0.01	0.00	0.03	0.03	0.02
C6	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.07	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.00	0.10	0.04	0.00	0.06	0.17	0.20	0.27	0.21
N1	0.01	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.05	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.07	0.00	0.03	0.12	0.11	0.18	0.13
N3	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.03	0.10	0.00	0.02	0.14	0.13	0.27	0.17
O2	0.01	0.00	0.02	0.04	0.01	0.05	0.01	0.05	0.00	0.01	0.01	0.00	0.06	0.14	0.01	0.05	0.07	0.04	0.14	0.08
O2'	0.01	0.03	0.00	0.01	0.06	0.01	0.10	0.04	0.10	0.03	0.03	0.06	0.00	0.04	0.07	0.01	0.07	0.01	0.10	0.06
O3'	0.07	0.10	0.01	0.00	0.08	0.01	0.05	0.00	0.04	0.07	0.10	0.14	0.04	0.00	0.08	0.06	0.02	0.04	0.04	0.02
O4	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.05	0.00	0.10	0.00	0.00	0.00	0.01	0.07	0.08	0.00	0.05	0.19	0.23	0.37	0.26
O4'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.04	0.00	0.06	0.01	0.06	0.03	0.02	0.05	0.01	0.06	0.05	0.00	0.06	0.02	0.08	0.05
O5'	0.04	0.11	0.03	0.02	0.18	0.01	0.19	0.00	0.17	0.12	0.14	0.07	0.07	0.02	0.19	0.06	0.00	0.00	0.02	0.00
OP1	0.03	0.09	0.02	0.03	0.20	0.02	0.24	0.03	0.20	0.11	0.13	0.04	0.01	0.04	0.23	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00
OP2	0.07	0.20	0.03	0.04	0.33	0.01	0.34	0.03	0.27	0.18	0.27	0.14	0.10	0.04	0.37	0.08	0.02	0.00	0.00	0.00
P	0.05	0.12	0.02	0.01	0.23	0.01	0.25	0.02	0.21	0.13	0.17	0.08	0.06	0.02	0.26	0.05	0.00	0.00	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	1.81	1.48	2.57	2.11	1.30	1.49	0.78	1.00	0.66	0.78	1.05	1.71	1.65	0.42	1.34	2.94	2.00	1.31	0.88	0.27	0.07	0.25	0.02
C2	1.56	1.16	2.17	1.81	1.04	1.36	0.58	1.00	0.47	0.60	0.79	1.34	1.33	0.27	1.11	2.31	1.55	1.21	0.91	0.15	0.06	0.22	0.07
C2'	1.81	1.55	2.59	2.17	1.32	1.49	0.80	0.99	0.69	0.76	1.10	1.81	1.71	0.42	1.34	3.01	2.12	1.28	0.85	0.29	0.05	0.26	0.02
C3'	1.93	1.68	2.75	2.23	1.46	1.54	0.92	1.01	0.80	0.89	1.22	1.95	1.84	0.54	1.47	3.27	2.21	1.36	0.88	0.38	0.10	0.22	0.01
C4	1.69	1.41	2.07	1.94	1.20	1.64	0.73	1.31	0.67	0.63	1.03	1.64	1.56	0.35	1.20	2.12	1.70	1.47	1.03	0.35	0.02	0.15	0.22
C4'	2.20	2.00	2.99	2.40	1.74	1.74	1.17	1.15	1.06	1.11	1.52	2.28	2.15	0.74	1.73	3.61	2.39	1.61	0.97	0.61	0.07	0.23	0.06
C5	1.93	1.70	2.42	2.25	1.43	1.81	0.90	1.35	0.84	0.78	1.26	1.99	1.85	0.47	1.41	2.60	2.13	1.61	1.07	0.48	0.03	0.18	0.19
C5'	2.52	2.46	3.26	2.66	2.09	1.99	1.47	1.31	1.40	1.31	1.93	2.81	2.59	0.95	2.02	4.00	2.72	1.90	1.07	0.91	0.03	0.24	0.09
C6	1.98	1.72	2.59	2.32	1.46	1.77	0.92	1.28	0.84	0.83	1.27	2.00	1.88	0.50	1.46	2.87	2.22	1.58	1.05	0.45	0.05	0.21	0.13
N1	1.82	1.48	2.49	2.14	1.30	1.58	0.78	1.12	0.68	0.76	1.06	1.71	1.65	0.41	1.33	2.76	1.97	1.40	0.97	0.31	0.06	0.23	0.08
N3	1.51	1.15	1.97	1.73	1.01	1.41	0.57	1.13	0.49	0.55	0.79	1.33	1.30	0.25	1.06	2.00	1.42	1.27	0.98	0.19	0.04	0.17	0.17
O2	1.30	0.86	1.94	1.48	0.80	1.06	0.39	0.74	0.26	0.47	0.52	1.00	1.03	0.13	0.90	2.08	1.22	0.94	0.72	0.09	0.06	0.26	0.03
O2'	1.43	1.12	2.22	1.86	0.95	1.18	0.46	0.76	0.34	0.47	0.71	1.36	1.29	0.14	0.99	2.54	1.80	0.93	0.67	0.03	0.05	0.30	0.11
O3'	1.69	1.35	2.54	2.02	1.21	1.34	0.73	0.88	0.58	0.78	0.93	1.57	1.53	0.42	1.28	3.00	1.97	1.14	0.81	0.18	0.21	0.13	0.04
O4	1.54	1.33	1.75	1.69	1.10	1.57	0.66	1.31	0.63	0.54	0.97	1.56	1.45	0.30	1.08	1.71	1.42	1.43	0.97	0.34	0.01	0.10	0.27
O4'	2.17	1.89	2.93	2.37	1.67	1.74	1.12	1.17	1.00	1.07	1.43	2.15	2.06	0.70	1.69	3.46	2.30	1.63	1.00	0.57	0.06	0.23	0.08
O5'	2.48	2.46	3.19	2.67	2.04	1.99	1.41	1.30	1.36	1.21	1.92	2.85	2.58	0.87	1.95	3.89	2.75	1.87	1.03	0.88	0.07	0.32	0.02
OP1	2.80	3.03	3.47	2.88	2.46	2.20	1.81	1.43	1.81	1.50	2.45	3.50	3.09	1.19	2.29	4.32	3.04	2.13	1.13	1.31	0.05	0.25	0.09
OP2	2.53	2.70	3.14	2.69	2.14	2.04	1.49	1.30	1.50	1.18	2.12	3.18	2.77	0.88	1.98	3.85	2.84	1.93	0.98	1.01	0.22	0.41	0.06
P	2.70	2.86	3.35	2.83	2.32	2.16	1.66	1.40	1.65	1.36	2.27	3.32	2.94	1.04	2.17	4.14	2.98	2.08	1.09	1.15	0.11	0.32	0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	C8	N1	N2	N3	N7	N9	O2'	O3'	O4'	O5'	O6	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.03	0.02	0.02	0.04	0.04	0.02	0.04	0.05	0.06	0.01	0.00	0.04	0.24	0.01	0.09	0.03	0.06	0.32	0.15
C2	0.05	0.00	0.02	0.02	0.01	0.11	0.02	0.02	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.02	0.00	0.39	0.49	0.10	0.14	0.01	0.14	0.07	0.13
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.03	0.03	0.01	0.12	0.00	0.03	0.02	0.03	0.02	0.02	0.03	0.00	0.01	0.00	0.32	0.01	0.27	0.53	0.37
C3'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.17	0.01	0.31	0.01	0.26	0.49	0.13	0.11	0.04	0.48	0.26	0.00	0.00	0.02	0.04	0.33	0.07	0.03	0.02
C4	0.03	0.01	0.03	0.17	0.00	0.03	0.00	0.09	0.01	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.00	0.31	0.18	0.04	0.20	0.02	0.17	0.02	0.13
C4'	0.02	0.11	0.03	0.01	0.03	0.00	0.14	0.00	0.09	0.30	0.02	0.19	0.13	0.28	0.12	0.31	0.00	0.00	0.03	0.14	0.10	0.11	0.03
C5	0.02	0.02	0.01	0.31	0.00	0.14	0.00	0.24	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.00	0.01	0.37	0.05	0.01	0.38	0.01	0.35	0.23	0.32
C5'	0.04	0.02	0.12	0.01	0.09	0.00	0.24	0.00	0.22	0.36	0.10	0.10	0.06	0.39	0.13	0.17	0.18	0.02	0.01	0.29	0.13	0.05	0.01
C6	0.04	0.01	0.00	0.26	0.01	0.09	0.00	0.22	0.00	0.00	0.00	0.02	0.01	0.01	0.02	0.44	0.08	0.02	0.40	0.00	0.39	0.32	0.38
C8	0.02	0.02	0.03	0.49	0.01	0.30	0.00	0.36	0.00	0.00	0.01	0.03	0.01	0.00	0.00	0.19	0.34	0.10	0.43	0.01	0.33	0.08	0.27
N1	0.04	0.00	0.02	0.13	0.00	0.02	0.01	0.10	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.44	0.30	0.06	0.28	0.00	0.28	0.22	0.27
N2	0.05	0.01	0.03	0.11	0.02	0.19	0.03	0.10	0.02	0.03	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.37	0.66	0.12	0.07	0.02	0.08	0.03	0.07
N3	0.06	0.00	0.02	0.04	0.01	0.13	0.01	0.06	0.01	0.01	0.00	0.01	0.00	0.01	0.00	0.32	0.49	0.11	0.06	0.01	0.06	0.06	0.03
N7	0.01	0.02	0.02	0.48	0.01	0.28	0.00	0.39	0.01	0.00	0.01	0.03	0.01	0.00	0.00	0.30	0.31	0.08	0.53	0.01	0.46	0.32	0.43
N9	0.00	0.00	0.03	0.26	0.00	0.12	0.01	0.13	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.18	0.03	0.02	0.17	0.03	0.13	0.11	0.06
O2'	0.04	0.39	0.00	0.00	0.31	0.31	0.37	0.17	0.44	0.19	0.44	0.37	0.32	0.30	0.18	0.00	0.07	0.25	0.16	0.46	0.08	0.49	0.21
O3'	0.24	0.49	0.01	0.00	0.18	0.00	0.05	0.18	0.08	0.34	0.30	0.66	0.49	0.31	0.03	0.07	0.00	0.13	0.17	0.06	0.44	0.23	0.25
O4'	0.01	0.10	0.00	0.02	0.04	0.00	0.01	0.02	0.02	0.10	0.06	0.12	0.11	0.08	0.02	0.25	0.13	0.00	0.03	0.02	0.03	0.25	0.10
O5'	0.09	0.14	0.32	0.04	0.20	0.03	0.38	0.01	0.40	0.43	0.28	0.07	0.06	0.53	0.17	0.16	0.17	0.03	0.00	0.49	0.01	0.03	0.00
O6	0.03	0.01	0.01	0.33	0.02	0.14	0.01	0.29	0.00	0.01	0.00	0.02	0.01	0.01	0.03	0.46	0.06	0.02	0.49	0.00	0.50	0.46	0.49
OP1	0.06	0.14	0.27	0.07	0.17	0.10	0.35	0.13	0.39	0.33	0.28	0.08	0.06	0.46	0.13	0.08	0.44	0.03	0.01	0.50	0.00	0.01	0.01
OP2	0.32	0.07	0.53	0.03	0.02	0.11	0.23	0.05	0.32	0.08	0.22	0.03	0.06	0.32	0.11	0.49	0.23	0.25	0.03	0.46	0.01	0.00	0.01
P	0.15	0.13	0.37	0.02	0.13	0.03	0.32	0.01	0.38	0.27	0.27	0.07	0.03	0.43	0.06	0.21	0.25	0.10	0.00	0.49	0.01	0.01	0.00