ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48782

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4' A 0, 0.000, 0.048, 0.097, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.000, 0.054, 0.107, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C2' A 0, 0.000, 0.058, 0.117, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.058 std_dev=0.058
C5' A 0, 0.000, 0.112, 0.224, 0.224 max_d=0.224 avg_d=0.112 std_dev=0.112
C3' A 0, 0.000, 0.127, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.127 std_dev=0.127
O2' A 0, 0.000, 0.137, 0.273, 0.273 max_d=0.273 avg_d=0.137 std_dev=0.137
O5' A 0, 0.000, 0.205, 0.409, 0.409 max_d=0.409 avg_d=0.205 std_dev=0.205
O3' A 0, 0.000, 0.241, 0.481, 0.481 max_d=0.481 avg_d=0.241 std_dev=0.241
OP2 B 0, 0.000, 0.348, 0.695, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.348 std_dev=0.348
P A 0, 0.000, 0.360, 0.720, 0.720 max_d=0.720 avg_d=0.360 std_dev=0.360
P B 0, 0.000, 0.404, 0.807, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.404 std_dev=0.404
O5' B 0, 0.000, 0.404, 0.809, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.404 std_dev=0.404
C5' B 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
OP2 A 0, 0.000, 0.423, 0.846, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.423 std_dev=0.423
OP1 B 0, 0.000, 0.434, 0.868, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.434 std_dev=0.434
OP1 A 0, 0.000, 0.443, 0.885, 0.885 max_d=0.885 avg_d=0.443 std_dev=0.443
C4' B 0, 0.000, 0.458, 0.916, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.458 std_dev=0.458
O4' B 0, 0.000, 0.483, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.483 std_dev=0.483
C3' B 0, 0.000, 0.569, 1.138, 1.138 max_d=1.138 avg_d=0.569 std_dev=0.569
O3' B 0, 0.000, 0.583, 1.166, 1.166 max_d=1.166 avg_d=0.583 std_dev=0.583
C1' B 0, 0.000, 0.607, 1.215, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.607 std_dev=0.607
N9 B 0, 0.000, 0.640, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.640 std_dev=0.640
C8 B 0, 0.000, 0.645, 1.290, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.645 std_dev=0.645
C2' B 0, 0.000, 0.663, 1.326, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.663 std_dev=0.663
N7 B 0, 0.000, 0.664, 1.328, 1.328 max_d=1.328 avg_d=0.664 std_dev=0.664
C4 B 0, 0.000, 0.680, 1.360, 1.360 max_d=1.360 avg_d=0.680 std_dev=0.680
C5 B 0, 0.000, 0.685, 1.371, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.685 std_dev=0.685
N3 B 0, 0.000, 0.723, 1.447, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.723 std_dev=0.723
C6 B 0, 0.000, 0.727, 1.453, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.727 std_dev=0.727
O6 B 0, 0.000, 0.734, 1.467, 1.467 max_d=1.467 avg_d=0.734 std_dev=0.734
N1 B 0, 0.000, 0.776, 1.552, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.776 std_dev=0.776
C2 B 0, 0.000, 0.779, 1.558, 1.558 max_d=1.558 avg_d=0.779 std_dev=0.779
O2' B 0, 0.000, 0.788, 1.577, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.788 std_dev=0.788
N2 B 0, 0.000, 0.852, 1.703, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.852 std_dev=0.852

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03
C2 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C4 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.06 0.08 0.07
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.02 0.07 0.10 0.12 0.10
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02 0.07 0.09 0.11 0.10
N1 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.06
N3 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03
O3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.05 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
O4 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.02 0.04 0.07 0.08 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03
O5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.03 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.01 0.12 0.00 0.11 0.06 0.05 0.01 0.02 0.01 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.00 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.10 0.06 0.04 0.02 0.03 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.05 0.05 0.07 0.05 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.01 0.06 0.07 0.06 0.09 0.09 0.09
C2 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.09 0.08 0.01 0.04 0.03 0.08 0.08 0.07
C2' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.04 0.07 0.04 0.04 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.05 0.02 0.05 0.08 0.05 0.09 0.09 0.09
C3' 0.02 0.01 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03
C4 0.03 0.01 0.08 0.09 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.03
C4' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05
C5 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.04 0.02 0.02 0.06 0.05 0.03 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01
C5' 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02
C6 0.02 0.06 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03 0.06 0.03 0.06 0.05 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.02 0.06 0.04 0.03 0.03
N1 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.05 0.07 0.07 0.06
N3 0.04 0.02 0.08 0.09 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.11 0.11 0.01 0.01 0.01 0.05 0.04 0.02
O2 0.03 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.01 0.02 0.10 0.09 0.01 0.07 0.01 0.12 0.12 0.10
O2' 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.12 0.10 0.15 0.10 0.11 0.09 0.06 0.08 0.11 0.10 0.04 0.06 0.12 0.16 0.11 0.17 0.16 0.17
O3' 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02
O4 0.06 0.00 0.11 0.12 0.02 0.07 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.12 0.12 0.03 0.10 0.02 0.04 0.08 0.08
O4' 0.04 0.05 0.00 0.00 0.05 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.05 0.05 0.02 0.00 0.06 0.06 0.07 0.08 0.08 0.07
O5' 0.03 0.01 0.07 0.07 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.09 0.07 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.07 0.04 0.09 0.10 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.05 0.06 0.11 0.09 0.05 0.07 0.03 0.06 0.05 0.05
OP2 0.11 0.08 0.15 0.15 0.09 0.12 0.09 0.11 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.16 0.15 0.10 0.13 0.07 0.10 0.10 0.10
P 0.08 0.05 0.11 0.11 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.13 0.11 0.06 0.08 0.04 0.06 0.06 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00
N2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.04
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
O5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00
O6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00