ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48791

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 11, 13, 16, 10, 10, 0, 7, 20, 12, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.011, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.019, 0.030, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.019 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.013, 0.034, 0.054, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.034 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.031, 0.094, 0.157, 0.212 max_d=0.212 avg_d=0.094 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.070, 0.146, 0.222, 0.364 max_d=0.364 avg_d=0.146 std_dev=0.076
C2' A 0, 0.105, 0.202, 0.298, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.202 std_dev=0.097
C4' A 0, 0.063, 0.164, 0.265, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.164 std_dev=0.101
P B 0, 0.214, 0.355, 0.496, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.355 std_dev=0.141
C3' A 0, 0.018, 0.184, 0.350, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.184 std_dev=0.166
C5' B 0, 0.163, 0.352, 0.540, 0.910 max_d=0.910 avg_d=0.352 std_dev=0.189
C5' A 0, 0.162, 0.351, 0.539, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.351 std_dev=0.189
O2' A 0, 0.156, 0.354, 0.552, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.354 std_dev=0.198
O5' B 0, 0.230, 0.496, 0.761, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.496 std_dev=0.265
C4' B 0, 0.210, 0.477, 0.743, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.477 std_dev=0.267
O5' A 0, 0.070, 0.387, 0.704, 2.919 max_d=2.919 avg_d=0.387 std_dev=0.317
O3' A 0, -0.053, 0.308, 0.669, 2.921 max_d=2.921 avg_d=0.308 std_dev=0.361
OP2 B 0, 0.257, 0.638, 1.019, 1.510 max_d=1.510 avg_d=0.638 std_dev=0.381
OP1 B 0, 0.191, 0.682, 1.173, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.682 std_dev=0.491
P A 0, 0.033, 0.563, 1.093, 4.547 max_d=4.547 avg_d=0.563 std_dev=0.530
O4' B 0, 0.224, 0.784, 1.343, 1.913 max_d=1.913 avg_d=0.784 std_dev=0.559
C3' B 0, 0.131, 0.987, 1.843, 2.311 max_d=2.311 avg_d=0.987 std_dev=0.856
OP2 A 0, 0.131, 1.015, 1.898, 5.322 max_d=5.322 avg_d=1.015 std_dev=0.883
O2' B 0, 0.167, 1.078, 1.990, 4.855 max_d=4.855 avg_d=1.078 std_dev=0.911
C1' B 0, 0.188, 1.167, 2.147, 2.832 max_d=2.832 avg_d=1.167 std_dev=0.979
C2' B 0, 0.162, 1.200, 2.237, 3.010 max_d=3.010 avg_d=1.200 std_dev=1.037
O3' B 0, 0.065, 1.231, 2.398, 2.991 max_d=2.991 avg_d=1.231 std_dev=1.166
C6 B 0, 0.124, 1.403, 2.682, 3.587 max_d=3.587 avg_d=1.403 std_dev=1.279
N1 B 0, 0.136, 1.519, 2.902, 3.769 max_d=3.769 avg_d=1.519 std_dev=1.383
OP1 A 0, 0.027, 1.572, 3.117, 5.464 max_d=5.464 avg_d=1.572 std_dev=1.545
C5 B 0, 0.094, 1.723, 3.352, 4.428 max_d=4.428 avg_d=1.723 std_dev=1.629
C2 B 0, 0.116, 1.993, 3.870, 4.847 max_d=4.847 avg_d=1.993 std_dev=1.877
O2 B 0, 0.148, 2.115, 4.083, 4.987 max_d=4.987 avg_d=2.115 std_dev=1.967
C4 B 0, 0.052, 2.185, 4.318, 5.523 max_d=5.523 avg_d=2.185 std_dev=2.133
N3 B 0, 0.077, 2.320, 4.562, 5.708 max_d=5.708 avg_d=2.320 std_dev=2.242
N4 B 0, 0.020, 2.526, 5.033, 6.415 max_d=6.415 avg_d=2.526 std_dev=2.506

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.11 0.01 0.00 0.13 0.31 0.14 0.15
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.12 0.01 0.03 0.17 0.76 0.24 0.27
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.04 0.07 0.00 0.02 0.06 0.01 0.19 0.24 0.36 0.18
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.10 0.01 0.10 0.05 0.05 0.05 0.01 0.01 0.09 0.01 0.11 0.42 0.22 0.16
C4 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.06 0.00 0.02 0.22 1.18 0.41 0.42
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.08 0.03 0.04 0.00 0.01 0.31 0.23 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.03 0.24 1.20 0.44 0.44
C5' 0.03 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.04 0.04 0.06 0.08 0.01 0.01 0.37 0.38 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.01 0.03 0.23 0.97 0.36 0.38
N1 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.07 0.01 0.01 0.18 0.70 0.25 0.27
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.09 0.01 0.02 0.20 0.99 0.32 0.35
O2 0.02 0.00 0.07 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.18 0.01 0.06 0.13 0.59 0.17 0.21
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.11 0.08 0.12 0.04 0.11 0.06 0.09 0.11 0.00 0.05 0.13 0.05 0.13 0.23 0.47 0.13
O3' 0.11 0.12 0.02 0.01 0.06 0.03 0.06 0.06 0.05 0.07 0.09 0.18 0.05 0.00 0.05 0.11 0.07 0.54 0.17 0.19
O4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.05 0.00 0.03 0.23 1.28 0.44 0.44
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05 0.11 0.03 0.00 0.09 0.14 0.29 0.12
O5' 0.13 0.17 0.19 0.11 0.22 0.01 0.24 0.01 0.23 0.18 0.20 0.13 0.13 0.07 0.23 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.31 0.76 0.24 0.42 1.18 0.31 1.20 0.37 0.97 0.70 0.99 0.59 0.23 0.54 1.28 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.24 0.36 0.22 0.41 0.23 0.44 0.38 0.36 0.25 0.32 0.17 0.47 0.17 0.44 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.15 0.27 0.18 0.16 0.42 0.04 0.44 0.01 0.38 0.27 0.35 0.21 0.13 0.19 0.44 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.44 0.70 0.84 0.39 0.32 0.34 0.19 0.32 0.37 0.44 0.39 0.49 0.59 1.22 0.13 0.31 0.23 0.30 0.17
C2 0.35 0.46 0.64 0.76 0.43 0.29 0.37 0.16 0.36 0.40 0.46 0.43 0.49 0.49 1.00 0.15 0.33 0.21 0.32 0.17
C2' 0.49 0.63 0.85 0.93 0.56 0.40 0.48 0.23 0.46 0.53 0.63 0.57 0.69 0.75 1.30 0.25 0.36 0.19 0.34 0.20
C3' 0.39 0.49 0.77 0.88 0.43 0.37 0.37 0.23 0.36 0.42 0.49 0.43 0.56 0.69 1.27 0.18 0.34 0.24 0.31 0.20
C4 0.58 0.83 0.80 0.78 0.84 0.29 0.72 0.14 0.65 0.70 0.89 0.88 0.86 0.61 0.80 0.30 0.37 0.12 0.45 0.18
C4' 0.33 0.43 0.74 0.87 0.37 0.32 0.31 0.19 0.30 0.36 0.43 0.37 0.49 0.65 1.28 0.13 0.30 0.24 0.29 0.16
C5 0.65 0.93 0.93 0.90 0.92 0.34 0.78 0.15 0.70 0.78 0.99 0.97 0.98 0.73 1.00 0.33 0.40 0.09 0.45 0.18
C5' 0.50 0.66 0.92 0.99 0.59 0.39 0.49 0.21 0.46 0.55 0.67 0.61 0.74 0.82 1.37 0.20 0.36 0.21 0.35 0.18
C6 0.59 0.82 0.91 0.94 0.79 0.36 0.66 0.17 0.61 0.68 0.85 0.81 0.87 0.74 1.16 0.28 0.39 0.10 0.41 0.18
N1 0.44 0.59 0.77 0.87 0.55 0.33 0.47 0.17 0.44 0.50 0.60 0.56 0.64 0.62 1.17 0.19 0.35 0.18 0.35 0.17
N3 0.44 0.60 0.67 0.71 0.58 0.27 0.51 0.14 0.47 0.51 0.62 0.60 0.62 0.49 0.81 0.21 0.35 0.10 0.38 0.17
O2 0.20 0.22 0.47 0.64 0.20 0.26 0.19 0.19 0.20 0.20 0.21 0.19 0.25 0.37 0.93 0.12 0.28 0.33 0.25 0.18
O2' 0.52 0.62 0.83 0.90 0.57 0.44 0.50 0.28 0.49 0.55 0.62 0.57 0.67 0.78 1.27 0.31 0.39 0.19 0.35 0.24
O3' 0.24 0.26 0.56 0.73 0.25 0.33 0.25 0.28 0.25 0.25 0.25 0.25 0.28 0.50 1.15 0.19 0.34 0.36 0.33 0.27
O4 0.60 0.89 0.76 0.66 0.94 0.25 0.81 0.15 0.71 0.75 0.97 0.99 0.91 0.58 0.57 0.32 0.35 0.23 0.48 0.18
O4' 0.30 0.40 0.70 0.83 0.35 0.29 0.29 0.17 0.28 0.33 0.40 0.35 0.45 0.59 1.23 0.11 0.29 0.25 0.28 0.15
O5' 0.72 0.97 1.11 1.13 0.92 0.53 0.79 0.32 0.73 0.82 1.00 0.96 1.04 0.99 1.46 0.40 0.52 0.28 0.53 0.32
OP1 1.44 1.87 1.84 1.85 1.96 1.11 1.78 0.90 1.63 1.67 2.00 2.07 1.89 1.56 2.08 1.02 1.29 1.02 1.48 1.13
OP2 0.36 0.63 0.61 0.61 0.69 0.24 0.59 0.28 0.49 0.50 0.72 0.77 0.66 0.47 0.79 0.25 0.31 0.29 0.45 0.28
P 0.87 1.20 1.25 1.23 1.20 0.60 1.04 0.39 0.94 1.02 1.27 1.26 1.26 1.08 1.49 0.51 0.65 0.39 0.73 0.47

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.07 0.00 0.06 0.08 0.11 0.07
C2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.06 0.07 0.08 0.13 0.09
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.07 0.05 0.08 0.03 0.06 0.05 0.13 0.00 0.02 0.01 0.11 0.16 0.16 0.13
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.13 0.00 0.16 0.02 0.15 0.08 0.10 0.14 0.09 0.02 0.01 0.01 0.03 0.11 0.06 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.13 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.15 0.02 0.07 0.10 0.14 0.10
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.03 0.05 0.08 0.09 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.08 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.19 0.05 0.10 0.11 0.15 0.12
C5' 0.03 0.06 0.05 0.02 0.05 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.05 0.06 0.10 0.06 0.05 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.06 0.09 0.08 0.12 0.09
N1 0.01 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.05 0.06 0.12 0.07
N3 0.01 0.00 0.06 0.10 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.05 0.06 0.08 0.14 0.09
N4 0.01 0.01 0.05 0.14 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.17 0.02 0.08 0.11 0.16 0.11
O2 0.03 0.01 0.13 0.09 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.16 0.13 0.11 0.10 0.11 0.14 0.11
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.08 0.09 0.12 0.06 0.13 0.05 0.07 0.09 0.16 0.00 0.03 0.07 0.08 0.14 0.16 0.11
O3' 0.07 0.09 0.02 0.01 0.15 0.03 0.19 0.05 0.16 0.08 0.11 0.17 0.13 0.03 0.00 0.05 0.06 0.15 0.12 0.09
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.11 0.07 0.05 0.00 0.04 0.05 0.09 0.06
O5' 0.06 0.07 0.11 0.03 0.07 0.01 0.10 0.01 0.09 0.05 0.06 0.08 0.10 0.08 0.06 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.08 0.16 0.11 0.10 0.06 0.11 0.06 0.08 0.06 0.08 0.11 0.11 0.14 0.15 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.13 0.16 0.06 0.14 0.03 0.15 0.02 0.12 0.12 0.14 0.16 0.14 0.16 0.12 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.09 0.13 0.05 0.10 0.02 0.12 0.01 0.09 0.07 0.09 0.11 0.11 0.11 0.09 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00