ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48792

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 11, 15, 10, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.010, 0.019, 0.029, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.019 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.023, 0.047, 0.071, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.047 std_dev=0.024
C2' A 0, 0.028, 0.078, 0.127, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.078 std_dev=0.049
O4 A 0, 0.030, 0.085, 0.139, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.085 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.029, 0.084, 0.139, 0.272 max_d=0.272 avg_d=0.084 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.055, 0.138, 0.221, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.138 std_dev=0.083
C3' A 0, 0.033, 0.118, 0.203, 0.376 max_d=0.376 avg_d=0.118 std_dev=0.085
O2' A 0, 0.084, 0.173, 0.262, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.173 std_dev=0.089
O5' B 0, 0.126, 0.245, 0.364, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.245 std_dev=0.119
O3' A 0, 0.043, 0.163, 0.282, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.163 std_dev=0.120
P B 0, 0.139, 0.262, 0.384, 0.512 max_d=0.512 avg_d=0.262 std_dev=0.122
OP1 B 0, 0.149, 0.272, 0.395, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.272 std_dev=0.123
C3' B 0, 0.110, 0.238, 0.366, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.238 std_dev=0.128
OP2 B 0, 0.142, 0.273, 0.404, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.273 std_dev=0.131
C5' B 0, 0.140, 0.272, 0.405, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.272 std_dev=0.133
C5' A 0, 0.082, 0.215, 0.348, 0.596 max_d=0.596 avg_d=0.215 std_dev=0.133
C4' B 0, 0.137, 0.274, 0.411, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.274 std_dev=0.137
C2' B 0, 0.116, 0.253, 0.391, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.253 std_dev=0.138
O2' B 0, 0.152, 0.298, 0.445, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.298 std_dev=0.147
O5' A 0, 0.097, 0.247, 0.397, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.247 std_dev=0.150
O4' B 0, 0.154, 0.308, 0.462, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.308 std_dev=0.154
O3' B 0, 0.109, 0.266, 0.423, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.266 std_dev=0.157
C1' B 0, 0.133, 0.293, 0.453, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.293 std_dev=0.160
N1 B 0, 0.134, 0.314, 0.494, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.314 std_dev=0.180
P A 0, 0.119, 0.311, 0.504, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.311 std_dev=0.193
C2 B 0, 0.164, 0.364, 0.565, 0.875 max_d=0.875 avg_d=0.364 std_dev=0.200
C6 B 0, 0.136, 0.337, 0.539, 0.966 max_d=0.966 avg_d=0.337 std_dev=0.202
OP2 A 0, 0.121, 0.335, 0.550, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.335 std_dev=0.215
N3 B 0, 0.164, 0.384, 0.603, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.384 std_dev=0.220
OP1 A 0, 0.116, 0.338, 0.559, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.338 std_dev=0.221
O2 B 0, 0.209, 0.436, 0.662, 0.982 max_d=0.982 avg_d=0.436 std_dev=0.227
C5 B 0, 0.154, 0.387, 0.620, 1.134 max_d=1.134 avg_d=0.387 std_dev=0.233
C4 B 0, 0.151, 0.387, 0.622, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.387 std_dev=0.235
N4 B 0, 0.164, 0.438, 0.711, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.438 std_dev=0.274

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.07 0.04
C2 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.04 0.07 0.08 0.08 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.06 0.07 0.04
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.07 0.10 0.02 0.01 0.07 0.01 0.03 0.06 0.06 0.04
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.08 0.09 0.11 0.09
C4' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.05 0.09 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.02 0.07 0.07 0.11 0.08
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.07 0.10 0.04 0.02 0.08 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.03 0.06 0.07 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.04 0.05 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.08 0.01 0.03 0.09 0.10 0.11 0.09
O2 0.02 0.00 0.05 0.10 0.01 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.11 0.01 0.06 0.11 0.12 0.10 0.11
O2' 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.04 0.07 0.07 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.07 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.08 0.11 0.05 0.00 0.07 0.01 0.04 0.07 0.07 0.05
O4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.10 0.11 0.14 0.11
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.04 0.01 0.03 0.00 0.04 0.05 0.07 0.05
O5' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.08 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.09 0.11 0.04 0.04 0.10 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.05 0.08 0.06 0.06 0.09 0.04 0.07 0.04 0.07 0.05 0.10 0.12 0.07 0.07 0.11 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.08 0.07 0.06 0.11 0.03 0.11 0.02 0.10 0.07 0.11 0.10 0.07 0.07 0.14 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.04 0.04 0.09 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.09 0.11 0.04 0.05 0.11 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.10 0.07 0.09 0.10 0.10 0.14 0.09
C2 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.12 0.08 0.09 0.10 0.10 0.13 0.09
C2' 0.07 0.08 0.08 0.07 0.08 0.09 0.09 0.12 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.07 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10
C3' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.09 0.07 0.10 0.12 0.12 0.14 0.11
C4 0.07 0.08 0.08 0.07 0.10 0.11 0.11 0.14 0.11 0.08 0.09 0.11 0.09 0.12 0.05 0.10 0.13 0.11 0.15 0.12
C4' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.11 0.11 0.14 0.11
C5 0.09 0.10 0.09 0.09 0.11 0.12 0.12 0.14 0.12 0.09 0.11 0.12 0.11 0.12 0.08 0.10 0.13 0.11 0.16 0.12
C5' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.13 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.11 0.12 0.12 0.14 0.11
C6 0.08 0.10 0.08 0.09 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.09 0.10 0.12 0.11 0.11 0.08 0.10 0.12 0.11 0.15 0.11
N1 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.09 0.11 0.07 0.09 0.10 0.10 0.14 0.10
N3 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.10 0.13 0.10 0.08 0.08 0.10 0.09 0.12 0.07 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10
O2 0.09 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.10 0.12 0.09 0.09 0.09 0.09 0.10 0.13 0.11 0.10 0.09 0.11 0.13 0.09
O2' 0.07 0.08 0.09 0.07 0.09 0.09 0.09 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.12 0.08 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10
O3' 0.09 0.09 0.09 0.08 0.10 0.10 0.11 0.13 0.11 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.07 0.10 0.13 0.13 0.15 0.13
O4 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.14 0.13 0.16 0.13 0.11 0.10 0.12 0.10 0.14 0.09 0.13 0.16 0.12 0.15 0.14
O4' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.14 0.10
O5' 0.09 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.10 0.13 0.10 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.07 0.10 0.11 0.13 0.14 0.12
OP1 0.10 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.12 0.14 0.12 0.11 0.11 0.11 0.10 0.08 0.08 0.12 0.12 0.15 0.15 0.13
OP2 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.13 0.13 0.14 0.13 0.12 0.13 0.13 0.13 0.11 0.11 0.13 0.13 0.15 0.15 0.13
P 0.10 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.10 0.08 0.08 0.11 0.11 0.14 0.14 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.06 0.06 0.05
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.04 0.03 0.05 0.06 0.07 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.03 0.06 0.00 0.01 0.00 0.07 0.09 0.10 0.08
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.07 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02 0.06 0.07 0.11 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.03 0.03 0.07 0.08 0.12 0.08
C5' 0.02 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.07 0.07 0.10 0.07
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.06 0.06 0.07 0.06
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02 0.05 0.06 0.09 0.06
N4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.06 0.08 0.12 0.08
O2 0.02 0.00 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.05 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.06 0.07 0.11 0.00 0.04 0.02 0.08 0.11 0.15 0.11
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.04 0.00 0.03 0.04 0.07 0.07 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.03 0.00 0.05 0.06 0.05 0.05
O5' 0.05 0.05 0.07 0.05 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.06 0.06 0.09 0.07 0.07 0.04 0.08 0.04 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.11 0.07 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.07 0.10 0.07 0.11 0.02 0.12 0.01 0.10 0.07 0.09 0.12 0.06 0.15 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.05 0.08 0.05 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.11 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00