ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48793

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 7, 11, 12, 0, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.004, 0.008, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.005, 0.009, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.010, 0.020, 0.029, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.009
O4 A 0, 0.014, 0.047, 0.080, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.047 std_dev=0.033
O3' A 0, 0.043, 0.109, 0.176, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.109 std_dev=0.067
C2' A 0, 0.025, 0.094, 0.164, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.094 std_dev=0.069
C3' A 0, 0.039, 0.111, 0.183, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.111 std_dev=0.072
O4' A 0, 0.014, 0.086, 0.159, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.086 std_dev=0.073
C4' A 0, 0.021, 0.113, 0.205, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.113 std_dev=0.092
O2' A 0, 0.042, 0.156, 0.270, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.156 std_dev=0.114
O5' A 0, 0.074, 0.208, 0.342, 0.577 max_d=0.577 avg_d=0.208 std_dev=0.134
C5' A 0, 0.051, 0.193, 0.335, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.193 std_dev=0.142
OP2 B 0, 0.068, 0.214, 0.361, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.214 std_dev=0.147
P A 0, 0.085, 0.247, 0.409, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.247 std_dev=0.162
P B 0, 0.113, 0.298, 0.483, 0.900 max_d=0.900 avg_d=0.298 std_dev=0.185
OP2 A 0, 0.136, 0.330, 0.524, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.330 std_dev=0.194
OP1 B 0, 0.166, 0.388, 0.610, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.388 std_dev=0.222
OP1 A 0, 0.145, 0.373, 0.601, 0.930 max_d=0.930 avg_d=0.373 std_dev=0.228
O5' B 0, 0.147, 0.377, 0.607, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.377 std_dev=0.230
C5 B 0, 0.208, 0.439, 0.670, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.439 std_dev=0.231
C6 B 0, 0.221, 0.459, 0.697, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.459 std_dev=0.238
N4 B 0, 0.178, 0.438, 0.699, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.438 std_dev=0.261
C4 B 0, 0.180, 0.443, 0.705, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.443 std_dev=0.262
N1 B 0, 0.206, 0.480, 0.754, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.480 std_dev=0.274
O4' B 0, 0.206, 0.491, 0.775, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.491 std_dev=0.285
C5' B 0, 0.184, 0.471, 0.758, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.471 std_dev=0.287
C1' B 0, 0.213, 0.503, 0.792, 1.488 max_d=1.488 avg_d=0.503 std_dev=0.289
N3 B 0, 0.172, 0.467, 0.763, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.467 std_dev=0.295
C4' B 0, 0.196, 0.498, 0.800, 1.619 max_d=1.619 avg_d=0.498 std_dev=0.302
C2 B 0, 0.185, 0.490, 0.796, 1.486 max_d=1.486 avg_d=0.490 std_dev=0.306
C3' B 0, 0.185, 0.495, 0.805, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.495 std_dev=0.310
C2' B 0, 0.206, 0.517, 0.827, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.517 std_dev=0.310
O2' B 0, 0.235, 0.565, 0.895, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.565 std_dev=0.330
O3' B 0, 0.188, 0.533, 0.877, 1.837 max_d=1.837 avg_d=0.533 std_dev=0.344
O2 B 0, 0.194, 0.538, 0.882, 1.652 max_d=1.652 avg_d=0.538 std_dev=0.344

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.27 0.03 0.09
C2 0.01 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.07 0.32 0.08 0.12
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.18 0.12 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.12 0.16 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.11 0.33 0.15 0.16
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.15 0.05 0.03
C5 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.12 0.33 0.17 0.16
C5' 0.02 0.05 0.04 0.02 0.08 0.00 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.03 0.10 0.33 0.13 0.14
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.31 0.08 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.03 0.09 0.33 0.11 0.14
O2 0.01 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.01 0.05 0.05 0.31 0.05 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.05 0.02 0.06 0.12 0.00 0.03 0.04 0.01 0.09 0.18 0.17 0.10
O3' 0.03 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.13 0.17 0.05
O4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.12 0.33 0.18 0.17
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.03 0.02 0.00 0.03 0.30 0.08 0.13
O5' 0.04 0.07 0.07 0.05 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.09 0.05 0.09 0.04 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.27 0.32 0.18 0.12 0.33 0.15 0.33 0.05 0.33 0.31 0.33 0.31 0.18 0.13 0.33 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.08 0.12 0.16 0.15 0.05 0.17 0.03 0.13 0.08 0.11 0.05 0.17 0.17 0.18 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.12 0.07 0.06 0.16 0.03 0.16 0.00 0.14 0.12 0.14 0.11 0.10 0.05 0.17 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.11 0.09 0.07 0.13 0.07 0.11 0.06 0.10 0.10 0.12 0.14 0.11 0.08 0.07 0.10 0.06 0.09 0.08 0.06
C2 0.09 0.11 0.09 0.07 0.14 0.06 0.13 0.06 0.11 0.10 0.13 0.16 0.11 0.08 0.07 0.09 0.06 0.08 0.09 0.06
C2' 0.11 0.11 0.10 0.09 0.11 0.09 0.11 0.08 0.10 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.11 0.07 0.15 0.11 0.09
C3' 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.09 0.09 0.10 0.06 0.13 0.09 0.07
C4 0.11 0.09 0.10 0.10 0.10 0.12 0.09 0.14 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.10 0.10 0.14 0.15 0.14 0.16 0.15
C4' 0.10 0.10 0.08 0.07 0.11 0.08 0.10 0.07 0.10 0.10 0.11 0.13 0.10 0.09 0.07 0.11 0.07 0.08 0.08 0.07
C5 0.12 0.11 0.11 0.11 0.11 0.12 0.10 0.13 0.11 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.11 0.14 0.14 0.12 0.14 0.13
C5' 0.13 0.14 0.11 0.10 0.14 0.12 0.13 0.11 0.13 0.13 0.14 0.15 0.14 0.12 0.09 0.14 0.12 0.09 0.08 0.10
C6 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.12 0.10 0.09 0.08 0.12 0.10 0.09 0.11 0.09
N1 0.09 0.10 0.08 0.07 0.12 0.07 0.10 0.06 0.09 0.09 0.11 0.14 0.10 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.09 0.07
N3 0.08 0.10 0.08 0.07 0.13 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.12 0.15 0.10 0.07 0.07 0.10 0.10 0.11 0.13 0.11
O2 0.12 0.14 0.12 0.11 0.17 0.09 0.16 0.07 0.14 0.14 0.16 0.18 0.14 0.11 0.10 0.11 0.07 0.09 0.08 0.07
O2' 0.16 0.14 0.15 0.14 0.14 0.15 0.14 0.15 0.15 0.15 0.14 0.14 0.14 0.15 0.15 0.16 0.14 0.24 0.15 0.16
O3' 0.12 0.12 0.11 0.10 0.13 0.09 0.12 0.08 0.12 0.12 0.13 0.14 0.12 0.11 0.10 0.12 0.07 0.14 0.09 0.08
O4 0.14 0.11 0.12 0.14 0.10 0.17 0.11 0.19 0.13 0.12 0.10 0.12 0.11 0.13 0.14 0.19 0.20 0.18 0.18 0.19
O4' 0.10 0.10 0.09 0.08 0.11 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.14 0.10 0.09 0.08 0.11 0.10 0.10 0.08 0.09
O5' 0.14 0.14 0.12 0.11 0.15 0.12 0.14 0.11 0.14 0.14 0.15 0.16 0.15 0.12 0.10 0.15 0.12 0.10 0.10 0.10
OP1 0.25 0.25 0.27 0.27 0.24 0.26 0.25 0.26 0.25 0.25 0.24 0.23 0.24 0.27 0.28 0.25 0.25 0.30 0.34 0.28
OP2 0.13 0.17 0.13 0.11 0.18 0.09 0.15 0.07 0.14 0.14 0.18 0.20 0.17 0.13 0.11 0.11 0.07 0.10 0.12 0.08
P 0.12 0.13 0.12 0.11 0.13 0.10 0.12 0.09 0.12 0.12 0.14 0.14 0.13 0.12 0.12 0.11 0.08 0.13 0.16 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.06 0.07 0.11 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.08 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.07 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.09 0.08 0.15 0.09
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.08 0.15 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.04 0.07 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.08 0.07 0.13 0.08
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.06 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.07 0.07 0.13 0.08
N4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.09 0.09 0.16 0.10
O2 0.01 0.00 0.07 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.07 0.10 0.02 0.05 0.07 0.10 0.07
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.07 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.06 0.04
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.05 0.03 0.07 0.07 0.10 0.02 0.00 0.01 0.06 0.04 0.08 0.06
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.09 0.06 0.07
O5' 0.02 0.06 0.03 0.04 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.09 0.05 0.03 0.06 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.07 0.04 0.02 0.08 0.04 0.08 0.02 0.07 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.04 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.11 0.08 0.07 0.15 0.02 0.15 0.03 0.13 0.10 0.13 0.16 0.10 0.06 0.08 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.05 0.05 0.09 0.03 0.10 0.00 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07 0.04 0.06 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00