ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48794

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 9, 9, 6, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.011, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.006, 0.017, 0.027, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.003, 0.014, 0.026, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.010, 0.037, 0.065, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.037 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.025, 0.066, 0.108, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.066 std_dev=0.041
P B 0, 0.060, 0.274, 0.488, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.274 std_dev=0.214
OP2 B 0, 0.094, 0.315, 0.536, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.315 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.007, 0.292, 0.578, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.292 std_dev=0.285
O4' A 0, -0.194, 0.180, 0.554, 2.254 max_d=2.254 avg_d=0.180 std_dev=0.374
C2' A 0, -0.176, 0.216, 0.608, 2.383 max_d=2.383 avg_d=0.216 std_dev=0.392
O5' B 0, -0.053, 0.395, 0.844, 1.911 max_d=1.911 avg_d=0.395 std_dev=0.449
C4' A 0, -0.135, 0.331, 0.797, 2.684 max_d=2.684 avg_d=0.331 std_dev=0.466
C5' B 0, -0.143, 0.419, 0.980, 2.687 max_d=2.687 avg_d=0.419 std_dev=0.562
O2' A 0, -0.186, 0.400, 0.986, 3.137 max_d=3.137 avg_d=0.400 std_dev=0.586
C3' A 0, -0.246, 0.384, 1.014, 3.385 max_d=3.385 avg_d=0.384 std_dev=0.630
O3' B 0, -0.172, 0.622, 1.416, 3.143 max_d=3.143 avg_d=0.622 std_dev=0.794
C4' B 0, -0.299, 0.515, 1.328, 3.172 max_d=3.172 avg_d=0.515 std_dev=0.814
C5' A 0, -0.302, 0.557, 1.417, 5.194 max_d=5.194 avg_d=0.557 std_dev=0.860
C3' B 0, -0.321, 0.573, 1.467, 3.715 max_d=3.715 avg_d=0.573 std_dev=0.894
O3' A 0, -0.335, 0.606, 1.548, 4.482 max_d=4.482 avg_d=0.606 std_dev=0.942
O4' B 0, -0.444, 0.694, 1.831, 4.265 max_d=4.265 avg_d=0.694 std_dev=1.138
O5' A 0, -0.549, 0.635, 1.819, 7.189 max_d=7.189 avg_d=0.635 std_dev=1.184
C2' B 0, -0.446, 0.814, 2.074, 5.229 max_d=5.229 avg_d=0.814 std_dev=1.260
C1' B 0, -0.510, 0.871, 2.251, 5.471 max_d=5.471 avg_d=0.871 std_dev=1.381
C6 B 0, -0.431, 1.003, 2.437, 5.821 max_d=5.821 avg_d=1.003 std_dev=1.434
N1 B 0, -0.533, 0.996, 2.525, 5.874 max_d=5.874 avg_d=0.996 std_dev=1.529
P A 0, -0.626, 0.917, 2.461, 9.561 max_d=9.561 avg_d=0.917 std_dev=1.543
C5 B 0, -0.452, 1.139, 2.731, 6.231 max_d=6.231 avg_d=1.139 std_dev=1.591
O2' B 0, -0.523, 1.097, 2.718, 6.850 max_d=6.850 avg_d=1.097 std_dev=1.621
OP1 A 0, -0.742, 0.888, 2.517, 10.026 max_d=10.026 avg_d=0.888 std_dev=1.629
C2 B 0, -0.674, 1.146, 2.966, 7.480 max_d=7.480 avg_d=1.146 std_dev=1.820
C4 B 0, -0.601, 1.275, 3.151, 7.434 max_d=7.434 avg_d=1.275 std_dev=1.876
OP2 A 0, -0.625, 1.299, 3.224, 11.912 max_d=11.912 avg_d=1.299 std_dev=1.925
O2 B 0, -0.752, 1.183, 3.118, 8.476 max_d=8.476 avg_d=1.183 std_dev=1.935
N3 B 0, -0.712, 1.282, 3.275, 8.460 max_d=8.460 avg_d=1.282 std_dev=1.993
N4 B 0, -0.638, 1.433, 3.504, 8.568 max_d=8.568 avg_d=1.433 std_dev=2.071

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.17 0.02 0.00 0.10 0.05 0.33 0.06
C2 0.02 0.00 0.08 0.12 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.20 0.01 0.05 0.31 0.26 0.61 0.33
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.08 0.07 0.10 0.02 0.05 0.16 0.00 0.02 0.04 0.02 0.11 0.07 0.29 0.06
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.18 0.01 0.27 0.01 0.27 0.11 0.12 0.26 0.02 0.01 0.18 0.03 0.14 0.15 0.23 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.18 0.00 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.09 0.00 0.04 0.22 0.13 0.65 0.26
C4' 0.02 0.07 0.02 0.01 0.09 0.00 0.16 0.01 0.16 0.06 0.06 0.15 0.19 0.03 0.10 0.01 0.02 0.09 0.19 0.08
C5 0.01 0.01 0.08 0.27 0.01 0.16 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.20 0.01 0.06 0.18 0.16 0.58 0.16
C5' 0.02 0.11 0.07 0.01 0.15 0.01 0.24 0.00 0.23 0.08 0.11 0.22 0.12 0.12 0.16 0.03 0.01 0.07 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.27 0.01 0.16 0.01 0.23 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.21 0.01 0.07 0.17 0.17 0.51 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.10 0.02 0.02 0.17 0.08 0.48 0.16
N3 0.02 0.00 0.05 0.12 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.13 0.01 0.04 0.31 0.25 0.69 0.36
O2 0.03 0.00 0.16 0.26 0.01 0.15 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.37 0.01 0.08 0.42 0.41 0.67 0.44
O2' 0.02 0.14 0.00 0.02 0.21 0.19 0.20 0.12 0.16 0.12 0.19 0.11 0.00 0.05 0.23 0.12 0.25 0.26 0.13 0.33
O3' 0.17 0.20 0.02 0.01 0.09 0.03 0.20 0.12 0.21 0.10 0.13 0.37 0.05 0.00 0.09 0.08 0.10 0.39 0.12 0.28
O4 0.02 0.01 0.04 0.18 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.23 0.09 0.00 0.05 0.24 0.15 0.70 0.30
O4' 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.03 0.07 0.02 0.04 0.08 0.12 0.08 0.05 0.00 0.09 0.06 0.34 0.07
O5' 0.10 0.31 0.11 0.14 0.22 0.02 0.18 0.01 0.17 0.17 0.31 0.42 0.25 0.10 0.24 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.05 0.26 0.07 0.15 0.13 0.09 0.16 0.07 0.17 0.08 0.25 0.41 0.26 0.39 0.15 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.61 0.29 0.23 0.65 0.19 0.58 0.17 0.51 0.48 0.69 0.67 0.13 0.12 0.70 0.34 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.33 0.06 0.11 0.26 0.08 0.16 0.01 0.12 0.16 0.36 0.44 0.33 0.28 0.30 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.25 0.27 0.30 0.41 0.18 0.29 0.16 0.27 0.16 0.22 0.24 0.18 0.35 0.12 0.24 0.26 0.22 0.18 0.18 0.17
C2 0.26 0.28 0.38 0.39 0.21 0.26 0.19 0.24 0.19 0.24 0.25 0.21 0.35 0.21 0.17 0.23 0.21 0.15 0.17 0.15
C2' 0.48 0.51 0.43 0.57 0.36 0.48 0.29 0.37 0.31 0.43 0.46 0.35 0.62 0.29 0.50 0.47 0.29 0.18 0.21 0.20
C3' 0.32 0.35 0.35 0.50 0.27 0.29 0.23 0.20 0.24 0.30 0.33 0.26 0.43 0.23 0.42 0.27 0.25 0.22 0.26 0.22
C4 0.55 0.57 0.77 0.57 0.55 0.31 0.52 0.18 0.52 0.55 0.57 0.56 0.59 0.75 0.29 0.32 0.28 0.14 0.19 0.11
C4' 0.19 0.23 0.31 0.43 0.20 0.17 0.19 0.13 0.18 0.19 0.23 0.20 0.29 0.17 0.30 0.13 0.19 0.14 0.21 0.15
C5 0.59 0.62 0.79 0.64 0.59 0.34 0.55 0.20 0.55 0.59 0.63 0.60 0.65 0.79 0.39 0.35 0.29 0.14 0.20 0.11
C5' 0.35 0.37 0.46 0.55 0.35 0.31 0.34 0.24 0.34 0.35 0.37 0.36 0.40 0.33 0.45 0.27 0.31 0.20 0.28 0.24
C6 0.47 0.49 0.64 0.58 0.46 0.31 0.42 0.20 0.42 0.46 0.49 0.46 0.52 0.57 0.35 0.29 0.26 0.13 0.18 0.12
N1 0.31 0.33 0.44 0.47 0.27 0.27 0.25 0.23 0.25 0.29 0.31 0.28 0.38 0.29 0.24 0.24 0.22 0.14 0.17 0.14
N3 0.36 0.38 0.55 0.44 0.34 0.24 0.32 0.19 0.32 0.35 0.36 0.34 0.41 0.45 0.16 0.22 0.23 0.12 0.17 0.12
O2 0.26 0.28 0.24 0.29 0.17 0.32 0.15 0.31 0.16 0.22 0.24 0.15 0.37 0.20 0.24 0.32 0.21 0.18 0.16 0.18
O2' 0.49 0.51 0.36 0.43 0.34 0.54 0.28 0.45 0.32 0.43 0.46 0.31 0.65 0.51 0.52 0.56 0.25 0.17 0.15 0.16
O3' 0.34 0.37 0.27 0.33 0.26 0.28 0.23 0.22 0.24 0.30 0.33 0.24 0.47 0.43 0.39 0.33 0.12 0.23 0.18 0.17
O4 0.65 0.70 0.88 0.58 0.69 0.34 0.65 0.19 0.65 0.67 0.71 0.70 0.70 0.93 0.32 0.38 0.31 0.18 0.21 0.12
O4' 0.22 0.26 0.36 0.43 0.24 0.16 0.23 0.12 0.21 0.22 0.26 0.25 0.30 0.26 0.29 0.12 0.19 0.14 0.19 0.13
O5' 0.63 0.64 0.69 0.76 0.63 0.62 0.63 0.55 0.63 0.63 0.64 0.64 0.64 0.61 0.73 0.60 0.57 0.44 0.50 0.48
OP1 0.70 0.71 0.72 0.80 0.68 0.69 0.67 0.63 0.67 0.69 0.70 0.68 0.74 0.61 0.77 0.70 0.60 0.44 0.46 0.50
OP2 1.15 1.14 1.07 1.10 1.16 1.15 1.17 1.09 1.17 1.15 1.14 1.16 1.13 1.06 1.16 1.20 1.01 0.81 0.85 0.90
P 0.83 0.83 0.83 0.89 0.81 0.81 0.81 0.73 0.81 0.82 0.82 0.81 0.85 0.77 0.90 0.82 0.70 0.51 0.56 0.58

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.23 0.00 0.15 0.14 0.24 0.16
C2 0.02 0.00 0.12 0.07 0.01 0.10 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.23 0.17 0.21 0.21 0.32 0.24
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.14 0.12 0.02 0.10 0.05 0.20 0.00 0.04 0.01 0.30 0.33 0.40 0.34
C3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.15 0.00 0.18 0.01 0.15 0.08 0.11 0.16 0.05 0.03 0.01 0.02 0.05 0.10 0.07 0.05
C4 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.11 0.02 0.16 0.20 0.33 0.22
C4' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.17 0.03 0.07 0.05 0.21 0.16 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.09 0.18 0.00 0.15 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.33 0.08 0.14 0.20 0.23 0.31 0.25
C5' 0.05 0.17 0.14 0.01 0.10 0.01 0.19 0.00 0.20 0.08 0.15 0.11 0.28 0.05 0.14 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.15 0.00 0.17 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.07 0.19 0.19 0.20 0.28 0.22
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.01 0.15 0.16 0.27 0.18
N3 0.02 0.00 0.10 0.11 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.18 0.12 0.19 0.21 0.34 0.24
N4 0.01 0.01 0.05 0.16 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.11 0.03 0.17 0.22 0.35 0.24
O2 0.02 0.01 0.20 0.05 0.01 0.21 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.30 0.32 0.30 0.27 0.26 0.34 0.30
O2' 0.01 0.13 0.00 0.03 0.19 0.16 0.33 0.05 0.35 0.12 0.12 0.21 0.30 0.00 0.08 0.08 0.25 0.28 0.47 0.32
O3' 0.23 0.23 0.04 0.01 0.11 0.03 0.08 0.14 0.07 0.16 0.18 0.11 0.32 0.08 0.00 0.17 0.18 0.29 0.30 0.25
O4' 0.00 0.17 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.01 0.19 0.01 0.12 0.03 0.30 0.08 0.17 0.00 0.05 0.06 0.07 0.04
O5' 0.15 0.21 0.30 0.05 0.16 0.01 0.20 0.01 0.19 0.15 0.19 0.17 0.27 0.25 0.18 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.14 0.21 0.33 0.10 0.20 0.06 0.23 0.07 0.20 0.16 0.21 0.22 0.26 0.28 0.29 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.32 0.40 0.07 0.33 0.03 0.31 0.02 0.28 0.27 0.34 0.35 0.34 0.47 0.30 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.24 0.34 0.05 0.22 0.02 0.25 0.02 0.22 0.18 0.24 0.24 0.30 0.32 0.25 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00