ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48795

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 1, 1, 6, 5, 3, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.001, 0.005, 0.009, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.005 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.012, 0.024, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.012 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.014, 0.032, 0.050, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.032 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.054, 0.089, 0.125, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.089 std_dev=0.035
P B 0, 0.331, 0.576, 0.821, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.576 std_dev=0.245
OP1 B 0, 0.374, 0.673, 0.972, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.673 std_dev=0.299
OP2 B 0, 0.315, 0.626, 0.937, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.626 std_dev=0.311
O4' A 0, 0.244, 0.824, 1.405, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.824 std_dev=0.581
C2' A 0, 0.261, 0.860, 1.458, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.860 std_dev=0.598
C6 B 0, 0.092, 0.765, 1.438, 3.475 max_d=3.475 avg_d=0.765 std_dev=0.673
N1 B 0, 0.189, 0.893, 1.598, 3.578 max_d=3.578 avg_d=0.893 std_dev=0.705
O4' B 0, 0.447, 1.168, 1.888, 2.890 max_d=2.890 avg_d=1.168 std_dev=0.720
O5' B 0, 0.556, 1.318, 2.081, 2.552 max_d=2.552 avg_d=1.318 std_dev=0.763
C1' B 0, 0.431, 1.232, 2.032, 3.350 max_d=3.350 avg_d=1.232 std_dev=0.801
C4' A 0, 0.397, 1.231, 2.065, 2.139 max_d=2.139 avg_d=1.231 std_dev=0.834
C5' B 0, 0.443, 1.284, 2.126, 3.658 max_d=3.658 avg_d=1.284 std_dev=0.841
C2 B 0, 0.384, 1.244, 2.104, 4.052 max_d=4.052 avg_d=1.244 std_dev=0.860
C3' A 0, 0.392, 1.261, 2.131, 2.113 max_d=2.113 avg_d=1.261 std_dev=0.870
O2' A 0, 0.421, 1.324, 2.227, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.324 std_dev=0.903
C4' B 0, 0.516, 1.421, 2.325, 3.544 max_d=3.544 avg_d=1.421 std_dev=0.904
C5 B 0, 0.360, 1.300, 2.240, 3.927 max_d=3.927 avg_d=1.300 std_dev=0.940
C2' B 0, 0.467, 1.453, 2.440, 4.136 max_d=4.136 avg_d=1.453 std_dev=0.987
N3 B 0, 0.463, 1.474, 2.485, 4.537 max_d=4.537 avg_d=1.474 std_dev=1.011
O2 B 0, 0.602, 1.618, 2.634, 4.122 max_d=4.122 avg_d=1.618 std_dev=1.016
C3' B 0, 0.476, 1.494, 2.511, 4.312 max_d=4.312 avg_d=1.494 std_dev=1.018
C5' A 0, 0.530, 1.604, 2.678, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.604 std_dev=1.074
C4 B 0, 0.487, 1.595, 2.702, 4.528 max_d=4.528 avg_d=1.595 std_dev=1.108
O3' A 0, 0.557, 1.787, 3.017, 2.808 max_d=2.808 avg_d=1.787 std_dev=1.230
OP1 A 0, 0.737, 1.988, 3.238, 3.831 max_d=3.831 avg_d=1.988 std_dev=1.250
O2' B 0, 0.736, 2.028, 3.320, 4.127 max_d=4.127 avg_d=2.028 std_dev=1.292
O3' B 0, 0.687, 2.072, 3.457, 4.986 max_d=4.986 avg_d=2.072 std_dev=1.385
P A 0, 0.738, 2.145, 3.552, 4.416 max_d=4.416 avg_d=2.145 std_dev=1.407
O5' A 0, 0.672, 2.141, 3.609, 4.127 max_d=4.127 avg_d=2.141 std_dev=1.469
N4 B 0, 0.728, 2.207, 3.687, 5.179 max_d=5.179 avg_d=2.207 std_dev=1.479
OP2 A 0, 1.205, 3.700, 6.195, 6.926 max_d=6.926 avg_d=3.700 std_dev=2.495

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.30 0.02 0.01 0.24 0.49 0.32 0.08
C2 0.01 0.00 0.12 0.13 0.01 0.16 0.00 0.39 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.20 0.01 0.23 0.34 0.67 0.54 0.17
C2' 0.00 0.12 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.27 0.15 0.01 0.09 0.21 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.77 0.07 0.36
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.34 0.00 0.42 0.01 0.39 0.21 0.22 0.04 0.01 0.01 0.37 0.01 0.04 0.22 0.16 0.11
C4 0.02 0.01 0.02 0.34 0.00 0.08 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.16 0.00 0.04 0.73 0.59 1.16 0.52
C4' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.25 0.04 0.11 0.31 0.30 0.01 0.08 0.00 0.01 0.13 0.08 0.04
C5 0.01 0.00 0.11 0.42 0.00 0.21 0.00 0.14 0.00 0.01 0.00 0.01 0.49 0.31 0.01 0.15 0.91 0.46 1.38 0.68
C5' 0.16 0.39 0.27 0.01 0.23 0.01 0.14 0.00 0.13 0.20 0.36 0.51 0.04 0.24 0.24 0.03 0.01 0.08 0.21 0.02
C6 0.01 0.00 0.15 0.39 0.01 0.25 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.01 0.48 0.25 0.01 0.21 0.84 0.44 1.14 0.56
N1 0.00 0.01 0.01 0.21 0.01 0.04 0.01 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.19 0.07 0.01 0.01 0.49 0.55 0.67 0.26
N3 0.01 0.00 0.09 0.22 0.00 0.11 0.00 0.36 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.07 0.00 0.17 0.49 0.68 0.79 0.31
O2 0.02 0.00 0.21 0.04 0.01 0.31 0.01 0.51 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.42 0.01 0.40 0.12 0.72 0.25 0.07
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.32 0.30 0.49 0.04 0.48 0.19 0.11 0.26 0.00 0.03 0.33 0.20 0.05 0.65 0.08 0.30
O3' 0.30 0.20 0.01 0.01 0.16 0.01 0.31 0.24 0.25 0.07 0.07 0.42 0.03 0.00 0.20 0.26 0.14 0.37 0.33 0.20
O4 0.02 0.01 0.02 0.37 0.00 0.08 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.20 0.00 0.04 0.77 0.58 1.28 0.59
O4' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.04 0.00 0.15 0.03 0.21 0.01 0.17 0.40 0.20 0.26 0.04 0.00 0.33 0.18 0.28 0.24
O5' 0.24 0.34 0.12 0.04 0.73 0.01 0.91 0.01 0.84 0.49 0.49 0.12 0.05 0.14 0.77 0.33 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.49 0.67 0.77 0.22 0.59 0.13 0.46 0.08 0.44 0.55 0.68 0.72 0.65 0.37 0.58 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.54 0.07 0.16 1.16 0.08 1.38 0.21 1.14 0.67 0.79 0.25 0.08 0.33 1.28 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.17 0.36 0.11 0.52 0.04 0.68 0.02 0.56 0.26 0.31 0.07 0.30 0.20 0.59 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.55 0.67 0.52 0.62 0.78 0.58 0.68 0.65 0.57 0.59 0.76 0.88 0.66 0.53 0.73 0.54 0.24 0.18 0.14 0.19
C2 0.34 0.38 0.37 0.51 0.54 0.51 0.51 0.63 0.38 0.34 0.46 0.63 0.35 0.41 0.65 0.39 0.23 0.15 0.13 0.20
C2' 0.82 1.01 0.59 0.50 1.02 0.56 0.85 0.50 0.78 0.88 1.07 1.05 1.05 0.64 0.54 0.78 0.48 0.19 0.29 0.23
C3' 0.61 0.70 0.68 0.80 0.72 0.61 0.61 0.62 0.58 0.63 0.75 0.77 0.72 0.66 0.96 0.57 0.27 0.15 0.23 0.11
C4 0.22 0.30 0.29 0.42 0.50 0.41 0.45 0.52 0.29 0.24 0.41 0.62 0.25 0.35 0.60 0.28 0.29 0.21 0.23 0.21
C4' 0.73 0.71 0.97 1.17 0.77 0.94 0.65 0.99 0.63 0.68 0.76 0.95 0.73 0.96 1.40 0.70 0.44 0.31 0.23 0.36
C5 0.29 0.40 0.30 0.45 0.57 0.43 0.49 0.54 0.35 0.33 0.52 0.71 0.37 0.34 0.64 0.33 0.24 0.22 0.21 0.20
C5' 0.80 0.68 1.13 1.38 0.76 1.13 0.62 1.21 0.61 0.68 0.74 1.02 0.72 1.14 1.69 0.80 0.68 0.52 0.47 0.58
C6 0.38 0.50 0.36 0.50 0.65 0.47 0.55 0.58 0.42 0.42 0.61 0.78 0.48 0.39 0.66 0.40 0.21 0.20 0.16 0.19
N1 0.42 0.51 0.40 0.54 0.65 0.51 0.58 0.62 0.45 0.45 0.60 0.76 0.49 0.43 0.68 0.44 0.21 0.17 0.13 0.19
N3 0.24 0.28 0.30 0.44 0.48 0.45 0.45 0.57 0.30 0.24 0.39 0.59 0.24 0.36 0.60 0.30 0.28 0.15 0.17 0.20
O2 0.38 0.36 0.43 0.57 0.50 0.57 0.51 0.68 0.40 0.36 0.42 0.58 0.33 0.46 0.68 0.44 0.25 0.16 0.17 0.22
O2' 1.20 1.50 0.96 0.70 1.42 0.78 1.12 0.60 1.07 1.27 1.56 1.41 1.57 1.05 0.60 1.05 0.60 0.13 0.21 0.19
O3' 0.89 0.93 1.11 1.23 0.94 0.95 0.93 0.94 0.91 0.90 0.94 0.94 0.93 1.05 1.38 0.79 0.39 0.34 0.19 0.33
O4 0.20 0.26 0.31 0.41 0.46 0.39 0.42 0.47 0.27 0.21 0.37 0.58 0.21 0.37 0.59 0.25 0.35 0.25 0.29 0.24
O4' 0.73 0.60 0.95 1.16 0.67 1.00 0.58 1.07 0.59 0.63 0.63 0.86 0.62 0.95 1.34 0.75 0.56 0.44 0.34 0.52
O5' 0.55 0.60 0.80 0.95 0.70 0.66 0.61 0.64 0.51 0.54 0.66 0.86 0.62 0.81 1.23 0.49 0.14 0.36 0.35 0.21
OP1 0.87 0.70 1.23 1.51 0.73 1.28 0.61 1.38 0.66 0.72 0.73 0.94 0.74 1.26 1.86 0.90 0.91 0.75 0.76 0.80
OP2 0.49 0.52 0.88 1.01 0.61 0.61 0.56 0.52 0.43 0.46 0.57 0.78 0.58 0.93 1.38 0.40 0.18 0.74 0.61 0.51
P 0.55 0.57 0.84 1.01 0.70 0.73 0.59 0.72 0.48 0.51 0.65 0.90 0.60 0.87 1.33 0.50 0.18 0.28 0.19 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.10 0.16 0.14 0.16
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.19 0.21 0.29 0.20
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.09 0.00 0.01 0.00 0.13 0.10 0.12 0.15
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.06 0.07 0.09 0.01 0.00 0.01 0.19 0.24 0.09 0.15
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.25 0.23 0.41 0.23
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.03 0.06 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.09 0.08
C5 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.27 0.23 0.42 0.24
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.00 0.12 0.00 0.10 0.04 0.07 0.12 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.25 0.17 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.04 0.25 0.21 0.34 0.23
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.19 0.20 0.27 0.20
N3 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.22 0.22 0.36 0.21
N4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.03 0.27 0.24 0.45 0.23
O2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.11 0.03 0.15 0.21 0.24 0.18
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.08 0.00 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.12
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.06 0.02 0.08 0.04 0.07 0.02 0.06 0.07 0.11 0.02 0.00 0.02 0.20 0.35 0.08 0.13
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.09 0.17 0.11 0.15
O5' 0.10 0.19 0.13 0.19 0.25 0.00 0.27 0.01 0.25 0.19 0.22 0.27 0.15 0.05 0.20 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.21 0.10 0.24 0.23 0.08 0.23 0.25 0.21 0.20 0.22 0.24 0.21 0.05 0.35 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.29 0.12 0.09 0.41 0.09 0.42 0.17 0.34 0.27 0.36 0.45 0.24 0.04 0.08 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.20 0.15 0.15 0.23 0.08 0.24 0.01 0.23 0.20 0.21 0.23 0.18 0.12 0.13 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00