ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48796

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 2, 3, 5, 1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.009, 0.019, 0.029, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.016, 0.033, 0.050, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.033 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.015, 0.033, 0.051, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.033 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.015, 0.033, 0.052, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.033 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.041, 0.089, 0.137, 0.189 max_d=0.189 avg_d=0.089 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.073, 0.189, 0.305, 0.388 max_d=0.388 avg_d=0.189 std_dev=0.116
O4 A 0, 0.132, 0.249, 0.366, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.249 std_dev=0.117
O4' A 0, 0.029, 0.146, 0.264, 0.439 max_d=0.439 avg_d=0.146 std_dev=0.117
P B 0, 0.120, 0.341, 0.563, 0.871 max_d=0.871 avg_d=0.341 std_dev=0.222
OP2 B 0, 0.150, 0.386, 0.622, 1.006 max_d=1.006 avg_d=0.386 std_dev=0.236
C5' A 0, 0.053, 0.361, 0.668, 1.247 max_d=1.247 avg_d=0.361 std_dev=0.308
C4' A 0, -0.072, 0.249, 0.570, 1.231 max_d=1.231 avg_d=0.249 std_dev=0.321
OP1 B 0, 0.082, 0.413, 0.744, 1.479 max_d=1.479 avg_d=0.413 std_dev=0.331
O2' A 0, 0.062, 0.424, 0.785, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.424 std_dev=0.362
O5' A 0, -0.017, 0.381, 0.780, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.381 std_dev=0.399
OP1 A 0, 0.004, 0.445, 0.885, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.445 std_dev=0.441
P A 0, -0.072, 0.401, 0.874, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.401 std_dev=0.473
C3' A 0, -0.146, 0.349, 0.844, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.349 std_dev=0.495
O3' A 0, -0.427, 0.534, 1.494, 3.352 max_d=3.352 avg_d=0.534 std_dev=0.960
O5' B 0, -0.337, 0.694, 1.725, 3.874 max_d=3.874 avg_d=0.694 std_dev=1.031
OP2 A 0, -0.440, 0.789, 2.019, 4.193 max_d=4.193 avg_d=0.789 std_dev=1.230
C5' B 0, -0.753, 0.833, 2.419, 5.751 max_d=5.751 avg_d=0.833 std_dev=1.586
O4' B 0, -1.195, 1.051, 3.297, 7.976 max_d=7.976 avg_d=1.051 std_dev=2.246
C6 B 0, -1.203, 1.053, 3.308, 7.920 max_d=7.920 avg_d=1.053 std_dev=2.255
C4' B 0, -1.265, 1.075, 3.415, 8.213 max_d=8.213 avg_d=1.075 std_dev=2.340
C5 B 0, -1.272, 1.125, 3.522, 8.308 max_d=8.308 avg_d=1.125 std_dev=2.397
N1 B 0, -1.535, 1.273, 4.082, 9.769 max_d=9.769 avg_d=1.273 std_dev=2.808
C1' B 0, -1.616, 1.315, 4.247, 10.247 max_d=10.247 avg_d=1.315 std_dev=2.932
C4 B 0, -1.598, 1.380, 4.358, 10.210 max_d=10.210 avg_d=1.380 std_dev=2.978
C3' B 0, -1.646, 1.349, 4.344, 10.435 max_d=10.435 avg_d=1.349 std_dev=2.995
N4 B 0, -1.694, 1.489, 4.673, 11.009 max_d=11.009 avg_d=1.489 std_dev=3.184
O3' B 0, -1.813, 1.565, 4.943, 11.750 max_d=11.750 avg_d=1.565 std_dev=3.378
C2 B 0, -1.858, 1.547, 4.953, 11.743 max_d=11.743 avg_d=1.547 std_dev=3.405
N3 B 0, -1.854, 1.578, 5.010, 11.757 max_d=11.757 avg_d=1.578 std_dev=3.432
C2' B 0, -1.969, 1.545, 5.059, 12.158 max_d=12.158 avg_d=1.545 std_dev=3.514
O2 B 0, -2.164, 1.794, 5.751, 13.637 max_d=13.637 avg_d=1.794 std_dev=3.958
O2' B 0, -2.243, 1.766, 5.776, 13.822 max_d=13.822 avg_d=1.766 std_dev=4.010

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.22 0.01 0.00 0.11 0.39 0.07 0.14
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.19 0.01 0.05 0.09 0.47 0.37 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.15 0.05 0.02 0.06 0.10 0.00 0.02 0.05 0.02 0.32 0.39 0.27 0.36
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.26 0.00 0.30 0.02 0.27 0.15 0.18 0.08 0.02 0.01 0.28 0.02 0.06 0.11 0.16 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.26 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.09 0.00 0.02 0.23 0.47 0.75 0.19
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.14 0.06 0.05 0.07 0.20 0.02 0.11 0.00 0.02 0.16 0.17 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.30 0.00 0.15 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.17 0.01 0.04 0.27 0.47 0.75 0.20
C5' 0.05 0.05 0.15 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.14 0.06 0.09 0.07 0.08 0.14 0.16 0.01 0.01 0.16 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.27 0.01 0.14 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.13 0.01 0.05 0.20 0.48 0.51 0.12
N1 0.00 0.01 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.08 0.01 0.01 0.09 0.46 0.31 0.09
N3 0.02 0.00 0.06 0.18 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.11 0.01 0.04 0.15 0.48 0.57 0.12
O2 0.05 0.00 0.10 0.08 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.37 0.02 0.09 0.10 0.46 0.25 0.12
O2' 0.01 0.22 0.00 0.02 0.25 0.20 0.21 0.08 0.16 0.14 0.26 0.24 0.00 0.05 0.27 0.14 0.26 0.28 0.29 0.32
O3' 0.22 0.19 0.02 0.01 0.09 0.02 0.17 0.14 0.13 0.08 0.11 0.37 0.05 0.00 0.11 0.15 0.14 0.38 0.17 0.19
O4 0.01 0.01 0.05 0.28 0.00 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.11 0.00 0.03 0.27 0.45 0.87 0.24
O4' 0.00 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.09 0.14 0.15 0.03 0.00 0.07 0.36 0.12 0.11
O5' 0.11 0.09 0.32 0.06 0.23 0.02 0.27 0.01 0.20 0.09 0.15 0.10 0.26 0.14 0.27 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.39 0.47 0.39 0.11 0.47 0.16 0.47 0.16 0.48 0.46 0.48 0.46 0.28 0.38 0.45 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.37 0.27 0.16 0.75 0.17 0.75 0.27 0.51 0.31 0.57 0.25 0.29 0.17 0.87 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.10 0.36 0.08 0.19 0.03 0.20 0.01 0.12 0.09 0.12 0.12 0.32 0.19 0.24 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.85 1.32 1.88 1.49 0.33 1.67 0.17 1.11 0.63 1.26 0.84 0.25 1.80 2.47 1.58 1.72 0.83 0.16 0.18 0.13
C2 1.07 0.52 1.04 0.83 0.36 1.16 0.43 0.80 0.10 0.55 0.19 0.67 0.87 1.50 0.92 1.15 0.67 0.17 0.15 0.14
C2' 1.89 1.34 1.98 1.58 0.31 1.75 0.15 1.17 0.61 1.26 0.85 0.30 1.87 2.67 1.73 1.74 0.89 0.13 0.14 0.20
C3' 1.92 1.44 2.00 1.56 0.39 1.70 0.20 1.11 0.66 1.33 0.96 0.26 2.00 2.69 1.71 1.73 0.85 0.16 0.12 0.15
C4 0.19 0.48 0.09 0.17 1.24 0.37 1.24 0.28 0.74 0.36 0.89 1.56 0.22 0.46 0.16 0.40 0.23 0.18 0.14 0.20
C4' 1.98 1.56 2.05 1.59 0.47 1.69 0.27 1.09 0.73 1.41 1.07 0.25 2.12 2.70 1.71 1.75 0.80 0.19 0.17 0.11
C5 0.54 0.20 0.39 0.22 1.03 0.64 1.02 0.45 0.47 0.11 0.62 1.44 0.28 0.86 0.28 0.71 0.35 0.18 0.14 0.18
C5' 1.88 1.46 1.89 1.44 0.41 1.59 0.26 1.04 0.68 1.33 0.98 0.33 2.01 2.52 1.53 1.67 0.76 0.19 0.15 0.15
C6 1.05 0.45 0.94 0.68 0.56 1.04 0.60 0.71 0.10 0.49 0.19 0.98 0.84 1.46 0.74 1.12 0.54 0.17 0.14 0.15
N1 1.34 0.76 1.29 1.00 0.26 1.31 0.33 0.88 0.23 0.77 0.33 0.62 1.17 1.82 1.08 1.35 0.69 0.16 0.15 0.14
N3 0.46 0.17 0.37 0.23 0.85 0.63 0.90 0.44 0.45 0.10 0.51 1.13 0.24 0.79 0.32 0.63 0.38 0.18 0.14 0.17
O2 1.29 0.77 1.34 1.15 0.19 1.42 0.21 1.00 0.31 0.78 0.42 0.38 1.12 1.78 1.27 1.33 0.85 0.17 0.17 0.17
O2' 1.97 1.53 2.14 1.66 0.48 1.73 0.25 1.06 0.69 1.38 1.06 0.26 2.09 2.88 1.83 1.72 0.71 0.30 0.44 0.13
O3' 1.68 1.29 1.83 1.36 0.27 1.42 0.17 0.78 0.44 1.12 0.83 0.30 1.88 2.55 1.55 1.42 0.53 0.56 0.41 0.27
O4 0.40 1.04 0.58 0.66 1.72 0.19 1.67 0.21 1.20 0.89 1.43 1.99 0.79 0.19 0.61 0.18 0.22 0.19 0.15 0.25
O4' 1.90 1.44 1.91 1.48 0.41 1.62 0.24 1.06 0.69 1.34 0.96 0.25 1.95 2.49 1.56 1.71 0.77 0.21 0.19 0.14
O5' 1.68 1.20 1.62 1.20 0.23 1.45 0.18 0.98 0.53 1.13 0.71 0.45 1.70 2.22 1.26 1.57 0.74 0.17 0.11 0.17
OP1 0.97 0.49 0.90 0.54 0.73 0.81 0.81 0.44 0.33 0.44 0.28 1.23 0.97 1.51 0.61 0.91 0.27 0.52 0.54 0.51
OP2 1.70 1.17 1.59 1.26 0.35 1.58 0.28 1.21 0.66 1.17 0.72 0.54 1.61 2.15 1.31 1.68 1.04 0.48 0.50 0.52
P 1.50 1.01 1.39 1.01 0.19 1.30 0.21 0.88 0.40 0.96 0.53 0.60 1.49 1.98 1.05 1.43 0.65 0.18 0.10 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.00 0.14 0.17 0.17 0.22
C2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.08 0.03 0.30 0.16 0.46 0.39
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05 0.13 0.00 0.02 0.01 0.17 0.11 0.25 0.16
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.09 0.01 0.11 0.03 0.11 0.05 0.07 0.10 0.12 0.01 0.01 0.01 0.22 0.14 0.32 0.16
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.10 0.02 0.46 0.20 0.80 0.61
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.08 0.08 0.03 0.02 0.00 0.02 0.08 0.05 0.03
C5 0.01 0.02 0.06 0.11 0.01 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.13 0.02 0.50 0.22 0.83 0.65
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.08 0.11 0.16 0.10 0.04 0.05 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02
C6 0.01 0.02 0.07 0.11 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.02 0.43 0.19 0.63 0.53
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.30 0.16 0.43 0.38
N3 0.03 0.00 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.08 0.03 0.39 0.18 0.64 0.51
N4 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.08 0.02 0.16 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.03 0.49 0.21 0.90 0.66
O2 0.06 0.01 0.13 0.12 0.01 0.08 0.03 0.10 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.12 0.14 0.06 0.19 0.13 0.31 0.26
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.06 0.05 0.12 0.00 0.04 0.04 0.05 0.08 0.13 0.04
O3' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.10 0.02 0.13 0.05 0.12 0.04 0.08 0.11 0.14 0.04 0.00 0.01 0.15 0.24 0.28 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.04 0.01 0.00 0.06 0.22 0.06 0.19
O5' 0.14 0.30 0.17 0.22 0.46 0.02 0.50 0.01 0.43 0.30 0.39 0.49 0.19 0.05 0.15 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.16 0.11 0.14 0.20 0.08 0.22 0.05 0.19 0.16 0.18 0.21 0.13 0.08 0.24 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.46 0.25 0.32 0.80 0.05 0.83 0.07 0.63 0.43 0.64 0.90 0.31 0.13 0.28 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.39 0.16 0.16 0.61 0.03 0.65 0.02 0.53 0.38 0.51 0.66 0.26 0.04 0.13 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00