ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48798

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 3, 6, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
O2 A 0, 0.012, 0.028, 0.045, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.028 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.014, 0.041, 0.067, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.041 std_dev=0.027
P B 0, 0.197, 0.337, 0.477, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.337 std_dev=0.140
OP2 B 0, 0.184, 0.384, 0.583, 0.695 max_d=0.695 avg_d=0.384 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.329, 0.646, 0.963, 1.024 max_d=1.024 avg_d=0.646 std_dev=0.317
OP1 B 0, 0.326, 0.663, 0.999, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.663 std_dev=0.336
C6 B 0, 0.281, 0.621, 0.962, 1.183 max_d=1.183 avg_d=0.621 std_dev=0.340
C2 B 0, 0.444, 0.888, 1.332, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.888 std_dev=0.444
C5' B 0, 0.358, 0.852, 1.346, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.852 std_dev=0.494
O4' B 0, 0.328, 0.849, 1.371, 1.610 max_d=1.610 avg_d=0.849 std_dev=0.521
C1' B 0, 0.376, 0.905, 1.434, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.905 std_dev=0.529
N3 B 0, 0.494, 1.034, 1.574, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.034 std_dev=0.540
O4' A 0, 0.182, 0.759, 1.336, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.759 std_dev=0.577
C2' A 0, 0.180, 0.791, 1.402, 1.443 max_d=1.443 avg_d=0.791 std_dev=0.611
C4' B 0, 0.367, 0.998, 1.629, 1.947 max_d=1.947 avg_d=0.998 std_dev=0.631
C2' B 0, 0.411, 1.062, 1.712, 2.124 max_d=2.124 avg_d=1.062 std_dev=0.651
O2 B 0, 0.552, 1.207, 1.862, 2.007 max_d=2.007 avg_d=1.207 std_dev=0.655
C5 B 0, 0.401, 1.057, 1.713, 1.941 max_d=1.941 avg_d=1.057 std_dev=0.656
O5' B 0, 0.358, 1.015, 1.671, 1.867 max_d=1.867 avg_d=1.015 std_dev=0.657
C3' B 0, 0.391, 1.059, 1.727, 2.110 max_d=2.110 avg_d=1.059 std_dev=0.668
C4 B 0, 0.489, 1.199, 1.910, 2.197 max_d=2.197 avg_d=1.199 std_dev=0.711
C4' A 0, 0.288, 1.124, 1.960, 2.032 max_d=2.032 avg_d=1.124 std_dev=0.836
C3' A 0, 0.296, 1.165, 2.034, 2.099 max_d=2.099 avg_d=1.165 std_dev=0.869
O2' A 0, 0.212, 1.146, 2.081, 2.180 max_d=2.180 avg_d=1.146 std_dev=0.935
O2' B 0, 0.529, 1.567, 2.606, 3.066 max_d=3.066 avg_d=1.567 std_dev=1.038
N4 B 0, 0.620, 1.665, 2.710, 2.991 max_d=2.991 avg_d=1.665 std_dev=1.045
O3' B 0, 0.493, 1.551, 2.608, 3.015 max_d=3.015 avg_d=1.551 std_dev=1.058
C5' A 0, 0.450, 1.511, 2.572, 2.700 max_d=2.700 avg_d=1.511 std_dev=1.061
O3' A 0, 0.415, 1.653, 2.892, 2.889 max_d=2.889 avg_d=1.653 std_dev=1.238
OP1 A 0, 0.640, 1.882, 3.124, 3.272 max_d=3.272 avg_d=1.882 std_dev=1.242
P A 0, 0.543, 1.873, 3.202, 3.471 max_d=3.471 avg_d=1.873 std_dev=1.330
O5' A 0, 0.494, 1.884, 3.275, 3.395 max_d=3.395 avg_d=1.884 std_dev=1.391
OP2 A 0, 0.729, 3.189, 5.650, 5.908 max_d=5.908 avg_d=3.189 std_dev=2.460

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.01 0.00 0.24 0.51 0.32 0.07
C2 0.00 0.00 0.13 0.13 0.00 0.15 0.00 0.41 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.21 0.00 0.22 0.34 0.72 0.53 0.14
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.00 0.11 0.29 0.15 0.01 0.09 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01 0.11 0.77 0.07 0.37
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.33 0.00 0.39 0.01 0.37 0.20 0.22 0.02 0.01 0.00 0.35 0.01 0.04 0.20 0.21 0.10
C4 0.00 0.00 0.02 0.33 0.00 0.04 0.00 0.29 0.01 0.00 0.00 0.00 0.32 0.14 0.00 0.02 0.67 0.72 1.08 0.43
C4' 0.00 0.15 0.00 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.19 0.03 0.11 0.28 0.31 0.01 0.04 0.00 0.01 0.12 0.09 0.04
C5 0.01 0.00 0.11 0.39 0.00 0.16 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.48 0.28 0.00 0.14 0.83 0.62 1.27 0.55
C5' 0.18 0.41 0.29 0.01 0.29 0.01 0.17 0.00 0.14 0.25 0.40 0.49 0.03 0.26 0.30 0.03 0.01 0.07 0.20 0.02
C6 0.01 0.00 0.15 0.37 0.01 0.19 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.46 0.22 0.01 0.19 0.77 0.57 1.06 0.46
N1 0.00 0.00 0.01 0.20 0.00 0.03 0.00 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00 0.18 0.08 0.00 0.01 0.46 0.62 0.64 0.21
N3 0.00 0.00 0.09 0.22 0.00 0.11 0.00 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.12 0.08 0.00 0.16 0.47 0.76 0.76 0.25
O2 0.01 0.00 0.22 0.02 0.00 0.28 0.00 0.49 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.43 0.01 0.38 0.14 0.74 0.27 0.08
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.32 0.31 0.48 0.03 0.46 0.18 0.12 0.26 0.00 0.04 0.34 0.19 0.03 0.65 0.08 0.31
O3' 0.31 0.21 0.02 0.00 0.14 0.01 0.28 0.26 0.22 0.08 0.08 0.43 0.04 0.00 0.17 0.28 0.16 0.47 0.42 0.26
O4 0.01 0.00 0.02 0.35 0.00 0.04 0.00 0.30 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.17 0.00 0.03 0.71 0.73 1.18 0.48
O4' 0.00 0.22 0.01 0.01 0.02 0.00 0.14 0.03 0.19 0.01 0.16 0.38 0.19 0.28 0.03 0.00 0.34 0.18 0.30 0.24
O5' 0.24 0.34 0.11 0.04 0.67 0.01 0.83 0.01 0.77 0.46 0.47 0.14 0.03 0.16 0.71 0.34 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.51 0.72 0.77 0.20 0.72 0.12 0.62 0.07 0.57 0.62 0.76 0.74 0.65 0.47 0.73 0.18 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.53 0.07 0.21 1.08 0.09 1.27 0.20 1.06 0.64 0.76 0.27 0.08 0.42 1.18 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.14 0.37 0.10 0.43 0.04 0.55 0.02 0.46 0.21 0.25 0.08 0.31 0.26 0.48 0.24 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.21 0.47 0.16 0.36 0.66 0.18 0.52 0.31 0.33 0.34 0.61 0.80 0.45 0.14 0.54 0.16 0.10 0.14 0.16 0.13
C2 0.14 0.28 0.27 0.42 0.48 0.31 0.44 0.40 0.27 0.21 0.40 0.59 0.24 0.28 0.59 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15
C2' 0.65 0.89 0.31 0.11 0.90 0.27 0.71 0.13 0.63 0.73 0.96 0.95 0.92 0.38 0.26 0.62 0.50 0.23 0.33 0.29
C3' 0.12 0.26 0.38 0.59 0.33 0.27 0.19 0.34 0.13 0.16 0.34 0.44 0.27 0.30 0.83 0.13 0.19 0.12 0.25 0.12
C4 0.17 0.24 0.33 0.47 0.47 0.39 0.41 0.47 0.24 0.18 0.38 0.61 0.20 0.37 0.67 0.19 0.29 0.17 0.23 0.20
C4' 0.28 0.19 0.69 0.95 0.48 0.65 0.28 0.73 0.15 0.15 0.39 0.79 0.16 0.66 1.23 0.28 0.30 0.28 0.24 0.32
C5 0.14 0.32 0.30 0.48 0.55 0.36 0.45 0.46 0.26 0.22 0.47 0.71 0.27 0.32 0.70 0.14 0.22 0.18 0.19 0.18
C5' 0.45 0.17 0.91 1.21 0.53 0.93 0.29 1.04 0.18 0.22 0.41 0.93 0.16 0.92 1.56 0.49 0.62 0.53 0.50 0.58
C6 0.14 0.38 0.26 0.45 0.60 0.30 0.48 0.42 0.29 0.26 0.53 0.76 0.34 0.26 0.67 0.12 0.13 0.17 0.14 0.16
N1 0.15 0.38 0.23 0.42 0.58 0.27 0.49 0.38 0.30 0.27 0.52 0.72 0.34 0.23 0.61 0.11 0.09 0.14 0.13 0.14
N3 0.18 0.23 0.32 0.46 0.43 0.38 0.39 0.46 0.23 0.18 0.34 0.55 0.18 0.36 0.62 0.20 0.26 0.14 0.16 0.19
O2 0.14 0.25 0.26 0.39 0.42 0.28 0.41 0.35 0.26 0.20 0.35 0.49 0.21 0.25 0.51 0.12 0.08 0.12 0.20 0.14
O2' 1.12 1.44 0.83 0.50 1.35 0.63 1.04 0.36 0.98 1.20 1.50 1.34 1.52 0.93 0.32 0.97 0.66 0.15 0.27 0.24
O3' 0.49 0.37 0.88 1.07 0.42 0.72 0.59 0.76 0.59 0.48 0.33 0.35 0.32 0.77 1.27 0.42 0.24 0.35 0.24 0.33
O4 0.21 0.21 0.36 0.48 0.43 0.43 0.38 0.48 0.22 0.17 0.33 0.57 0.17 0.42 0.67 0.24 0.37 0.19 0.30 0.22
O4' 0.39 0.14 0.73 0.97 0.43 0.75 0.26 0.83 0.16 0.21 0.30 0.74 0.15 0.73 1.19 0.43 0.45 0.40 0.34 0.46
O5' 0.20 0.18 0.65 0.84 0.47 0.47 0.39 0.46 0.19 0.14 0.33 0.71 0.16 0.65 1.17 0.14 0.09 0.28 0.32 0.18
OP1 0.59 0.18 1.05 1.39 0.44 1.14 0.20 1.29 0.29 0.33 0.36 0.82 0.20 1.08 1.79 0.67 0.90 0.84 0.84 0.85
OP2 0.28 0.14 0.84 1.00 0.40 0.53 0.38 0.45 0.16 0.13 0.22 0.64 0.23 0.89 1.42 0.13 0.12 0.59 0.53 0.43
P 0.26 0.16 0.72 0.94 0.49 0.60 0.37 0.62 0.15 0.13 0.35 0.77 0.14 0.75 1.31 0.22 0.19 0.16 0.16 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.13 0.12 0.15
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.06 0.01 0.15 0.16 0.24 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.11 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.08 0.11
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.06 0.07
C4 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.21 0.13 0.34 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.05 0.09
C5 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.22 0.11 0.34 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.04 0.05 0.09 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.26 0.05 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.19 0.11 0.27 0.14
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.15 0.14 0.21 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.19 0.16 0.30 0.12
N4 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.23 0.13 0.38 0.11
O2 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.11 0.01 0.11 0.18 0.19 0.15
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.11 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.06 0.12
O3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.03 0.08 0.05 0.08 0.02 0.05 0.06 0.11 0.01 0.00 0.02 0.12 0.34 0.10 0.05
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.15 0.10 0.16
O5' 0.09 0.15 0.02 0.02 0.21 0.01 0.22 0.00 0.19 0.15 0.19 0.23 0.11 0.03 0.12 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.13 0.16 0.06 0.21 0.13 0.10 0.11 0.26 0.11 0.14 0.16 0.13 0.18 0.05 0.34 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.24 0.08 0.06 0.34 0.05 0.34 0.05 0.27 0.21 0.30 0.38 0.19 0.06 0.10 0.10 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.15 0.14 0.11 0.07 0.12 0.09 0.13 0.01 0.14 0.14 0.12 0.11 0.15 0.12 0.05 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00