ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48799

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 3, 2, 4, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.010, 0.025, 0.039, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.009, 0.023, 0.038, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.023 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.021, 0.060, 0.100, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.060 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.002, 0.079, 0.157, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.079 std_dev=0.078
C4' A 0, 0.018, 0.106, 0.195, 0.397 max_d=0.397 avg_d=0.106 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.012, 0.108, 0.205, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.108 std_dev=0.097
O4 A 0, 0.037, 0.143, 0.248, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.143 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.024, 0.186, 0.349, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.186 std_dev=0.163
C3' A 0, -0.022, 0.142, 0.307, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.142 std_dev=0.164
C5' A 0, -0.006, 0.180, 0.366, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.180 std_dev=0.186
P B 0, 0.178, 0.383, 0.589, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.383 std_dev=0.205
C5' B 0, 0.158, 0.369, 0.579, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.369 std_dev=0.211
O5' A 0, 0.001, 0.243, 0.486, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.243 std_dev=0.242
P A 0, 0.057, 0.319, 0.581, 1.027 max_d=1.027 avg_d=0.319 std_dev=0.262
O5' B 0, 0.167, 0.465, 0.763, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.465 std_dev=0.298
O3' A 0, -0.142, 0.247, 0.635, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.247 std_dev=0.389
OP2 B 0, 0.206, 0.614, 1.021, 1.384 max_d=1.384 avg_d=0.614 std_dev=0.407
C4' B 0, 0.058, 0.468, 0.879, 1.641 max_d=1.641 avg_d=0.468 std_dev=0.411
OP1 B 0, 0.116, 0.540, 0.964, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.540 std_dev=0.424
O4' B 0, -0.038, 0.643, 1.323, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.643 std_dev=0.681
OP2 A 0, -0.213, 0.524, 1.261, 2.559 max_d=2.559 avg_d=0.524 std_dev=0.737
C3' B 0, -0.047, 0.740, 1.527, 2.832 max_d=2.832 avg_d=0.740 std_dev=0.787
O2' B 0, -0.071, 0.832, 1.735, 3.352 max_d=3.352 avg_d=0.832 std_dev=0.903
O3' B 0, -0.128, 0.805, 1.738, 2.992 max_d=2.992 avg_d=0.805 std_dev=0.933
OP1 A 0, -0.221, 0.712, 1.645, 2.786 max_d=2.786 avg_d=0.712 std_dev=0.933
C2' B 0, -0.112, 0.895, 1.902, 3.640 max_d=3.640 avg_d=0.895 std_dev=1.007
C1' B 0, -0.149, 0.867, 1.883, 3.648 max_d=3.648 avg_d=0.867 std_dev=1.016
C6 B 0, -0.185, 0.979, 2.142, 4.013 max_d=4.013 avg_d=0.979 std_dev=1.163
N1 B 0, -0.254, 1.050, 2.354, 4.470 max_d=4.470 avg_d=1.050 std_dev=1.304
C5 B 0, -0.287, 1.152, 2.591, 4.769 max_d=4.769 avg_d=1.152 std_dev=1.439
C2 B 0, -0.375, 1.349, 3.072, 5.737 max_d=5.737 avg_d=1.349 std_dev=1.724
O2 B 0, -0.364, 1.459, 3.283, 6.155 max_d=6.155 avg_d=1.459 std_dev=1.824
C4 B 0, -0.459, 1.429, 3.318, 6.063 max_d=6.063 avg_d=1.429 std_dev=1.889
N3 B 0, -0.469, 1.538, 3.545, 6.491 max_d=6.491 avg_d=1.538 std_dev=2.007
N4 B 0, -0.574, 1.629, 3.831, 6.915 max_d=6.915 avg_d=1.629 std_dev=2.203

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.02 0.00 0.05 0.20 0.12 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.19 0.01 0.03 0.07 0.47 0.14 0.13
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.07 0.06 0.02 0.03 0.07 0.01 0.03 0.07 0.01 0.11 0.08 0.29 0.09
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.03 0.09 0.03 0.03 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.05 0.27 0.08 0.12
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.08 0.00 0.02 0.09 0.73 0.22 0.17
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.19 0.18 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.03 0.09 0.75 0.26 0.17
C5' 0.01 0.04 0.07 0.03 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.09 0.06 0.02 0.01 0.24 0.26 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.01 0.04 0.08 0.60 0.22 0.14
N1 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.01 0.06 0.43 0.15 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.15 0.01 0.03 0.08 0.61 0.17 0.15
O2 0.02 0.00 0.07 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.14 0.28 0.01 0.05 0.07 0.37 0.10 0.11
O2' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.07 0.03 0.09 0.04 0.09 0.06 0.08 0.14 0.00 0.04 0.06 0.01 0.12 0.11 0.38 0.12
O3' 0.16 0.19 0.03 0.01 0.08 0.03 0.04 0.09 0.04 0.12 0.15 0.28 0.04 0.00 0.06 0.12 0.09 0.33 0.09 0.18
O4 0.02 0.01 0.07 0.09 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.00 0.04 0.10 0.80 0.24 0.19
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01 0.12 0.04 0.00 0.07 0.13 0.22 0.10
O5' 0.05 0.07 0.11 0.05 0.09 0.02 0.09 0.01 0.08 0.06 0.08 0.07 0.12 0.09 0.10 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.47 0.08 0.27 0.73 0.19 0.75 0.24 0.60 0.43 0.61 0.37 0.11 0.33 0.80 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.14 0.29 0.08 0.22 0.18 0.26 0.26 0.22 0.15 0.17 0.10 0.38 0.09 0.24 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.13 0.09 0.12 0.17 0.02 0.17 0.02 0.14 0.12 0.15 0.11 0.12 0.18 0.19 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.26 0.31 0.52 0.62 0.30 0.24 0.27 0.15 0.26 0.27 0.32 0.31 0.34 0.42 0.92 0.14 0.24 0.28 0.29 0.18
C2 0.25 0.32 0.46 0.56 0.31 0.22 0.28 0.15 0.26 0.28 0.33 0.32 0.34 0.33 0.76 0.14 0.25 0.28 0.31 0.18
C2' 0.39 0.48 0.65 0.71 0.45 0.32 0.39 0.18 0.37 0.41 0.49 0.46 0.52 0.56 1.00 0.21 0.30 0.25 0.33 0.21
C3' 0.30 0.37 0.59 0.67 0.35 0.27 0.30 0.15 0.29 0.32 0.38 0.36 0.41 0.52 0.99 0.12 0.26 0.28 0.31 0.19
C4 0.51 0.70 0.68 0.67 0.72 0.33 0.63 0.22 0.57 0.60 0.75 0.76 0.72 0.52 0.70 0.32 0.34 0.16 0.45 0.22
C4' 0.26 0.33 0.57 0.66 0.30 0.25 0.27 0.15 0.26 0.28 0.33 0.31 0.36 0.49 0.98 0.13 0.24 0.28 0.29 0.17
C5 0.58 0.80 0.78 0.77 0.80 0.37 0.69 0.22 0.62 0.68 0.85 0.85 0.83 0.63 0.85 0.35 0.35 0.15 0.45 0.21
C5' 0.35 0.48 0.68 0.73 0.45 0.28 0.38 0.14 0.35 0.39 0.50 0.47 0.53 0.58 1.02 0.14 0.26 0.24 0.32 0.17
C6 0.50 0.67 0.74 0.76 0.67 0.34 0.57 0.20 0.52 0.57 0.71 0.70 0.71 0.60 0.94 0.29 0.32 0.17 0.40 0.20
N1 0.35 0.45 0.59 0.67 0.44 0.28 0.38 0.17 0.35 0.39 0.47 0.45 0.47 0.46 0.90 0.19 0.27 0.24 0.34 0.19
N3 0.35 0.46 0.51 0.56 0.46 0.25 0.41 0.18 0.38 0.40 0.48 0.48 0.47 0.37 0.65 0.21 0.28 0.20 0.38 0.20
O2 0.11 0.11 0.30 0.44 0.10 0.15 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.14 0.20 0.67 0.13 0.18 0.36 0.23 0.17
O2' 0.32 0.40 0.55 0.62 0.36 0.27 0.31 0.15 0.29 0.34 0.40 0.37 0.44 0.46 0.90 0.16 0.27 0.26 0.31 0.22
O3' 0.12 0.12 0.39 0.51 0.11 0.18 0.12 0.16 0.13 0.11 0.12 0.11 0.14 0.34 0.85 0.16 0.21 0.34 0.28 0.23
O4 0.57 0.79 0.69 0.64 0.83 0.36 0.73 0.26 0.65 0.68 0.86 0.88 0.80 0.53 0.58 0.39 0.35 0.22 0.48 0.22
O4' 0.24 0.29 0.53 0.63 0.28 0.23 0.25 0.15 0.24 0.25 0.30 0.29 0.32 0.43 0.94 0.15 0.22 0.28 0.28 0.16
O5' 0.49 0.68 0.79 0.81 0.66 0.34 0.55 0.17 0.50 0.56 0.72 0.70 0.74 0.67 1.05 0.23 0.34 0.23 0.41 0.22
OP1 1.03 1.37 1.33 1.33 1.44 0.77 1.28 0.60 1.16 1.20 1.48 1.53 1.39 1.12 1.49 0.71 0.89 0.72 1.08 0.79
OP2 0.20 0.45 0.42 0.42 0.48 0.08 0.35 0.17 0.27 0.31 0.52 0.55 0.50 0.27 0.54 0.10 0.13 0.14 0.28 0.13
P 0.61 0.87 0.90 0.89 0.88 0.40 0.73 0.22 0.65 0.72 0.94 0.94 0.93 0.76 1.07 0.33 0.42 0.27 0.54 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.07 0.08 0.07 0.06
C2 0.01 0.00 0.07 0.06 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.08 0.05 0.09 0.09 0.12 0.10
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.02 0.09 0.02 0.05 0.03 0.14 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.00 0.14 0.02 0.14 0.06 0.07 0.10 0.10 0.03 0.01 0.01 0.03 0.08 0.06 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.12 0.02 0.12 0.15 0.19 0.16
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.00 0.01 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.07 0.14 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.18 0.03 0.13 0.16 0.19 0.17
C5' 0.02 0.04 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.04 0.06 0.09 0.05 0.07 0.04 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.17 0.04 0.12 0.12 0.13 0.13
N1 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.08 0.10 0.09
N3 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.09 0.04 0.10 0.11 0.16 0.13
N4 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.02 0.12 0.17 0.21 0.17
O2 0.02 0.01 0.14 0.10 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.13 0.07 0.09 0.10 0.12 0.09
O2' 0.01 0.10 0.00 0.03 0.05 0.07 0.05 0.07 0.06 0.02 0.09 0.06 0.17 0.00 0.06 0.05 0.03 0.06 0.05 0.03
O3' 0.02 0.08 0.03 0.01 0.12 0.03 0.18 0.04 0.17 0.07 0.09 0.13 0.13 0.06 0.00 0.03 0.05 0.09 0.09 0.05
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.07 0.05 0.03 0.00 0.07 0.07 0.05 0.06
O5' 0.07 0.09 0.05 0.03 0.12 0.01 0.13 0.01 0.12 0.08 0.10 0.12 0.09 0.03 0.05 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.09 0.08 0.08 0.15 0.06 0.16 0.06 0.12 0.08 0.11 0.17 0.10 0.06 0.09 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.12 0.08 0.06 0.19 0.03 0.19 0.02 0.13 0.10 0.16 0.21 0.12 0.05 0.09 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.10 0.06 0.04 0.16 0.02 0.17 0.01 0.13 0.09 0.13 0.17 0.09 0.03 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00