ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48800

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 4, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.008, 0.018, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.014, 0.033, 0.052, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.033 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.021, 0.048, 0.076, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.048 std_dev=0.027
C1' A 0, 0.021, 0.049, 0.076, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.049 std_dev=0.027
C4 A 0, 0.021, 0.048, 0.076, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.048 std_dev=0.028
C6 A 0, 0.020, 0.049, 0.077, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.049 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.052, 0.115, 0.177, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.115 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.038, 0.184, 0.331, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.184 std_dev=0.147
O4 A 0, 0.145, 0.308, 0.470, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.308 std_dev=0.163
C2' A 0, 0.114, 0.280, 0.446, 0.564 max_d=0.564 avg_d=0.280 std_dev=0.166
C5' A 0, 0.099, 0.308, 0.516, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.308 std_dev=0.208
P B 0, 0.427, 0.673, 0.920, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.673 std_dev=0.247
C4' A 0, 0.029, 0.303, 0.576, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.303 std_dev=0.274
C3' A 0, 0.088, 0.507, 0.926, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.507 std_dev=0.419
OP1 B 0, 0.657, 1.078, 1.500, 1.645 max_d=1.645 avg_d=1.078 std_dev=0.422
O2' A 0, 0.060, 0.520, 0.980, 1.433 max_d=1.433 avg_d=0.520 std_dev=0.460
OP2 B 0, 0.760, 1.237, 1.715, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.237 std_dev=0.478
O5' B 0, 0.221, 0.978, 1.736, 2.563 max_d=2.563 avg_d=0.978 std_dev=0.758
O5' A 0, -0.066, 0.715, 1.495, 2.384 max_d=2.384 avg_d=0.715 std_dev=0.780
O3' A 0, 0.028, 0.870, 1.712, 2.531 max_d=2.531 avg_d=0.870 std_dev=0.842
C5' B 0, -0.166, 1.266, 2.699, 4.340 max_d=4.340 avg_d=1.266 std_dev=1.433
P A 0, -0.273, 1.180, 2.633, 4.237 max_d=4.237 avg_d=1.180 std_dev=1.453
OP2 A 0, 0.221, 1.723, 3.225, 4.800 max_d=4.800 avg_d=1.723 std_dev=1.502
OP1 A 0, -0.323, 1.383, 3.090, 4.935 max_d=4.935 avg_d=1.383 std_dev=1.707
C3' B 0, -0.044, 2.098, 4.241, 6.681 max_d=6.681 avg_d=2.098 std_dev=2.142
C4' B 0, -0.321, 1.937, 4.194, 6.756 max_d=6.756 avg_d=1.937 std_dev=2.258
C2' B 0, 0.351, 2.657, 4.964, 7.458 max_d=7.458 avg_d=2.657 std_dev=2.307
O4' B 0, -0.123, 2.523, 5.169, 8.042 max_d=8.042 avg_d=2.523 std_dev=2.646
O3' B 0, -0.265, 2.387, 5.039, 8.095 max_d=8.095 avg_d=2.387 std_dev=2.652
C6 B 0, 0.084, 2.815, 5.547, 8.344 max_d=8.344 avg_d=2.815 std_dev=2.731
O2' B 0, 0.159, 2.996, 5.834, 9.002 max_d=9.002 avg_d=2.996 std_dev=2.837
C1' B 0, 0.124, 3.003, 5.882, 8.939 max_d=8.939 avg_d=3.003 std_dev=2.879
N1 B 0, 0.201, 3.212, 6.223, 9.272 max_d=9.272 avg_d=3.212 std_dev=3.011
C5 B 0, -0.051, 3.212, 6.476, 9.885 max_d=9.885 avg_d=3.212 std_dev=3.264
C2 B 0, 0.255, 3.999, 7.743, 11.542 max_d=11.542 avg_d=3.999 std_dev=3.744
C4 B 0, 0.043, 3.981, 7.919, 12.000 max_d=12.000 avg_d=3.981 std_dev=3.938
N3 B 0, 0.207, 4.338, 8.469, 12.693 max_d=12.693 avg_d=4.338 std_dev=4.131
O2 B 0, 0.284, 4.465, 8.647, 12.882 max_d=12.882 avg_d=4.465 std_dev=4.181
N4 B 0, -0.105, 4.474, 9.053, 13.843 max_d=13.843 avg_d=4.474 std_dev=4.579

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.26 0.01 0.00 0.32 0.55 0.25 0.27
C2 0.01 0.00 0.07 0.11 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.18 0.24 0.01 0.05 0.42 0.99 0.42 0.53
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.08 0.02 0.14 0.16 0.15 0.04 0.04 0.17 0.00 0.02 0.09 0.02 0.60 0.55 0.44 0.42
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.20 0.01 0.24 0.01 0.22 0.13 0.15 0.09 0.02 0.01 0.20 0.03 0.32 0.13 0.29 0.07
C4 0.01 0.01 0.08 0.20 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.06 0.00 0.04 0.57 1.48 0.79 0.93
C4' 0.01 0.02 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.03 0.03 0.26 0.02 0.07 0.00 0.02 0.17 0.11 0.17
C5 0.02 0.01 0.14 0.24 0.01 0.09 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.34 0.07 0.01 0.05 0.62 1.54 0.90 1.02
C5' 0.06 0.05 0.16 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.04 0.04 0.06 0.12 0.20 0.06 0.01 0.01 0.22 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.22 0.00 0.09 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.28 0.05 0.01 0.06 0.58 1.30 0.77 0.87
N1 0.01 0.00 0.04 0.13 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.13 0.01 0.02 0.46 0.97 0.49 0.57
N3 0.00 0.00 0.04 0.15 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.17 0.01 0.04 0.50 1.24 0.58 0.72
O2 0.02 0.01 0.17 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.37 0.02 0.08 0.33 0.77 0.24 0.33
O2' 0.02 0.18 0.00 0.02 0.34 0.26 0.34 0.12 0.28 0.18 0.27 0.11 0.00 0.04 0.40 0.16 0.26 0.26 0.16 0.16
O3' 0.26 0.24 0.02 0.01 0.06 0.02 0.07 0.20 0.05 0.13 0.17 0.37 0.04 0.00 0.07 0.16 0.08 0.65 0.21 0.48
O4 0.01 0.01 0.09 0.20 0.00 0.07 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.07 0.00 0.05 0.60 1.60 0.85 1.01
O4' 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.04 0.08 0.16 0.16 0.05 0.00 0.09 0.33 0.17 0.08
O5' 0.32 0.42 0.60 0.32 0.57 0.02 0.62 0.01 0.58 0.46 0.50 0.33 0.26 0.08 0.60 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.55 0.99 0.55 0.13 1.48 0.17 1.54 0.22 1.30 0.97 1.24 0.77 0.26 0.65 1.60 0.33 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.25 0.42 0.44 0.29 0.79 0.11 0.90 0.39 0.77 0.49 0.58 0.24 0.16 0.21 0.85 0.17 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.53 0.42 0.07 0.93 0.17 1.02 0.02 0.87 0.57 0.72 0.33 0.16 0.48 1.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.67 0.36 1.22 1.42 1.65 1.22 1.69 0.94 0.95 0.29 1.01 2.25 0.29 1.54 1.75 0.64 0.53 0.82 0.37 0.23
C2 0.49 0.45 1.07 1.22 1.62 1.00 1.68 0.79 1.00 0.37 1.05 2.12 0.13 1.34 1.43 0.45 0.48 0.78 0.36 0.21
C2' 1.11 0.17 1.57 1.78 1.28 1.65 1.34 1.29 0.57 0.24 0.59 1.92 0.76 1.91 2.18 1.11 0.76 0.92 0.31 0.34
C3' 1.20 0.25 1.69 1.89 1.23 1.67 1.27 1.24 0.51 0.33 0.54 1.89 0.83 2.09 2.35 1.13 0.76 0.82 0.29 0.31
C4 0.13 1.11 0.79 0.90 2.26 0.57 2.14 0.43 1.34 0.83 1.76 2.82 0.72 1.23 1.15 0.15 0.27 0.60 0.20 0.16
C4' 0.75 0.40 1.32 1.54 1.75 1.29 1.75 0.95 0.97 0.32 1.09 2.42 0.36 1.69 1.98 0.70 0.53 0.78 0.38 0.22
C5 0.19 1.11 0.89 1.05 2.37 0.71 2.18 0.53 1.33 0.80 1.84 3.04 0.70 1.39 1.40 0.17 0.31 0.66 0.22 0.16
C5' 0.60 0.63 1.21 1.45 2.05 1.17 1.96 0.85 1.13 0.47 1.40 2.78 0.23 1.65 1.94 0.55 0.45 0.76 0.40 0.20
C6 0.37 0.85 1.04 1.23 2.15 0.92 2.03 0.69 1.20 0.61 1.58 2.82 0.38 1.49 1.61 0.31 0.40 0.74 0.29 0.19
N1 0.51 0.55 1.12 1.31 1.83 1.05 1.82 0.81 1.06 0.42 1.22 2.42 0.13 1.47 1.62 0.47 0.47 0.78 0.34 0.21
N3 0.26 0.73 0.91 1.01 1.83 0.74 1.85 0.59 1.15 0.57 1.31 2.30 0.31 1.23 1.18 0.22 0.37 0.68 0.29 0.18
O2 0.63 0.19 1.12 1.25 1.27 1.10 1.42 0.90 0.83 0.20 0.69 1.71 0.40 1.29 1.39 0.60 0.54 0.80 0.41 0.23
O2' 0.90 0.14 1.24 1.42 1.35 1.41 1.47 1.07 0.76 0.13 0.65 1.94 0.71 1.50 1.74 0.95 0.50 0.66 0.62 0.15
O3' 1.11 0.32 1.53 1.69 1.22 1.50 1.35 1.00 0.65 0.34 0.52 1.83 0.91 1.90 2.17 1.03 0.51 0.46 0.67 0.30
O4 0.25 1.40 0.56 0.62 2.47 0.31 2.28 0.25 1.48 1.06 2.03 2.99 1.07 1.05 0.83 0.33 0.18 0.47 0.14 0.15
O4' 0.49 0.67 1.08 1.29 1.98 1.03 1.97 0.76 1.20 0.55 1.36 2.62 0.27 1.43 1.68 0.45 0.41 0.75 0.42 0.19
O5' 0.20 1.23 0.62 0.88 2.69 0.69 2.56 0.46 1.69 1.02 2.04 3.46 0.67 1.04 1.32 0.22 0.21 0.52 0.70 0.29
OP1 0.94 2.26 0.37 0.24 3.81 0.23 3.59 0.36 2.63 1.97 3.16 4.67 1.68 0.31 0.69 0.87 0.81 0.31 1.46 0.97
OP2 0.33 1.56 0.41 0.72 3.07 0.57 2.88 0.41 1.96 1.30 2.42 3.90 0.98 0.79 1.19 0.26 0.17 0.61 0.69 0.22
P 0.36 1.59 0.37 0.67 3.12 0.53 2.94 0.34 2.02 1.34 2.46 3.96 1.00 0.77 1.16 0.31 0.28 0.47 0.89 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.00 0.07 0.09 0.19 0.10
C2 0.01 0.00 0.25 0.24 0.01 0.08 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.25 0.25 0.18 0.61 0.32
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.06 0.02 0.13 0.15 0.20 0.03 0.20 0.06 0.41 0.00 0.02 0.02 0.32 0.30 0.45 0.35
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.38 0.01 0.39 0.02 0.33 0.23 0.32 0.42 0.15 0.02 0.01 0.02 0.12 0.20 0.21 0.15
C4 0.01 0.01 0.06 0.38 0.00 0.18 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.15 0.03 0.65 0.72 1.20 0.83
C4' 0.00 0.08 0.02 0.01 0.18 0.00 0.35 0.01 0.36 0.11 0.03 0.19 0.29 0.28 0.02 0.01 0.02 0.11 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.13 0.39 0.00 0.35 0.00 0.48 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.55 0.19 0.22 0.82 0.95 1.31 1.02
C5' 0.03 0.12 0.15 0.02 0.25 0.01 0.48 0.00 0.47 0.12 0.07 0.28 0.36 0.12 0.17 0.02 0.01 0.08 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.20 0.33 0.01 0.36 0.00 0.47 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.56 0.12 0.30 0.72 0.77 0.98 0.83
N1 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.06 0.02 0.35 0.33 0.59 0.42
N3 0.01 0.00 0.20 0.32 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.07 0.17 0.41 0.39 0.90 0.53
N4 0.01 0.01 0.06 0.42 0.00 0.19 0.01 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.34 0.20 0.03 0.71 0.85 1.39 0.95
O2 0.01 0.01 0.41 0.15 0.01 0.29 0.01 0.36 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.42 0.18 0.46 0.07 0.16 0.37 0.07
O2' 0.01 0.10 0.00 0.02 0.31 0.28 0.55 0.12 0.56 0.19 0.08 0.34 0.42 0.00 0.03 0.19 0.25 0.21 0.57 0.31
O3' 0.27 0.07 0.02 0.01 0.15 0.02 0.19 0.17 0.12 0.06 0.07 0.20 0.18 0.03 0.00 0.17 0.12 0.28 0.14 0.15
O4' 0.00 0.25 0.02 0.02 0.03 0.01 0.22 0.02 0.30 0.02 0.17 0.03 0.46 0.19 0.17 0.00 0.18 0.17 0.29 0.23
O5' 0.07 0.25 0.32 0.12 0.65 0.02 0.82 0.01 0.72 0.35 0.41 0.71 0.07 0.25 0.12 0.18 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.09 0.18 0.30 0.20 0.72 0.11 0.95 0.08 0.77 0.33 0.39 0.85 0.16 0.21 0.28 0.17 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.61 0.45 0.21 1.20 0.04 1.31 0.04 0.98 0.59 0.90 1.39 0.37 0.57 0.14 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.32 0.35 0.15 0.83 0.01 1.02 0.02 0.83 0.42 0.53 0.95 0.07 0.31 0.15 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00