ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48801

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 4, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.013, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.013 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.007, 0.013, 0.018, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.014, 0.024, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.024 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.016, 0.026, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.011, 0.022, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.021 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.037, 0.060, 0.083, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.060 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.083, 0.157, 0.230, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.157 std_dev=0.073
O4' A 0, 0.227, 0.337, 0.448, 0.430 max_d=0.430 avg_d=0.337 std_dev=0.111
C5' A 0, 0.218, 0.336, 0.454, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.336 std_dev=0.118
C2' A 0, 0.327, 0.481, 0.635, 0.579 max_d=0.579 avg_d=0.481 std_dev=0.154
C4' A 0, 0.378, 0.563, 0.747, 0.740 max_d=0.740 avg_d=0.563 std_dev=0.185
P B 0, 0.258, 0.461, 0.665, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.461 std_dev=0.203
OP1 B 0, 0.272, 0.514, 0.757, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.514 std_dev=0.242
C3' A 0, 0.757, 1.092, 1.426, 1.293 max_d=1.293 avg_d=1.092 std_dev=0.334
O5' B 0, 0.609, 0.960, 1.311, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.960 std_dev=0.351
OP2 B 0, 0.770, 1.149, 1.528, 1.509 max_d=1.509 avg_d=1.149 std_dev=0.379
O2' A 0, 0.982, 1.411, 1.841, 1.644 max_d=1.644 avg_d=1.411 std_dev=0.430
C5' B 0, 0.843, 1.329, 1.814, 2.016 max_d=2.016 avg_d=1.329 std_dev=0.486
C3' B 0, 1.083, 1.688, 2.293, 2.618 max_d=2.618 avg_d=1.688 std_dev=0.605
C4' B 0, 1.101, 1.727, 2.353, 2.666 max_d=2.666 avg_d=1.727 std_dev=0.626
O3' A 0, 1.595, 2.291, 2.987, 2.654 max_d=2.654 avg_d=2.291 std_dev=0.696
O4' B 0, 1.346, 2.059, 2.772, 3.040 max_d=3.040 avg_d=2.059 std_dev=0.713
N3 B 0, 1.099, 1.837, 2.576, 3.190 max_d=3.190 avg_d=1.837 std_dev=0.738
C2 B 0, 1.156, 1.895, 2.634, 3.199 max_d=3.199 avg_d=1.895 std_dev=0.739
O2 B 0, 1.134, 1.880, 2.626, 3.276 max_d=3.276 avg_d=1.880 std_dev=0.746
N4 B 0, 1.213, 1.967, 2.720, 3.229 max_d=3.229 avg_d=1.967 std_dev=0.754
C4 B 0, 1.276, 2.040, 2.803, 3.275 max_d=3.275 avg_d=2.040 std_dev=0.764
O3' B 0, 1.325, 2.096, 2.867, 3.293 max_d=3.293 avg_d=2.096 std_dev=0.771
O5' A 0, 1.838, 2.644, 3.450, 3.205 max_d=3.205 avg_d=2.644 std_dev=0.806
N1 B 0, 1.538, 2.346, 3.155, 3.475 max_d=3.475 avg_d=2.346 std_dev=0.808
C1' B 0, 1.743, 2.600, 3.458, 3.667 max_d=3.667 avg_d=2.600 std_dev=0.858
C5 B 0, 1.742, 2.626, 3.510, 3.739 max_d=3.739 avg_d=2.626 std_dev=0.884
C6 B 0, 1.881, 2.802, 3.722, 3.881 max_d=3.881 avg_d=2.802 std_dev=0.921
C2' B 0, 2.150, 3.148, 4.145, 4.213 max_d=4.213 avg_d=3.148 std_dev=0.997
P A 0, 3.046, 4.372, 5.698, 5.034 max_d=5.034 avg_d=4.372 std_dev=1.326
O2' B 0, 3.403, 4.931, 6.459, 6.301 max_d=6.301 avg_d=4.931 std_dev=1.528
OP1 A 0, 3.647, 5.232, 6.816, 5.877 max_d=5.877 avg_d=5.232 std_dev=1.585
OP2 A 0, 3.713, 5.324, 6.934, 5.969 max_d=5.969 avg_d=5.324 std_dev=1.611

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.00 0.09 0.11 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.06 0.01 0.02 0.13 0.22 0.17 0.15
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.15 0.14 0.12
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.08 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.00 0.02 0.17 0.32 0.28 0.24
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.04 0.00 0.01 0.05 0.06 0.05
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.01 0.02 0.19 0.33 0.31 0.26
C5' 0.02 0.04 0.04 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.04 0.05 0.03 0.03 0.05 0.08 0.01 0.01 0.08 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.01 0.17 0.27 0.26 0.22
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.14 0.20 0.18 0.15
N3 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.05 0.01 0.02 0.15 0.27 0.22 0.19
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.02 0.10 0.17 0.13 0.11
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.07 0.06 0.06 0.03 0.05 0.04 0.06 0.05 0.00 0.02 0.07 0.04 0.08 0.12 0.12 0.09
O3' 0.06 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.09 0.02 0.00 0.05 0.05 0.03 0.13 0.12 0.12
O4 0.01 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.03 0.18 0.35 0.31 0.26
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.04 0.04 0.08 0.05
O5' 0.09 0.13 0.14 0.06 0.17 0.01 0.19 0.01 0.17 0.14 0.15 0.10 0.08 0.03 0.18 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.11 0.22 0.15 0.04 0.32 0.05 0.33 0.08 0.27 0.20 0.27 0.17 0.12 0.13 0.35 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.17 0.14 0.08 0.28 0.06 0.31 0.06 0.26 0.18 0.22 0.13 0.12 0.12 0.31 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.15 0.12 0.05 0.24 0.05 0.26 0.01 0.22 0.15 0.19 0.11 0.09 0.12 0.26 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.36 0.34 0.37 0.37 0.38 0.33 0.40 0.27 0.40 0.37 0.35 0.39 0.32 0.42 0.42 0.34 0.15 0.07 0.16 0.06
C2 0.32 0.32 0.34 0.33 0.37 0.29 0.40 0.25 0.39 0.34 0.33 0.38 0.28 0.37 0.35 0.30 0.14 0.07 0.16 0.06
C2' 0.35 0.34 0.37 0.36 0.36 0.31 0.38 0.23 0.37 0.35 0.34 0.37 0.33 0.43 0.43 0.32 0.13 0.12 0.16 0.08
C3' 0.33 0.32 0.35 0.33 0.34 0.29 0.35 0.22 0.35 0.33 0.32 0.34 0.31 0.41 0.38 0.30 0.11 0.11 0.16 0.07
C4 0.26 0.28 0.29 0.21 0.35 0.19 0.38 0.19 0.35 0.30 0.31 0.37 0.23 0.33 0.19 0.21 0.13 0.17 0.18 0.11
C4' 0.34 0.33 0.36 0.35 0.36 0.31 0.38 0.25 0.37 0.35 0.34 0.37 0.32 0.42 0.40 0.32 0.13 0.06 0.15 0.06
C5 0.28 0.29 0.31 0.25 0.36 0.22 0.38 0.20 0.36 0.31 0.32 0.38 0.25 0.36 0.24 0.24 0.12 0.14 0.18 0.10
C5' 0.33 0.33 0.36 0.34 0.37 0.30 0.39 0.25 0.38 0.35 0.34 0.38 0.31 0.42 0.39 0.31 0.13 0.06 0.15 0.06
C6 0.31 0.32 0.34 0.31 0.37 0.27 0.39 0.23 0.37 0.33 0.33 0.38 0.29 0.38 0.33 0.28 0.12 0.09 0.16 0.06
N1 0.33 0.33 0.36 0.34 0.37 0.30 0.40 0.25 0.39 0.35 0.34 0.38 0.30 0.39 0.37 0.31 0.13 0.06 0.16 0.05
N3 0.28 0.28 0.30 0.26 0.36 0.22 0.38 0.21 0.37 0.31 0.31 0.37 0.24 0.33 0.25 0.24 0.12 0.13 0.16 0.07
O2 0.35 0.34 0.36 0.36 0.39 0.34 0.42 0.29 0.41 0.37 0.35 0.40 0.30 0.38 0.39 0.34 0.17 0.11 0.17 0.09
O2' 0.42 0.41 0.44 0.42 0.43 0.38 0.45 0.28 0.44 0.42 0.41 0.43 0.39 0.52 0.51 0.39 0.20 0.14 0.17 0.11
O3' 0.34 0.33 0.36 0.33 0.35 0.30 0.37 0.24 0.37 0.34 0.34 0.35 0.33 0.43 0.39 0.32 0.15 0.13 0.16 0.11
O4 0.21 0.25 0.24 0.13 0.34 0.14 0.36 0.17 0.32 0.26 0.29 0.37 0.19 0.30 0.10 0.17 0.15 0.21 0.19 0.15
O4' 0.35 0.34 0.37 0.36 0.38 0.33 0.40 0.27 0.39 0.36 0.35 0.39 0.32 0.41 0.40 0.33 0.15 0.05 0.15 0.05
O5' 0.40 0.41 0.42 0.40 0.45 0.37 0.47 0.32 0.46 0.42 0.43 0.47 0.39 0.48 0.48 0.38 0.23 0.10 0.17 0.13
OP1 0.49 0.53 0.54 0.49 0.58 0.44 0.59 0.39 0.57 0.53 0.56 0.60 0.51 0.59 0.56 0.46 0.34 0.22 0.27 0.25
OP2 0.39 0.41 0.42 0.40 0.47 0.35 0.49 0.30 0.47 0.42 0.44 0.49 0.39 0.48 0.49 0.36 0.25 0.16 0.23 0.18
P 0.40 0.42 0.44 0.41 0.47 0.36 0.49 0.31 0.47 0.43 0.44 0.49 0.40 0.50 0.49 0.37 0.24 0.14 0.22 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.09 0.09 0.13 0.10
C2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.06 0.15 0.14 0.27 0.19
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.03 0.02 0.08 0.00 0.02 0.01 0.09 0.13 0.13 0.11
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.08 0.06
C4 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.04 0.02 0.23 0.27 0.42 0.31
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.03 0.05 0.07 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.02 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.07 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 0.05 0.25 0.31 0.44 0.34
C5' 0.03 0.07 0.04 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.13 0.06 0.08 0.12 0.10 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.07 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.15 0.04 0.07 0.22 0.27 0.36 0.29
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.16 0.16 0.26 0.19
N3 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.04 0.04 0.19 0.19 0.35 0.25
N4 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.04 0.03 0.25 0.30 0.47 0.34
O2 0.01 0.00 0.08 0.02 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.07 0.10 0.12 0.10 0.20 0.14
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.09 0.05 0.15 0.03 0.15 0.05 0.05 0.10 0.11 0.00 0.05 0.03 0.08 0.14 0.15 0.11
O3' 0.06 0.05 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.07 0.05 0.00 0.05 0.06 0.09 0.10 0.08
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.04 0.03 0.10 0.03 0.05 0.00 0.08 0.06 0.10 0.08
O5' 0.09 0.15 0.09 0.05 0.23 0.01 0.25 0.01 0.22 0.16 0.19 0.25 0.12 0.08 0.06 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.09 0.14 0.13 0.08 0.27 0.04 0.31 0.04 0.27 0.16 0.19 0.30 0.10 0.14 0.09 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.27 0.13 0.08 0.42 0.02 0.44 0.01 0.36 0.26 0.35 0.47 0.20 0.15 0.10 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.19 0.11 0.06 0.31 0.02 0.34 0.01 0.29 0.19 0.25 0.34 0.14 0.11 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00