ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48803

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 3, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.013, 0.028, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.014, 0.028, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.012, 0.027, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.027 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.034, 0.074, 0.114, 0.121 max_d=0.121 avg_d=0.074 std_dev=0.040
O4 A 0, 0.080, 0.151, 0.222, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.151 std_dev=0.071
P B 0, 0.539, 0.872, 1.205, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.872 std_dev=0.333
OP2 B 0, 0.532, 0.871, 1.211, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.871 std_dev=0.339
OP1 B 0, 0.849, 1.367, 1.884, 1.869 max_d=1.869 avg_d=1.367 std_dev=0.517
O4' A 0, 0.359, 0.896, 1.433, 1.461 max_d=1.461 avg_d=0.896 std_dev=0.537
C2' A 0, 0.380, 0.930, 1.481, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.930 std_dev=0.551
O5' B 0, 0.336, 1.026, 1.716, 2.746 max_d=2.746 avg_d=1.026 std_dev=0.690
C4' A 0, 0.555, 1.334, 2.113, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.334 std_dev=0.779
C3' A 0, 0.649, 1.433, 2.218, 2.173 max_d=2.173 avg_d=1.433 std_dev=0.785
O2' A 0, 0.488, 1.330, 2.173, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.330 std_dev=0.843
C5' A 0, 0.960, 1.944, 2.928, 2.939 max_d=2.939 avg_d=1.944 std_dev=0.984
O3' A 0, 0.919, 2.048, 3.177, 3.078 max_d=3.078 avg_d=2.048 std_dev=1.129
OP1 A 0, 1.592, 2.758, 3.925, 4.331 max_d=4.331 avg_d=2.758 std_dev=1.166
P A 0, 1.404, 2.592, 3.781, 3.826 max_d=3.826 avg_d=2.592 std_dev=1.189
C5' B 0, -0.005, 1.227, 2.458, 4.713 max_d=4.713 avg_d=1.227 std_dev=1.231
O5' A 0, 1.201, 2.460, 3.719, 3.641 max_d=3.641 avg_d=2.460 std_dev=1.259
C4' B 0, -0.404, 1.392, 3.188, 6.499 max_d=6.499 avg_d=1.392 std_dev=1.796
O4' B 0, -0.446, 1.386, 3.218, 6.664 max_d=6.664 avg_d=1.386 std_dev=1.832
C6 B 0, -0.008, 1.839, 3.685, 7.197 max_d=7.197 avg_d=1.839 std_dev=1.846
C5 B 0, 0.175, 2.059, 3.942, 7.225 max_d=7.225 avg_d=2.059 std_dev=1.884
C3' B 0, -0.443, 1.576, 3.594, 7.329 max_d=7.329 avg_d=1.576 std_dev=2.019
N1 B 0, -0.327, 1.754, 3.834, 7.886 max_d=7.886 avg_d=1.754 std_dev=2.081
OP2 A 0, 1.480, 3.562, 5.643, 5.780 max_d=5.780 avg_d=3.562 std_dev=2.082
C4 B 0, 0.040, 2.149, 4.258, 8.017 max_d=8.017 avg_d=2.149 std_dev=2.109
C1' B 0, -0.501, 1.657, 3.815, 7.933 max_d=7.933 avg_d=1.657 std_dev=2.158
N4 B 0, 0.155, 2.373, 4.592, 8.103 max_d=8.103 avg_d=2.373 std_dev=2.219
O3' B 0, -0.160, 2.092, 4.344, 8.567 max_d=8.567 avg_d=2.092 std_dev=2.252
C2 B 0, -0.325, 1.949, 4.224, 8.659 max_d=8.659 avg_d=1.949 std_dev=2.274
N3 B 0, -0.179, 2.097, 4.374, 8.718 max_d=8.718 avg_d=2.097 std_dev=2.277
C2' B 0, -0.801, 1.627, 4.055, 8.544 max_d=8.544 avg_d=1.627 std_dev=2.428
O2 B 0, -0.308, 2.124, 4.556, 9.282 max_d=9.282 avg_d=2.124 std_dev=2.432
O2' B 0, -0.521, 2.169, 4.858, 9.927 max_d=9.927 avg_d=2.169 std_dev=2.689

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.27 0.01 0.01 0.22 0.53 0.57 0.09
C2 0.01 0.00 0.21 0.15 0.01 0.13 0.01 0.44 0.01 0.00 0.00 0.00 0.29 0.16 0.01 0.21 0.36 0.71 0.59 0.12
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.03 0.02 0.19 0.29 0.24 0.02 0.14 0.39 0.00 0.03 0.03 0.00 0.12 0.79 0.35 0.36
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.30 0.00 0.38 0.01 0.36 0.19 0.22 0.18 0.01 0.00 0.32 0.01 0.05 0.22 0.33 0.11
C4 0.01 0.01 0.03 0.30 0.00 0.11 0.00 0.46 0.00 0.01 0.00 0.00 0.28 0.17 0.00 0.02 0.65 0.81 0.91 0.37
C4' 0.02 0.13 0.02 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.15 0.06 0.12 0.20 0.27 0.01 0.11 0.00 0.02 0.20 0.36 0.06
C5 0.01 0.01 0.19 0.38 0.00 0.14 0.00 0.40 0.00 0.01 0.00 0.01 0.40 0.33 0.00 0.14 0.75 0.82 1.02 0.44
C5' 0.20 0.44 0.29 0.01 0.46 0.01 0.40 0.00 0.34 0.35 0.48 0.45 0.10 0.23 0.47 0.03 0.01 0.29 0.31 0.02
C6 0.01 0.01 0.24 0.36 0.00 0.15 0.00 0.34 0.00 0.01 0.00 0.01 0.40 0.29 0.00 0.19 0.68 0.76 0.87 0.33
N1 0.00 0.00 0.02 0.19 0.01 0.06 0.01 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.09 0.01 0.02 0.43 0.68 0.65 0.15
N3 0.01 0.00 0.14 0.22 0.00 0.12 0.00 0.48 0.00 0.00 0.00 0.00 0.25 0.04 0.00 0.15 0.49 0.77 0.71 0.23
O2 0.01 0.00 0.39 0.18 0.00 0.20 0.01 0.45 0.01 0.00 0.00 0.00 0.56 0.37 0.01 0.36 0.20 0.68 0.47 0.05
O2' 0.01 0.29 0.00 0.01 0.28 0.27 0.40 0.10 0.40 0.15 0.25 0.56 0.00 0.07 0.31 0.17 0.05 0.69 0.32 0.30
O3' 0.27 0.16 0.03 0.00 0.17 0.01 0.33 0.23 0.29 0.09 0.04 0.37 0.07 0.00 0.20 0.27 0.15 0.29 0.39 0.17
O4 0.01 0.01 0.03 0.32 0.00 0.11 0.00 0.47 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.20 0.00 0.02 0.69 0.81 0.99 0.42
O4' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.02 0.00 0.14 0.03 0.19 0.02 0.15 0.36 0.17 0.27 0.02 0.00 0.32 0.17 0.66 0.29
O5' 0.22 0.36 0.12 0.05 0.65 0.02 0.75 0.01 0.68 0.43 0.49 0.20 0.05 0.15 0.69 0.32 0.00 0.01 0.03 0.00
OP1 0.53 0.71 0.79 0.22 0.81 0.20 0.82 0.29 0.76 0.68 0.77 0.68 0.69 0.29 0.81 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.57 0.59 0.35 0.33 0.91 0.36 1.02 0.31 0.87 0.65 0.71 0.47 0.32 0.39 0.99 0.66 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.12 0.36 0.11 0.37 0.06 0.44 0.02 0.33 0.15 0.23 0.05 0.30 0.17 0.42 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.41 0.40 0.39 0.41 0.55 0.40 0.44 0.44 0.31 0.36 0.49 0.72 0.42 0.36 0.51 0.46 0.14 0.16 0.08 0.13
C2 0.39 0.29 0.41 0.44 0.45 0.46 0.42 0.51 0.25 0.28 0.35 0.58 0.32 0.39 0.52 0.46 0.21 0.11 0.08 0.13
C2' 1.13 1.08 1.06 0.89 0.86 0.92 0.77 0.77 0.91 1.07 0.99 0.82 1.16 1.06 0.81 1.11 0.67 0.48 0.38 0.37
C3' 0.97 0.90 1.02 0.93 0.67 0.83 0.69 0.71 0.84 0.93 0.78 0.51 0.95 1.00 0.97 0.93 0.43 0.36 0.23 0.19
C4 0.70 0.53 0.62 0.58 0.49 0.71 0.47 0.68 0.51 0.57 0.49 0.56 0.56 0.63 0.65 0.79 0.38 0.08 0.13 0.15
C4' 0.54 0.38 0.72 0.89 0.41 0.70 0.36 0.75 0.41 0.44 0.37 0.62 0.41 0.71 1.12 0.58 0.33 0.28 0.19 0.31
C5 0.80 0.65 0.67 0.62 0.62 0.74 0.62 0.70 0.67 0.70 0.62 0.67 0.66 0.69 0.70 0.88 0.35 0.08 0.11 0.13
C5' 0.70 0.60 0.89 1.10 0.71 0.91 0.65 0.99 0.62 0.63 0.65 0.92 0.61 0.92 1.41 0.72 0.62 0.49 0.51 0.59
C6 0.73 0.60 0.62 0.58 0.61 0.66 0.59 0.64 0.63 0.65 0.59 0.68 0.61 0.62 0.67 0.80 0.28 0.09 0.09 0.12
N1 0.53 0.43 0.49 0.49 0.50 0.53 0.44 0.54 0.39 0.45 0.46 0.63 0.45 0.47 0.58 0.60 0.21 0.11 0.08 0.12
N3 0.51 0.34 0.49 0.50 0.40 0.57 0.37 0.59 0.30 0.36 0.34 0.51 0.39 0.49 0.57 0.59 0.32 0.06 0.11 0.14
O2 0.13 0.26 0.24 0.32 0.58 0.28 0.63 0.37 0.40 0.21 0.42 0.70 0.19 0.22 0.42 0.16 0.11 0.17 0.08 0.15
O2' 1.28 1.34 1.29 1.11 1.16 1.07 0.90 0.90 0.94 1.21 1.30 1.20 1.46 1.30 1.02 1.18 0.87 0.70 0.52 0.51
O3' 0.95 0.82 1.23 1.25 0.55 1.00 0.66 0.94 0.80 0.87 0.65 0.36 0.89 1.18 1.35 0.87 0.49 0.55 0.28 0.38
O4 0.75 0.56 0.66 0.60 0.50 0.75 0.49 0.70 0.53 0.61 0.51 0.54 0.61 0.69 0.66 0.83 0.44 0.13 0.15 0.18
O4' 0.43 0.11 0.67 0.90 0.31 0.72 0.16 0.80 0.17 0.24 0.17 0.60 0.17 0.67 1.12 0.50 0.47 0.37 0.32 0.48
O5' 1.04 1.14 0.98 0.87 1.25 0.76 1.22 0.59 1.12 1.11 1.19 1.31 1.13 1.03 1.06 0.97 0.20 0.25 0.27 0.15
OP1 1.68 1.80 1.60 1.50 1.95 1.49 1.87 1.39 1.74 1.74 1.88 2.06 1.77 1.72 1.69 1.59 0.97 0.78 0.79 0.82
OP2 1.44 1.45 1.29 1.13 1.56 1.13 1.65 0.93 1.57 1.49 1.46 1.58 1.40 1.35 1.31 1.43 0.60 0.64 0.54 0.52
P 1.33 1.44 1.19 1.03 1.59 1.02 1.58 0.83 1.45 1.41 1.51 1.68 1.41 1.28 1.19 1.27 0.42 0.16 0.08 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.13 0.21 0.11 0.25
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.09 0.03 0.23 0.26 0.28 0.35
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.12 0.04 0.05 0.07 0.16 0.00 0.01 0.01 0.09 0.18 0.10 0.12
C3' 0.02 0.11 0.00 0.00 0.24 0.00 0.31 0.01 0.29 0.15 0.16 0.26 0.13 0.01 0.01 0.02 0.23 0.39 0.17 0.21
C4 0.01 0.00 0.06 0.24 0.00 0.13 0.01 0.23 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.23 0.03 0.42 0.49 0.54 0.59
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.16 0.07 0.08 0.14 0.05 0.08 0.02 0.00 0.01 0.07 0.04 0.10
C5 0.00 0.00 0.11 0.31 0.01 0.17 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.31 0.02 0.49 0.59 0.60 0.67
C5' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.23 0.00 0.28 0.00 0.24 0.11 0.15 0.26 0.04 0.07 0.04 0.01 0.01 0.24 0.07 0.01
C6 0.00 0.01 0.12 0.29 0.01 0.16 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.28 0.03 0.44 0.52 0.48 0.59
N1 0.01 0.01 0.04 0.15 0.00 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.02 0.27 0.32 0.29 0.40
N3 0.02 0.00 0.05 0.16 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.14 0.13 0.03 0.31 0.34 0.40 0.45
N4 0.01 0.01 0.07 0.26 0.00 0.14 0.01 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.09 0.26 0.03 0.45 0.54 0.62 0.64
O2 0.03 0.00 0.16 0.13 0.01 0.05 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.24 0.18 0.04 0.13 0.18 0.17 0.23
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.08 0.08 0.02 0.07 0.03 0.04 0.14 0.09 0.24 0.00 0.07 0.08 0.04 0.09 0.04 0.14
O3' 0.03 0.09 0.01 0.01 0.23 0.02 0.31 0.04 0.28 0.11 0.13 0.26 0.18 0.07 0.00 0.02 0.38 0.62 0.22 0.36
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.08 0.02 0.00 0.24 0.33 0.11 0.33
O5' 0.13 0.23 0.09 0.23 0.42 0.01 0.49 0.01 0.44 0.27 0.31 0.45 0.13 0.04 0.38 0.24 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.21 0.26 0.18 0.39 0.49 0.07 0.59 0.24 0.52 0.32 0.34 0.54 0.18 0.09 0.62 0.33 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.28 0.10 0.17 0.54 0.04 0.60 0.07 0.48 0.29 0.40 0.62 0.17 0.04 0.22 0.11 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.25 0.35 0.12 0.21 0.59 0.10 0.67 0.01 0.59 0.40 0.45 0.64 0.23 0.14 0.36 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00