ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48804

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, -0.001, 0.013, 0.027, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.013 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.019
N1 A 0, 0.003, 0.024, 0.044, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.024 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.003, 0.028, 0.052, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.028 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.004, 0.029, 0.054, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.029 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.004, 0.029, 0.055, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.029 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.015, 0.054, 0.092, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.054 std_dev=0.038
O4 A 0, -0.004, 0.118, 0.240, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.118 std_dev=0.122
C2' A 0, -0.025, 0.249, 0.523, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.249 std_dev=0.274
O4' A 0, -0.118, 0.205, 0.527, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.205 std_dev=0.323
OP1 B 0, 0.139, 0.495, 0.851, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.495 std_dev=0.356
P B 0, 0.206, 0.615, 1.024, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.615 std_dev=0.409
OP2 B 0, 0.264, 0.676, 1.087, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.676 std_dev=0.411
C4' A 0, 0.000, 0.541, 1.083, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.541 std_dev=0.542
O2' A 0, 0.047, 0.641, 1.235, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.641 std_dev=0.594
C5' A 0, 0.016, 0.741, 1.467, 2.165 max_d=2.165 avg_d=0.741 std_dev=0.726
C3' A 0, 0.045, 0.797, 1.548, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.797 std_dev=0.752
O5' A 0, -0.181, 1.045, 2.270, 3.079 max_d=3.079 avg_d=1.045 std_dev=1.226
O5' B 0, 0.090, 1.357, 2.624, 3.454 max_d=3.454 avg_d=1.357 std_dev=1.267
O3' A 0, -0.001, 1.405, 2.812, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.405 std_dev=1.407
P A 0, -0.173, 1.381, 2.935, 4.032 max_d=4.032 avg_d=1.381 std_dev=1.554
OP2 A 0, -0.199, 1.556, 3.310, 4.963 max_d=4.963 avg_d=1.556 std_dev=1.754
OP1 A 0, -0.255, 1.553, 3.362, 4.927 max_d=4.927 avg_d=1.553 std_dev=1.809
C5' B 0, -0.206, 1.858, 3.921, 5.627 max_d=5.627 avg_d=1.858 std_dev=2.063
C4' B 0, -0.362, 2.250, 4.863, 7.020 max_d=7.020 avg_d=2.250 std_dev=2.612
C3' B 0, -0.337, 2.400, 5.137, 7.382 max_d=7.382 avg_d=2.400 std_dev=2.737
O4' B 0, -0.423, 2.322, 5.067, 7.370 max_d=7.370 avg_d=2.322 std_dev=2.745
C6 B 0, -0.560, 2.273, 5.105, 7.541 max_d=7.541 avg_d=2.273 std_dev=2.833
C2' B 0, -0.307, 2.532, 5.370, 7.679 max_d=7.679 avg_d=2.532 std_dev=2.838
C5 B 0, -0.493, 2.410, 5.313, 7.759 max_d=7.759 avg_d=2.410 std_dev=2.903
C1' B 0, -0.401, 2.540, 5.482, 7.926 max_d=7.926 avg_d=2.540 std_dev=2.942
O2' B 0, -0.271, 2.729, 5.729, 8.022 max_d=8.022 avg_d=2.729 std_dev=3.000
N1 B 0, -0.517, 2.531, 5.579, 8.160 max_d=8.160 avg_d=2.531 std_dev=3.048
C4 B 0, -0.531, 2.781, 6.092, 8.819 max_d=8.819 avg_d=2.781 std_dev=3.311
O3' B 0, -0.497, 2.936, 6.370, 9.132 max_d=9.132 avg_d=2.936 std_dev=3.434
N4 B 0, -0.485, 2.992, 6.469, 9.205 max_d=9.205 avg_d=2.992 std_dev=3.477
C2 B 0, -0.605, 2.977, 6.558, 9.544 max_d=9.544 avg_d=2.977 std_dev=3.582
N3 B 0, -0.655, 3.074, 6.802, 9.896 max_d=9.896 avg_d=3.074 std_dev=3.728
O2 B 0, -0.591, 3.413, 7.418, 10.704 max_d=10.704 avg_d=3.413 std_dev=4.004

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.37 0.05 0.01 0.12 0.29 0.43 0.16
C2 0.04 0.00 0.11 0.20 0.04 0.09 0.02 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.34 0.06 0.10 0.27 0.32 0.45 0.15
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.26 0.12 0.02 0.08 0.20 0.01 0.02 0.06 0.03 0.44 0.82 0.76 0.66
C3' 0.03 0.20 0.01 0.00 0.36 0.00 0.42 0.04 0.37 0.22 0.28 0.20 0.02 0.01 0.39 0.02 0.33 0.40 0.31 0.33
C4 0.04 0.04 0.04 0.36 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.03 0.02 0.05 0.44 0.13 0.01 0.02 0.62 0.33 0.72 0.50
C4' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.15 0.00 0.21 0.01 0.21 0.10 0.11 0.14 0.31 0.03 0.16 0.00 0.04 0.17 0.33 0.06
C5 0.01 0.02 0.09 0.42 0.00 0.21 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.03 0.40 0.20 0.01 0.08 0.74 0.48 0.78 0.63
C5' 0.09 0.12 0.26 0.04 0.20 0.01 0.25 0.00 0.21 0.10 0.15 0.16 0.09 0.20 0.22 0.01 0.01 0.38 0.44 0.02
C6 0.01 0.01 0.12 0.37 0.01 0.21 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.14 0.01 0.11 0.64 0.42 0.56 0.47
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.03 0.10 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.25 0.16 0.04 0.02 0.35 0.27 0.41 0.19
N3 0.04 0.01 0.08 0.28 0.02 0.11 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.03 0.41 0.23 0.05 0.07 0.42 0.27 0.56 0.29
O2 0.06 0.01 0.20 0.20 0.05 0.14 0.03 0.16 0.02 0.01 0.03 0.00 0.33 0.57 0.08 0.17 0.13 0.47 0.45 0.19
O2' 0.01 0.33 0.01 0.02 0.44 0.31 0.40 0.09 0.32 0.25 0.41 0.33 0.00 0.04 0.47 0.21 0.34 0.85 0.80 0.64
O3' 0.37 0.34 0.02 0.01 0.13 0.03 0.20 0.20 0.14 0.16 0.23 0.57 0.04 0.00 0.17 0.24 0.32 0.47 0.25 0.26
O4 0.05 0.06 0.06 0.39 0.01 0.16 0.01 0.22 0.01 0.04 0.05 0.08 0.47 0.17 0.00 0.03 0.67 0.34 0.84 0.59
O4' 0.01 0.10 0.03 0.02 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.07 0.17 0.21 0.24 0.03 0.00 0.28 0.19 0.33 0.19
O5' 0.12 0.27 0.44 0.33 0.62 0.04 0.74 0.01 0.64 0.35 0.42 0.13 0.34 0.32 0.67 0.28 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.32 0.82 0.40 0.33 0.17 0.48 0.38 0.42 0.27 0.27 0.47 0.85 0.47 0.34 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.45 0.76 0.31 0.72 0.33 0.78 0.44 0.56 0.41 0.56 0.45 0.80 0.25 0.84 0.33 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.15 0.66 0.33 0.50 0.06 0.63 0.02 0.47 0.19 0.29 0.19 0.64 0.26 0.59 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.58 0.87 1.16 0.66 0.43 0.43 0.44 0.64 0.23 0.50 0.80 0.47 1.17 1.76 0.85 0.23 0.34 0.17 0.23 0.19
C2 0.63 1.14 1.28 0.67 0.37 0.39 0.48 0.57 0.31 0.53 0.99 0.34 1.65 1.62 0.73 0.20 0.39 0.14 0.23 0.16
C2' 1.15 1.36 1.63 1.00 0.98 0.65 0.71 0.58 0.81 1.14 1.29 0.81 1.51 2.28 1.21 0.69 0.48 0.20 0.32 0.17
C3' 1.06 1.13 1.62 1.06 0.77 0.67 0.59 0.65 0.74 1.00 1.03 0.58 1.27 2.36 1.33 0.58 0.45 0.23 0.44 0.27
C4 1.06 1.99 1.45 0.81 1.09 0.64 0.29 0.55 0.21 1.09 1.93 1.06 2.70 1.55 0.78 0.72 0.69 0.17 0.25 0.28
C4' 0.70 0.81 1.25 0.90 0.42 0.61 0.16 0.74 0.31 0.61 0.74 0.39 1.01 1.90 1.15 0.36 0.41 0.18 0.28 0.24
C5 1.14 2.12 1.48 0.81 1.38 0.65 0.50 0.56 0.42 1.24 2.19 1.39 2.71 1.70 0.87 0.78 0.68 0.17 0.24 0.26
C5' 1.04 1.29 1.47 1.03 1.07 0.72 0.70 0.69 0.74 1.04 1.33 1.10 1.45 2.11 1.31 0.61 0.55 0.20 0.27 0.22
C6 1.03 1.84 1.42 0.77 1.21 0.55 0.46 0.54 0.39 1.10 1.91 1.21 2.30 1.78 0.88 0.60 0.57 0.13 0.21 0.20
N1 0.78 1.36 1.32 0.71 0.70 0.44 0.33 0.56 0.17 0.76 1.31 0.66 1.78 1.76 0.83 0.33 0.45 0.13 0.21 0.16
N3 0.81 1.52 1.36 0.74 0.62 0.47 0.31 0.51 0.18 0.75 1.38 0.56 2.18 1.51 0.71 0.40 0.55 0.12 0.20 0.20
O2 0.29 0.51 1.08 0.57 0.36 0.40 0.91 0.68 0.74 0.15 0.33 0.46 0.97 1.52 0.66 0.39 0.22 0.20 0.30 0.18
O2' 1.43 1.37 1.99 1.37 0.95 0.93 0.81 0.64 1.01 1.32 1.19 0.84 1.50 2.72 1.64 0.89 0.81 0.69 0.20 0.38
O3' 1.20 1.06 1.91 1.46 0.69 0.97 0.70 0.86 0.87 1.06 0.87 0.54 1.19 2.67 1.77 0.76 0.75 0.62 0.27 0.41
O4 1.11 2.07 1.42 0.83 1.14 0.73 0.29 0.63 0.24 1.13 2.02 1.13 2.87 1.43 0.75 0.85 0.79 0.27 0.38 0.37
O4' 0.50 0.74 1.06 0.81 0.34 0.61 0.34 0.79 0.17 0.39 0.70 0.49 1.04 1.63 1.03 0.29 0.43 0.23 0.23 0.29
O5' 1.30 1.59 1.64 1.06 1.51 0.72 1.20 0.65 1.14 1.36 1.66 1.57 1.69 2.35 1.36 0.74 0.43 0.20 0.58 0.34
OP1 2.35 2.53 2.51 1.82 2.59 1.58 2.48 1.08 2.37 2.43 2.58 2.61 2.54 3.24 2.18 1.78 1.16 0.55 0.32 0.51
OP2 2.15 2.76 2.29 1.53 2.85 1.31 2.29 0.84 2.08 2.35 3.00 3.14 2.86 2.86 1.74 1.63 0.95 0.58 0.62 0.48
P 1.85 2.23 2.03 1.32 2.28 1.06 1.95 0.66 1.81 1.98 2.36 2.42 2.29 2.72 1.59 1.29 0.69 0.17 0.42 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.28 0.01 0.26 0.35 0.24 0.16
C2 0.02 0.00 0.07 0.12 0.01 0.22 0.02 0.42 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.08 0.34 0.82 0.77 0.77 0.71
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.16 0.07 0.03 0.07 0.06 0.12 0.00 0.01 0.02 0.63 0.79 0.63 0.63
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.40 0.01 0.52 0.01 0.49 0.24 0.23 0.43 0.16 0.03 0.01 0.02 0.40 0.69 0.23 0.42
C4 0.02 0.01 0.06 0.40 0.00 0.19 0.00 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.40 0.18 0.03 0.23 0.32 0.44 0.24
C4' 0.01 0.22 0.01 0.01 0.19 0.00 0.48 0.01 0.53 0.13 0.11 0.20 0.59 0.31 0.03 0.00 0.01 0.17 0.24 0.07
C5 0.02 0.02 0.07 0.52 0.00 0.48 0.00 0.77 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.57 0.21 0.29 0.45 0.63 0.98 0.76
C5' 0.03 0.42 0.16 0.01 0.27 0.01 0.77 0.00 0.81 0.14 0.25 0.29 1.03 0.12 0.20 0.02 0.01 0.19 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.49 0.01 0.53 0.00 0.81 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.54 0.14 0.39 0.51 0.60 0.97 0.77
N1 0.01 0.01 0.03 0.24 0.01 0.13 0.01 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.06 0.03 0.24 0.30 0.33 0.17
N3 0.02 0.01 0.07 0.23 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.12 0.24 0.69 0.65 0.67 0.58
N4 0.02 0.02 0.06 0.43 0.00 0.20 0.01 0.29 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.43 0.24 0.03 0.23 0.34 0.45 0.26
O2 0.03 0.01 0.12 0.16 0.02 0.59 0.02 1.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.27 0.16 0.65 1.41 1.34 1.46 1.38
O2' 0.02 0.07 0.00 0.03 0.40 0.31 0.57 0.12 0.54 0.24 0.19 0.43 0.27 0.00 0.03 0.21 0.29 0.53 0.51 0.39
O3' 0.28 0.08 0.01 0.01 0.18 0.03 0.21 0.20 0.14 0.06 0.12 0.24 0.16 0.03 0.00 0.16 0.21 0.42 0.14 0.17
O4' 0.01 0.34 0.02 0.02 0.03 0.00 0.29 0.02 0.39 0.03 0.24 0.03 0.65 0.21 0.16 0.00 0.19 0.26 0.35 0.22
O5' 0.26 0.82 0.63 0.40 0.23 0.01 0.45 0.01 0.51 0.24 0.69 0.23 1.41 0.29 0.21 0.19 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.35 0.77 0.79 0.69 0.32 0.17 0.63 0.19 0.60 0.30 0.65 0.34 1.34 0.53 0.42 0.26 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.77 0.63 0.23 0.44 0.24 0.98 0.34 0.97 0.33 0.67 0.45 1.46 0.51 0.14 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.71 0.63 0.42 0.24 0.07 0.76 0.02 0.77 0.17 0.58 0.26 1.38 0.39 0.17 0.22 0.01 0.01 0.01 0.00