ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48805

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.002, 0.013, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.013 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.017 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.001, 0.022, 0.044, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.022 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C1' A 0, -0.001, 0.024, 0.049, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.002, 0.049, 0.096, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.049 std_dev=0.047
O4 A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.062 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.063, 0.391, 0.719, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.391 std_dev=0.328
C2' A 0, 0.042, 0.382, 0.721, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.382 std_dev=0.340
OP1 B 0, 0.320, 0.685, 1.050, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.685 std_dev=0.365
P B 0, 0.238, 0.604, 0.969, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.604 std_dev=0.365
OP2 B 0, 0.235, 0.668, 1.102, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.668 std_dev=0.434
C4' A 0, 0.084, 0.722, 1.359, 1.812 max_d=1.812 avg_d=0.722 std_dev=0.638
C3' A 0, 0.362, 1.134, 1.907, 1.792 max_d=1.792 avg_d=1.134 std_dev=0.773
O2' A 0, 0.271, 1.051, 1.831, 1.876 max_d=1.876 avg_d=1.051 std_dev=0.780
C5' A 0, 0.312, 1.174, 2.036, 2.446 max_d=2.446 avg_d=1.174 std_dev=0.862
O5' B 0, 0.495, 1.483, 2.472, 2.529 max_d=2.529 avg_d=1.483 std_dev=0.989
O5' A 0, 0.562, 1.699, 2.836, 3.055 max_d=3.055 avg_d=1.699 std_dev=1.137
O3' A 0, 0.583, 2.034, 3.484, 3.546 max_d=3.546 avg_d=2.034 std_dev=1.451
C5' B 0, 0.312, 2.074, 3.835, 4.393 max_d=4.393 avg_d=2.074 std_dev=1.762
P A 0, 0.754, 2.741, 4.728, 5.201 max_d=5.201 avg_d=2.741 std_dev=1.987
OP1 A 0, 0.429, 2.675, 4.920, 5.822 max_d=5.822 avg_d=2.675 std_dev=2.246
C4' B 0, 0.311, 2.588, 4.864, 5.540 max_d=5.540 avg_d=2.588 std_dev=2.277
C3' B 0, 0.297, 2.747, 5.196, 5.910 max_d=5.910 avg_d=2.747 std_dev=2.449
O4' B 0, 0.166, 2.694, 5.223, 5.981 max_d=5.981 avg_d=2.694 std_dev=2.529
OP2 A 0, 1.078, 3.738, 6.398, 6.226 max_d=6.226 avg_d=3.738 std_dev=2.660
C2' B 0, 0.205, 2.975, 5.745, 6.627 max_d=6.627 avg_d=2.975 std_dev=2.770
C1' B 0, 0.181, 3.011, 5.841, 6.751 max_d=6.751 avg_d=3.011 std_dev=2.830
O2' B 0, 0.638, 3.553, 6.467, 7.412 max_d=7.412 avg_d=3.553 std_dev=2.914
C6 B 0, 0.213, 3.173, 6.133, 7.261 max_d=7.261 avg_d=3.173 std_dev=2.960
O3' B 0, 0.605, 3.697, 6.790, 7.621 max_d=7.621 avg_d=3.697 std_dev=3.092
N1 B 0, 0.103, 3.196, 6.288, 7.351 max_d=7.351 avg_d=3.196 std_dev=3.092
C5 B 0, 0.539, 3.634, 6.729, 7.840 max_d=7.840 avg_d=3.634 std_dev=3.095
C4 B 0, 0.654, 4.075, 7.496, 8.513 max_d=8.513 avg_d=4.075 std_dev=3.421
C2 B 0, 0.316, 3.777, 7.237, 8.393 max_d=8.393 avg_d=3.777 std_dev=3.461
N3 B 0, 0.532, 4.162, 7.792, 8.871 max_d=8.871 avg_d=4.162 std_dev=3.630
N4 B 0, 0.941, 4.579, 8.216, 9.082 max_d=9.082 avg_d=4.579 std_dev=3.637
O2 B 0, 0.435, 4.105, 7.775, 9.683 max_d=9.683 avg_d=4.105 std_dev=3.670

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.01 0.04 0.06 0.01 0.30 0.04 0.01 0.10 0.32 0.20 0.13
C2 0.04 0.00 0.13 0.09 0.02 0.10 0.03 0.09 0.03 0.02 0.02 0.02 0.38 0.33 0.02 0.15 0.18 0.16 0.47 0.23
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.01 0.12 0.16 0.16 0.02 0.09 0.23 0.01 0.03 0.05 0.03 0.35 0.69 0.53 0.51
C3' 0.02 0.09 0.01 0.00 0.33 0.01 0.43 0.02 0.41 0.20 0.18 0.15 0.01 0.00 0.34 0.02 0.05 0.64 0.19 0.26
C4 0.04 0.02 0.04 0.33 0.00 0.12 0.01 0.18 0.02 0.03 0.00 0.03 0.40 0.10 0.00 0.05 0.41 0.38 1.02 0.59
C4' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.12 0.00 0.22 0.01 0.23 0.07 0.07 0.23 0.28 0.02 0.12 0.00 0.02 0.44 0.17 0.10
C5 0.03 0.03 0.12 0.43 0.01 0.22 0.00 0.31 0.01 0.02 0.02 0.04 0.42 0.28 0.02 0.15 0.49 0.51 1.13 0.67
C5' 0.06 0.09 0.16 0.02 0.18 0.01 0.31 0.00 0.29 0.08 0.08 0.23 0.13 0.18 0.20 0.02 0.01 0.35 0.35 0.02
C6 0.03 0.03 0.16 0.41 0.02 0.23 0.01 0.29 0.00 0.02 0.02 0.05 0.38 0.24 0.02 0.19 0.41 0.35 0.87 0.50
N1 0.01 0.02 0.02 0.20 0.03 0.07 0.02 0.08 0.02 0.00 0.03 0.04 0.22 0.11 0.03 0.02 0.20 0.12 0.49 0.24
N3 0.04 0.02 0.09 0.18 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.03 0.00 0.03 0.40 0.19 0.01 0.11 0.28 0.17 0.72 0.39
O2 0.06 0.02 0.23 0.15 0.03 0.23 0.04 0.23 0.05 0.04 0.03 0.00 0.53 0.61 0.03 0.27 0.14 0.35 0.28 0.13
O2' 0.01 0.38 0.01 0.01 0.40 0.28 0.42 0.13 0.38 0.22 0.40 0.53 0.00 0.06 0.43 0.18 0.26 0.70 0.67 0.50
O3' 0.30 0.33 0.03 0.00 0.10 0.02 0.28 0.18 0.24 0.11 0.19 0.61 0.06 0.00 0.12 0.19 0.17 0.73 0.20 0.17
O4 0.04 0.02 0.05 0.34 0.00 0.12 0.02 0.20 0.02 0.03 0.01 0.03 0.43 0.12 0.00 0.06 0.44 0.45 1.14 0.67
O4' 0.01 0.15 0.03 0.02 0.05 0.00 0.15 0.02 0.19 0.02 0.11 0.27 0.18 0.19 0.06 0.00 0.13 0.14 0.21 0.10
O5' 0.10 0.18 0.35 0.05 0.41 0.02 0.49 0.01 0.41 0.20 0.28 0.14 0.26 0.17 0.44 0.13 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.32 0.16 0.69 0.64 0.38 0.44 0.51 0.35 0.35 0.12 0.17 0.35 0.70 0.73 0.45 0.14 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.20 0.47 0.53 0.19 1.02 0.17 1.13 0.35 0.87 0.49 0.72 0.28 0.67 0.20 1.14 0.21 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.23 0.51 0.26 0.59 0.10 0.67 0.02 0.50 0.24 0.39 0.13 0.50 0.17 0.67 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.97 1.39 1.48 0.72 1.02 0.39 0.69 0.57 0.52 0.97 1.37 1.08 1.67 2.18 0.90 0.37 0.42 0.21 0.30 0.22
C2 0.89 1.31 1.43 0.65 0.92 0.36 0.69 0.54 0.58 0.92 1.27 0.92 1.60 1.77 0.70 0.33 0.45 0.17 0.27 0.22
C2' 1.76 2.18 2.19 1.29 1.55 0.88 1.14 0.43 1.22 1.75 2.07 1.38 2.51 2.99 1.47 1.07 0.77 0.37 0.26 0.27
C3' 1.52 1.83 2.02 1.27 1.17 0.82 0.96 0.54 1.04 1.43 1.69 1.02 2.25 2.94 1.57 0.85 0.63 0.28 0.28 0.19
C4 1.34 2.03 1.61 0.78 1.83 0.61 1.56 0.46 1.42 1.58 2.13 1.87 2.31 1.73 0.71 0.89 0.65 0.24 0.23 0.24
C4' 0.94 1.27 1.43 0.99 0.94 0.69 0.67 0.85 0.58 0.89 1.28 1.06 1.60 2.23 1.30 0.44 0.49 0.25 0.34 0.31
C5 1.54 2.34 1.77 0.88 2.24 0.69 1.82 0.49 1.59 1.83 2.53 2.33 2.55 2.03 0.85 1.02 0.67 0.23 0.25 0.22
C5' 1.18 1.68 1.53 1.07 1.49 0.77 1.02 0.84 0.89 1.23 1.80 1.65 1.95 2.30 1.41 0.66 0.56 0.20 0.30 0.28
C6 1.46 2.20 1.76 0.86 2.03 0.62 1.49 0.49 1.32 1.69 2.36 2.08 2.40 2.17 0.91 0.87 0.61 0.18 0.27 0.21
N1 1.17 1.72 1.61 0.76 1.36 0.46 0.91 0.51 0.82 1.27 1.74 1.35 1.95 2.09 0.85 0.56 0.51 0.17 0.28 0.21
N3 1.03 1.54 1.45 0.67 1.21 0.44 0.99 0.46 0.93 1.14 1.54 1.20 1.85 1.60 0.64 0.55 0.55 0.16 0.22 0.22
O2 0.43 0.68 1.13 0.48 0.59 0.33 0.85 0.70 0.60 0.37 0.63 0.69 0.99 1.55 0.60 0.17 0.30 0.24 0.30 0.23
O2' 2.12 2.23 2.70 1.84 1.36 1.35 1.03 0.80 1.27 1.90 1.90 1.25 2.67 3.57 2.08 1.40 1.15 0.82 0.42 0.59
O3' 1.48 1.41 2.21 1.68 0.55 1.14 0.79 0.94 0.93 1.20 1.05 0.37 1.92 3.17 2.04 0.90 0.87 0.68 0.41 0.50
O4 1.35 2.08 1.55 0.77 1.92 0.66 1.70 0.48 1.53 1.61 2.20 1.99 2.40 1.56 0.64 0.97 0.69 0.34 0.25 0.28
O4' 0.69 1.15 1.17 0.81 0.99 0.63 0.62 0.92 0.36 0.71 1.24 1.19 1.40 1.87 1.12 0.26 0.45 0.26 0.36 0.35
O5' 1.79 2.53 1.94 1.13 2.41 0.87 1.78 0.58 1.58 1.96 2.76 2.60 2.77 2.71 1.40 1.15 0.63 0.11 0.29 0.11
OP1 2.56 3.23 2.69 1.80 2.88 1.50 2.39 0.92 2.28 2.65 3.35 2.95 3.62 3.62 2.11 1.83 1.07 0.44 0.30 0.42
OP2 2.48 3.38 2.40 1.50 3.33 1.30 2.59 0.60 2.34 2.72 3.71 3.63 3.63 3.14 1.77 1.83 0.88 0.59 0.56 0.47
P 2.18 2.96 2.24 1.35 2.80 1.11 2.17 0.57 1.98 2.36 3.20 3.00 3.26 3.07 1.62 1.52 0.76 0.23 0.31 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02 0.32 0.01 0.27 0.25 0.16 0.14
C2 0.02 0.00 0.09 0.13 0.01 0.23 0.02 0.42 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.42 0.24 0.29 0.64 0.51 0.52 0.49
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.04 0.01 0.07 0.17 0.08 0.02 0.06 0.04 0.17 0.01 0.04 0.03 0.66 0.79 0.70 0.64
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.38 0.01 0.49 0.01 0.45 0.23 0.23 0.42 0.11 0.04 0.01 0.03 0.39 0.71 0.23 0.39
C4 0.04 0.01 0.04 0.38 0.00 0.20 0.02 0.27 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.45 0.13 0.09 0.31 0.16 0.27 0.13
C4' 0.02 0.23 0.01 0.01 0.20 0.00 0.39 0.01 0.42 0.11 0.18 0.22 0.50 0.31 0.02 0.01 0.02 0.21 0.21 0.08
C5 0.05 0.02 0.07 0.49 0.02 0.39 0.00 0.57 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.51 0.23 0.27 0.42 0.50 0.65 0.57
C5' 0.04 0.42 0.17 0.01 0.27 0.01 0.57 0.00 0.59 0.11 0.35 0.32 0.86 0.13 0.21 0.03 0.01 0.33 0.36 0.03
C6 0.05 0.01 0.08 0.45 0.03 0.42 0.01 0.59 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.48 0.19 0.34 0.47 0.50 0.65 0.60
N1 0.02 0.01 0.02 0.23 0.03 0.11 0.02 0.11 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.25 0.10 0.04 0.32 0.18 0.21 0.13
N3 0.03 0.01 0.06 0.23 0.01 0.18 0.01 0.35 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.45 0.16 0.21 0.59 0.42 0.46 0.42
N4 0.05 0.02 0.04 0.42 0.01 0.22 0.04 0.32 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.49 0.17 0.11 0.31 0.18 0.28 0.15
O2 0.04 0.01 0.17 0.11 0.02 0.50 0.03 0.86 0.02 0.03 0.02 0.03 0.00 0.62 0.47 0.56 1.02 0.93 0.94 0.95
O2' 0.02 0.42 0.01 0.04 0.45 0.31 0.51 0.13 0.48 0.25 0.45 0.49 0.62 0.00 0.08 0.21 0.31 0.49 0.62 0.39
O3' 0.32 0.24 0.04 0.01 0.13 0.02 0.23 0.21 0.19 0.10 0.16 0.17 0.47 0.08 0.00 0.19 0.12 0.46 0.15 0.12
O4' 0.01 0.29 0.03 0.03 0.09 0.01 0.27 0.03 0.34 0.04 0.21 0.11 0.56 0.21 0.19 0.00 0.15 0.15 0.31 0.26
O5' 0.27 0.64 0.66 0.39 0.31 0.02 0.42 0.01 0.47 0.32 0.59 0.31 1.02 0.31 0.12 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 0.51 0.79 0.71 0.16 0.21 0.50 0.33 0.50 0.18 0.42 0.18 0.93 0.49 0.46 0.15 0.02 0.00 0.03 0.02
OP2 0.16 0.52 0.70 0.23 0.27 0.21 0.65 0.36 0.65 0.21 0.46 0.28 0.94 0.62 0.15 0.31 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.14 0.49 0.64 0.39 0.13 0.08 0.57 0.03 0.60 0.13 0.42 0.15 0.95 0.39 0.12 0.26 0.01 0.02 0.01 0.00