ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48807

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.002, 0.017, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.004, 0.022, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.002, 0.021, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.021 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.006, 0.035, 0.063, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.035 std_dev=0.029
O3' A 0, 0.100, 0.269, 0.438, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.269 std_dev=0.169
C2' A 0, 0.097, 0.284, 0.472, 0.460 max_d=0.460 avg_d=0.284 std_dev=0.188
C3' A 0, 0.108, 0.297, 0.486, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.297 std_dev=0.189
O4' A 0, 0.101, 0.294, 0.487, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.294 std_dev=0.193
C4' A 0, 0.155, 0.448, 0.740, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.448 std_dev=0.293
OP2 B 0, 0.110, 0.461, 0.812, 0.980 max_d=0.980 avg_d=0.461 std_dev=0.351
O2' A 0, 0.178, 0.534, 0.889, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.534 std_dev=0.356
P B 0, 0.145, 0.656, 1.166, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.656 std_dev=0.510
C5' A 0, 0.250, 0.766, 1.282, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.766 std_dev=0.516
O5' A 0, 0.171, 0.774, 1.377, 1.611 max_d=1.611 avg_d=0.774 std_dev=0.603
OP1 B 0, 0.126, 0.839, 1.553, 1.667 max_d=1.667 avg_d=0.839 std_dev=0.713
P A 0, 0.129, 1.046, 1.962, 2.426 max_d=2.426 avg_d=1.046 std_dev=0.917
O5' B 0, 0.215, 1.158, 2.100, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.158 std_dev=0.942
OP1 A 0, -0.002, 1.060, 2.122, 2.799 max_d=2.799 avg_d=1.060 std_dev=1.062
OP2 A 0, 0.077, 1.582, 3.087, 3.993 max_d=3.993 avg_d=1.582 std_dev=1.505
C5' B 0, 0.314, 1.883, 3.452, 3.779 max_d=3.779 avg_d=1.883 std_dev=1.569
O3' B 0, 0.490, 2.510, 4.530, 4.955 max_d=4.955 avg_d=2.510 std_dev=2.020
C3' B 0, 0.437, 2.532, 4.627, 5.216 max_d=5.216 avg_d=2.532 std_dev=2.095
C4' B 0, 0.384, 2.650, 4.915, 5.571 max_d=5.571 avg_d=2.650 std_dev=2.265
C6 B 0, 0.307, 3.000, 5.693, 6.845 max_d=6.845 avg_d=3.000 std_dev=2.693
O4' B 0, 0.388, 3.128, 5.868, 6.844 max_d=6.844 avg_d=3.128 std_dev=2.740
C2' B 0, 0.420, 3.506, 6.591, 7.658 max_d=7.658 avg_d=3.506 std_dev=3.085
C5 B 0, 0.274, 3.421, 6.569, 8.008 max_d=8.008 avg_d=3.421 std_dev=3.148
C1' B 0, 0.394, 3.675, 6.956, 8.200 max_d=8.200 avg_d=3.675 std_dev=3.281
N1 B 0, 0.355, 3.649, 6.943, 8.315 max_d=8.315 avg_d=3.649 std_dev=3.294
O2' B 0, 0.418, 4.174, 7.929, 9.223 max_d=9.223 avg_d=4.174 std_dev=3.755
C4 B 0, 0.299, 4.398, 8.497, 10.389 max_d=10.389 avg_d=4.398 std_dev=4.099
C2 B 0, 0.369, 4.544, 8.720, 10.533 max_d=10.533 avg_d=4.544 std_dev=4.175
N3 B 0, 0.344, 4.861, 9.378, 11.410 max_d=11.410 avg_d=4.861 std_dev=4.517
N4 B 0, 0.276, 5.006, 9.737, 11.969 max_d=11.969 avg_d=5.006 std_dev=4.730
O2 B 0, 0.402, 5.137, 9.873, 11.936 max_d=11.936 avg_d=5.137 std_dev=4.736

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.13 0.14 0.33 0.08
C2 0.03 0.00 0.07 0.02 0.01 0.09 0.03 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.05 0.02 0.13 0.25 0.08 0.58 0.17
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.11 0.01 0.05 0.14 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.12 0.03
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.09 0.11 0.04
C4 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.04 0.00 0.02 0.31 0.07 0.61 0.19
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.11 0.02 0.07 0.16 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.26 0.19 0.05
C5 0.02 0.03 0.08 0.01 0.01 0.10 0.00 0.21 0.00 0.02 0.02 0.03 0.20 0.04 0.01 0.08 0.33 0.08 0.57 0.21
C5' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.13 0.01 0.21 0.00 0.21 0.08 0.08 0.15 0.01 0.03 0.14 0.01 0.01 0.30 0.12 0.02
C6 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.21 0.04 0.01 0.11 0.31 0.09 0.48 0.16
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.24 0.09 0.47 0.13
N3 0.03 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.05 0.01 0.10 0.28 0.07 0.63 0.18
O2 0.04 0.00 0.14 0.04 0.02 0.16 0.03 0.15 0.02 0.00 0.02 0.00 0.30 0.05 0.03 0.21 0.22 0.09 0.62 0.20
O2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.08 0.01 0.20 0.01 0.21 0.04 0.10 0.30 0.00 0.03 0.09 0.01 0.02 0.13 0.09 0.03
O3' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.05 0.03 0.00 0.04 0.05 0.07 0.11 0.13 0.05
O4 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.03 0.09 0.04 0.00 0.02 0.32 0.09 0.63 0.20
O4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.21 0.01 0.05 0.02 0.00 0.14 0.31 0.41 0.12
O5' 0.13 0.25 0.02 0.07 0.31 0.03 0.33 0.01 0.31 0.24 0.28 0.22 0.02 0.07 0.32 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.14 0.08 0.07 0.09 0.07 0.26 0.08 0.30 0.09 0.09 0.07 0.09 0.13 0.11 0.09 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.33 0.58 0.12 0.11 0.61 0.19 0.57 0.12 0.48 0.47 0.63 0.62 0.09 0.13 0.63 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.17 0.03 0.04 0.19 0.05 0.21 0.02 0.16 0.13 0.18 0.20 0.03 0.05 0.20 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.18 1.91 0.88 0.44 2.24 0.49 1.82 0.41 1.43 1.52 2.24 2.57 1.91 0.83 0.32 0.89 0.27 0.56 0.10 0.35
C2 0.99 1.46 0.69 0.33 1.61 0.44 1.36 0.35 1.13 1.21 1.63 1.72 1.47 0.69 0.26 0.82 0.24 0.59 0.10 0.41
C2' 1.44 2.28 1.16 0.73 2.73 0.76 2.24 0.65 1.77 1.83 2.68 3.17 2.26 1.10 0.58 1.12 0.53 0.72 0.10 0.42
C3' 1.36 2.26 1.09 0.65 2.71 0.64 2.17 0.56 1.69 1.77 2.69 3.20 2.26 1.02 0.52 1.00 0.42 0.61 0.07 0.35
C4 1.58 1.89 1.16 0.66 1.65 0.89 1.37 0.50 1.36 1.65 1.88 1.59 2.01 1.28 0.36 1.42 0.26 0.49 0.35 0.31
C4' 1.34 2.20 1.05 0.55 2.53 0.51 1.97 0.35 1.57 1.71 2.59 2.95 2.25 1.01 0.35 0.95 0.24 0.49 0.15 0.32
C5 1.79 2.34 1.38 0.79 2.18 0.96 1.73 0.52 1.62 1.95 2.44 2.20 2.48 1.48 0.44 1.53 0.32 0.51 0.31 0.29
C5' 1.69 2.60 1.40 0.83 2.82 0.77 2.18 0.43 1.81 2.04 2.97 3.24 2.71 1.39 0.55 1.26 0.39 0.50 0.09 0.27
C6 1.63 2.30 1.25 0.69 2.36 0.80 1.87 0.44 1.63 1.88 2.51 2.51 2.38 1.29 0.36 1.33 0.31 0.56 0.22 0.33
N1 1.28 1.92 0.95 0.49 2.11 0.58 1.73 0.38 1.43 1.56 2.16 2.31 1.94 0.94 0.28 1.03 0.27 0.59 0.13 0.37
N3 1.13 1.44 0.78 0.39 1.36 0.58 1.16 0.33 1.09 1.24 1.48 1.35 1.49 0.84 0.19 1.02 0.19 0.54 0.24 0.39
O2 0.63 1.07 0.41 0.24 1.31 0.34 1.13 0.45 0.86 0.86 1.27 1.48 1.04 0.41 0.40 0.50 0.30 0.59 0.06 0.44
O2' 1.35 2.13 1.09 0.77 2.67 0.84 2.27 0.83 1.76 1.75 2.55 3.12 2.07 1.03 0.70 1.10 0.65 0.88 0.23 0.56
O3' 1.05 1.92 0.80 0.45 2.44 0.51 1.97 0.58 1.46 1.47 2.37 2.93 1.88 0.74 0.49 0.74 0.31 0.52 0.14 0.32
O4 1.70 1.81 1.27 0.77 1.42 1.08 1.24 0.66 1.27 1.64 1.67 1.36 1.99 1.45 0.48 1.62 0.29 0.40 0.43 0.26
O4' 1.20 1.95 0.90 0.41 2.20 0.41 1.72 0.24 1.38 1.52 2.27 2.53 2.00 0.87 0.20 0.86 0.13 0.50 0.21 0.37
O5' 2.13 3.07 1.81 1.19 3.27 1.16 2.58 0.73 2.21 2.48 3.45 3.68 3.19 1.82 0.87 1.69 0.70 0.59 0.16 0.30
OP1 2.47 3.41 2.21 1.50 3.36 1.43 2.54 0.89 2.30 2.73 3.74 3.68 3.64 2.29 1.19 1.95 0.79 0.61 0.07 0.29
OP2 2.57 3.52 2.21 1.46 3.48 1.44 2.74 0.83 2.47 2.86 3.82 3.79 3.76 2.27 1.04 2.08 0.80 0.12 0.51 0.28
P 2.31 3.27 2.00 1.30 3.32 1.26 2.54 0.74 2.24 2.61 3.62 3.69 3.47 2.05 0.98 1.82 0.69 0.55 0.07 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.11 0.16 0.14 0.04
C2 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.05 0.15 0.45 0.09 0.09
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.06 0.00 0.00 0.01 0.03 0.15 0.08 0.03
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.17 0.16 0.07
C4 0.03 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.06 0.04 0.02 0.21 0.73 0.10 0.15
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.23 0.15 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.03 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.06 0.03 0.22 0.73 0.13 0.16
C5' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.07 0.10 0.07 0.05 0.06 0.02 0.01 0.34 0.20 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.06 0.04 0.18 0.51 0.10 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.14 0.37 0.10 0.08
N3 0.03 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.19 0.62 0.06 0.13
N4 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.06 0.04 0.02 0.23 0.84 0.14 0.18
O2 0.08 0.00 0.06 0.03 0.02 0.07 0.02 0.07 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.10 0.04 0.10 0.10 0.35 0.12 0.09
O2' 0.02 0.06 0.00 0.01 0.06 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.06 0.06 0.10 0.00 0.02 0.01 0.05 0.20 0.07 0.05
O3' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.06 0.06 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.00 0.01 0.13 0.31 0.26 0.14
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03 0.02 0.10 0.01 0.01 0.00 0.12 0.10 0.27 0.03
O5' 0.11 0.15 0.03 0.05 0.21 0.03 0.22 0.01 0.18 0.14 0.19 0.23 0.10 0.05 0.13 0.12 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.45 0.15 0.17 0.73 0.23 0.73 0.34 0.51 0.37 0.62 0.84 0.35 0.20 0.31 0.10 0.01 0.00 0.03 0.00
OP2 0.14 0.09 0.08 0.16 0.10 0.15 0.13 0.20 0.10 0.10 0.06 0.14 0.12 0.07 0.26 0.27 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.03 0.07 0.15 0.02 0.16 0.01 0.11 0.08 0.13 0.18 0.09 0.05 0.14 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00