ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48808

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.015, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.001, 0.018, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.003, 0.023, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.023 std_dev=0.023
C2 A 0, -0.002, 0.025, 0.053, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.028
N3 A 0, -0.004, 0.031, 0.065, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.031 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.011, 0.051, 0.091, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.051 std_dev=0.040
O4' A 0, -0.025, 0.237, 0.499, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.237 std_dev=0.262
C2' A 0, -0.005, 0.261, 0.527, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.261 std_dev=0.266
OP2 B 0, 0.007, 0.308, 0.609, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.308 std_dev=0.301
P B 0, 0.007, 0.332, 0.657, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.332 std_dev=0.325
O5' B 0, 0.023, 0.416, 0.808, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.416 std_dev=0.393
OP1 B 0, -0.013, 0.440, 0.893, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.440 std_dev=0.453
C3' A 0, 0.003, 0.523, 1.043, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.523 std_dev=0.520
C4' A 0, 0.004, 0.547, 1.091, 1.121 max_d=1.121 avg_d=0.547 std_dev=0.544
C5' B 0, -0.054, 0.501, 1.056, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.501 std_dev=0.555
C4' B 0, -0.016, 0.562, 1.139, 1.378 max_d=1.378 avg_d=0.562 std_dev=0.578
C3' B 0, 0.013, 0.602, 1.190, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.602 std_dev=0.588
O2' A 0, -0.007, 0.587, 1.180, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.587 std_dev=0.594
O4' B 0, 0.016, 0.681, 1.346, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.681 std_dev=0.665
O3' B 0, 0.010, 0.700, 1.389, 1.471 max_d=1.471 avg_d=0.700 std_dev=0.689
C2' B 0, 0.013, 0.807, 1.601, 1.732 max_d=1.732 avg_d=0.807 std_dev=0.794
C6 B 0, 0.010, 0.813, 1.616, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.813 std_dev=0.803
C1' B 0, 0.011, 0.840, 1.669, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.840 std_dev=0.829
C5' A 0, -0.006, 0.828, 1.662, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.828 std_dev=0.834
O3' A 0, 0.003, 0.867, 1.731, 1.756 max_d=1.756 avg_d=0.867 std_dev=0.864
N1 B 0, 0.014, 0.898, 1.782, 1.930 max_d=1.930 avg_d=0.898 std_dev=0.884
O2' B 0, 0.013, 0.960, 1.907, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.960 std_dev=0.947
C5 B 0, 0.023, 0.995, 1.968, 2.087 max_d=2.087 avg_d=0.995 std_dev=0.973
C2 B 0, 0.020, 1.131, 2.242, 2.290 max_d=2.290 avg_d=1.131 std_dev=1.111
O5' A 0, -0.172, 0.996, 2.164, 2.863 max_d=2.863 avg_d=0.996 std_dev=1.168
C4 B 0, 0.026, 1.221, 2.415, 2.431 max_d=2.431 avg_d=1.221 std_dev=1.194
O2 B 0, 0.021, 1.270, 2.519, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.270 std_dev=1.249
N3 B 0, 0.022, 1.272, 2.522, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.272 std_dev=1.250
N4 B 0, 0.026, 1.438, 2.849, 2.974 max_d=2.974 avg_d=1.438 std_dev=1.411
P A 0, -0.274, 1.317, 2.907, 3.901 max_d=3.901 avg_d=1.317 std_dev=1.590
OP1 A 0, -0.200, 1.460, 3.120, 4.051 max_d=4.051 avg_d=1.460 std_dev=1.660
OP2 A 0, -0.317, 1.697, 3.711, 4.939 max_d=4.939 avg_d=1.697 std_dev=2.014

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.11 0.04 0.00 0.14 0.14 0.03 0.10
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.05 0.02 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.04 0.01 0.06 0.23 0.21 0.12 0.19
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.03 0.02 0.07 0.04 0.08 0.03 0.09 0.12 0.00 0.06 0.06 0.02 0.25 0.23 0.15 0.23
C3' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.24 0.01 0.28 0.01 0.26 0.17 0.20 0.05 0.03 0.02 0.26 0.01 0.21 0.13 0.16 0.20
C4 0.02 0.05 0.03 0.24 0.00 0.17 0.01 0.37 0.02 0.03 0.02 0.03 0.24 0.17 0.04 0.05 0.50 0.46 0.57 0.51
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.17 0.00 0.23 0.01 0.23 0.10 0.08 0.10 0.15 0.03 0.18 0.00 0.01 0.12 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.07 0.28 0.01 0.23 0.00 0.43 0.01 0.01 0.02 0.01 0.27 0.27 0.01 0.09 0.59 0.55 0.73 0.62
C5' 0.04 0.17 0.04 0.01 0.37 0.01 0.43 0.00 0.38 0.21 0.25 0.15 0.10 0.11 0.39 0.02 0.00 0.24 0.15 0.01
C6 0.02 0.00 0.08 0.26 0.02 0.23 0.01 0.38 0.00 0.00 0.03 0.01 0.23 0.23 0.02 0.10 0.52 0.44 0.59 0.52
N1 0.02 0.01 0.03 0.17 0.03 0.10 0.01 0.21 0.00 0.00 0.03 0.01 0.14 0.05 0.02 0.03 0.31 0.24 0.25 0.27
N3 0.04 0.01 0.09 0.20 0.02 0.08 0.02 0.25 0.03 0.03 0.00 0.00 0.20 0.08 0.02 0.03 0.32 0.28 0.28 0.29
O2 0.01 0.01 0.12 0.05 0.03 0.10 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.17 0.02 0.14 0.19 0.25 0.22 0.19
O2' 0.03 0.15 0.00 0.03 0.24 0.15 0.27 0.10 0.23 0.14 0.20 0.14 0.00 0.17 0.27 0.14 0.19 0.19 0.12 0.19
O3' 0.11 0.04 0.06 0.02 0.17 0.03 0.27 0.11 0.23 0.05 0.08 0.17 0.17 0.00 0.21 0.08 0.18 0.39 0.15 0.21
O4 0.04 0.01 0.06 0.26 0.04 0.18 0.01 0.39 0.02 0.02 0.02 0.02 0.27 0.21 0.00 0.06 0.53 0.51 0.64 0.56
O4' 0.00 0.06 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.02 0.10 0.03 0.03 0.14 0.14 0.08 0.06 0.00 0.03 0.21 0.05 0.04
O5' 0.14 0.23 0.25 0.21 0.50 0.01 0.59 0.00 0.52 0.31 0.32 0.19 0.19 0.18 0.53 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.14 0.21 0.23 0.13 0.46 0.12 0.55 0.24 0.44 0.24 0.28 0.25 0.19 0.39 0.51 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.03 0.12 0.15 0.16 0.57 0.02 0.73 0.15 0.59 0.25 0.28 0.22 0.12 0.15 0.64 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.19 0.23 0.20 0.51 0.01 0.62 0.01 0.52 0.27 0.29 0.19 0.19 0.21 0.56 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.27 0.41 0.32 0.17 0.30 0.19 0.21 0.16 0.24 0.21 0.20 0.39 0.57 0.44 0.29 0.16 0.08 0.08 0.17
C2 0.27 0.18 0.36 0.32 0.25 0.30 0.27 0.21 0.18 0.17 0.18 0.32 0.25 0.49 0.49 0.24 0.15 0.07 0.07 0.17
C2' 0.47 0.40 0.55 0.43 0.14 0.34 0.06 0.05 0.15 0.34 0.29 0.07 0.56 0.71 0.56 0.34 0.03 0.09 0.11 0.10
C3' 0.26 0.22 0.36 0.27 0.08 0.15 0.13 0.17 0.08 0.16 0.14 0.11 0.37 0.50 0.42 0.16 0.13 0.06 0.06 0.14
C4 0.16 0.13 0.26 0.25 0.38 0.23 0.39 0.20 0.24 0.12 0.26 0.49 0.10 0.39 0.44 0.19 0.15 0.08 0.02 0.14
C4' 0.30 0.28 0.31 0.21 0.34 0.27 0.39 0.36 0.33 0.28 0.29 0.37 0.33 0.45 0.31 0.32 0.35 0.14 0.20 0.31
C5 0.18 0.08 0.29 0.25 0.32 0.22 0.34 0.17 0.20 0.09 0.20 0.43 0.13 0.43 0.44 0.18 0.13 0.06 0.01 0.14
C5' 0.41 0.40 0.38 0.31 0.47 0.37 0.51 0.43 0.46 0.41 0.42 0.50 0.41 0.50 0.39 0.44 0.42 0.20 0.26 0.35
C6 0.24 0.12 0.33 0.27 0.24 0.24 0.28 0.18 0.16 0.12 0.14 0.34 0.22 0.48 0.45 0.21 0.13 0.06 0.03 0.15
N1 0.27 0.18 0.36 0.30 0.21 0.27 0.25 0.19 0.16 0.16 0.15 0.28 0.28 0.51 0.46 0.24 0.14 0.08 0.07 0.17
N3 0.20 0.16 0.29 0.28 0.34 0.27 0.36 0.21 0.23 0.15 0.24 0.44 0.16 0.42 0.46 0.21 0.16 0.09 0.05 0.16
O2 0.33 0.25 0.41 0.38 0.22 0.36 0.23 0.24 0.18 0.23 0.21 0.26 0.33 0.54 0.52 0.29 0.16 0.07 0.10 0.18
O2' 0.47 0.41 0.46 0.32 0.21 0.29 0.19 0.14 0.23 0.35 0.31 0.19 0.56 0.62 0.36 0.36 0.19 0.31 0.26 0.29
O3' 0.11 0.11 0.04 0.07 0.29 0.24 0.38 0.47 0.32 0.18 0.17 0.34 0.10 0.18 0.12 0.26 0.42 0.29 0.25 0.40
O4 0.11 0.14 0.25 0.25 0.43 0.22 0.42 0.16 0.24 0.10 0.30 0.56 0.02 0.36 0.45 0.14 0.13 0.09 0.06 0.11
O4' 0.48 0.44 0.48 0.39 0.42 0.45 0.44 0.43 0.42 0.43 0.42 0.44 0.49 0.63 0.45 0.48 0.39 0.17 0.23 0.33
O5' 0.19 0.22 0.18 0.14 0.40 0.21 0.48 0.40 0.39 0.25 0.29 0.46 0.18 0.29 0.26 0.27 0.43 0.24 0.30 0.41
OP1 0.17 0.21 0.20 0.15 0.46 0.20 0.55 0.42 0.44 0.26 0.30 0.54 0.17 0.35 0.32 0.28 0.47 0.28 0.35 0.47
OP2 0.35 0.42 0.15 0.12 0.65 0.32 0.72 0.49 0.62 0.47 0.53 0.73 0.28 0.14 0.15 0.48 0.54 0.16 0.34 0.45
P 0.21 0.26 0.14 0.11 0.49 0.23 0.56 0.42 0.47 0.31 0.35 0.55 0.16 0.24 0.23 0.33 0.47 0.21 0.32 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.09 0.09 0.22 0.12
C2 0.02 0.00 0.04 0.10 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.12 0.04 0.13 0.25 0.41 0.24
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.00 0.06 0.01 0.03 0.05 0.12 0.11 0.09 0.03 0.01 0.01 0.10 0.02 0.06 0.06
C4 0.02 0.01 0.02 0.10 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.13 0.04 0.16 0.37 0.59 0.34
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.08 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02
C5 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.15 0.35 0.58 0.34
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.08 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.03 0.14 0.27 0.46 0.27
N1 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.12 0.21 0.37 0.22
N3 0.02 0.01 0.04 0.12 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.15 0.04 0.16 0.33 0.52 0.31
N4 0.02 0.01 0.02 0.11 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.16 0.05 0.16 0.42 0.64 0.37
O2 0.03 0.00 0.05 0.09 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.05 0.10 0.19 0.34 0.19
O2' 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.08 0.03 0.08 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.00 0.03 0.04 0.06 0.07 0.03 0.05
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.13 0.01 0.08 0.02 0.04 0.06 0.15 0.16 0.11 0.03 0.00 0.01 0.15 0.09 0.20 0.15
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.13 0.08 0.22 0.13
O5' 0.09 0.13 0.04 0.10 0.16 0.02 0.15 0.00 0.14 0.12 0.16 0.16 0.10 0.06 0.15 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.25 0.03 0.02 0.37 0.03 0.35 0.02 0.27 0.21 0.33 0.42 0.19 0.07 0.09 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.22 0.41 0.03 0.06 0.59 0.03 0.58 0.01 0.46 0.37 0.52 0.64 0.34 0.03 0.20 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.24 0.02 0.06 0.34 0.02 0.34 0.01 0.27 0.22 0.31 0.37 0.19 0.05 0.15 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00