ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48810

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.004, 0.009, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.017, 0.031, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.009, 0.029, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.029 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.012, 0.033, 0.054, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.033 std_dev=0.021
O4' A 0, 0.112, 0.284, 0.455, 0.459 max_d=0.459 avg_d=0.284 std_dev=0.172
C2' A 0, 0.127, 0.331, 0.535, 0.555 max_d=0.555 avg_d=0.331 std_dev=0.204
P B 0, 0.166, 0.497, 0.828, 0.932 max_d=0.932 avg_d=0.497 std_dev=0.331
OP1 B 0, 0.123, 0.483, 0.842, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.483 std_dev=0.359
C4' A 0, 0.196, 0.647, 1.098, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.647 std_dev=0.451
O2' A 0, 0.249, 0.726, 1.202, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.726 std_dev=0.477
C3' A 0, 0.086, 0.588, 1.090, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.588 std_dev=0.502
OP2 B 0, 0.000, 0.784, 1.568, 2.090 max_d=2.090 avg_d=0.784 std_dev=0.784
C5' A 0, 0.524, 1.351, 2.178, 2.228 max_d=2.228 avg_d=1.351 std_dev=0.827
O3' A 0, 0.054, 0.895, 1.736, 2.276 max_d=2.276 avg_d=0.895 std_dev=0.841
O5' A 0, -0.019, 0.929, 1.877, 2.509 max_d=2.509 avg_d=0.929 std_dev=0.948
O5' B 0, -0.027, 0.924, 1.876, 2.518 max_d=2.518 avg_d=0.924 std_dev=0.952
C6 B 0, -0.113, 1.317, 2.747, 3.734 max_d=3.734 avg_d=1.317 std_dev=1.430
C5 B 0, -0.055, 1.422, 2.899, 3.899 max_d=3.899 avg_d=1.422 std_dev=1.477
P A 0, -0.159, 1.382, 2.923, 3.992 max_d=3.992 avg_d=1.382 std_dev=1.541
C4 B 0, -0.120, 1.520, 3.160, 4.288 max_d=4.288 avg_d=1.520 std_dev=1.640
OP1 A 0, 0.942, 2.601, 4.259, 4.617 max_d=4.617 avg_d=2.601 std_dev=1.658
OP2 A 0, 0.379, 2.077, 3.774, 4.709 max_d=4.709 avg_d=2.077 std_dev=1.697
N3 B 0, -0.274, 1.582, 3.438, 4.747 max_d=4.747 avg_d=1.582 std_dev=1.856
N4 B 0, -0.152, 1.764, 3.680, 4.999 max_d=4.999 avg_d=1.764 std_dev=1.916
N1 B 0, -0.409, 1.550, 3.508, 4.911 max_d=4.911 avg_d=1.550 std_dev=1.959
C5' B 0, -0.533, 1.452, 3.438, 4.874 max_d=4.874 avg_d=1.452 std_dev=1.985
C2 B 0, -0.489, 1.688, 3.866, 5.430 max_d=5.430 avg_d=1.688 std_dev=2.178
C3' B 0, -0.654, 1.612, 3.878, 5.520 max_d=5.520 avg_d=1.612 std_dev=2.266
O4' B 0, -0.709, 1.718, 4.145, 5.905 max_d=5.905 avg_d=1.718 std_dev=2.427
C4' B 0, -0.758, 1.695, 4.148, 5.932 max_d=5.932 avg_d=1.695 std_dev=2.453
C1' B 0, -0.732, 1.820, 4.372, 6.222 max_d=6.222 avg_d=1.820 std_dev=2.552
C2' B 0, -0.789, 1.818, 4.426, 6.318 max_d=6.318 avg_d=1.818 std_dev=2.607
O2 B 0, -0.797, 2.020, 4.837, 6.879 max_d=6.879 avg_d=2.020 std_dev=2.817
O3' B 0, -1.011, 2.023, 5.057, 7.267 max_d=7.267 avg_d=2.023 std_dev=3.034
O2' B 0, -1.267, 2.400, 6.068, 8.742 max_d=8.742 avg_d=2.400 std_dev=3.668

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.06 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.02 0.01 0.39 0.20 0.62 0.31
C2 0.02 0.00 0.10 0.22 0.00 0.02 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.23 0.12 0.00 0.08 0.64 0.32 1.17 0.61
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.03 0.12 0.15 0.15 0.02 0.06 0.20 0.00 0.09 0.03 0.01 0.15 0.22 0.40 0.16
C3' 0.03 0.22 0.01 0.00 0.30 0.00 0.28 0.02 0.23 0.19 0.28 0.17 0.04 0.01 0.32 0.03 0.11 0.35 0.36 0.20
C4 0.02 0.00 0.03 0.30 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.29 0.00 0.05 0.89 0.55 1.68 0.93
C4' 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.08 0.03 0.03 0.05 0.32 0.01 0.06 0.00 0.02 0.16 0.09 0.07
C5 0.02 0.00 0.12 0.28 0.00 0.09 0.00 0.24 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.30 0.01 0.01 0.93 0.60 1.69 0.97
C5' 0.06 0.10 0.15 0.02 0.20 0.00 0.24 0.00 0.22 0.13 0.14 0.05 0.18 0.15 0.21 0.02 0.01 0.15 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.15 0.23 0.00 0.08 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.22 0.00 0.03 0.85 0.49 1.39 0.81
N1 0.02 0.00 0.02 0.19 0.00 0.03 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.22 0.12 0.00 0.04 0.65 0.33 1.09 0.59
N3 0.02 0.00 0.06 0.28 0.00 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.01 0.30 0.22 0.00 0.08 0.77 0.43 1.45 0.77
O2 0.02 0.00 0.20 0.17 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.05 0.01 0.11 0.50 0.24 0.97 0.46
O2' 0.01 0.23 0.00 0.04 0.36 0.32 0.36 0.18 0.30 0.22 0.30 0.16 0.00 0.13 0.38 0.17 0.24 0.41 0.39 0.26
O3' 0.09 0.12 0.09 0.01 0.29 0.01 0.30 0.15 0.22 0.12 0.22 0.05 0.13 0.00 0.33 0.08 0.09 0.45 0.29 0.16
O4 0.02 0.00 0.03 0.32 0.00 0.06 0.01 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.38 0.33 0.00 0.05 0.92 0.60 1.82 1.00
O4' 0.01 0.08 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.08 0.11 0.17 0.08 0.05 0.00 0.40 0.20 0.49 0.26
O5' 0.39 0.64 0.15 0.11 0.89 0.02 0.93 0.01 0.85 0.65 0.77 0.50 0.24 0.09 0.92 0.40 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.20 0.32 0.22 0.35 0.55 0.16 0.60 0.15 0.49 0.33 0.43 0.24 0.41 0.45 0.60 0.20 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.62 1.17 0.40 0.36 1.68 0.09 1.69 0.02 1.39 1.09 1.45 0.97 0.39 0.29 1.82 0.49 0.02 0.02 0.00 0.00
P 0.31 0.61 0.16 0.20 0.93 0.07 0.97 0.01 0.81 0.59 0.77 0.46 0.26 0.16 1.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.61 0.19 1.32 1.55 0.32 1.24 0.35 1.06 0.09 0.22 0.07 0.52 0.42 1.73 2.30 0.49 0.45 0.10 0.67 0.22
C2 0.36 0.08 1.03 1.32 0.26 0.97 0.30 0.87 0.13 0.10 0.09 0.38 0.23 1.30 2.00 0.22 0.35 0.13 0.61 0.24
C2' 0.27 0.22 1.11 1.39 0.76 0.98 0.78 0.81 0.48 0.17 0.50 0.99 0.12 1.57 2.26 0.14 0.25 0.28 0.74 0.41
C3' 0.23 0.24 1.03 1.29 0.75 0.89 0.76 0.70 0.47 0.19 0.51 0.97 0.10 1.48 2.11 0.11 0.17 0.41 0.82 0.47
C4 0.25 0.22 0.32 0.62 0.19 0.16 0.19 0.13 0.21 0.23 0.20 0.17 0.24 0.35 1.13 0.41 0.05 0.13 0.44 0.19
C4' 0.57 0.15 1.27 1.50 0.39 1.20 0.40 1.03 0.11 0.18 0.17 0.62 0.37 1.70 2.24 0.48 0.46 0.10 0.64 0.18
C5 0.16 0.20 0.43 0.73 0.21 0.28 0.21 0.23 0.20 0.19 0.20 0.22 0.19 0.51 1.28 0.31 0.06 0.12 0.50 0.19
C5' 0.47 0.10 1.15 1.40 0.33 1.07 0.32 0.94 0.08 0.14 0.14 0.52 0.28 1.52 2.11 0.38 0.45 0.07 0.57 0.11
C6 0.10 0.08 0.74 1.03 0.25 0.61 0.26 0.53 0.17 0.07 0.17 0.33 0.02 0.93 1.66 0.04 0.19 0.11 0.59 0.20
N1 0.34 0.06 1.02 1.29 0.28 0.93 0.31 0.81 0.14 0.08 0.12 0.41 0.21 1.31 1.99 0.21 0.32 0.12 0.64 0.23
N3 0.05 0.09 0.64 0.95 0.21 0.53 0.23 0.50 0.17 0.09 0.14 0.24 0.03 0.78 1.54 0.14 0.18 0.14 0.51 0.23
O2 0.63 0.22 1.33 1.60 0.29 1.31 0.36 1.16 0.10 0.24 0.04 0.48 0.44 1.70 2.32 0.51 0.49 0.14 0.63 0.27
O2' 0.82 0.29 1.73 1.98 0.47 1.52 0.50 1.28 0.14 0.31 0.16 0.76 0.60 2.27 2.92 0.64 0.66 0.13 0.42 0.13
O3' 0.41 0.13 1.24 1.48 0.72 1.09 0.72 0.89 0.38 0.08 0.44 0.98 0.19 1.76 2.32 0.30 0.33 0.35 0.69 0.37
O4 0.52 0.35 0.07 0.26 0.16 0.27 0.16 0.27 0.24 0.36 0.23 0.14 0.44 0.13 0.65 0.70 0.20 0.14 0.30 0.17
O4' 0.71 0.32 1.35 1.57 0.17 1.30 0.19 1.14 0.13 0.36 0.10 0.36 0.53 1.74 2.24 0.62 0.56 0.05 0.58 0.07
O5' 0.24 0.55 0.45 0.66 0.91 0.32 0.91 0.17 0.71 0.52 0.74 1.06 0.39 0.81 1.34 0.34 0.34 0.84 1.32 0.86
OP1 0.24 0.38 0.67 0.92 0.63 0.66 0.60 0.59 0.44 0.33 0.52 0.77 0.29 0.94 1.51 0.26 0.28 0.43 0.78 0.40
OP2 1.19 1.43 0.57 0.35 1.64 0.71 1.61 0.85 1.49 1.39 1.55 1.74 1.33 0.31 0.32 1.27 1.18 1.63 1.97 1.58
P 0.40 0.68 0.24 0.47 0.94 0.15 0.91 0.08 0.76 0.63 0.83 1.06 0.56 0.53 1.09 0.47 0.39 0.85 1.27 0.84

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.14 0.33 0.25 0.12
C2 0.01 0.00 0.10 0.04 0.01 0.01 0.01 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.07 0.03 0.32 0.15 0.63 0.11
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.08 0.04 0.05 0.01 0.03 0.04 0.10 0.09 0.11 0.00 0.02 0.01 0.08 0.03 0.32 0.03
C3' 0.02 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.07 0.02 0.04 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.03 0.21 0.26 0.09
C4 0.00 0.01 0.08 0.03 0.00 0.08 0.00 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.05 0.04 0.49 0.12 0.93 0.32
C4' 0.02 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.12 0.04 0.03 0.09 0.05 0.05 0.00 0.01 0.01 0.16 0.04 0.10
C5 0.00 0.01 0.05 0.05 0.00 0.12 0.00 0.36 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.53 0.14 0.90 0.33
C5' 0.05 0.15 0.01 0.01 0.30 0.01 0.36 0.00 0.32 0.18 0.22 0.33 0.06 0.07 0.07 0.04 0.01 0.09 0.07 0.03
C6 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.12 0.00 0.32 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.46 0.09 0.67 0.19
N1 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.32 0.17 0.53 0.08
N3 0.00 0.00 0.10 0.04 0.00 0.03 0.00 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.07 0.04 0.41 0.07 0.81 0.23
N4 0.00 0.01 0.09 0.04 0.00 0.09 0.00 0.33 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.13 0.06 0.04 0.52 0.20 1.05 0.40
O2 0.01 0.00 0.11 0.07 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.17 0.10 0.03 0.23 0.22 0.53 0.05
O2' 0.02 0.13 0.00 0.00 0.11 0.05 0.05 0.07 0.02 0.05 0.14 0.13 0.17 0.00 0.00 0.05 0.02 0.08 0.22 0.05
O3' 0.03 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.07 0.07 0.02 0.07 0.06 0.10 0.00 0.00 0.02 0.07 0.45 0.21 0.15
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.05 0.02 0.00 0.04 0.52 0.05 0.28
O5' 0.14 0.32 0.08 0.03 0.49 0.01 0.53 0.01 0.46 0.32 0.41 0.52 0.23 0.02 0.07 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.33 0.15 0.03 0.21 0.12 0.16 0.14 0.09 0.09 0.17 0.07 0.20 0.22 0.08 0.45 0.52 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.25 0.63 0.32 0.26 0.93 0.04 0.90 0.07 0.67 0.53 0.81 1.05 0.53 0.22 0.21 0.05 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.12 0.11 0.03 0.09 0.32 0.10 0.33 0.03 0.19 0.08 0.23 0.40 0.05 0.05 0.15 0.28 0.01 0.01 0.01 0.00