ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48811

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.015, 0.026, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.005, 0.016, 0.028, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.014, 0.035, 0.055, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.035 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.006, 0.031, 0.056, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.031 std_dev=0.025
N3 A 0, 0.017, 0.045, 0.074, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.045 std_dev=0.028
O2 A 0, 0.001, 0.040, 0.078, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.040 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.012, 0.056, 0.099, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.056 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.042, 0.119, 0.196, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.119 std_dev=0.077
C2' A 0, 0.036, 0.120, 0.204, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.120 std_dev=0.084
C4' A 0, 0.015, 0.138, 0.260, 0.333 max_d=0.333 avg_d=0.138 std_dev=0.122
C3' A 0, 0.061, 0.195, 0.328, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.195 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.065, 0.209, 0.354, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.209 std_dev=0.144
C5' A 0, 0.096, 0.277, 0.458, 0.501 max_d=0.501 avg_d=0.277 std_dev=0.181
O3' A 0, 0.147, 0.350, 0.554, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.350 std_dev=0.204
O5' A 0, 0.080, 0.337, 0.595, 0.725 max_d=0.725 avg_d=0.337 std_dev=0.258
OP2 B 0, 0.119, 0.554, 0.990, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.554 std_dev=0.435
P A 0, 0.188, 0.641, 1.095, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.641 std_dev=0.454
P B 0, 0.256, 0.710, 1.165, 1.266 max_d=1.266 avg_d=0.710 std_dev=0.455
OP1 B 0, 0.088, 0.682, 1.276, 1.636 max_d=1.636 avg_d=0.682 std_dev=0.594
OP2 A 0, 0.440, 1.067, 1.693, 1.527 max_d=1.527 avg_d=1.067 std_dev=0.627
OP1 A 0, 0.404, 1.182, 1.960, 2.125 max_d=2.125 avg_d=1.182 std_dev=0.778
O5' B 0, 0.545, 1.577, 2.609, 2.789 max_d=2.789 avg_d=1.577 std_dev=1.032
C3' B 0, 0.754, 2.005, 3.256, 3.448 max_d=3.448 avg_d=2.005 std_dev=1.251
C2' B 0, 0.973, 2.304, 3.636, 3.160 max_d=3.160 avg_d=2.304 std_dev=1.332
C6 B 0, 0.972, 2.325, 3.679, 3.276 max_d=3.276 avg_d=2.325 std_dev=1.353
C5 B 0, 0.981, 2.369, 3.758, 3.387 max_d=3.387 avg_d=2.369 std_dev=1.388
C4' B 0, 1.005, 2.394, 3.784, 3.406 max_d=3.406 avg_d=2.394 std_dev=1.390
O3' B 0, 0.411, 1.804, 3.197, 3.528 max_d=3.528 avg_d=1.804 std_dev=1.393
C1' B 0, 1.019, 2.444, 3.869, 3.523 max_d=3.523 avg_d=2.444 std_dev=1.425
N1 B 0, 1.029, 2.488, 3.947, 3.632 max_d=3.632 avg_d=2.488 std_dev=1.459
O4' B 0, 1.071, 2.608, 4.144, 3.935 max_d=3.935 avg_d=2.608 std_dev=1.537
C4 B 0, 1.043, 2.587, 4.131, 3.887 max_d=3.887 avg_d=2.587 std_dev=1.544
O2' B 0, 1.066, 2.657, 4.248, 4.093 max_d=4.093 avg_d=2.657 std_dev=1.591
N4 B 0, 1.044, 2.641, 4.239, 4.032 max_d=4.032 avg_d=2.641 std_dev=1.597
C2 B 0, 1.092, 2.733, 4.373, 4.276 max_d=4.276 avg_d=2.733 std_dev=1.640
C5' B 0, 1.220, 2.890, 4.560, 3.950 max_d=3.950 avg_d=2.890 std_dev=1.670
N3 B 0, 1.097, 2.779, 4.461, 4.374 max_d=4.374 avg_d=2.779 std_dev=1.682
O2 B 0, 1.113, 2.894, 4.674, 4.800 max_d=4.800 avg_d=2.894 std_dev=1.781

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.17 0.08
C2 0.02 0.00 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.03 0.03 0.04 0.02 0.07 0.24 0.11
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.02 0.04 0.07 0.00 0.01 0.07 0.01 0.05 0.02 0.12 0.06
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.11 0.01 0.14 0.01 0.14 0.07 0.07 0.02 0.01 0.01 0.12 0.01 0.07 0.04 0.09 0.07
C4 0.03 0.02 0.06 0.11 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.02 0.06 0.14 0.02 0.03 0.07 0.18 0.31 0.18
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04 0.06 0.01 0.07 0.00 0.01 0.10 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.14 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.18 0.04 0.02 0.09 0.21 0.32 0.20
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.10 0.00 0.11 0.00 0.10 0.06 0.08 0.05 0.06 0.04 0.09 0.01 0.01 0.12 0.04 0.02
C6 0.01 0.02 0.07 0.14 0.02 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.17 0.04 0.03 0.07 0.14 0.26 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.01 0.03 0.06 0.22 0.10
N3 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.05 0.02 0.08 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.03 0.04 0.11 0.27 0.13
O2 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.03 0.03 0.01 0.00 0.13 0.05 0.03 0.07 0.02 0.08 0.21 0.10
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.02 0.07 0.13 0.00 0.03 0.07 0.05 0.05 0.09 0.09 0.06
O3' 0.02 0.03 0.01 0.01 0.14 0.01 0.18 0.04 0.17 0.07 0.07 0.05 0.03 0.00 0.15 0.01 0.12 0.10 0.19 0.12
O4 0.04 0.03 0.07 0.12 0.02 0.07 0.04 0.09 0.04 0.03 0.02 0.03 0.07 0.15 0.00 0.03 0.06 0.21 0.32 0.18
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.09 0.13 0.17 0.11
O5' 0.04 0.02 0.05 0.07 0.07 0.01 0.09 0.01 0.07 0.03 0.04 0.02 0.05 0.12 0.06 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.07 0.02 0.04 0.18 0.10 0.21 0.12 0.14 0.06 0.11 0.08 0.09 0.10 0.21 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.24 0.12 0.09 0.31 0.05 0.32 0.04 0.26 0.22 0.27 0.21 0.09 0.19 0.32 0.17 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.06 0.07 0.18 0.04 0.20 0.02 0.16 0.10 0.13 0.10 0.06 0.12 0.18 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 0.28 0.29 0.52 0.21 0.46 0.33 0.66 0.40 0.37 0.22 0.18 0.27 0.38 0.50 0.52 0.25 0.40 0.11 0.12
C2 0.44 0.33 0.24 0.31 0.22 0.35 0.24 0.53 0.35 0.37 0.26 0.20 0.35 0.27 0.37 0.54 0.15 0.42 0.09 0.13
C2' 0.34 0.27 0.32 0.62 0.30 0.49 0.28 0.72 0.30 0.30 0.30 0.39 0.27 0.31 0.51 0.43 0.39 0.35 0.16 0.06
C3' 0.35 0.27 0.29 0.56 0.29 0.44 0.29 0.62 0.32 0.31 0.29 0.37 0.26 0.33 0.48 0.44 0.25 0.49 0.11 0.09
C4 0.56 0.50 0.40 0.16 0.34 0.36 0.32 0.32 0.41 0.49 0.42 0.29 0.55 0.32 0.34 0.65 0.24 0.64 0.05 0.28
C4' 0.45 0.35 0.35 0.56 0.34 0.48 0.41 0.64 0.44 0.41 0.33 0.34 0.33 0.45 0.54 0.53 0.21 0.48 0.12 0.14
C5 0.51 0.44 0.35 0.21 0.30 0.35 0.31 0.36 0.39 0.45 0.37 0.24 0.48 0.33 0.39 0.61 0.18 0.63 0.07 0.25
C5' 0.49 0.42 0.36 0.47 0.41 0.45 0.46 0.56 0.48 0.47 0.40 0.40 0.41 0.51 0.50 0.57 0.10 0.57 0.15 0.22
C6 0.46 0.36 0.28 0.32 0.25 0.35 0.30 0.46 0.38 0.40 0.29 0.20 0.39 0.33 0.43 0.56 0.09 0.56 0.09 0.20
N1 0.43 0.32 0.26 0.38 0.21 0.38 0.29 0.55 0.37 0.37 0.24 0.18 0.32 0.32 0.43 0.54 0.14 0.47 0.10 0.15
N3 0.51 0.45 0.33 0.17 0.31 0.32 0.29 0.36 0.38 0.45 0.38 0.27 0.48 0.28 0.32 0.61 0.10 0.53 0.06 0.21
O2 0.39 0.26 0.20 0.39 0.18 0.39 0.18 0.65 0.31 0.32 0.20 0.24 0.27 0.25 0.36 0.50 0.30 0.29 0.09 0.08
O2' 0.49 0.52 0.52 0.82 0.56 0.67 0.48 0.90 0.46 0.49 0.57 0.64 0.52 0.44 0.65 0.55 0.60 0.20 0.21 0.18
O3' 0.37 0.42 0.37 0.66 0.47 0.49 0.37 0.68 0.34 0.37 0.49 0.58 0.43 0.34 0.53 0.42 0.35 0.47 0.13 0.04
O4 0.64 0.59 0.51 0.23 0.40 0.45 0.35 0.34 0.45 0.57 0.50 0.33 0.66 0.38 0.34 0.73 0.42 0.73 0.05 0.36
O4' 0.51 0.43 0.36 0.49 0.40 0.48 0.48 0.63 0.51 0.49 0.39 0.34 0.41 0.50 0.51 0.60 0.19 0.45 0.15 0.18
O5' 0.46 0.40 0.34 0.42 0.39 0.39 0.42 0.50 0.44 0.43 0.38 0.40 0.40 0.46 0.50 0.54 0.07 0.59 0.08 0.20
OP1 0.57 0.61 0.48 0.33 0.63 0.40 0.58 0.45 0.56 0.58 0.64 0.68 0.61 0.65 0.42 0.60 0.12 0.63 0.12 0.23
OP2 0.36 0.35 0.23 0.33 0.33 0.17 0.30 0.23 0.30 0.33 0.35 0.39 0.37 0.31 0.56 0.44 0.20 0.72 0.21 0.35
P 0.50 0.50 0.39 0.28 0.49 0.33 0.48 0.39 0.48 0.49 0.50 0.53 0.51 0.53 0.43 0.57 0.14 0.67 0.14 0.28

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.08 0.02 0.02 0.05 0.05 0.06 0.01 0.27 0.00 0.18 0.31 0.68 0.41
C2 0.04 0.00 0.07 0.15 0.02 0.05 0.02 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.46 0.08 0.02 0.29 0.41 0.68 0.42
C2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.07 0.02 0.12 0.18 0.13 0.03 0.05 0.07 0.17 0.01 0.02 0.01 0.18 0.25 0.55 0.34
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.42 0.01 0.52 0.01 0.48 0.25 0.26 0.45 0.08 0.02 0.01 0.02 0.21 0.33 0.25 0.22
C4 0.05 0.02 0.07 0.42 0.00 0.21 0.01 0.34 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.36 0.26 0.06 0.44 0.42 0.51 0.37
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.21 0.00 0.29 0.00 0.27 0.11 0.11 0.23 0.06 0.29 0.03 0.01 0.02 0.09 0.39 0.25
C5 0.03 0.02 0.12 0.52 0.01 0.29 0.00 0.47 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.19 0.36 0.07 0.52 0.40 0.44 0.35
C5' 0.08 0.13 0.18 0.01 0.34 0.00 0.47 0.00 0.43 0.18 0.19 0.38 0.18 0.12 0.20 0.01 0.01 0.16 0.24 0.03
C6 0.02 0.01 0.13 0.48 0.02 0.27 0.01 0.43 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.10 0.27 0.07 0.47 0.36 0.50 0.33
N1 0.02 0.01 0.03 0.25 0.03 0.11 0.01 0.18 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.21 0.04 0.02 0.31 0.37 0.64 0.39
N3 0.05 0.00 0.05 0.26 0.01 0.11 0.01 0.19 0.02 0.03 0.00 0.02 0.04 0.47 0.09 0.04 0.35 0.43 0.61 0.40
N4 0.05 0.02 0.07 0.45 0.00 0.23 0.02 0.38 0.03 0.03 0.02 0.00 0.05 0.38 0.33 0.07 0.47 0.43 0.46 0.37
O2 0.06 0.01 0.17 0.08 0.04 0.06 0.03 0.18 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.63 0.30 0.04 0.24 0.39 0.72 0.45
O2' 0.01 0.46 0.01 0.02 0.36 0.29 0.19 0.12 0.10 0.21 0.47 0.38 0.63 0.00 0.06 0.21 0.34 0.37 0.39 0.14
O3' 0.27 0.08 0.02 0.01 0.26 0.03 0.36 0.20 0.27 0.04 0.09 0.33 0.30 0.06 0.00 0.21 0.20 0.47 0.24 0.17
O4' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.04 0.07 0.04 0.21 0.21 0.00 0.14 0.31 0.73 0.44
O5' 0.18 0.29 0.18 0.21 0.44 0.02 0.52 0.01 0.47 0.31 0.35 0.47 0.24 0.34 0.20 0.14 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.31 0.41 0.25 0.33 0.42 0.09 0.40 0.16 0.36 0.37 0.43 0.43 0.39 0.37 0.47 0.31 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.68 0.68 0.55 0.25 0.51 0.39 0.44 0.24 0.50 0.64 0.61 0.46 0.72 0.39 0.24 0.73 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.41 0.42 0.34 0.22 0.37 0.25 0.35 0.03 0.33 0.39 0.40 0.37 0.45 0.14 0.17 0.44 0.01 0.01 0.01 0.00