ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48813

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N3 A 0, -0.001, 0.020, 0.040, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.020 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.008, 0.038, 0.068, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.038 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.012, 0.044, 0.075, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.044 std_dev=0.032
C6 A 0, 0.012, 0.045, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.045 std_dev=0.033
C2 A 0, 0.010, 0.050, 0.089, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.050 std_dev=0.039
C1' A 0, 0.012, 0.053, 0.095, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.053 std_dev=0.042
O2 A 0, 0.027, 0.120, 0.214, 0.228 max_d=0.228 avg_d=0.120 std_dev=0.094
O4 A 0, 0.057, 0.197, 0.336, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.197 std_dev=0.139
O4' A 0, 0.071, 0.288, 0.505, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.288 std_dev=0.217
C2' A 0, 0.104, 0.402, 0.700, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.402 std_dev=0.298
C4' A 0, 0.129, 0.504, 0.879, 0.899 max_d=0.899 avg_d=0.504 std_dev=0.375
C3' A 0, 0.146, 0.521, 0.897, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.521 std_dev=0.376
OP2 B 0, 0.093, 0.517, 0.941, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.517 std_dev=0.424
P B 0, 0.137, 0.594, 1.051, 1.111 max_d=1.111 avg_d=0.594 std_dev=0.457
C5' A 0, 0.117, 0.630, 1.143, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.630 std_dev=0.513
P A 0, 0.036, 0.588, 1.140, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.588 std_dev=0.552
OP1 A 0, 0.168, 0.732, 1.297, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.732 std_dev=0.565
O5' A 0, -0.149, 0.431, 1.012, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.431 std_dev=0.580
OP2 A 0, -0.005, 0.584, 1.174, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.584 std_dev=0.589
O2' A 0, 0.084, 0.682, 1.280, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.682 std_dev=0.598
O3' A 0, 0.025, 0.776, 1.527, 1.792 max_d=1.792 avg_d=0.776 std_dev=0.751
OP1 B 0, 0.096, 0.901, 1.707, 1.955 max_d=1.955 avg_d=0.901 std_dev=0.805
O5' B 0, 0.085, 1.025, 1.965, 2.271 max_d=2.271 avg_d=1.025 std_dev=0.940
C6 B 0, 0.088, 1.221, 2.353, 2.729 max_d=2.729 avg_d=1.221 std_dev=1.132
N1 B 0, 0.228, 1.488, 2.748, 3.081 max_d=3.081 avg_d=1.488 std_dev=1.260
C2 B 0, 0.467, 1.907, 3.347, 3.480 max_d=3.480 avg_d=1.907 std_dev=1.440
N3 B 0, 0.545, 2.168, 3.791, 3.905 max_d=3.905 avg_d=2.168 std_dev=1.623
O4' B 0, 0.025, 1.663, 3.302, 3.892 max_d=3.892 avg_d=1.663 std_dev=1.638
C5 B 0, 0.091, 1.759, 3.426, 3.999 max_d=3.999 avg_d=1.759 std_dev=1.668
O2 B 0, 0.550, 2.323, 4.095, 4.300 max_d=4.300 avg_d=2.323 std_dev=1.772
C1' B 0, -0.062, 1.772, 3.606, 4.299 max_d=4.299 avg_d=1.772 std_dev=1.834
C4 B 0, 0.372, 2.240, 4.107, 4.571 max_d=4.571 avg_d=2.240 std_dev=1.867
C5' B 0, -0.058, 2.059, 4.176, 4.970 max_d=4.970 avg_d=2.059 std_dev=2.117
C4' B 0, -0.244, 2.261, 4.765, 5.752 max_d=5.752 avg_d=2.261 std_dev=2.505
N4 B 0, 0.373, 2.922, 5.470, 6.211 max_d=6.211 avg_d=2.922 std_dev=2.549
C2' B 0, -0.460, 2.537, 5.534, 6.745 max_d=6.745 avg_d=2.537 std_dev=2.997
C3' B 0, -0.408, 2.659, 5.727, 6.957 max_d=6.957 avg_d=2.659 std_dev=3.067
O2' B 0, -0.887, 2.899, 6.685, 8.247 max_d=8.247 avg_d=2.899 std_dev=3.786
O3' B 0, -0.784, 3.413, 7.609, 9.324 max_d=9.324 avg_d=3.413 std_dev=4.196

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.29 0.06 0.01 0.06 0.42 0.09 0.17
C2 0.06 0.00 0.21 0.19 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.17 0.04 0.06 0.12 0.37 0.06 0.08
C2' 0.00 0.21 0.00 0.00 0.09 0.01 0.07 0.16 0.11 0.04 0.17 0.34 0.01 0.03 0.12 0.01 0.39 0.65 0.39 0.47
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.31 0.01 0.30 0.02 0.27 0.18 0.25 0.15 0.00 0.00 0.33 0.02 0.09 0.12 0.11 0.08
C4 0.05 0.02 0.09 0.31 0.00 0.12 0.01 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.23 0.05 0.01 0.03 0.27 0.31 0.18 0.11
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.18 0.08 0.06 0.06 0.24 0.01 0.13 0.01 0.02 0.11 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.07 0.30 0.01 0.17 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.13 0.02 0.09 0.31 0.31 0.22 0.13
C5' 0.04 0.01 0.16 0.02 0.10 0.01 0.16 0.00 0.16 0.04 0.03 0.06 0.08 0.19 0.11 0.02 0.01 0.04 0.16 0.03
C6 0.01 0.01 0.11 0.27 0.02 0.18 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.33 0.09 0.03 0.12 0.26 0.35 0.17 0.08
N1 0.01 0.02 0.04 0.18 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.15 0.10 0.05 0.02 0.12 0.38 0.07 0.08
N3 0.05 0.00 0.17 0.25 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.08 0.04 0.04 0.19 0.35 0.11 0.08
O2 0.10 0.00 0.34 0.15 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.26 0.29 0.03 0.10 0.07 0.36 0.05 0.09
O2' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.23 0.24 0.35 0.08 0.33 0.15 0.09 0.26 0.00 0.05 0.22 0.16 0.31 0.69 0.26 0.41
O3' 0.29 0.17 0.03 0.00 0.05 0.01 0.13 0.19 0.09 0.10 0.08 0.29 0.05 0.00 0.09 0.19 0.12 0.26 0.06 0.22
O4 0.06 0.04 0.12 0.33 0.01 0.13 0.02 0.11 0.03 0.05 0.04 0.03 0.22 0.09 0.00 0.04 0.30 0.30 0.19 0.13
O4' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.09 0.02 0.12 0.02 0.04 0.10 0.16 0.19 0.04 0.00 0.11 0.22 0.03 0.03
O5' 0.06 0.12 0.39 0.09 0.27 0.02 0.31 0.01 0.26 0.12 0.19 0.07 0.31 0.12 0.30 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.42 0.37 0.65 0.12 0.31 0.11 0.31 0.04 0.35 0.38 0.35 0.36 0.69 0.26 0.30 0.22 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.06 0.39 0.11 0.18 0.10 0.22 0.16 0.17 0.07 0.11 0.05 0.26 0.06 0.19 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.08 0.47 0.08 0.11 0.02 0.13 0.03 0.08 0.08 0.08 0.09 0.41 0.22 0.13 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.33 0.89 2.06 2.35 0.22 1.96 0.13 1.82 0.47 0.89 0.57 0.08 1.18 2.29 3.05 1.19 0.82 0.38 0.14 0.14
C2 1.03 0.78 1.55 1.82 0.37 1.51 0.29 1.55 0.49 0.77 0.59 0.20 0.94 1.60 2.24 0.93 0.78 0.38 0.07 0.15
C2' 1.20 0.72 2.08 2.39 0.06 1.86 0.18 1.64 0.25 0.70 0.36 0.34 1.07 2.39 3.27 1.00 0.54 0.13 0.40 0.18
C3' 1.20 0.71 2.08 2.36 0.06 1.85 0.15 1.63 0.26 0.70 0.35 0.35 1.06 2.42 3.23 1.02 0.53 0.15 0.30 0.09
C4 0.82 1.00 1.29 1.50 0.92 0.94 0.79 0.90 0.76 0.88 1.02 0.91 1.05 1.11 1.75 0.59 0.50 0.27 0.11 0.10
C4' 1.27 0.78 2.07 2.36 0.06 1.91 0.03 1.76 0.36 0.79 0.42 0.25 1.10 2.37 3.16 1.12 0.73 0.41 0.12 0.13
C5 1.04 1.18 1.65 1.91 0.99 1.24 0.83 1.14 0.84 1.03 1.15 0.95 1.29 1.51 2.32 0.76 0.58 0.20 0.10 0.07
C5' 1.27 0.88 2.11 2.40 0.22 1.86 0.13 1.70 0.45 0.86 0.57 0.07 1.19 2.36 3.20 1.08 0.71 0.36 0.08 0.12
C6 1.21 1.15 1.91 2.20 0.79 1.58 0.63 1.46 0.76 1.05 1.02 0.66 1.34 1.90 2.77 0.96 0.70 0.12 0.05 0.04
N1 1.22 0.97 1.88 2.18 0.49 1.72 0.38 1.65 0.60 0.93 0.76 0.31 1.18 1.96 2.76 1.05 0.79 0.28 0.06 0.11
N3 0.82 0.80 1.25 1.48 0.60 1.09 0.51 1.12 0.58 0.74 0.73 0.52 0.88 1.17 1.74 0.68 0.63 0.15 0.06 0.06
O2 1.00 0.57 1.45 1.70 0.06 1.58 0.02 1.65 0.31 0.62 0.31 0.18 0.77 1.60 2.10 0.99 0.84 0.67 0.11 0.28
O2' 1.72 1.10 2.64 2.92 0.18 2.44 0.12 2.10 0.54 1.10 0.64 0.22 1.52 3.05 3.85 1.53 0.94 0.41 0.19 0.17
O3' 1.49 0.87 2.34 2.62 0.07 2.22 0.04 2.02 0.46 0.92 0.46 0.28 1.22 2.74 3.48 1.37 0.87 0.61 0.09 0.35
O4 0.58 0.95 0.94 1.07 1.06 0.50 0.93 0.44 0.78 0.79 1.08 1.13 0.93 0.67 1.17 0.32 0.28 0.54 0.15 0.22
O4' 1.32 0.89 2.03 2.31 0.25 1.92 0.17 1.82 0.50 0.89 0.58 0.08 1.17 2.26 3.01 1.19 0.86 0.52 0.01 0.25
O5' 1.30 1.05 2.16 2.42 0.46 1.76 0.33 1.54 0.58 0.97 0.80 0.23 1.35 2.36 3.22 1.02 0.61 0.16 0.20 0.11
OP1 1.51 1.54 2.37 2.65 1.16 1.84 0.98 1.66 1.09 1.38 1.42 1.04 1.76 2.37 3.35 1.18 0.88 0.30 0.36 0.29
OP2 1.26 1.12 2.06 2.29 0.63 1.64 0.49 1.46 0.68 1.01 0.93 0.45 1.38 2.17 2.99 0.99 0.66 0.23 0.16 0.14
P 1.38 1.26 2.25 2.51 0.75 1.78 0.60 1.58 0.79 1.14 1.06 0.57 1.53 2.36 3.27 1.08 0.72 0.21 0.13 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.08 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.09 0.12
C2 0.04 0.00 0.09 0.12 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.11 0.05 0.15 0.15 0.07 0.13
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.07 0.02 0.08 0.03 0.09 0.03 0.09 0.09 0.16 0.00 0.02 0.01 0.10 0.10 0.21 0.04
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.10 0.01 0.11 0.03 0.11 0.05 0.12 0.12 0.18 0.02 0.00 0.01 0.16 0.14 0.35 0.06
C4 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.02 0.25 0.22 0.18 0.18
C4' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.04 0.05 0.07 0.06 0.00 0.01 0.03 0.07 0.25 0.06
C5 0.01 0.02 0.08 0.11 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.14 0.01 0.25 0.22 0.18 0.18
C5' 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.08 0.05 0.02 0.02 0.07 0.33 0.03
C6 0.00 0.02 0.09 0.11 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.13 0.03 0.19 0.17 0.09 0.15
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.13 0.14 0.06 0.13
N3 0.03 0.00 0.09 0.12 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.12 0.04 0.21 0.19 0.12 0.16
N4 0.03 0.02 0.09 0.12 0.01 0.05 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.16 0.02 0.26 0.23 0.22 0.18
O2 0.08 0.00 0.16 0.18 0.01 0.07 0.03 0.06 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.08 0.19 0.09 0.10 0.11 0.07 0.11
O2' 0.01 0.04 0.00 0.02 0.04 0.06 0.05 0.08 0.05 0.01 0.04 0.06 0.08 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.22 0.06
O3' 0.02 0.11 0.02 0.00 0.12 0.00 0.14 0.05 0.13 0.04 0.12 0.16 0.19 0.05 0.00 0.01 0.12 0.14 0.47 0.09
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.09 0.03 0.01 0.00 0.10 0.14 0.15 0.16
O5' 0.03 0.15 0.10 0.16 0.25 0.03 0.25 0.02 0.19 0.13 0.21 0.26 0.10 0.04 0.12 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.10 0.15 0.10 0.14 0.22 0.07 0.22 0.07 0.17 0.14 0.19 0.23 0.11 0.02 0.14 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.07 0.21 0.35 0.18 0.25 0.18 0.33 0.09 0.06 0.12 0.22 0.07 0.22 0.47 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.13 0.04 0.06 0.18 0.06 0.18 0.03 0.15 0.13 0.16 0.18 0.11 0.06 0.09 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00