ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48815

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.003, 0.011, 0.019, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O4 A 0, 0.017, 0.064, 0.112, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.064 std_dev=0.048
C2' A 0, 0.012, 0.086, 0.160, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.086 std_dev=0.074
O4' A 0, 0.010, 0.084, 0.159, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.084 std_dev=0.074
O2' A 0, 0.020, 0.152, 0.283, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.152 std_dev=0.131
C3' A 0, 0.077, 0.267, 0.456, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.267 std_dev=0.189
OP1 B 0, 0.079, 0.280, 0.481, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.280 std_dev=0.201
O3' B 0, 0.062, 0.317, 0.573, 0.626 max_d=0.626 avg_d=0.317 std_dev=0.256
C4' A 0, 0.068, 0.333, 0.598, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.333 std_dev=0.265
C5' B 0, 0.087, 0.383, 0.680, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.383 std_dev=0.297
P B 0, 0.106, 0.407, 0.708, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.407 std_dev=0.301
C3' B 0, 0.059, 0.383, 0.706, 0.791 max_d=0.791 avg_d=0.383 std_dev=0.324
C4' B 0, 0.072, 0.402, 0.733, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.402 std_dev=0.331
O5' B 0, 0.093, 0.429, 0.765, 0.820 max_d=0.820 avg_d=0.429 std_dev=0.336
O2' B 0, 0.042, 0.407, 0.773, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.407 std_dev=0.365
P A 0, 0.135, 0.530, 0.926, 0.950 max_d=0.950 avg_d=0.530 std_dev=0.396
OP1 A 0, 0.147, 0.544, 0.941, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.544 std_dev=0.397
C2' B 0, 0.041, 0.441, 0.841, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.441 std_dev=0.400
OP2 B 0, 0.119, 0.519, 0.920, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.519 std_dev=0.400
O4' B 0, 0.068, 0.492, 0.915, 1.034 max_d=1.034 avg_d=0.492 std_dev=0.423
O5' A 0, 0.187, 0.646, 1.104, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.646 std_dev=0.458
C1' B 0, 0.047, 0.519, 0.992, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.519 std_dev=0.472
C6 B 0, 0.024, 0.505, 0.987, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.505 std_dev=0.482
OP2 A 0, 0.027, 0.519, 1.011, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.519 std_dev=0.492
N1 B 0, 0.007, 0.564, 1.120, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.564 std_dev=0.557
C5 B 0, -0.032, 0.550, 1.133, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.550 std_dev=0.583
O3' A 0, 0.288, 0.988, 1.688, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.988 std_dev=0.700
C2 B 0, -0.017, 0.707, 1.430, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.707 std_dev=0.724
C5' A 0, 0.263, 1.014, 1.765, 1.795 max_d=1.795 avg_d=1.014 std_dev=0.751
O2 B 0, 0.015, 0.776, 1.538, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.776 std_dev=0.761
C4 B 0, -0.080, 0.698, 1.476, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.698 std_dev=0.778
N3 B 0, -0.046, 0.788, 1.622, 1.942 max_d=1.942 avg_d=0.788 std_dev=0.834
N4 B 0, -0.110, 0.790, 1.689, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.790 std_dev=0.899

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.00 0.00 0.13 0.13 0.05 0.06
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.21 0.00 0.01 0.16 0.14 0.07 0.09
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.11 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.05 0.02 0.01 0.07 0.13 0.08 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.03 0.02 0.08 0.16 0.11 0.08
C4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.02 0.20 0.17 0.11 0.13
C4' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.05 0.04 0.02 0.04 0.00 0.00 0.07 0.10 0.05
C5 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.03 0.21 0.18 0.12 0.15
C5' 0.04 0.07 0.11 0.01 0.17 0.00 0.22 0.00 0.20 0.11 0.11 0.01 0.05 0.14 0.18 0.01 0.00 0.20 0.19 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.00 0.04 0.20 0.18 0.10 0.14
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.00 0.01 0.17 0.15 0.07 0.10
N3 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.19 0.00 0.00 0.18 0.15 0.08 0.11
O2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.11 0.26 0.00 0.03 0.13 0.13 0.06 0.07
O2' 0.00 0.06 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.02 0.04 0.11 0.00 0.07 0.02 0.01 0.06 0.13 0.09 0.06
O3' 0.18 0.21 0.05 0.01 0.14 0.02 0.09 0.14 0.09 0.16 0.19 0.26 0.07 0.00 0.14 0.13 0.11 0.27 0.20 0.14
O4 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.14 0.00 0.02 0.20 0.17 0.11 0.14
O4' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.13 0.02 0.00 0.16 0.14 0.03 0.06
O5' 0.13 0.16 0.07 0.08 0.20 0.00 0.21 0.00 0.20 0.17 0.18 0.13 0.06 0.11 0.20 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.14 0.13 0.16 0.17 0.07 0.18 0.20 0.18 0.15 0.15 0.13 0.13 0.27 0.17 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.07 0.08 0.11 0.11 0.10 0.12 0.19 0.10 0.07 0.08 0.06 0.09 0.20 0.11 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.09 0.06 0.08 0.13 0.05 0.15 0.01 0.14 0.10 0.11 0.07 0.06 0.14 0.14 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.09 0.08 0.05 0.10 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.04 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10
C2 0.11 0.09 0.10 0.10 0.08 0.11 0.08 0.12 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.14 0.15 0.15 0.15
C2' 0.12 0.09 0.10 0.09 0.07 0.11 0.08 0.10 0.10 0.10 0.07 0.05 0.09 0.11 0.08 0.12 0.08 0.09 0.07 0.07
C3' 0.18 0.15 0.16 0.14 0.12 0.16 0.13 0.15 0.15 0.16 0.13 0.11 0.16 0.17 0.13 0.18 0.13 0.12 0.10 0.11
C4 0.14 0.14 0.12 0.13 0.15 0.13 0.15 0.15 0.14 0.14 0.15 0.17 0.14 0.10 0.10 0.14 0.20 0.22 0.26 0.23
C4' 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.12 0.10 0.09
C5 0.12 0.12 0.11 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.12 0.12 0.13 0.14 0.11 0.10 0.10 0.12 0.17 0.21 0.24 0.20
C5' 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.01 0.07 0.14 0.13 0.12
C6 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.14 0.18 0.20 0.17
N1 0.10 0.08 0.09 0.10 0.07 0.10 0.07 0.11 0.08 0.09 0.07 0.07 0.08 0.09 0.09 0.10 0.12 0.15 0.15 0.14
N3 0.13 0.12 0.11 0.12 0.13 0.13 0.12 0.15 0.13 0.13 0.13 0.13 0.12 0.10 0.09 0.14 0.18 0.21 0.21 0.20
O2 0.11 0.08 0.10 0.10 0.07 0.11 0.07 0.11 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.09 0.08 0.11 0.11 0.10 0.10 0.11
O2' 0.15 0.12 0.13 0.12 0.10 0.15 0.12 0.13 0.14 0.14 0.11 0.09 0.12 0.14 0.10 0.16 0.10 0.08 0.05 0.07
O3' 0.43 0.40 0.37 0.37 0.38 0.42 0.39 0.42 0.41 0.41 0.38 0.37 0.39 0.37 0.33 0.44 0.40 0.33 0.32 0.36
O4 0.16 0.18 0.14 0.14 0.19 0.15 0.18 0.16 0.17 0.17 0.19 0.21 0.17 0.12 0.10 0.16 0.22 0.23 0.31 0.26
O4' 0.10 0.08 0.09 0.09 0.06 0.10 0.07 0.10 0.08 0.09 0.07 0.06 0.09 0.08 0.08 0.11 0.11 0.14 0.13 0.12
O5' 0.04 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.05 0.02 0.02 0.07 0.16 0.15 0.12
OP1 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.13 0.12 0.09
OP2 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.09 0.06 0.10 0.07 0.08 0.05 0.06 0.07 0.06 0.05 0.11 0.11 0.16 0.16 0.14
P 0.10 0.07 0.07 0.06 0.04 0.08 0.04 0.07 0.06 0.08 0.05 0.03 0.09 0.09 0.05 0.10 0.07 0.13 0.13 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.06 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.10 0.05
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.12 0.08
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.07 0.12 0.07
C5' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.10 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.09 0.05
N3 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.12 0.07
N4 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.08 0.13 0.08
O2 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.03 0.10 0.05
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01
O3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03
O5' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.06 0.04 0.06 0.08 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.10 0.05 0.05 0.12 0.03 0.12 0.01 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.02 0.01 0.08 0.01 0.07 0.01 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00