ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48817

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O4 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O2 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C4' A 0, 0.000, 0.193, 0.386, 0.386 max_d=0.386 avg_d=0.193 std_dev=0.193
O4' A 0, 0.000, 0.213, 0.427, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.213 std_dev=0.213
OP2 B 0, 0.000, 0.233, 0.466, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.233 std_dev=0.233
C2' A 0, 0.000, 0.237, 0.474, 0.474 max_d=0.474 avg_d=0.237 std_dev=0.237
C3' A 0, 0.000, 0.278, 0.557, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.278 std_dev=0.278
O5' B 0, 0.000, 0.280, 0.559, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.280 std_dev=0.280
P B 0, 0.000, 0.293, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.293 std_dev=0.293
OP1 B 0, 0.000, 0.326, 0.653, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.326 std_dev=0.326
C3' B 0, 0.000, 0.329, 0.657, 0.657 max_d=0.657 avg_d=0.329 std_dev=0.329
O3' A 0, 0.000, 0.349, 0.698, 0.698 max_d=0.698 avg_d=0.349 std_dev=0.349
C2' B 0, 0.000, 0.352, 0.703, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.352 std_dev=0.352
O2' A 0, 0.000, 0.374, 0.747, 0.747 max_d=0.747 avg_d=0.374 std_dev=0.374
C5' B 0, 0.000, 0.386, 0.773, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.386 std_dev=0.386
N1 B 0, 0.000, 0.418, 0.836, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.418 std_dev=0.418
C6 B 0, 0.000, 0.423, 0.846, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.423 std_dev=0.423
C1' B 0, 0.000, 0.425, 0.850, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.425 std_dev=0.425
C4' B 0, 0.000, 0.430, 0.860, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.430 std_dev=0.430
C5' A 0, 0.000, 0.448, 0.895, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.448 std_dev=0.448
O2 B 0, 0.000, 0.474, 0.949, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.474 std_dev=0.474
O4' B 0, 0.000, 0.481, 0.963, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.481 std_dev=0.481
C2 B 0, 0.000, 0.481, 0.963, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.481 std_dev=0.481
O3' B 0, 0.000, 0.500, 0.999, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.500 std_dev=0.500
O2' B 0, 0.000, 0.531, 1.061, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.531 std_dev=0.531
C5 B 0, 0.000, 0.538, 1.076, 1.076 max_d=1.076 avg_d=0.538 std_dev=0.538
N3 B 0, 0.000, 0.595, 1.190, 1.190 max_d=1.190 avg_d=0.595 std_dev=0.595
O5' A 0, 0.000, 0.598, 1.196, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.598 std_dev=0.598
C4 B 0, 0.000, 0.640, 1.279, 1.279 max_d=1.279 avg_d=0.640 std_dev=0.640
OP1 A 0, 0.000, 0.728, 1.456, 1.456 max_d=1.456 avg_d=0.728 std_dev=0.728
P A 0, 0.000, 0.783, 1.565, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.783 std_dev=0.783
N4 B 0, 0.000, 0.800, 1.600, 1.600 max_d=1.600 avg_d=0.800 std_dev=0.800
OP2 A 0, 0.000, 0.920, 1.839, 1.839 max_d=1.839 avg_d=0.920 std_dev=0.920

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.08 0.03 0.04
C2 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.09 0.00 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.03 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.03 0.05
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.00 0.03 0.10 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.10 0.03 0.05 0.06
C4' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02
C5 0.00 0.00 0.06 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.14 0.04 0.07 0.10
C5' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.13 0.00 0.04 0.07
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.04 0.00 0.00
N3 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.06 0.00 0.01 0.02
O2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.19 0.14 0.00 0.04 0.02 0.05 0.04 0.05
O2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.02 0.09 0.19 0.00 0.00 0.04 0.00 0.01 0.10 0.03 0.06
O3' 0.04 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.00 0.01 0.11 0.05 0.06 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.04 0.05
O5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.10 0.00 0.14 0.00 0.13 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.08 0.03 0.09 0.05 0.03 0.05 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.10 0.06 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.10 0.00 0.07 0.00 0.02 0.05 0.06 0.01 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.12 0.12 0.14 0.14 0.09 0.13 0.08 0.12 0.11 0.13 0.14 0.11 0.13 0.16 0.07 0.10 0.06 0.12 0.11
C2 0.08 0.11 0.12 0.13 0.13 0.07 0.13 0.06 0.11 0.11 0.13 0.14 0.11 0.11 0.16 0.05 0.08 0.02 0.12 0.08
C2' 0.02 0.05 0.05 0.06 0.07 0.02 0.06 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.05 0.08 0.00 0.03 0.00 0.06 0.04
C3' 0.02 0.06 0.04 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.06 0.05 0.08 0.11 0.05 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.07 0.04
C4 0.02 0.03 0.09 0.12 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.10 0.19 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00
C4' 0.10 0.14 0.11 0.12 0.17 0.07 0.16 0.07 0.13 0.12 0.16 0.18 0.13 0.11 0.13 0.07 0.09 0.04 0.12 0.10
C5 0.03 0.02 0.10 0.13 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.11 0.21 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02
C5' 0.11 0.16 0.12 0.13 0.20 0.08 0.18 0.07 0.15 0.14 0.18 0.22 0.15 0.12 0.14 0.08 0.10 0.04 0.14 0.11
C6 0.05 0.06 0.11 0.14 0.05 0.07 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.06 0.12 0.20 0.02 0.06 0.05 0.06 0.06
N1 0.08 0.10 0.12 0.14 0.11 0.08 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.11 0.09 0.12 0.17 0.05 0.08 0.05 0.10 0.08
N3 0.05 0.08 0.10 0.12 0.09 0.05 0.08 0.03 0.07 0.07 0.09 0.09 0.08 0.10 0.17 0.01 0.05 0.01 0.07 0.03
O2 0.12 0.16 0.12 0.13 0.19 0.08 0.18 0.07 0.16 0.15 0.18 0.20 0.15 0.12 0.13 0.09 0.11 0.00 0.15 0.12
O2' 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.04 0.05 0.01 0.02
O3' 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.03 0.01
O4 0.01 0.01 0.07 0.11 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.04 0.00 0.08 0.19 0.05 0.02 0.02 0.06 0.05
O4' 0.14 0.17 0.15 0.16 0.19 0.12 0.18 0.11 0.17 0.16 0.18 0.20 0.16 0.15 0.18 0.11 0.13 0.07 0.15 0.13
O5' 0.09 0.13 0.10 0.10 0.17 0.06 0.16 0.04 0.13 0.12 0.16 0.19 0.13 0.10 0.12 0.06 0.07 0.03 0.12 0.09
OP1 0.05 0.10 0.07 0.08 0.14 0.02 0.12 0.00 0.09 0.08 0.13 0.16 0.10 0.07 0.10 0.02 0.02 0.03 0.06 0.03
OP2 0.05 0.09 0.06 0.06 0.13 0.02 0.11 0.00 0.08 0.08 0.12 0.15 0.09 0.06 0.08 0.02 0.02 0.02 0.07 0.04
P 0.04 0.09 0.06 0.06 0.12 0.01 0.11 0.01 0.08 0.07 0.12 0.15 0.08 0.06 0.08 0.01 0.02 0.02 0.07 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C5' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
N1 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
N4 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
O2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.04 0.03
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.10 0.10 0.08
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03
O5' 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.10 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00