ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48819

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
O2 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
O2' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
O4' A 0, 0.000, 0.039, 0.077, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.039 std_dev=0.039
OP1 A 0, 0.000, 0.042, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.042 std_dev=0.042
P A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
C3' A 0, 0.000, 0.056, 0.112, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.056 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.000, 0.060, 0.120, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.060 std_dev=0.060
O3' A 0, 0.000, 0.085, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.085 std_dev=0.085
OP2 A 0, 0.000, 0.088, 0.177, 0.177 max_d=0.177 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O5' A 0, 0.000, 0.092, 0.185, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C5' A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
O2 B 0, 0.000, 0.102, 0.204, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.102 std_dev=0.102
C2 B 0, 0.000, 0.131, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.131 std_dev=0.131
O3' B 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C1' B 0, 0.000, 0.138, 0.275, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.138 std_dev=0.138
O4' B 0, 0.000, 0.141, 0.281, 0.281 max_d=0.281 avg_d=0.141 std_dev=0.141
C3' B 0, 0.000, 0.149, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.149 std_dev=0.149
N1 B 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
C2' B 0, 0.000, 0.156, 0.312, 0.312 max_d=0.312 avg_d=0.156 std_dev=0.156
P B 0, 0.000, 0.158, 0.316, 0.316 max_d=0.316 avg_d=0.158 std_dev=0.158
N3 B 0, 0.000, 0.158, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.158 std_dev=0.158
C4' B 0, 0.000, 0.161, 0.322, 0.322 max_d=0.322 avg_d=0.161 std_dev=0.161
OP1 B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
O2' B 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
C6 B 0, 0.000, 0.187, 0.373, 0.373 max_d=0.373 avg_d=0.187 std_dev=0.187
C5' B 0, 0.000, 0.194, 0.387, 0.387 max_d=0.387 avg_d=0.194 std_dev=0.194
C4 B 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
O5' B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
C5 B 0, 0.000, 0.208, 0.416, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.208 std_dev=0.208
N4 B 0, 0.000, 0.224, 0.448, 0.448 max_d=0.448 avg_d=0.224 std_dev=0.224
OP2 B 0, 0.000, 0.242, 0.483, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.242 std_dev=0.242

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.05 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.06 0.03
O2 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03
O2' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01
O4 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.05
O5' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.06 0.03 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.06 0.06 0.06 0.04 0.03 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.03 0.08 0.07 0.01 0.10 0.07 0.13 0.09 0.07 0.00 0.03 0.02 0.09 0.05 0.09 0.13 0.12 0.14 0.11
C2 0.06 0.00 0.06 0.06 0.05 0.10 0.01 0.12 0.05 0.04 0.04 0.10 0.00 0.07 0.03 0.08 0.12 0.12 0.15 0.11
C2' 0.06 0.00 0.06 0.05 0.02 0.08 0.05 0.10 0.07 0.04 0.03 0.06 0.01 0.06 0.03 0.07 0.10 0.10 0.14 0.09
C3' 0.06 0.01 0.06 0.05 0.00 0.08 0.05 0.10 0.07 0.05 0.01 0.03 0.00 0.07 0.03 0.07 0.09 0.09 0.14 0.09
C4 0.05 0.02 0.04 0.04 0.07 0.08 0.03 0.11 0.01 0.02 0.05 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.11 0.13 0.16 0.11
C4' 0.08 0.03 0.09 0.08 0.03 0.10 0.08 0.12 0.09 0.07 0.01 0.00 0.02 0.10 0.06 0.09 0.12 0.12 0.15 0.11
C5 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.09 0.01 0.12 0.03 0.03 0.04 0.09 0.01 0.05 0.02 0.07 0.12 0.13 0.16 0.10
C5' 0.09 0.04 0.10 0.10 0.04 0.12 0.09 0.14 0.10 0.08 0.02 0.01 0.03 0.11 0.07 0.10 0.14 0.14 0.17 0.13
C6 0.06 0.00 0.06 0.06 0.03 0.09 0.02 0.12 0.05 0.04 0.03 0.07 0.00 0.06 0.03 0.08 0.12 0.13 0.16 0.11
N1 0.07 0.01 0.07 0.06 0.02 0.10 0.03 0.12 0.06 0.05 0.02 0.07 0.00 0.07 0.03 0.09 0.12 0.12 0.15 0.11
N3 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.09 0.03 0.12 0.02 0.02 0.06 0.12 0.01 0.05 0.02 0.07 0.12 0.12 0.17 0.11
O2 0.07 0.00 0.07 0.06 0.05 0.10 0.02 0.12 0.06 0.05 0.04 0.12 0.00 0.07 0.04 0.09 0.12 0.10 0.12 0.10
O2' 0.07 0.02 0.07 0.06 0.02 0.09 0.08 0.11 0.09 0.06 0.01 0.02 0.00 0.08 0.04 0.08 0.10 0.10 0.13 0.10
O3' 0.06 0.01 0.06 0.05 0.01 0.07 0.05 0.08 0.07 0.05 0.01 0.02 0.00 0.07 0.02 0.06 0.08 0.08 0.13 0.08
O4 0.03 0.03 0.03 0.02 0.09 0.07 0.06 0.10 0.02 0.00 0.07 0.12 0.03 0.02 0.00 0.05 0.09 0.12 0.14 0.09
O4' 0.09 0.05 0.10 0.09 0.04 0.12 0.09 0.14 0.10 0.08 0.02 0.01 0.03 0.10 0.06 0.10 0.14 0.13 0.15 0.11
O5' 0.09 0.04 0.10 0.09 0.02 0.12 0.07 0.14 0.09 0.08 0.01 0.01 0.03 0.10 0.07 0.10 0.14 0.15 0.19 0.13
OP1 0.06 0.01 0.06 0.05 0.00 0.08 0.04 0.10 0.06 0.05 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.10 0.11 0.14 0.09
OP2 0.01 0.04 0.01 0.01 0.07 0.04 0.02 0.06 0.00 0.01 0.07 0.09 0.05 0.01 0.02 0.02 0.06 0.08 0.11 0.06
P 0.04 0.01 0.04 0.04 0.03 0.07 0.02 0.09 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.09 0.10 0.14 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03
C2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.04 0.10 0.05
C2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.11 0.04
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.10 0.08
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02
C5 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.09 0.08
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.09 0.06
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.04
N3 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.03 0.06 0.10 0.06
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.09 0.08
O2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.10 0.04
O2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.12 0.05
O3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.16 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.02
O5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.04 0.05 0.07 0.03 0.07 0.02 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.06 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.10 0.11 0.13 0.10 0.07 0.09 0.03 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.12 0.16 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.05 0.04 0.06 0.08 0.02 0.08 0.00 0.06 0.04 0.06 0.08 0.04 0.05 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00