ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48821

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 8, 15, 14, 10, 8, 18, 5, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N3 A 0, -0.001, 0.010, 0.021, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.010 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.004, 0.016, 0.027, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.016 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.006, 0.030, 0.055, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.030 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.027, 0.070, 0.113, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.070 std_dev=0.043
O4' A 0, 0.017, 0.240, 0.463, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.240 std_dev=0.223
P B 0, 0.251, 0.487, 0.724, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.487 std_dev=0.236
C2' A 0, 0.032, 0.272, 0.512, 0.857 max_d=0.857 avg_d=0.272 std_dev=0.240
OP2 B 0, 0.182, 0.469, 0.755, 1.520 max_d=1.520 avg_d=0.469 std_dev=0.286
OP1 B 0, 0.255, 0.547, 0.839, 1.371 max_d=1.371 avg_d=0.547 std_dev=0.292
O2' A 0, 0.045, 0.344, 0.644, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.344 std_dev=0.300
C4' A 0, 0.067, 0.384, 0.702, 1.160 max_d=1.160 avg_d=0.384 std_dev=0.318
C3' A 0, 0.063, 0.438, 0.813, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.438 std_dev=0.375
C5' A 0, 0.119, 0.660, 1.200, 1.993 max_d=1.993 avg_d=0.660 std_dev=0.541
O3' A 0, 0.094, 0.663, 1.232, 1.965 max_d=1.965 avg_d=0.663 std_dev=0.569
O5' A 0, 0.130, 0.754, 1.378, 2.286 max_d=2.286 avg_d=0.754 std_dev=0.624
OP2 A 0, 0.269, 0.980, 1.691, 2.666 max_d=2.666 avg_d=0.980 std_dev=0.711
P A 0, 0.212, 1.039, 1.866, 2.987 max_d=2.987 avg_d=1.039 std_dev=0.827
O5' B 0, 0.099, 0.978, 1.856, 3.021 max_d=3.021 avg_d=0.978 std_dev=0.878
OP1 A 0, 0.286, 1.326, 2.366, 3.653 max_d=3.653 avg_d=1.326 std_dev=1.040
C6 B 0, 0.042, 1.209, 2.375, 4.615 max_d=4.615 avg_d=1.209 std_dev=1.167
C5 B 0, 0.032, 1.291, 2.549, 4.816 max_d=4.816 avg_d=1.291 std_dev=1.259
C5' B 0, 0.055, 1.439, 2.823, 4.402 max_d=4.402 avg_d=1.439 std_dev=1.384
O4' B 0, 0.084, 1.503, 2.922, 4.484 max_d=4.484 avg_d=1.503 std_dev=1.419
C1' B 0, 0.118, 1.574, 3.030, 4.980 max_d=4.980 avg_d=1.574 std_dev=1.456
N1 B 0, 0.089, 1.547, 3.005, 5.222 max_d=5.222 avg_d=1.547 std_dev=1.458
O2' B 0, 0.153, 1.630, 3.108, 6.584 max_d=6.584 avg_d=1.630 std_dev=1.477
C2' B 0, 0.123, 1.643, 3.163, 4.912 max_d=4.912 avg_d=1.643 std_dev=1.520
C4' B 0, 0.027, 1.551, 3.076, 4.898 max_d=4.898 avg_d=1.551 std_dev=1.525
C3' B 0, 0.044, 1.598, 3.152, 5.004 max_d=5.004 avg_d=1.598 std_dev=1.554
C4 B 0, 0.036, 1.719, 3.401, 5.725 max_d=5.725 avg_d=1.719 std_dev=1.683
C2 B 0, 0.141, 1.994, 3.846, 6.173 max_d=6.173 avg_d=1.994 std_dev=1.853
O4 B 0, 0.029, 1.908, 3.788, 6.012 max_d=6.012 avg_d=1.908 std_dev=1.879
N3 B 0, 0.104, 2.042, 3.980, 6.419 max_d=6.419 avg_d=2.042 std_dev=1.938
O3' B 0, -0.079, 1.885, 3.848, 6.131 max_d=6.131 avg_d=1.885 std_dev=1.963
O2 B 0, 0.229, 2.382, 4.535, 6.978 max_d=6.978 avg_d=2.382 std_dev=2.153

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.10 0.13 0.11
C2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.11 0.01 0.05 0.20 0.20 0.26 0.24
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.10 0.02 0.08 0.18 0.00 0.02 0.05 0.01 0.08 0.11 0.10 0.07
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.10 0.00 0.15 0.02 0.16 0.06 0.08 0.14 0.02 0.01 0.11 0.02 0.10 0.15 0.08 0.08
C4 0.02 0.01 0.04 0.10 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.14 0.00 0.04 0.31 0.34 0.40 0.37
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.10 0.04 0.05 0.04 0.04 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.08 0.04
C5 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.20 0.01 0.05 0.32 0.35 0.38 0.37
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.16 0.10 0.14 0.07 0.04 0.03 0.20 0.02 0.01 0.09 0.10 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.10 0.00 0.16 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.19 0.01 0.06 0.27 0.28 0.27 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.19 0.19 0.21 0.21
N3 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.05 0.01 0.14 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.12 0.01 0.05 0.26 0.27 0.33 0.31
O2 0.03 0.00 0.18 0.14 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.19 0.01 0.08 0.16 0.15 0.23 0.20
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.04 0.04 0.05 0.04 0.07 0.02 0.10 0.20 0.00 0.07 0.06 0.04 0.05 0.09 0.09 0.06
O3' 0.02 0.11 0.02 0.01 0.14 0.02 0.20 0.03 0.19 0.07 0.12 0.19 0.07 0.00 0.16 0.02 0.11 0.21 0.13 0.11
O4 0.02 0.01 0.05 0.11 0.00 0.09 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.16 0.00 0.05 0.33 0.38 0.45 0.42
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02 0.05 0.08 0.04 0.02 0.05 0.00 0.06 0.10 0.15 0.11
O5' 0.09 0.20 0.08 0.10 0.31 0.02 0.32 0.01 0.27 0.19 0.26 0.16 0.05 0.11 0.33 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.10 0.20 0.11 0.15 0.34 0.07 0.35 0.09 0.28 0.19 0.27 0.15 0.09 0.21 0.38 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.26 0.10 0.08 0.40 0.08 0.38 0.10 0.27 0.21 0.33 0.23 0.09 0.13 0.45 0.15 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.24 0.07 0.08 0.37 0.04 0.37 0.01 0.28 0.21 0.31 0.20 0.06 0.11 0.42 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.35 0.37 0.54 0.35 0.49 0.50 0.34 0.67 0.34 0.30 0.49 0.41 0.68 0.38 0.67 0.43 0.42 0.14 0.17 0.11
C2 0.35 0.32 0.64 0.33 0.54 0.49 0.37 0.66 0.25 0.25 0.47 0.33 0.75 0.32 0.73 0.39 0.45 0.13 0.15 0.12
C2' 0.36 0.38 0.52 0.35 0.46 0.49 0.42 0.65 0.40 0.35 0.46 0.41 0.60 0.38 0.56 0.41 0.39 0.17 0.28 0.17
C3' 0.37 0.37 0.54 0.36 0.42 0.51 0.36 0.68 0.38 0.33 0.44 0.41 0.64 0.38 0.52 0.42 0.42 0.14 0.18 0.12
C4 0.46 0.59 0.70 0.31 0.86 0.46 0.70 0.59 0.49 0.48 0.76 0.57 0.82 0.31 1.06 0.42 0.39 0.17 0.13 0.18
C4' 0.37 0.43 0.51 0.36 0.48 0.49 0.36 0.67 0.38 0.35 0.53 0.49 0.67 0.40 0.62 0.43 0.42 0.14 0.13 0.11
C5 0.47 0.64 0.65 0.31 0.89 0.48 0.69 0.63 0.50 0.51 0.82 0.63 0.79 0.35 1.12 0.46 0.40 0.16 0.11 0.17
C5' 0.39 0.46 0.54 0.36 0.50 0.51 0.34 0.69 0.37 0.36 0.57 0.53 0.73 0.40 0.67 0.46 0.47 0.21 0.16 0.19
C6 0.42 0.53 0.59 0.31 0.75 0.50 0.52 0.67 0.40 0.41 0.70 0.54 0.73 0.35 0.97 0.46 0.42 0.13 0.09 0.14
N1 0.36 0.39 0.58 0.32 0.58 0.50 0.36 0.67 0.29 0.30 0.53 0.41 0.71 0.35 0.79 0.43 0.43 0.12 0.12 0.12
N3 0.38 0.42 0.69 0.31 0.67 0.47 0.53 0.62 0.34 0.33 0.57 0.41 0.78 0.28 0.85 0.38 0.43 0.13 0.09 0.15
O2 0.38 0.31 0.69 0.39 0.49 0.51 0.41 0.66 0.35 0.30 0.42 0.33 0.78 0.39 0.61 0.39 0.46 0.16 0.23 0.13
O2' 0.43 0.55 0.50 0.38 0.66 0.46 0.63 0.60 0.55 0.49 0.63 0.56 0.57 0.41 0.75 0.41 0.33 0.20 0.36 0.25
O3' 0.39 0.43 0.51 0.36 0.47 0.48 0.44 0.65 0.43 0.39 0.49 0.48 0.58 0.39 0.54 0.41 0.39 0.21 0.27 0.19
O4 0.51 0.68 0.76 0.34 0.95 0.43 0.80 0.52 0.58 0.57 0.85 0.65 0.88 0.32 1.14 0.41 0.35 0.23 0.20 0.22
O4' 0.38 0.42 0.54 0.36 0.51 0.51 0.32 0.67 0.35 0.33 0.55 0.48 0.73 0.40 0.72 0.46 0.44 0.22 0.16 0.17
O5' 0.41 0.40 0.65 0.37 0.48 0.56 0.31 0.76 0.36 0.34 0.52 0.45 0.84 0.39 0.67 0.48 0.57 0.30 0.29 0.32
OP1 0.58 0.60 0.75 0.48 0.64 0.67 0.53 0.83 0.55 0.55 0.69 0.65 0.96 0.50 0.77 0.63 0.62 0.32 0.33 0.36
OP2 0.62 0.67 0.83 0.47 0.81 0.68 0.62 0.85 0.58 0.59 0.81 0.69 1.04 0.43 1.03 0.63 0.68 0.40 0.46 0.49
P 0.58 0.61 0.77 0.46 0.69 0.67 0.54 0.85 0.55 0.54 0.72 0.65 0.99 0.47 0.88 0.63 0.66 0.39 0.41 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.31 0.02 0.01 0.16 0.59 0.17 0.20
C2 0.02 0.00 0.19 0.24 0.01 0.07 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.16 0.01 0.12 0.27 0.45 0.44 0.29
C2' 0.00 0.19 0.00 0.00 0.06 0.02 0.10 0.18 0.15 0.02 0.15 0.30 0.00 0.02 0.09 0.02 0.42 1.15 0.58 0.69
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.39 0.01 0.39 0.01 0.32 0.23 0.33 0.18 0.02 0.01 0.44 0.03 0.15 0.83 0.18 0.39
C4 0.01 0.01 0.06 0.39 0.00 0.13 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.17 0.01 0.04 0.40 0.40 0.75 0.54
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.13 0.00 0.18 0.01 0.17 0.07 0.08 0.12 0.30 0.02 0.14 0.00 0.02 0.34 0.10 0.10
C5 0.02 0.02 0.10 0.39 0.01 0.18 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.37 0.24 0.01 0.09 0.42 0.42 0.75 0.57
C5' 0.07 0.12 0.18 0.01 0.14 0.01 0.18 0.00 0.16 0.07 0.13 0.18 0.13 0.22 0.17 0.01 0.01 0.12 0.17 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.32 0.01 0.17 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.16 0.01 0.13 0.35 0.34 0.53 0.42
N1 0.01 0.01 0.02 0.23 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.08 0.01 0.02 0.24 0.42 0.36 0.26
N3 0.01 0.00 0.15 0.33 0.00 0.08 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.10 0.01 0.09 0.34 0.39 0.61 0.41
O2 0.04 0.01 0.30 0.18 0.01 0.12 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.34 0.02 0.21 0.24 0.55 0.36 0.24
O2' 0.01 0.18 0.00 0.02 0.33 0.30 0.37 0.13 0.34 0.20 0.25 0.18 0.00 0.05 0.34 0.19 0.28 1.17 0.63 0.64
O3' 0.31 0.16 0.02 0.01 0.17 0.02 0.24 0.22 0.16 0.08 0.10 0.34 0.05 0.00 0.24 0.20 0.21 0.54 0.17 0.19
O4 0.02 0.01 0.09 0.44 0.01 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.24 0.00 0.04 0.44 0.46 0.86 0.62
O4' 0.01 0.12 0.02 0.03 0.04 0.00 0.09 0.01 0.13 0.02 0.09 0.21 0.19 0.20 0.04 0.00 0.13 0.21 0.25 0.17
O5' 0.16 0.27 0.42 0.15 0.40 0.02 0.42 0.01 0.35 0.24 0.34 0.24 0.28 0.21 0.44 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.59 0.45 1.15 0.83 0.40 0.34 0.42 0.12 0.34 0.42 0.39 0.55 1.17 0.54 0.46 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.44 0.58 0.18 0.75 0.10 0.75 0.17 0.53 0.36 0.61 0.36 0.63 0.17 0.86 0.25 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.29 0.69 0.39 0.54 0.10 0.57 0.02 0.42 0.26 0.41 0.24 0.64 0.19 0.62 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00