ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48822

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 9, 24, 18, 3, 3, 11, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.003, 0.012, 0.020, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.006, 0.016, 0.025, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.011, 0.035, 0.059, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.035 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.051, 0.094, 0.137, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.094 std_dev=0.043
C2' A 0, 0.026, 0.125, 0.224, 0.468 max_d=0.468 avg_d=0.125 std_dev=0.099
O4' A 0, 0.004, 0.113, 0.222, 0.441 max_d=0.441 avg_d=0.113 std_dev=0.109
O2' A 0, 0.054, 0.170, 0.285, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.170 std_dev=0.116
C4' A 0, 0.049, 0.203, 0.356, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.203 std_dev=0.153
C3' A 0, 0.041, 0.203, 0.366, 0.748 max_d=0.748 avg_d=0.203 std_dev=0.162
P B 0, 0.237, 0.419, 0.601, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.419 std_dev=0.182
OP2 B 0, 0.249, 0.478, 0.708, 1.081 max_d=1.081 avg_d=0.478 std_dev=0.229
O3' A 0, 0.037, 0.281, 0.526, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.281 std_dev=0.245
C5' A 0, 0.066, 0.347, 0.628, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.347 std_dev=0.281
O5' A 0, 0.099, 0.381, 0.663, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.381 std_dev=0.282
P A 0, 0.182, 0.470, 0.758, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.470 std_dev=0.288
OP1 B 0, 0.208, 0.556, 0.905, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.556 std_dev=0.349
O5' B 0, 0.164, 0.559, 0.953, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.559 std_dev=0.394
OP2 A 0, 0.139, 0.573, 1.008, 2.504 max_d=2.504 avg_d=0.573 std_dev=0.435
OP1 A 0, 0.099, 0.640, 1.182, 3.012 max_d=3.012 avg_d=0.640 std_dev=0.542
C5' B 0, 0.157, 0.916, 1.676, 3.216 max_d=3.216 avg_d=0.916 std_dev=0.760
C4' B 0, 0.255, 1.074, 1.892, 2.805 max_d=2.805 avg_d=1.074 std_dev=0.818
C3' B 0, 0.297, 1.146, 1.995, 3.183 max_d=3.183 avg_d=1.146 std_dev=0.849
O3' B 0, 0.212, 1.298, 2.384, 4.853 max_d=4.853 avg_d=1.298 std_dev=1.086
O4' B 0, 0.215, 1.407, 2.599, 3.810 max_d=3.810 avg_d=1.407 std_dev=1.192
C2' B 0, 0.273, 1.653, 3.032, 4.309 max_d=4.309 avg_d=1.653 std_dev=1.380
C1' B 0, 0.196, 1.694, 3.192, 4.583 max_d=4.583 avg_d=1.694 std_dev=1.498
O2' B 0, 0.401, 2.007, 3.613, 5.680 max_d=5.680 avg_d=2.007 std_dev=1.606
N1 B 0, 0.065, 1.818, 3.571, 6.678 max_d=6.678 avg_d=1.818 std_dev=1.753
C6 B 0, -0.033, 1.990, 4.013, 7.629 max_d=7.629 avg_d=1.990 std_dev=2.023
C2 B 0, -0.069, 1.964, 3.997, 8.479 max_d=8.479 avg_d=1.964 std_dev=2.033
O2 B 0, 0.062, 2.151, 4.240, 8.018 max_d=8.018 avg_d=2.151 std_dev=2.089
C5 B 0, -0.211, 2.210, 4.632, 10.074 max_d=10.074 avg_d=2.210 std_dev=2.421
N3 B 0, -0.288, 2.145, 4.579, 11.002 max_d=11.002 avg_d=2.145 std_dev=2.433
C4 B 0, -0.336, 2.267, 4.869, 11.937 max_d=11.937 avg_d=2.267 std_dev=2.602
O4 B 0, -0.449, 2.568, 5.584, 14.293 max_d=14.293 avg_d=2.568 std_dev=3.017

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.08 0.08 0.17 0.10
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.13 0.20 0.26 0.14
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.10 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.14 0.11 0.06
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.09 0.02 0.08 0.05 0.09 0.09 0.02 0.01 0.09 0.02 0.11 0.21 0.12 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.12 0.00 0.04 0.18 0.34 0.36 0.19
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.08 0.00 0.02 0.12 0.14 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.05 0.18 0.34 0.35 0.18
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.15 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.11 0.06 0.05 0.03 0.17 0.02 0.01 0.17 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05 0.15 0.25 0.29 0.15
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.02 0.12 0.17 0.24 0.13
N3 0.02 0.01 0.06 0.09 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.11 0.01 0.03 0.15 0.28 0.32 0.16
O2 0.04 0.01 0.10 0.09 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.10 0.11 0.02 0.05 0.12 0.16 0.24 0.12
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02 0.06 0.10 0.00 0.07 0.05 0.03 0.06 0.15 0.11 0.07
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.12 0.03 0.12 0.03 0.10 0.06 0.11 0.11 0.07 0.00 0.13 0.02 0.13 0.30 0.20 0.14
O4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.13 0.00 0.05 0.19 0.39 0.39 0.21
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.00 0.08 0.08 0.18 0.13
O5' 0.08 0.13 0.09 0.11 0.18 0.02 0.18 0.01 0.15 0.12 0.15 0.12 0.06 0.13 0.19 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.20 0.14 0.21 0.34 0.12 0.34 0.17 0.25 0.17 0.28 0.16 0.15 0.30 0.39 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.26 0.11 0.12 0.36 0.14 0.35 0.18 0.29 0.24 0.32 0.24 0.11 0.20 0.39 0.18 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.14 0.06 0.09 0.19 0.05 0.18 0.02 0.15 0.13 0.16 0.12 0.07 0.14 0.21 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.92 1.63 0.77 0.49 2.00 0.70 1.65 0.67 1.27 1.22 1.99 1.72 0.82 0.55 2.39 0.88 0.32 0.22 0.19 0.12
C2 0.81 1.48 0.68 0.43 1.86 0.63 1.52 0.64 1.13 1.09 1.80 1.58 0.68 0.40 2.20 0.77 0.30 0.22 0.18 0.12
C2' 0.86 1.50 0.72 0.48 1.88 0.68 1.60 0.64 1.24 1.14 1.84 1.59 0.78 0.62 2.23 0.83 0.31 0.21 0.16 0.12
C3' 0.89 1.56 0.75 0.49 1.95 0.69 1.62 0.66 1.25 1.18 1.92 1.65 0.81 0.58 2.34 0.85 0.32 0.25 0.16 0.13
C4 0.90 1.53 0.87 0.55 1.98 0.58 1.76 0.60 1.32 1.20 1.81 1.63 0.84 0.39 2.32 0.73 0.31 0.32 0.13 0.14
C4' 0.96 1.68 0.80 0.50 2.08 0.70 1.72 0.67 1.34 1.27 2.05 1.77 0.87 0.55 2.50 0.89 0.31 0.24 0.16 0.12
C5 0.98 1.66 0.92 0.56 2.12 0.64 1.81 0.64 1.36 1.29 1.99 1.78 0.92 0.39 2.54 0.82 0.31 0.32 0.13 0.14
C5' 1.00 1.73 0.84 0.51 2.14 0.71 1.75 0.69 1.36 1.31 2.11 1.83 0.91 0.50 2.56 0.91 0.31 0.29 0.17 0.15
C6 0.98 1.69 0.87 0.52 2.11 0.68 1.73 0.67 1.31 1.28 2.03 1.80 0.89 0.40 2.56 0.86 0.31 0.28 0.14 0.12
N1 0.91 1.61 0.78 0.48 2.00 0.68 1.62 0.67 1.22 1.20 1.96 1.72 0.79 0.44 2.42 0.84 0.31 0.24 0.17 0.12
N3 0.79 1.42 0.72 0.46 1.84 0.58 1.58 0.60 1.16 1.07 1.71 1.52 0.69 0.33 2.15 0.70 0.29 0.26 0.15 0.12
O2 0.75 1.39 0.60 0.41 1.72 0.62 1.49 0.62 1.13 1.02 1.69 1.47 0.61 0.49 1.99 0.76 0.32 0.18 0.22 0.13
O2' 0.90 1.49 0.75 0.53 1.93 0.67 1.75 0.59 1.39 1.19 1.84 1.55 0.83 0.74 2.26 0.84 0.31 0.20 0.19 0.14
O3' 0.88 1.51 0.74 0.49 1.91 0.68 1.63 0.63 1.27 1.16 1.86 1.60 0.81 0.65 2.29 0.83 0.32 0.25 0.19 0.15
O4 0.90 1.47 0.93 0.61 1.92 0.54 1.81 0.54 1.38 1.20 1.72 1.56 0.90 0.48 2.21 0.68 0.32 0.36 0.16 0.17
O4' 0.99 1.72 0.82 0.50 2.12 0.70 1.73 0.68 1.34 1.30 2.11 1.82 0.88 0.51 2.55 0.91 0.31 0.24 0.20 0.13
O5' 0.98 1.72 0.84 0.48 2.12 0.67 1.70 0.63 1.30 1.29 2.09 1.83 0.89 0.42 2.56 0.87 0.31 0.33 0.16 0.17
OP1 1.03 1.72 0.91 0.55 2.12 0.75 1.75 0.74 1.36 1.32 2.08 1.83 0.98 0.53 2.55 0.93 0.37 0.50 0.29 0.32
OP2 1.18 1.84 1.11 0.74 2.21 0.88 1.84 0.86 1.45 1.45 2.16 1.97 1.17 0.61 2.63 1.05 0.51 0.43 0.32 0.33
P 1.08 1.77 0.96 0.58 2.16 0.78 1.78 0.77 1.38 1.37 2.12 1.88 1.03 0.50 2.59 0.97 0.35 0.38 0.18 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.03 0.06 0.02 0.22 0.03 0.00 0.24 0.35 0.26 0.18
C2 0.03 0.00 0.28 0.16 0.01 0.16 0.02 0.35 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.24 0.02 0.22 0.56 0.55 0.66 0.54
C2' 0.01 0.28 0.00 0.01 0.06 0.01 0.17 0.15 0.24 0.03 0.21 0.46 0.00 0.03 0.07 0.02 0.14 0.52 0.27 0.23
C3' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.27 0.00 0.39 0.02 0.40 0.16 0.17 0.30 0.02 0.01 0.28 0.02 0.20 0.54 0.26 0.23
C4 0.02 0.01 0.06 0.27 0.00 0.16 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.02 0.29 0.11 0.01 0.05 0.75 0.82 1.08 0.81
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.16 0.00 0.23 0.01 0.24 0.08 0.15 0.28 0.21 0.02 0.18 0.00 0.02 0.21 0.25 0.14
C5 0.02 0.02 0.17 0.39 0.01 0.23 0.00 0.36 0.00 0.01 0.01 0.02 0.28 0.26 0.01 0.16 0.82 0.92 1.12 0.86
C5' 0.06 0.35 0.15 0.02 0.29 0.01 0.36 0.00 0.35 0.14 0.34 0.57 0.07 0.15 0.34 0.02 0.01 0.21 0.21 0.02
C6 0.03 0.01 0.24 0.40 0.01 0.24 0.00 0.35 0.00 0.01 0.01 0.02 0.26 0.25 0.01 0.23 0.73 0.79 0.86 0.69
N1 0.01 0.01 0.03 0.16 0.01 0.08 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.02 0.16 0.08 0.02 0.02 0.48 0.53 0.53 0.42
N3 0.03 0.01 0.21 0.17 0.01 0.15 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00 0.02 0.35 0.17 0.01 0.17 0.66 0.67 0.87 0.68
O2 0.06 0.01 0.46 0.30 0.02 0.28 0.02 0.57 0.02 0.02 0.02 0.00 0.51 0.43 0.03 0.36 0.63 0.60 0.71 0.62
O2' 0.02 0.35 0.00 0.02 0.29 0.21 0.28 0.07 0.26 0.16 0.35 0.51 0.00 0.05 0.32 0.16 0.16 0.52 0.27 0.21
O3' 0.22 0.24 0.03 0.01 0.11 0.02 0.26 0.15 0.25 0.08 0.17 0.43 0.05 0.00 0.13 0.16 0.23 0.65 0.31 0.28
O4 0.03 0.02 0.07 0.28 0.01 0.18 0.01 0.34 0.01 0.02 0.01 0.03 0.32 0.13 0.00 0.08 0.81 0.91 1.24 0.92
O4' 0.00 0.22 0.02 0.02 0.05 0.00 0.16 0.02 0.23 0.02 0.17 0.36 0.16 0.16 0.08 0.00 0.23 0.23 0.30 0.23
O5' 0.24 0.56 0.14 0.20 0.75 0.02 0.82 0.01 0.73 0.48 0.66 0.63 0.16 0.23 0.81 0.23 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.35 0.55 0.52 0.54 0.82 0.21 0.92 0.21 0.79 0.53 0.67 0.60 0.52 0.65 0.91 0.23 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.66 0.27 0.26 1.08 0.25 1.12 0.21 0.86 0.53 0.87 0.71 0.27 0.31 1.24 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.54 0.23 0.23 0.81 0.14 0.86 0.02 0.69 0.42 0.68 0.62 0.21 0.28 0.92 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00