ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48824

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 8, 4, 5, 7, 10, 9, 4, 4, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.005, 0.014, 0.022, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.010, 0.021, 0.031, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.001, 0.011, 0.022, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.020 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.020, 0.040, 0.061, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.040 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.062, 0.106, 0.150, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.106 std_dev=0.044
O4' A 0, 0.050, 0.276, 0.503, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.276 std_dev=0.226
P B 0, 0.284, 0.519, 0.753, 1.029 max_d=1.029 avg_d=0.519 std_dev=0.235
C2' A 0, 0.047, 0.295, 0.543, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.295 std_dev=0.248
O2' A 0, 0.071, 0.360, 0.648, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.360 std_dev=0.289
OP1 B 0, 0.431, 0.743, 1.055, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.743 std_dev=0.312
OP2 B 0, 0.148, 0.467, 0.787, 2.096 max_d=2.096 avg_d=0.467 std_dev=0.320
C4' A 0, 0.087, 0.421, 0.755, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.421 std_dev=0.334
C3' A 0, 0.084, 0.462, 0.840, 1.423 max_d=1.423 avg_d=0.462 std_dev=0.378
O3' A 0, 0.130, 0.669, 1.209, 2.026 max_d=2.026 avg_d=0.669 std_dev=0.539
O5' A 0, 0.179, 0.764, 1.349, 2.525 max_d=2.525 avg_d=0.764 std_dev=0.585
C5' A 0, 0.107, 0.703, 1.298, 2.402 max_d=2.402 avg_d=0.703 std_dev=0.596
O5' B 0, 0.332, 0.982, 1.632, 2.315 max_d=2.315 avg_d=0.982 std_dev=0.650
P A 0, 0.165, 1.043, 1.921, 3.328 max_d=3.328 avg_d=1.043 std_dev=0.878
OP1 A 0, 0.239, 1.213, 2.188, 3.988 max_d=3.988 avg_d=1.213 std_dev=0.975
OP2 A 0, 0.083, 1.102, 2.121, 3.839 max_d=3.839 avg_d=1.102 std_dev=1.019
O2' B 0, 0.273, 1.536, 2.799, 5.451 max_d=5.451 avg_d=1.536 std_dev=1.263
C5' B 0, 0.355, 1.629, 2.902, 4.703 max_d=4.703 avg_d=1.629 std_dev=1.274
C6 B 0, -0.032, 1.252, 2.537, 5.279 max_d=5.279 avg_d=1.252 std_dev=1.284
C5 B 0, -0.075, 1.256, 2.587, 5.551 max_d=5.551 avg_d=1.256 std_dev=1.331
O4' B 0, 0.295, 1.686, 3.076, 4.947 max_d=4.947 avg_d=1.686 std_dev=1.390
C2' B 0, 0.288, 1.710, 3.133, 4.976 max_d=4.976 avg_d=1.710 std_dev=1.422
C4' B 0, 0.388, 1.814, 3.239, 4.725 max_d=4.725 avg_d=1.814 std_dev=1.425
C1' B 0, 0.209, 1.659, 3.109, 5.355 max_d=5.355 avg_d=1.659 std_dev=1.450
N1 B 0, 0.092, 1.558, 3.024, 5.316 max_d=5.316 avg_d=1.558 std_dev=1.466
C3' B 0, 0.404, 1.877, 3.350, 4.874 max_d=4.874 avg_d=1.877 std_dev=1.473
C4 B 0, -0.018, 1.570, 3.158, 6.038 max_d=6.038 avg_d=1.570 std_dev=1.588
O4 B 0, -0.030, 1.698, 3.427, 6.754 max_d=6.754 avg_d=1.698 std_dev=1.729
C2 B 0, 0.101, 1.864, 3.628, 6.508 max_d=6.508 avg_d=1.864 std_dev=1.764
N3 B 0, 0.038, 1.844, 3.650, 6.594 max_d=6.594 avg_d=1.844 std_dev=1.806
O3' B 0, 0.485, 2.307, 4.128, 5.755 max_d=5.755 avg_d=2.307 std_dev=1.822
O2 B 0, 0.142, 2.187, 4.232, 8.108 max_d=8.108 avg_d=2.187 std_dev=2.045

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.06 0.08 0.13 0.07
C2 0.02 0.00 0.13 0.13 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.15 0.01 0.05 0.11 0.12 0.24 0.16
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.05 0.02 0.09 0.02 0.12 0.02 0.10 0.23 0.00 0.02 0.06 0.01 0.08 0.07 0.13 0.08
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.09 0.01 0.15 0.02 0.17 0.05 0.11 0.21 0.02 0.01 0.10 0.01 0.12 0.11 0.13 0.10
C4 0.02 0.01 0.05 0.09 0.00 0.07 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.12 0.00 0.04 0.18 0.24 0.36 0.26
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.06 0.06 0.02 0.08 0.01 0.02 0.08 0.08 0.03
C5 0.02 0.02 0.09 0.15 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.18 0.01 0.06 0.21 0.27 0.37 0.27
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.13 0.01 0.15 0.00 0.12 0.07 0.10 0.06 0.06 0.04 0.14 0.01 0.01 0.08 0.11 0.03
C6 0.02 0.01 0.12 0.17 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.19 0.01 0.07 0.18 0.21 0.29 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.12 0.12 0.22 0.15
N3 0.01 0.00 0.10 0.11 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.14 0.01 0.05 0.15 0.17 0.30 0.22
O2 0.03 0.01 0.23 0.21 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.26 0.02 0.08 0.10 0.10 0.21 0.14
O2' 0.03 0.11 0.00 0.02 0.05 0.06 0.07 0.06 0.08 0.02 0.10 0.21 0.00 0.05 0.06 0.06 0.06 0.10 0.11 0.06
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.12 0.02 0.18 0.04 0.19 0.05 0.14 0.26 0.05 0.00 0.14 0.02 0.15 0.17 0.18 0.15
O4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.08 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.14 0.00 0.04 0.19 0.27 0.39 0.29
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.05 0.08 0.06 0.02 0.04 0.00 0.08 0.12 0.11 0.08
O5' 0.06 0.11 0.08 0.12 0.18 0.02 0.21 0.01 0.18 0.12 0.15 0.10 0.06 0.15 0.19 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.08 0.12 0.07 0.11 0.24 0.08 0.27 0.08 0.21 0.12 0.17 0.10 0.10 0.17 0.27 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.13 0.24 0.13 0.13 0.36 0.08 0.37 0.11 0.29 0.22 0.30 0.21 0.11 0.18 0.39 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.08 0.10 0.26 0.03 0.27 0.03 0.21 0.15 0.22 0.14 0.06 0.15 0.29 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.60 0.66 0.61 0.51 0.52 0.60 0.40 0.61 0.50 0.54 0.69 0.77 0.76 0.53 0.62 0.67 0.37 0.18 0.24 0.13
C2 0.52 0.58 0.67 0.36 0.52 0.54 0.35 0.58 0.36 0.42 0.62 0.72 0.78 0.39 0.69 0.59 0.41 0.16 0.23 0.13
C2' 0.57 0.54 0.57 0.48 0.37 0.56 0.39 0.55 0.49 0.50 0.52 0.65 0.68 0.50 0.41 0.63 0.33 0.19 0.28 0.20
C3' 0.58 0.60 0.59 0.49 0.45 0.57 0.41 0.57 0.49 0.52 0.61 0.71 0.71 0.51 0.50 0.64 0.34 0.17 0.22 0.16
C4 0.49 0.77 0.63 0.29 0.86 0.46 0.67 0.55 0.46 0.51 0.88 0.93 0.70 0.40 1.05 0.53 0.41 0.19 0.21 0.18
C4' 0.63 0.70 0.62 0.55 0.58 0.60 0.50 0.60 0.56 0.60 0.73 0.81 0.79 0.56 0.64 0.68 0.37 0.18 0.21 0.12
C5 0.54 0.87 0.59 0.38 0.95 0.50 0.67 0.58 0.49 0.59 1.01 1.03 0.69 0.51 1.17 0.58 0.39 0.18 0.22 0.16
C5' 0.64 0.78 0.64 0.53 0.68 0.60 0.53 0.62 0.56 0.62 0.84 0.89 0.83 0.55 0.79 0.68 0.40 0.23 0.24 0.16
C6 0.56 0.84 0.57 0.43 0.86 0.54 0.56 0.60 0.45 0.58 0.97 0.99 0.71 0.53 1.08 0.62 0.38 0.16 0.22 0.14
N1 0.55 0.71 0.60 0.43 0.66 0.56 0.40 0.60 0.41 0.51 0.79 0.84 0.74 0.48 0.83 0.63 0.38 0.16 0.23 0.12
N3 0.48 0.63 0.68 0.28 0.67 0.48 0.52 0.56 0.38 0.42 0.70 0.78 0.75 0.32 0.84 0.53 0.42 0.15 0.21 0.14
O2 0.56 0.43 0.76 0.43 0.32 0.57 0.37 0.59 0.46 0.42 0.39 0.55 0.86 0.42 0.45 0.61 0.42 0.20 0.26 0.15
O2' 0.59 0.48 0.58 0.52 0.36 0.57 0.53 0.54 0.57 0.53 0.41 0.55 0.68 0.53 0.35 0.63 0.31 0.21 0.33 0.25
O3' 0.55 0.52 0.56 0.47 0.36 0.54 0.41 0.53 0.49 0.49 0.49 0.62 0.67 0.48 0.36 0.60 0.32 0.24 0.27 0.23
O4 0.48 0.77 0.66 0.28 0.90 0.43 0.75 0.52 0.52 0.53 0.89 0.93 0.69 0.39 1.08 0.49 0.41 0.24 0.22 0.22
O4' 0.64 0.76 0.64 0.55 0.66 0.62 0.51 0.63 0.56 0.62 0.82 0.87 0.84 0.57 0.77 0.70 0.40 0.26 0.27 0.18
O5' 0.61 0.80 0.66 0.44 0.75 0.57 0.50 0.63 0.52 0.60 0.90 0.93 0.86 0.47 0.93 0.65 0.47 0.26 0.29 0.25
OP1 0.60 0.80 0.63 0.44 0.75 0.56 0.51 0.63 0.51 0.60 0.90 0.95 0.84 0.47 0.92 0.64 0.49 0.29 0.31 0.28
OP2 0.65 0.87 0.78 0.44 0.84 0.62 0.55 0.73 0.53 0.64 0.98 1.02 0.97 0.45 1.06 0.68 0.64 0.41 0.47 0.46
P 0.62 0.84 0.69 0.43 0.80 0.57 0.53 0.66 0.52 0.62 0.95 0.98 0.90 0.47 1.00 0.65 0.53 0.35 0.39 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.32 0.03 0.01 0.24 0.66 0.26 0.30
C2 0.03 0.00 0.21 0.28 0.02 0.14 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.23 0.02 0.14 0.38 0.60 0.45 0.40
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.07 0.05 0.11 0.18 0.16 0.04 0.17 0.34 0.01 0.03 0.09 0.02 0.50 1.17 0.65 0.75
C3' 0.02 0.28 0.01 0.00 0.43 0.01 0.44 0.03 0.38 0.25 0.36 0.26 0.03 0.01 0.47 0.04 0.25 0.84 0.22 0.41
C4 0.03 0.02 0.07 0.43 0.00 0.17 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.38 0.23 0.01 0.05 0.51 0.62 0.75 0.61
C4' 0.03 0.14 0.05 0.01 0.17 0.00 0.22 0.01 0.22 0.10 0.14 0.24 0.35 0.03 0.18 0.02 0.03 0.33 0.18 0.12
C5 0.02 0.01 0.11 0.44 0.01 0.22 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.28 0.02 0.10 0.59 0.68 0.80 0.67
C5' 0.06 0.25 0.18 0.03 0.17 0.01 0.22 0.00 0.22 0.07 0.22 0.43 0.20 0.25 0.19 0.02 0.01 0.16 0.25 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.38 0.01 0.22 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.35 0.21 0.02 0.14 0.53 0.64 0.62 0.55
N1 0.01 0.01 0.04 0.25 0.02 0.10 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.23 0.12 0.02 0.02 0.35 0.59 0.39 0.36
N3 0.03 0.01 0.17 0.36 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.02 0.00 0.01 0.31 0.19 0.02 0.10 0.45 0.58 0.60 0.50
O2 0.04 0.01 0.34 0.26 0.02 0.24 0.02 0.43 0.02 0.02 0.01 0.00 0.20 0.42 0.03 0.23 0.45 0.69 0.47 0.46
O2' 0.02 0.23 0.01 0.03 0.38 0.35 0.41 0.20 0.35 0.23 0.31 0.20 0.00 0.06 0.40 0.22 0.32 1.09 0.68 0.64
O3' 0.32 0.23 0.03 0.01 0.23 0.03 0.28 0.25 0.21 0.12 0.19 0.42 0.06 0.00 0.28 0.21 0.32 0.46 0.30 0.21
O4 0.03 0.02 0.09 0.47 0.01 0.18 0.02 0.19 0.02 0.02 0.02 0.03 0.40 0.28 0.00 0.05 0.55 0.65 0.85 0.68
O4' 0.01 0.14 0.02 0.04 0.05 0.02 0.10 0.02 0.14 0.02 0.10 0.23 0.22 0.21 0.05 0.00 0.14 0.29 0.27 0.17
O5' 0.24 0.38 0.50 0.25 0.51 0.03 0.59 0.01 0.53 0.35 0.45 0.45 0.32 0.32 0.55 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.66 0.60 1.17 0.84 0.62 0.33 0.68 0.16 0.64 0.59 0.58 0.69 1.09 0.46 0.65 0.29 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.26 0.45 0.65 0.22 0.75 0.18 0.80 0.25 0.62 0.39 0.60 0.47 0.68 0.30 0.85 0.27 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.30 0.40 0.75 0.41 0.61 0.12 0.67 0.02 0.55 0.36 0.50 0.46 0.64 0.21 0.68 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00