ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48825

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 5, 4, 8, 6, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.006, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.011, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.010, 0.021, 0.032, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.021 std_dev=0.011
O4 A 0, 0.014, 0.045, 0.075, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.045 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.012, 0.085, 0.158, 0.259 max_d=0.259 avg_d=0.085 std_dev=0.073
C2' A 0, 0.026, 0.107, 0.188, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.107 std_dev=0.081
C4' A 0, 0.093, 0.193, 0.293, 0.402 max_d=0.402 avg_d=0.193 std_dev=0.100
O2' A 0, 0.085, 0.194, 0.303, 0.444 max_d=0.444 avg_d=0.194 std_dev=0.109
C3' A 0, 0.091, 0.208, 0.325, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.208 std_dev=0.117
C5' A 0, 0.172, 0.340, 0.507, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.340 std_dev=0.167
O5' A 0, 0.126, 0.304, 0.482, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.304 std_dev=0.178
OP1 B 0, 0.375, 0.567, 0.758, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.567 std_dev=0.192
O3' A 0, 0.155, 0.349, 0.543, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.349 std_dev=0.194
P B 0, 0.418, 0.630, 0.842, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.630 std_dev=0.212
O5' B 0, 0.418, 0.642, 0.866, 1.049 max_d=1.049 avg_d=0.642 std_dev=0.224
P A 0, 0.238, 0.467, 0.697, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.467 std_dev=0.229
OP2 B 0, 0.409, 0.641, 0.873, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.641 std_dev=0.232
C5' B 0, 0.434, 0.681, 0.928, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.681 std_dev=0.247
OP1 A 0, 0.269, 0.527, 0.786, 1.015 max_d=1.015 avg_d=0.527 std_dev=0.259
OP2 A 0, 0.333, 0.596, 0.859, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.596 std_dev=0.263
O3' B 0, 0.385, 0.666, 0.947, 1.122 max_d=1.122 avg_d=0.666 std_dev=0.281
C3' B 0, 0.403, 0.686, 0.969, 1.188 max_d=1.188 avg_d=0.686 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.419, 0.711, 1.004, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.711 std_dev=0.293
C4' B 0, 0.440, 0.740, 1.040, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.740 std_dev=0.300
C5 B 0, 0.382, 0.687, 0.993, 1.277 max_d=1.277 avg_d=0.687 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.457, 0.776, 1.095, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.776 std_dev=0.319
C4 B 0, 0.377, 0.705, 1.032, 1.347 max_d=1.347 avg_d=0.705 std_dev=0.327
O4' B 0, 0.501, 0.830, 1.158, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.830 std_dev=0.329
C2' B 0, 0.442, 0.784, 1.126, 1.342 max_d=1.342 avg_d=0.784 std_dev=0.342
C1' B 0, 0.488, 0.834, 1.181, 1.414 max_d=1.414 avg_d=0.834 std_dev=0.347
N3 B 0, 0.413, 0.760, 1.107, 1.427 max_d=1.427 avg_d=0.760 std_dev=0.347
C2 B 0, 0.459, 0.809, 1.158, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.809 std_dev=0.349
O4 B 0, 0.352, 0.701, 1.051, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.701 std_dev=0.350
O2 B 0, 0.499, 0.894, 1.288, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.894 std_dev=0.395
O2' B 0, 0.468, 0.870, 1.272, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.870 std_dev=0.402

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.01 0.06 0.13 0.11 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.09 0.04 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.02 0.07 0.04 0.07 0.07 0.01 0.00 0.08 0.01 0.02 0.10 0.05 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.00 0.01 0.10 0.19 0.21 0.15
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.11 0.19 0.23 0.16
C5' 0.02 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.12 0.00 0.10 0.07 0.10 0.05 0.03 0.03 0.13 0.01 0.01 0.06 0.04 0.02
C6 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.02 0.09 0.15 0.19 0.13
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.06 0.12 0.12 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.01 0.08 0.17 0.16 0.12
O2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.08 0.01 0.02 0.04 0.11 0.08 0.05
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.09 0.04 0.04
O3' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.07 0.03 0.08 0.08 0.03 0.00 0.10 0.01 0.05 0.14 0.05 0.06
O4 0.01 0.01 0.02 0.08 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.01 0.11 0.21 0.23 0.17
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.05 0.04 0.03
O5' 0.03 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.11 0.01 0.09 0.06 0.08 0.04 0.04 0.05 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.07 0.13 0.09 0.10 0.19 0.06 0.19 0.06 0.15 0.12 0.17 0.11 0.09 0.14 0.21 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.11 0.04 0.05 0.21 0.02 0.23 0.04 0.19 0.12 0.16 0.08 0.04 0.05 0.23 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.08 0.02 0.03 0.15 0.02 0.16 0.02 0.13 0.08 0.12 0.05 0.04 0.06 0.17 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.12 0.10 0.14 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.11 0.09 0.14 0.10 0.12 0.09 0.13 0.10
C2 0.10 0.10 0.10 0.10 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.13 0.11 0.11 0.10 0.13 0.10
C2' 0.10 0.10 0.09 0.09 0.13 0.10 0.14 0.11 0.12 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.14 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10
C3' 0.11 0.11 0.10 0.10 0.14 0.11 0.15 0.11 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.10 0.15 0.11 0.11 0.10 0.12 0.10
C4 0.09 0.08 0.08 0.08 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.13 0.17 0.14 0.15
C4' 0.08 0.09 0.08 0.08 0.12 0.08 0.13 0.09 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.08 0.14 0.09 0.11 0.09 0.13 0.10
C5 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.12 0.12 0.14 0.11 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.11 0.12 0.13 0.15 0.12 0.14
C5' 0.09 0.09 0.09 0.09 0.13 0.09 0.15 0.09 0.13 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.15 0.09 0.11 0.10 0.13 0.10
C6 0.10 0.09 0.09 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10 0.11 0.08 0.12 0.11 0.12 0.12 0.11 0.11
N1 0.09 0.09 0.09 0.09 0.11 0.09 0.13 0.10 0.11 0.09 0.09 0.09 0.10 0.09 0.13 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10
N3 0.10 0.09 0.10 0.10 0.11 0.10 0.12 0.10 0.11 0.09 0.10 0.10 0.12 0.11 0.12 0.10 0.11 0.13 0.14 0.12
O2 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.13 0.15 0.14 0.14 0.12 0.13 0.12 0.14 0.11 0.16 0.14 0.14 0.11 0.14 0.12
O2' 0.10 0.10 0.10 0.10 0.13 0.11 0.13 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.14 0.11 0.12 0.11 0.14 0.11
O3' 0.13 0.12 0.12 0.12 0.14 0.13 0.15 0.13 0.14 0.13 0.12 0.12 0.14 0.11 0.14 0.14 0.12 0.10 0.12 0.10
O4 0.10 0.10 0.09 0.09 0.12 0.11 0.14 0.16 0.13 0.10 0.10 0.10 0.11 0.11 0.13 0.12 0.17 0.22 0.18 0.20
O4' 0.10 0.10 0.11 0.10 0.13 0.11 0.14 0.11 0.12 0.10 0.11 0.11 0.12 0.11 0.14 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10
O5' 0.09 0.09 0.10 0.09 0.11 0.09 0.13 0.08 0.11 0.09 0.09 0.10 0.12 0.10 0.13 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08
OP1 0.14 0.14 0.14 0.14 0.19 0.14 0.20 0.14 0.19 0.15 0.16 0.13 0.14 0.15 0.20 0.14 0.16 0.15 0.17 0.15
OP2 0.12 0.12 0.12 0.12 0.18 0.12 0.20 0.12 0.18 0.14 0.15 0.10 0.11 0.12 0.20 0.12 0.14 0.12 0.15 0.13
P 0.09 0.10 0.10 0.10 0.15 0.09 0.16 0.09 0.14 0.11 0.12 0.09 0.10 0.10 0.17 0.09 0.11 0.10 0.12 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01 0.05 0.06 0.09 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.04 0.02
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.02 0.05 0.03 0.02
C4 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.10 0.13 0.10
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.00 0.02 0.09 0.11 0.13 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.06 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.08 0.09 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.05
N3 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.07 0.08 0.11 0.08
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.05
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.02 0.00 0.06 0.01 0.03 0.06 0.05 0.04
O4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.02 0.09 0.12 0.14 0.11
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.08 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.07 0.04 0.02 0.03 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.06 0.04 0.05 0.10 0.03 0.11 0.03 0.08 0.05 0.08 0.05 0.04 0.06 0.12 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.09 0.04 0.03 0.13 0.01 0.13 0.01 0.09 0.07 0.11 0.08 0.03 0.05 0.14 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.02 0.10 0.01 0.10 0.01 0.08 0.05 0.08 0.05 0.03 0.04 0.11 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00