ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48826

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 6, 3, 7, 6, 5, 4, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.009 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.008, 0.037, 0.066, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.037 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.018, 0.070, 0.122, 0.237 max_d=0.237 avg_d=0.070 std_dev=0.052
O4' A 0, 0.044, 0.113, 0.181, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.113 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.033, 0.118, 0.204, 0.399 max_d=0.399 avg_d=0.118 std_dev=0.085
C4' A 0, 0.141, 0.234, 0.327, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.234 std_dev=0.093
C3' A 0, 0.113, 0.216, 0.319, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.216 std_dev=0.103
O2' A 0, 0.054, 0.176, 0.299, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.176 std_dev=0.123
C5' A 0, 0.260, 0.425, 0.591, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.425 std_dev=0.166
O3' A 0, 0.134, 0.301, 0.468, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.301 std_dev=0.167
P B 0, 0.311, 0.484, 0.657, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.484 std_dev=0.173
O5' A 0, 0.292, 0.504, 0.715, 0.934 max_d=0.934 avg_d=0.504 std_dev=0.211
OP1 B 0, 0.285, 0.500, 0.716, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.500 std_dev=0.215
P A 0, 0.414, 0.741, 1.069, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.741 std_dev=0.327
OP2 A 0, 0.458, 0.830, 1.202, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.830 std_dev=0.372
OP1 A 0, 0.525, 0.954, 1.382, 2.083 max_d=2.083 avg_d=0.954 std_dev=0.428
OP2 B 0, 0.491, 0.948, 1.406, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.948 std_dev=0.458
O5' B 0, 0.846, 1.354, 1.862, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.354 std_dev=0.508
C3' B 0, 1.035, 1.796, 2.557, 2.848 max_d=2.848 avg_d=1.796 std_dev=0.761
O3' B 0, 1.128, 1.984, 2.840, 3.693 max_d=3.693 avg_d=1.984 std_dev=0.856
C4' B 0, 1.012, 1.929, 2.846, 3.081 max_d=3.081 avg_d=1.929 std_dev=0.917
O4' B 0, 0.868, 2.004, 3.141, 5.511 max_d=5.511 avg_d=2.004 std_dev=1.136
C2' B 0, 1.188, 2.413, 3.638, 5.339 max_d=5.339 avg_d=2.413 std_dev=1.225
C5' B 0, 1.081, 2.307, 3.533, 3.575 max_d=3.575 avg_d=2.307 std_dev=1.226
C1' B 0, 0.997, 2.284, 3.570, 6.195 max_d=6.195 avg_d=2.284 std_dev=1.287
O2' B 0, 1.442, 2.932, 4.422, 6.330 max_d=6.330 avg_d=2.932 std_dev=1.490
N1 B 0, 0.783, 2.496, 4.210, 9.066 max_d=9.066 avg_d=2.496 std_dev=1.714
C2 B 0, 0.498, 2.428, 4.358, 10.212 max_d=10.212 avg_d=2.428 std_dev=1.930
O2 B 0, 0.975, 3.140, 5.305, 9.312 max_d=9.312 avg_d=3.140 std_dev=2.165
N3 B 0, 0.246, 2.547, 4.848, 12.882 max_d=12.882 avg_d=2.547 std_dev=2.301
C6 B 0, 0.977, 3.494, 6.011, 10.929 max_d=10.929 avg_d=3.494 std_dev=2.517
C4 B 0, 0.410, 3.058, 5.707, 14.552 max_d=14.552 avg_d=3.058 std_dev=2.649
C5 B 0, 0.842, 3.824, 6.806, 13.511 max_d=13.511 avg_d=3.824 std_dev=2.982
O4 B 0, 0.266, 3.299, 6.331, 16.953 max_d=16.953 avg_d=3.299 std_dev=3.033

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.07 0.10 0.06
C2 0.02 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.03 0.08 0.09 0.21 0.13
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.05 0.03 0.05 0.08 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.11 0.11 0.06
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.06 0.01 0.01 0.09 0.01 0.07 0.15 0.10 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.11 0.00 0.03 0.13 0.20 0.30 0.22
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.01 0.09 0.02 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.06 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.03 0.14 0.21 0.29 0.22
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.05 0.06 0.03 0.11 0.02 0.01 0.11 0.02 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.03 0.12 0.14 0.21 0.16
N1 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.08 0.08 0.17 0.12
N3 0.02 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01 0.03 0.11 0.14 0.26 0.18
O2 0.04 0.00 0.08 0.06 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.08 0.01 0.05 0.07 0.06 0.18 0.11
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.05 0.05 0.06 0.04 0.03 0.07 0.10 0.00 0.04 0.07 0.03 0.03 0.13 0.06 0.03
O3' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.11 0.02 0.13 0.03 0.10 0.04 0.07 0.08 0.04 0.00 0.12 0.02 0.09 0.20 0.13 0.12
O4 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.00 0.03 0.15 0.24 0.34 0.25
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.00 0.08 0.12 0.08 0.09
O5' 0.04 0.08 0.05 0.07 0.13 0.01 0.14 0.01 0.12 0.08 0.11 0.07 0.03 0.09 0.15 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.09 0.11 0.15 0.20 0.09 0.21 0.11 0.14 0.08 0.14 0.06 0.13 0.20 0.24 0.12 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.21 0.11 0.10 0.30 0.02 0.29 0.02 0.21 0.17 0.26 0.18 0.06 0.13 0.34 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.06 0.13 0.06 0.09 0.22 0.02 0.22 0.02 0.16 0.12 0.18 0.11 0.03 0.12 0.25 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.15 1.71 1.07 0.76 1.96 1.07 1.73 1.14 1.44 1.38 1.96 1.80 1.12 0.83 2.26 1.21 0.20 0.11 0.14 0.11
C2 0.94 1.55 0.89 0.62 1.73 1.03 1.52 1.17 1.10 1.08 1.70 1.86 0.88 0.64 2.09 1.09 0.23 0.11 0.16 0.12
C2' 1.17 1.60 1.05 0.76 1.90 1.06 1.76 1.02 1.49 1.37 1.85 1.65 1.08 0.88 2.16 1.24 0.19 0.13 0.13 0.11
C3' 1.15 1.65 1.04 0.74 1.94 1.06 1.72 1.07 1.44 1.36 1.91 1.73 1.09 0.82 2.23 1.22 0.21 0.14 0.13 0.13
C4 0.79 1.52 0.77 0.41 1.85 0.85 1.83 1.13 1.28 1.02 1.69 1.99 0.78 0.28 2.23 0.86 0.40 0.11 0.14 0.16
C4' 1.18 1.75 1.10 0.77 2.10 1.06 1.86 1.14 1.53 1.44 2.06 1.80 1.19 0.84 2.42 1.21 0.21 0.11 0.11 0.11
C5 0.87 1.63 0.83 0.46 1.86 0.91 1.69 1.17 1.17 1.07 1.81 2.07 0.88 0.35 2.28 0.95 0.37 0.11 0.12 0.15
C5' 1.14 1.77 1.09 0.75 2.08 1.07 1.77 1.21 1.44 1.40 2.08 1.89 1.20 0.78 2.42 1.18 0.25 0.12 0.11 0.13
C6 0.95 1.67 0.90 0.56 1.84 0.99 1.56 1.20 1.11 1.14 1.88 2.03 0.95 0.51 2.26 1.05 0.30 0.09 0.10 0.12
N1 1.01 1.66 0.95 0.65 1.81 1.04 1.54 1.19 1.16 1.19 1.86 1.92 0.98 0.66 2.20 1.13 0.24 0.10 0.13 0.11
N3 0.78 1.45 0.75 0.46 1.76 0.92 1.69 1.16 1.16 0.96 1.60 1.89 0.74 0.40 2.11 0.92 0.31 0.09 0.15 0.13
O2 1.05 1.51 0.98 0.75 1.68 1.08 1.54 1.11 1.23 1.17 1.65 1.69 0.95 0.83 1.96 1.20 0.22 0.15 0.21 0.15
O2' 1.28 1.60 1.13 0.84 2.08 1.04 2.06 0.93 1.79 1.53 1.88 1.51 1.18 1.02 2.31 1.27 0.20 0.14 0.17 0.12
O3' 1.19 1.62 1.05 0.75 1.98 1.04 1.82 0.99 1.54 1.40 1.89 1.64 1.10 0.88 2.26 1.23 0.21 0.17 0.16 0.14
O4 0.78 1.47 0.76 0.39 1.91 0.74 2.05 1.03 1.51 1.06 1.64 1.95 0.77 0.27 2.23 0.75 0.48 0.15 0.18 0.20
O4' 1.16 1.79 1.11 0.77 2.09 1.07 1.80 1.19 1.47 1.43 2.09 1.88 1.20 0.82 2.41 1.19 0.22 0.11 0.15 0.11
O5' 1.08 1.76 1.03 0.68 1.96 1.07 1.61 1.26 1.27 1.31 2.03 1.98 1.13 0.66 2.32 1.16 0.32 0.15 0.14 0.18
OP1 1.06 1.73 1.02 0.69 1.95 1.07 1.61 1.27 1.26 1.29 2.00 1.95 1.14 0.65 2.30 1.14 0.36 0.20 0.18 0.21
OP2 1.07 1.79 1.05 0.69 1.86 1.14 1.51 1.40 1.13 1.24 2.00 2.16 1.17 0.59 2.24 1.17 0.52 0.31 0.29 0.33
P 1.06 1.76 1.04 0.69 1.91 1.10 1.56 1.33 1.20 1.27 2.01 2.03 1.16 0.64 2.28 1.15 0.40 0.22 0.21 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.31 0.01 0.00 0.43 0.62 0.42 0.34
C2 0.02 0.00 0.33 0.21 0.01 0.29 0.01 0.61 0.01 0.01 0.01 0.00 0.37 0.31 0.01 0.23 0.64 0.71 0.87 0.66
C2' 0.00 0.33 0.00 0.01 0.04 0.02 0.27 0.23 0.34 0.02 0.23 0.61 0.00 0.05 0.04 0.02 0.21 0.67 0.32 0.31
C3' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.39 0.00 0.67 0.02 0.69 0.24 0.17 0.58 0.03 0.01 0.41 0.02 0.23 0.66 0.26 0.29
C4 0.01 0.01 0.04 0.39 0.00 0.17 0.00 0.26 0.01 0.01 0.00 0.02 0.38 0.20 0.00 0.04 1.20 1.43 1.58 1.29
C4' 0.01 0.29 0.02 0.00 0.17 0.00 0.39 0.01 0.43 0.09 0.20 0.61 0.32 0.03 0.18 0.01 0.03 0.28 0.28 0.15
C5 0.01 0.01 0.27 0.67 0.00 0.39 0.00 0.53 0.00 0.01 0.01 0.01 0.37 0.44 0.01 0.17 1.53 1.85 1.89 1.61
C5' 0.09 0.61 0.23 0.02 0.26 0.01 0.53 0.00 0.56 0.14 0.49 1.13 0.11 0.24 0.30 0.02 0.01 0.38 0.39 0.02
C6 0.01 0.01 0.34 0.69 0.01 0.43 0.00 0.56 0.00 0.01 0.01 0.01 0.33 0.41 0.01 0.24 1.42 1.67 1.55 1.39
N1 0.01 0.01 0.02 0.24 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.21 0.12 0.01 0.02 0.81 0.97 0.87 0.74
N3 0.01 0.01 0.23 0.17 0.00 0.20 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00 0.02 0.40 0.17 0.01 0.18 0.83 0.94 1.13 0.88
O2 0.03 0.00 0.61 0.58 0.02 0.61 0.01 1.13 0.01 0.01 0.02 0.00 0.49 0.61 0.02 0.39 0.79 0.78 1.08 0.89
O2' 0.03 0.37 0.00 0.03 0.38 0.32 0.37 0.11 0.33 0.21 0.40 0.49 0.00 0.07 0.42 0.24 0.23 0.67 0.30 0.28
O3' 0.31 0.31 0.05 0.01 0.20 0.03 0.44 0.24 0.41 0.12 0.17 0.61 0.07 0.00 0.23 0.22 0.25 0.77 0.34 0.33
O4 0.01 0.01 0.04 0.41 0.00 0.18 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.02 0.42 0.23 0.00 0.06 1.26 1.54 1.76 1.42
O4' 0.00 0.23 0.02 0.02 0.04 0.01 0.17 0.02 0.24 0.02 0.18 0.39 0.24 0.22 0.06 0.00 0.38 0.40 0.32 0.19
O5' 0.43 0.64 0.21 0.23 1.20 0.03 1.53 0.01 1.42 0.81 0.83 0.79 0.23 0.25 1.26 0.38 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.62 0.71 0.67 0.66 1.43 0.28 1.85 0.38 1.67 0.97 0.94 0.78 0.67 0.77 1.54 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.87 0.32 0.26 1.58 0.28 1.89 0.39 1.55 0.87 1.13 1.08 0.30 0.34 1.76 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.34 0.66 0.31 0.29 1.29 0.15 1.61 0.02 1.39 0.74 0.88 0.89 0.28 0.33 1.42 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00