ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48828

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 5, 2, 2, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.018, 0.032, 0.045, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.032 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.028, 0.043, 0.057, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.043 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.027, 0.042, 0.057, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.042 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.028, 0.045, 0.061, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.045 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.029, 0.046, 0.063, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.046 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.065, 0.103, 0.141, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.103 std_dev=0.038
O4 A 0, 0.123, 0.191, 0.260, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.191 std_dev=0.068
C2' A 0, 0.276, 0.409, 0.543, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.409 std_dev=0.133
O2' A 0, 0.238, 0.414, 0.591, 0.706 max_d=0.706 avg_d=0.414 std_dev=0.176
O4' A 0, 0.267, 0.457, 0.646, 0.644 max_d=0.644 avg_d=0.457 std_dev=0.190
P B 0, 0.297, 0.508, 0.719, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.508 std_dev=0.211
C3' A 0, 0.440, 0.670, 0.900, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.670 std_dev=0.230
C4' A 0, 0.425, 0.694, 0.963, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.694 std_dev=0.269
OP2 B 0, 0.268, 0.558, 0.848, 1.167 max_d=1.167 avg_d=0.558 std_dev=0.290
OP1 B 0, 0.255, 0.571, 0.887, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.571 std_dev=0.316
O3' A 0, 0.801, 1.132, 1.463, 1.514 max_d=1.514 avg_d=1.132 std_dev=0.331
C5' A 0, 0.788, 1.212, 1.636, 1.654 max_d=1.654 avg_d=1.212 std_dev=0.424
O5' B 0, 0.429, 0.899, 1.369, 1.677 max_d=1.677 avg_d=0.899 std_dev=0.470
O5' A 0, 0.882, 1.368, 1.854, 1.969 max_d=1.969 avg_d=1.368 std_dev=0.486
OP2 A 0, 0.651, 1.199, 1.747, 2.505 max_d=2.505 avg_d=1.199 std_dev=0.548
P A 0, 0.567, 1.150, 1.733, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.150 std_dev=0.583
OP1 A 0, 0.731, 1.414, 2.096, 2.608 max_d=2.608 avg_d=1.414 std_dev=0.682
C5' B 0, 0.628, 1.450, 2.273, 3.197 max_d=3.197 avg_d=1.450 std_dev=0.823
C4' B 0, 0.757, 1.714, 2.672, 3.014 max_d=3.014 avg_d=1.714 std_dev=0.957
C3' B 0, 0.654, 1.746, 2.839, 3.381 max_d=3.381 avg_d=1.746 std_dev=1.093
O3' B 0, 0.701, 1.823, 2.944, 3.504 max_d=3.504 avg_d=1.823 std_dev=1.121
O4' B 0, 0.710, 1.949, 3.187, 3.703 max_d=3.703 avg_d=1.949 std_dev=1.239
C2' B 0, 0.885, 2.384, 3.883, 4.601 max_d=4.601 avg_d=2.384 std_dev=1.499
O2 B 0, 1.234, 2.824, 4.414, 5.932 max_d=5.932 avg_d=2.824 std_dev=1.590
C1' B 0, 0.755, 2.355, 3.954, 4.888 max_d=4.888 avg_d=2.355 std_dev=1.599
C2 B 0, 0.896, 2.601, 4.306, 6.817 max_d=6.817 avg_d=2.601 std_dev=1.705
N1 B 0, 0.663, 2.387, 4.112, 6.200 max_d=6.200 avg_d=2.387 std_dev=1.724
O2' B 0, 1.062, 2.836, 4.609, 5.237 max_d=5.237 avg_d=2.836 std_dev=1.773
N3 B 0, 0.806, 2.821, 4.836, 8.868 max_d=8.868 avg_d=2.821 std_dev=2.015
C6 B 0, 0.492, 2.513, 4.534, 7.399 max_d=7.399 avg_d=2.513 std_dev=2.021
C5 B 0, 0.389, 2.686, 4.982, 9.317 max_d=9.317 avg_d=2.686 std_dev=2.297
C4 B 0, 0.465, 2.803, 5.142, 10.234 max_d=10.234 avg_d=2.803 std_dev=2.339
O4 B 0, 0.372, 3.092, 5.812, 12.218 max_d=12.218 avg_d=3.092 std_dev=2.720

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.11 0.12 0.10
C2 0.03 0.00 0.05 0.04 0.02 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.02 0.04 0.19 0.19 0.26 0.22
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.09 0.03 0.05 0.10 0.01 0.02 0.06 0.01 0.15 0.17 0.13 0.14
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.10 0.01 0.14 0.02 0.14 0.06 0.06 0.06 0.02 0.01 0.11 0.01 0.23 0.23 0.13 0.19
C4 0.03 0.02 0.06 0.10 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.13 0.01 0.06 0.30 0.34 0.42 0.37
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.10 0.04 0.06 0.06 0.05 0.01 0.10 0.01 0.02 0.09 0.12 0.03
C5 0.04 0.02 0.08 0.14 0.01 0.12 0.00 0.21 0.01 0.02 0.02 0.03 0.07 0.18 0.02 0.08 0.33 0.36 0.42 0.39
C5' 0.03 0.09 0.02 0.02 0.19 0.01 0.21 0.00 0.17 0.10 0.14 0.07 0.05 0.04 0.21 0.02 0.01 0.12 0.19 0.02
C6 0.04 0.02 0.09 0.14 0.02 0.10 0.01 0.17 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.16 0.02 0.08 0.29 0.28 0.30 0.31
N1 0.01 0.01 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.02 0.20 0.19 0.23 0.21
N3 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.06 0.02 0.14 0.02 0.02 0.00 0.02 0.08 0.07 0.01 0.05 0.24 0.26 0.35 0.30
O2 0.06 0.01 0.10 0.06 0.03 0.06 0.03 0.07 0.03 0.02 0.02 0.00 0.16 0.10 0.03 0.08 0.14 0.13 0.21 0.17
O2' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.06 0.05 0.07 0.05 0.07 0.03 0.08 0.16 0.00 0.04 0.06 0.04 0.06 0.10 0.09 0.06
O3' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.13 0.01 0.18 0.04 0.16 0.06 0.07 0.10 0.04 0.00 0.14 0.02 0.23 0.27 0.16 0.21
O4 0.03 0.02 0.06 0.11 0.01 0.10 0.02 0.21 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.14 0.00 0.07 0.32 0.39 0.48 0.41
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.02 0.05 0.08 0.04 0.02 0.07 0.00 0.12 0.12 0.16 0.10
O5' 0.10 0.19 0.15 0.23 0.30 0.02 0.33 0.01 0.29 0.20 0.24 0.14 0.06 0.23 0.32 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.11 0.19 0.17 0.23 0.34 0.09 0.36 0.12 0.28 0.19 0.26 0.13 0.10 0.27 0.39 0.12 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.12 0.26 0.13 0.13 0.42 0.12 0.42 0.19 0.30 0.23 0.35 0.21 0.09 0.16 0.48 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.22 0.14 0.19 0.37 0.03 0.39 0.02 0.31 0.21 0.30 0.17 0.06 0.21 0.41 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.00 1.48 0.88 0.64 1.93 0.72 1.88 0.78 1.52 1.27 1.79 1.52 0.90 0.60 2.20 0.86 0.32 0.24 0.24 0.21
C2 0.81 1.37 0.76 0.51 1.67 0.67 1.58 0.77 1.23 1.05 1.60 1.51 0.76 0.45 1.89 0.74 0.34 0.23 0.21 0.18
C2' 0.95 1.28 0.84 0.62 1.75 0.67 1.80 0.68 1.50 1.19 1.54 1.28 0.84 0.57 1.97 0.82 0.22 0.19 0.19 0.15
C3' 0.94 1.38 0.84 0.60 1.86 0.66 1.81 0.70 1.47 1.21 1.68 1.39 0.85 0.56 2.15 0.80 0.27 0.18 0.18 0.14
C4 0.90 1.56 0.93 0.63 1.96 0.67 1.78 0.72 1.32 1.18 1.82 1.74 0.92 0.51 2.25 0.72 0.43 0.26 0.16 0.19
C4' 1.06 1.58 0.94 0.67 2.13 0.73 2.00 0.79 1.61 1.37 1.93 1.58 0.97 0.64 2.47 0.88 0.34 0.23 0.21 0.20
C5 0.96 1.66 0.96 0.65 2.10 0.69 1.83 0.76 1.37 1.26 1.98 1.82 0.96 0.52 2.48 0.76 0.41 0.25 0.15 0.18
C5' 1.06 1.66 0.95 0.65 2.21 0.74 1.99 0.84 1.57 1.38 2.04 1.69 1.00 0.62 2.61 0.87 0.42 0.28 0.23 0.24
C6 0.96 1.64 0.92 0.61 2.06 0.70 1.79 0.78 1.37 1.26 1.97 1.78 0.93 0.51 2.45 0.79 0.38 0.24 0.16 0.17
N1 0.91 1.51 0.84 0.57 1.89 0.69 1.73 0.79 1.35 1.18 1.81 1.62 0.85 0.50 2.19 0.79 0.35 0.23 0.20 0.19
N3 0.79 1.40 0.79 0.52 1.72 0.64 1.59 0.74 1.18 1.04 1.62 1.59 0.78 0.41 1.94 0.68 0.39 0.24 0.15 0.17
O2 0.79 1.15 0.71 0.51 1.44 0.67 1.58 0.76 1.29 0.97 1.32 1.27 0.71 0.49 1.58 0.76 0.31 0.24 0.28 0.21
O2' 1.13 1.30 0.99 0.75 1.87 0.75 2.02 0.67 1.74 1.36 1.54 1.20 0.99 0.71 2.05 0.95 0.24 0.23 0.25 0.21
O3' 0.98 1.33 0.88 0.63 1.84 0.66 1.84 0.65 1.53 1.24 1.61 1.29 0.87 0.58 2.09 0.82 0.21 0.17 0.17 0.12
O4 0.94 1.54 1.01 0.72 1.93 0.67 1.83 0.67 1.38 1.21 1.77 1.72 0.99 0.62 2.18 0.72 0.45 0.30 0.20 0.22
O4' 1.08 1.65 0.95 0.67 2.17 0.76 2.00 0.84 1.60 1.38 2.02 1.68 1.00 0.64 2.52 0.90 0.39 0.27 0.25 0.24
O5' 0.98 1.62 0.93 0.61 2.11 0.73 1.87 0.84 1.45 1.29 1.98 1.69 0.98 0.55 2.51 0.81 0.42 0.35 0.28 0.28
OP1 0.95 1.60 0.91 0.61 2.12 0.74 1.87 0.87 1.43 1.27 1.97 1.66 0.99 0.59 2.53 0.79 0.49 0.42 0.34 0.34
OP2 0.92 1.60 0.95 0.64 2.02 0.80 1.70 0.93 1.25 1.18 1.93 1.77 1.05 0.61 2.44 0.79 0.64 0.55 0.44 0.47
P 0.95 1.62 0.93 0.62 2.10 0.78 1.81 0.92 1.36 1.25 1.98 1.73 1.03 0.60 2.52 0.80 0.55 0.45 0.35 0.38

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.20 0.03 0.01 0.25 0.70 0.17 0.31
C2 0.02 0.00 0.26 0.27 0.02 0.24 0.03 0.49 0.02 0.01 0.01 0.01 0.25 0.28 0.03 0.26 0.46 0.80 0.56 0.57
C2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.08 0.01 0.19 0.16 0.26 0.03 0.20 0.46 0.01 0.02 0.12 0.02 0.29 0.59 0.36 0.33
C3' 0.01 0.27 0.01 0.00 0.32 0.01 0.48 0.02 0.49 0.18 0.25 0.55 0.02 0.01 0.36 0.02 0.26 0.43 0.23 0.22
C4 0.02 0.02 0.08 0.32 0.00 0.14 0.01 0.26 0.02 0.01 0.01 0.03 0.25 0.21 0.01 0.03 0.77 0.85 0.92 0.71
C4' 0.01 0.24 0.01 0.01 0.14 0.00 0.32 0.01 0.35 0.08 0.17 0.49 0.21 0.04 0.15 0.01 0.02 0.35 0.20 0.18
C5 0.02 0.03 0.19 0.48 0.01 0.32 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.03 0.33 0.38 0.02 0.19 1.03 0.96 1.13 0.88
C5' 0.09 0.49 0.16 0.02 0.26 0.01 0.46 0.00 0.48 0.15 0.41 0.85 0.08 0.17 0.28 0.03 0.01 0.22 0.29 0.02
C6 0.03 0.02 0.26 0.49 0.02 0.35 0.01 0.48 0.00 0.01 0.01 0.02 0.32 0.37 0.02 0.26 0.97 0.86 0.91 0.75
N1 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.00 0.01 0.02 0.15 0.07 0.02 0.02 0.51 0.71 0.42 0.41
N3 0.02 0.01 0.20 0.25 0.01 0.17 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00 0.02 0.24 0.21 0.02 0.19 0.56 0.80 0.72 0.62
O2 0.05 0.01 0.46 0.55 0.03 0.49 0.03 0.85 0.02 0.02 0.02 0.00 0.42 0.58 0.04 0.43 0.62 0.96 0.77 0.81
O2' 0.02 0.25 0.01 0.02 0.25 0.21 0.33 0.08 0.32 0.15 0.24 0.42 0.00 0.06 0.28 0.16 0.17 0.65 0.35 0.32
O3' 0.20 0.28 0.02 0.01 0.21 0.04 0.38 0.17 0.37 0.07 0.21 0.58 0.06 0.00 0.28 0.13 0.23 0.41 0.25 0.20
O4 0.03 0.03 0.12 0.36 0.01 0.15 0.02 0.28 0.02 0.02 0.02 0.04 0.28 0.28 0.00 0.04 0.80 0.89 1.04 0.78
O4' 0.01 0.26 0.02 0.02 0.03 0.01 0.19 0.03 0.26 0.02 0.19 0.43 0.16 0.13 0.04 0.00 0.18 0.69 0.22 0.36
O5' 0.25 0.46 0.29 0.26 0.77 0.02 1.03 0.01 0.97 0.51 0.56 0.62 0.17 0.23 0.80 0.18 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.70 0.80 0.59 0.43 0.85 0.35 0.96 0.22 0.86 0.71 0.80 0.96 0.65 0.41 0.89 0.69 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.56 0.36 0.23 0.92 0.20 1.13 0.29 0.91 0.42 0.72 0.77 0.35 0.25 1.04 0.22 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.31 0.57 0.33 0.22 0.71 0.18 0.88 0.02 0.75 0.41 0.62 0.81 0.32 0.20 0.78 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00