ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48829

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.015, 0.025, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.025 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.016, 0.032, 0.047, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.032 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C6 A 0, 0.017, 0.037, 0.057, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.037 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.026, 0.051, 0.075, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.051 std_dev=0.024
C1' A 0, 0.025, 0.052, 0.078, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.052 std_dev=0.026
C2 A 0, 0.024, 0.054, 0.085, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.054 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.066, 0.111, 0.156, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.111 std_dev=0.045
O2 A 0, 0.055, 0.105, 0.155, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.105 std_dev=0.050
OP1 B 0, 0.270, 0.457, 0.643, 0.718 max_d=0.718 avg_d=0.457 std_dev=0.187
C5 B 0, 0.300, 0.611, 0.923, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.611 std_dev=0.312
P B 0, 0.271, 0.628, 0.985, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.628 std_dev=0.357
C4 B 0, 0.268, 0.702, 1.136, 1.576 max_d=1.576 avg_d=0.702 std_dev=0.434
OP2 B 0, 0.309, 0.821, 1.334, 1.565 max_d=1.565 avg_d=0.821 std_dev=0.513
O4 B 0, 0.320, 0.943, 1.565, 2.049 max_d=2.049 avg_d=0.943 std_dev=0.622
O3' A 0, 0.148, 1.033, 1.918, 2.143 max_d=2.143 avg_d=1.033 std_dev=0.885
C6 B 0, 0.251, 1.325, 2.400, 3.056 max_d=3.056 avg_d=1.325 std_dev=1.075
O4' A 0, 0.048, 1.156, 2.264, 2.475 max_d=2.475 avg_d=1.156 std_dev=1.108
C2' A 0, -0.031, 1.169, 2.369, 2.611 max_d=2.611 avg_d=1.169 std_dev=1.200
C3' A 0, -0.048, 1.213, 2.474, 2.759 max_d=2.759 avg_d=1.213 std_dev=1.261
C4' A 0, 0.116, 1.392, 2.668, 2.924 max_d=2.924 avg_d=1.392 std_dev=1.276
N3 B 0, 0.256, 1.708, 3.160, 4.098 max_d=4.098 avg_d=1.708 std_dev=1.452
O5' B 0, 0.158, 1.901, 3.644, 4.164 max_d=4.164 avg_d=1.901 std_dev=1.743
OP1 A 0, 1.277, 3.095, 4.913, 5.389 max_d=5.389 avg_d=3.095 std_dev=1.818
O2' A 0, -0.014, 1.883, 3.781, 4.133 max_d=4.133 avg_d=1.883 std_dev=1.897
N1 B 0, 0.179, 2.433, 4.687, 5.627 max_d=5.627 avg_d=2.433 std_dev=2.254
O5' A 0, 0.249, 2.531, 4.813, 5.440 max_d=5.440 avg_d=2.531 std_dev=2.282
C5' A 0, 0.222, 2.599, 4.975, 5.484 max_d=5.484 avg_d=2.599 std_dev=2.377
C5' B 0, 0.073, 2.482, 4.891, 5.649 max_d=5.649 avg_d=2.482 std_dev=2.409
C2 B 0, 0.167, 2.650, 5.132, 6.211 max_d=6.211 avg_d=2.650 std_dev=2.483
P A 0, 0.157, 2.838, 5.519, 6.268 max_d=6.268 avg_d=2.838 std_dev=2.681
O4' B 0, 0.095, 3.067, 6.039, 6.922 max_d=6.922 avg_d=3.067 std_dev=2.972
OP2 A 0, 1.123, 4.358, 7.592, 8.428 max_d=8.428 avg_d=4.358 std_dev=3.235
C4' B 0, 0.055, 3.372, 6.689, 7.654 max_d=7.654 avg_d=3.372 std_dev=3.317
C1' B 0, 0.100, 3.456, 6.812, 7.877 max_d=7.877 avg_d=3.456 std_dev=3.356
O2 B 0, 0.089, 3.636, 7.183, 8.473 max_d=8.473 avg_d=3.636 std_dev=3.547
C3' B 0, 0.072, 3.859, 7.647, 8.783 max_d=8.783 avg_d=3.859 std_dev=3.787
C2' B 0, 0.072, 4.248, 8.425, 9.696 max_d=9.696 avg_d=4.248 std_dev=4.177
O3' B 0, -0.016, 4.897, 9.811, 11.079 max_d=11.079 avg_d=4.897 std_dev=4.914
O2' B 0, 0.021, 5.399, 10.778, 12.204 max_d=12.204 avg_d=5.399 std_dev=5.379

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.01 0.05 0.10 0.06 0.01 0.01 0.09 0.03 0.39 0.03 0.01 0.39 0.75 0.30 0.34
C2 0.03 0.00 0.31 0.53 0.02 0.30 0.03 0.32 0.02 0.01 0.01 0.01 0.21 0.11 0.03 0.12 0.29 0.47 0.30 0.39
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.03 0.02 0.18 0.26 0.23 0.02 0.21 0.53 0.01 0.03 0.04 0.02 0.69 0.31 0.53 0.31
C3' 0.03 0.53 0.01 0.00 0.22 0.01 0.07 0.01 0.15 0.14 0.46 0.81 0.03 0.01 0.25 0.02 0.27 0.37 0.28 0.16
C4 0.03 0.02 0.03 0.22 0.00 0.06 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.04 0.31 0.14 0.01 0.04 0.76 0.20 0.61 0.20
C4' 0.01 0.30 0.02 0.01 0.06 0.00 0.18 0.01 0.23 0.04 0.24 0.50 0.27 0.02 0.07 0.01 0.02 0.73 0.25 0.35
C5 0.05 0.03 0.18 0.07 0.01 0.18 0.00 0.51 0.01 0.01 0.01 0.04 0.28 0.29 0.02 0.09 1.10 0.39 0.91 0.49
C5' 0.10 0.32 0.26 0.01 0.16 0.01 0.51 0.00 0.58 0.12 0.22 0.67 0.06 0.25 0.15 0.02 0.01 0.22 0.26 0.02
C6 0.06 0.02 0.23 0.15 0.02 0.23 0.01 0.58 0.00 0.01 0.02 0.03 0.22 0.35 0.03 0.12 1.11 0.21 0.83 0.43
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.02 0.04 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.03 0.17 0.22 0.02 0.01 0.61 0.39 0.43 0.18
N3 0.01 0.01 0.21 0.46 0.01 0.24 0.01 0.22 0.02 0.02 0.00 0.02 0.28 0.10 0.02 0.10 0.43 0.26 0.35 0.26
O2 0.09 0.01 0.53 0.81 0.04 0.50 0.04 0.67 0.03 0.03 0.02 0.00 0.21 0.28 0.05 0.17 0.16 0.69 0.37 0.65
O2' 0.03 0.21 0.01 0.03 0.31 0.27 0.28 0.06 0.22 0.17 0.28 0.21 0.00 0.05 0.34 0.16 0.42 0.53 0.36 0.31
O3' 0.39 0.11 0.03 0.01 0.14 0.02 0.29 0.25 0.35 0.22 0.10 0.28 0.05 0.00 0.12 0.27 0.13 0.54 0.24 0.28
O4 0.03 0.03 0.04 0.25 0.01 0.07 0.02 0.15 0.03 0.02 0.02 0.05 0.34 0.12 0.00 0.04 0.77 0.30 0.64 0.23
O4' 0.01 0.12 0.02 0.02 0.04 0.01 0.09 0.02 0.12 0.01 0.10 0.17 0.16 0.27 0.04 0.00 0.14 1.05 0.30 0.58
O5' 0.39 0.29 0.69 0.27 0.76 0.02 1.10 0.01 1.11 0.61 0.43 0.16 0.42 0.13 0.77 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.75 0.47 0.31 0.37 0.20 0.73 0.39 0.22 0.21 0.39 0.26 0.69 0.53 0.54 0.30 1.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.30 0.53 0.28 0.61 0.25 0.91 0.26 0.83 0.43 0.35 0.37 0.36 0.24 0.64 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.34 0.39 0.31 0.16 0.20 0.35 0.49 0.02 0.43 0.18 0.26 0.65 0.31 0.28 0.23 0.58 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.47 0.97 1.16 0.75 0.26 1.28 0.25 0.89 0.64 1.02 0.61 1.23 1.64 0.56 0.15 1.59 1.25 0.18 0.31 0.44
C2 1.21 0.82 0.90 0.58 0.28 1.05 0.27 0.76 0.58 0.87 0.54 1.00 1.24 0.39 0.14 1.36 1.17 0.22 0.24 0.45
C2' 1.71 1.17 1.33 0.89 0.42 1.46 0.45 1.08 0.89 1.25 0.78 1.41 1.81 0.66 0.12 1.85 1.42 0.65 0.28 0.76
C3' 2.47 1.95 2.00 1.43 1.16 2.04 1.17 1.54 1.60 2.01 1.55 2.22 2.52 1.08 0.84 2.56 1.90 0.99 0.59 1.28
C4 1.10 0.79 1.16 1.08 0.26 1.26 0.21 1.12 0.47 0.79 0.53 0.98 1.41 1.16 0.15 1.17 1.32 0.12 0.17 0.27
C4' 2.50 2.02 2.12 1.54 1.18 2.06 1.13 1.49 1.56 2.03 1.61 2.33 2.68 1.24 0.88 2.52 1.86 0.65 0.51 1.10
C5 1.33 0.94 1.43 1.32 0.29 1.50 0.23 1.28 0.55 0.93 0.62 1.19 1.78 1.45 0.16 1.38 1.45 0.14 0.19 0.32
C5' 3.18 2.71 2.87 2.19 1.75 2.62 1.65 1.90 2.11 2.67 2.27 3.09 3.50 1.92 1.43 3.09 2.21 0.83 0.86 1.39
C6 1.46 1.02 1.43 1.21 0.31 1.52 0.27 1.22 0.62 1.03 0.67 1.28 1.85 1.23 0.15 1.54 1.46 0.19 0.22 0.41
N1 1.42 0.96 1.20 0.88 0.30 1.32 0.28 1.00 0.64 1.00 0.63 1.20 1.62 0.75 0.14 1.54 1.34 0.22 0.24 0.46
N3 1.04 0.73 0.89 0.68 0.26 1.02 0.23 0.84 0.48 0.76 0.49 0.89 1.14 0.59 0.14 1.17 1.20 0.16 0.21 0.35
O2 1.11 0.75 0.64 0.26 0.29 0.79 0.31 0.48 0.58 0.82 0.50 0.89 0.96 0.34 0.16 1.29 0.91 0.23 0.26 0.47
O2' 0.81 0.22 0.50 0.34 0.64 0.67 0.57 0.37 0.17 0.33 0.30 0.44 0.98 0.49 0.97 1.00 0.61 0.18 0.99 0.20
O3' 1.89 1.42 1.31 0.70 0.73 1.37 0.74 0.89 1.13 1.48 1.06 1.66 1.82 0.31 0.47 2.00 1.27 0.52 0.15 0.79
O4 0.89 0.67 1.08 1.13 0.23 1.14 0.17 1.11 0.36 0.64 0.47 0.84 1.25 1.32 0.14 0.90 1.16 0.07 0.15 0.15
O4' 2.10 1.64 1.81 1.31 0.85 1.79 0.79 1.28 1.19 1.64 1.26 1.93 2.33 1.08 0.58 2.14 1.65 0.33 0.28 0.79
O5' 2.72 2.23 2.56 1.89 1.19 2.22 1.05 1.43 1.52 2.15 1.75 2.67 3.26 1.75 0.87 2.56 1.68 0.17 0.23 0.72
OP1 2.77 2.18 2.86 2.39 1.07 2.61 0.96 1.94 1.48 2.13 1.66 2.64 3.57 2.51 0.71 2.65 2.09 0.55 0.40 0.95
OP2 3.29 2.88 3.36 2.71 1.77 2.81 1.54 1.93 2.00 2.71 2.40 3.40 4.12 2.74 1.46 3.00 2.09 0.34 0.64 0.99
P 3.33 2.81 3.33 2.74 1.71 2.97 1.55 2.18 2.05 2.72 2.31 3.29 4.05 2.73 1.36 3.15 2.36 0.68 0.78 1.27

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.07 0.01 0.01 0.03 0.00 0.17 0.19 0.91 0.43
C2 0.03 0.00 0.14 0.18 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.21 0.02 0.03 0.44 0.19 0.72 0.26
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.01 0.09 0.27 0.01 0.01 0.03 0.01 0.29 0.26 0.63 0.18
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.05 0.01 0.16 0.02 0.19 0.04 0.13 0.31 0.01 0.01 0.05 0.01 0.41 0.53 0.44 0.18
C4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.00 0.05 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.04 0.71 0.21 0.42 0.20
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.12 0.02 0.05 0.15 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02 0.19 0.70 0.24
C5 0.02 0.01 0.10 0.16 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.19 0.02 0.06 0.77 0.22 0.43 0.21
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.16 0.00 0.16 0.05 0.07 0.14 0.03 0.04 0.10 0.01 0.01 0.35 0.49 0.01
C6 0.03 0.01 0.13 0.19 0.02 0.12 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.02 0.08 0.22 0.02 0.07 0.66 0.20 0.66 0.19
N1 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.02 0.44 0.19 0.79 0.29
N3 0.03 0.01 0.09 0.13 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.17 0.01 0.02 0.58 0.19 0.56 0.19
O2 0.07 0.01 0.27 0.31 0.02 0.15 0.02 0.14 0.02 0.02 0.02 0.00 0.19 0.38 0.02 0.08 0.32 0.20 0.78 0.32
O2' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.03 0.08 0.02 0.07 0.19 0.00 0.04 0.04 0.02 0.05 0.21 0.73 0.32
O3' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.06 0.01 0.19 0.04 0.22 0.04 0.17 0.38 0.04 0.00 0.06 0.01 0.35 0.82 0.36 0.34
O4 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.05 0.02 0.10 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.06 0.00 0.05 0.76 0.23 0.34 0.26
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.30 1.05 0.59
O5' 0.17 0.44 0.29 0.41 0.71 0.02 0.77 0.01 0.66 0.44 0.58 0.32 0.05 0.35 0.76 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.19 0.19 0.26 0.53 0.21 0.19 0.22 0.35 0.20 0.19 0.19 0.20 0.21 0.82 0.23 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.91 0.72 0.63 0.44 0.42 0.70 0.43 0.49 0.66 0.79 0.56 0.78 0.73 0.36 0.34 1.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.43 0.26 0.18 0.18 0.20 0.24 0.21 0.01 0.19 0.29 0.19 0.32 0.32 0.34 0.26 0.59 0.01 0.01 0.01 0.00