ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48830

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 1, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.021, 0.034, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.017, 0.031, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.018, 0.031, 0.045, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.014
C6 A 0, 0.016, 0.030, 0.044, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.030 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.041, 0.082, 0.122, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.082 std_dev=0.040
O4 A 0, 0.043, 0.108, 0.172, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.108 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.096, 0.198, 0.299, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.198 std_dev=0.102
O4' A 0, 0.014, 0.122, 0.230, 0.446 max_d=0.446 avg_d=0.122 std_dev=0.108
C2' A 0, 0.064, 0.183, 0.303, 0.535 max_d=0.535 avg_d=0.183 std_dev=0.119
C3' A 0, 0.144, 0.270, 0.395, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.270 std_dev=0.126
O3' A 0, 0.184, 0.350, 0.516, 0.723 max_d=0.723 avg_d=0.350 std_dev=0.166
O2' A 0, 0.005, 0.231, 0.456, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.231 std_dev=0.225
C5' A 0, 0.095, 0.321, 0.547, 0.884 max_d=0.884 avg_d=0.321 std_dev=0.226
P B 0, 0.175, 0.486, 0.797, 1.074 max_d=1.074 avg_d=0.486 std_dev=0.311
OP1 B 0, 0.138, 0.530, 0.922, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.530 std_dev=0.392
OP2 B 0, 0.159, 0.654, 1.150, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.654 std_dev=0.496
O5' B 0, 0.063, 0.665, 1.266, 2.404 max_d=2.404 avg_d=0.665 std_dev=0.601
O5' A 0, 0.045, 0.679, 1.313, 2.311 max_d=2.311 avg_d=0.679 std_dev=0.634
C5' B 0, -0.009, 0.708, 1.424, 2.883 max_d=2.883 avg_d=0.708 std_dev=0.716
P A 0, -0.080, 0.681, 1.443, 3.052 max_d=3.052 avg_d=0.681 std_dev=0.761
OP2 A 0, 0.166, 1.198, 2.230, 4.286 max_d=4.286 avg_d=1.198 std_dev=1.032
OP1 A 0, 0.153, 1.293, 2.433, 4.411 max_d=4.411 avg_d=1.293 std_dev=1.140
C4' B 0, -0.268, 1.012, 2.291, 5.073 max_d=5.073 avg_d=1.012 std_dev=1.279
C3' B 0, -0.370, 1.203, 2.777, 6.207 max_d=6.207 avg_d=1.203 std_dev=1.573
O3' B 0, -0.327, 1.270, 2.866, 6.330 max_d=6.330 avg_d=1.270 std_dev=1.596
C5 B 0, -0.419, 1.211, 2.841, 6.219 max_d=6.219 avg_d=1.211 std_dev=1.630
C6 B 0, -0.476, 1.190, 2.856, 6.383 max_d=6.383 avg_d=1.190 std_dev=1.666
O4' B 0, -0.512, 1.165, 2.841, 6.554 max_d=6.554 avg_d=1.165 std_dev=1.677
C4 B 0, -0.588, 1.454, 3.496, 7.879 max_d=7.879 avg_d=1.454 std_dev=2.042
O4 B 0, -0.530, 1.529, 3.587, 7.930 max_d=7.930 avg_d=1.529 std_dev=2.058
N1 B 0, -0.704, 1.396, 3.496, 8.113 max_d=8.113 avg_d=1.396 std_dev=2.100
C2' B 0, -0.650, 1.474, 3.598, 8.304 max_d=8.304 avg_d=1.474 std_dev=2.124
C1' B 0, -0.717, 1.411, 3.540, 8.256 max_d=8.256 avg_d=1.411 std_dev=2.129
N3 B 0, -0.818, 1.650, 4.119, 9.571 max_d=9.571 avg_d=1.650 std_dev=2.469
C2 B 0, -0.896, 1.634, 4.164, 9.798 max_d=9.798 avg_d=1.634 std_dev=2.530
O2' B 0, -0.973, 1.745, 4.463, 10.588 max_d=10.588 avg_d=1.745 std_dev=2.718
O2 B 0, -1.112, 1.831, 4.773, 11.393 max_d=11.393 avg_d=1.831 std_dev=2.942

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.17 0.43 0.57 0.13
C2 0.01 0.00 0.07 0.04 0.02 0.02 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.05 0.02 0.04 0.27 0.63 0.61 0.14
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.07 0.07 0.02 0.05 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01 0.25 0.20 0.68 0.25
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.01 0.03 0.01 0.26 0.22 0.56 0.26
C4 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.02 0.39 0.80 0.64 0.22
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.26 0.36 0.09
C5 0.01 0.02 0.06 0.05 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.05 0.01 0.04 0.41 0.83 0.63 0.24
C5' 0.04 0.07 0.07 0.01 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.08 0.10 0.05 0.06 0.03 0.14 0.01 0.01 0.20 0.32 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.05 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.05 0.37 0.74 0.62 0.20
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.00 0.28 0.61 0.61 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.05 0.02 0.03 0.33 0.72 0.63 0.17
O2 0.02 0.01 0.11 0.07 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.01 0.02 0.00 0.21 0.08 0.03 0.07 0.21 0.56 0.59 0.12
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.05 0.01 0.08 0.06 0.09 0.03 0.10 0.21 0.00 0.05 0.05 0.02 0.28 0.22 0.73 0.29
O3' 0.05 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.04 0.05 0.08 0.05 0.00 0.04 0.05 0.19 0.24 0.50 0.22
O4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.01 0.14 0.01 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.00 0.03 0.42 0.83 0.67 0.25
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.03 0.07 0.02 0.05 0.03 0.00 0.21 0.51 0.44 0.15
O5' 0.17 0.27 0.25 0.26 0.39 0.01 0.41 0.01 0.37 0.28 0.33 0.21 0.28 0.19 0.42 0.21 0.00 0.04 0.02 0.01
OP1 0.43 0.63 0.20 0.22 0.80 0.26 0.83 0.20 0.74 0.61 0.72 0.56 0.22 0.24 0.83 0.51 0.04 0.00 0.01 0.01
OP2 0.57 0.61 0.68 0.56 0.64 0.36 0.63 0.32 0.62 0.61 0.63 0.59 0.73 0.50 0.67 0.44 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.14 0.25 0.26 0.22 0.09 0.24 0.01 0.20 0.15 0.17 0.12 0.29 0.22 0.25 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.62 1.59 2.03 1.57 1.18 1.09 1.03 0.63 1.18 1.48 1.44 1.77 2.39 1.43 1.08 1.14 0.62 0.07 0.27 0.18
C2 1.22 1.11 1.64 1.27 0.80 0.86 0.72 0.52 0.87 1.08 0.98 1.23 1.77 1.03 0.70 0.85 0.54 0.07 0.26 0.18
C2' 1.87 1.91 2.26 1.69 1.49 1.23 1.31 0.75 1.45 1.76 1.77 2.10 2.70 1.57 1.39 1.34 0.74 0.11 0.33 0.26
C3' 1.98 2.07 2.32 1.77 1.60 1.29 1.37 0.76 1.51 1.87 1.92 2.31 2.83 1.70 1.50 1.43 0.73 0.07 0.30 0.23
C4 0.64 0.56 1.10 0.79 0.39 0.40 0.35 0.22 0.44 0.55 0.48 0.62 1.16 0.60 0.34 0.30 0.30 0.24 0.29 0.15
C4' 1.76 1.82 2.13 1.65 1.38 1.14 1.18 0.63 1.30 1.63 1.68 2.05 2.57 1.58 1.30 1.22 0.62 0.09 0.28 0.19
C5 0.83 0.77 1.32 0.97 0.57 0.52 0.52 0.28 0.60 0.74 0.69 0.86 1.46 0.79 0.52 0.44 0.37 0.21 0.31 0.16
C5' 1.65 1.75 2.04 1.56 1.36 1.03 1.15 0.54 1.24 1.55 1.63 1.97 2.48 1.49 1.30 1.10 0.56 0.11 0.28 0.16
C6 1.13 1.08 1.60 1.21 0.81 0.73 0.72 0.41 0.83 1.02 0.98 1.20 1.82 1.03 0.74 0.69 0.47 0.14 0.29 0.17
N1 1.33 1.26 1.77 1.36 0.93 0.90 0.83 0.52 0.97 1.20 1.13 1.40 2.01 1.17 0.84 0.89 0.54 0.08 0.27 0.17
N3 0.83 0.73 1.25 0.94 0.50 0.58 0.46 0.35 0.57 0.72 0.63 0.81 1.30 0.70 0.43 0.51 0.40 0.14 0.26 0.16
O2 1.44 1.29 1.81 1.46 0.91 1.05 0.83 0.66 1.00 1.25 1.13 1.43 1.93 1.18 0.81 1.07 0.62 0.14 0.29 0.22
O2' 2.07 2.10 2.42 1.78 1.63 1.38 1.46 0.89 1.63 1.96 1.94 2.29 2.89 1.67 1.50 1.53 0.85 0.17 0.33 0.32
O3' 2.13 2.19 2.40 1.85 1.64 1.41 1.40 0.83 1.56 1.97 2.01 2.48 2.96 1.82 1.53 1.58 0.75 0.08 0.28 0.22
O4 0.32 0.24 0.78 0.53 0.17 0.18 0.17 0.11 0.21 0.25 0.20 0.28 0.79 0.36 0.16 0.11 0.17 0.31 0.27 0.14
O4' 1.53 1.53 1.93 1.51 1.14 0.99 0.98 0.54 1.11 1.40 1.40 1.73 2.29 1.39 1.06 1.04 0.54 0.10 0.27 0.16
O5' 1.52 1.68 1.93 1.39 1.35 0.84 1.11 0.37 1.17 1.47 1.61 1.89 2.37 1.32 1.32 0.93 0.42 0.28 0.20 0.13
OP1 1.19 1.43 1.62 1.08 1.24 0.60 1.00 0.41 0.98 1.21 1.43 1.59 2.03 1.03 1.28 0.63 0.36 0.56 0.21 0.40
OP2 1.95 2.14 2.37 1.85 1.97 1.34 1.79 0.99 1.80 1.98 2.12 2.25 2.67 1.69 1.97 1.42 1.14 0.72 1.08 0.86
P 1.51 1.70 1.95 1.41 1.47 0.85 1.25 0.41 1.27 1.50 1.67 1.86 2.33 1.30 1.47 0.92 0.53 0.10 0.40 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.02 0.00 0.12 0.16 0.17 0.11
C2 0.01 0.00 0.12 0.16 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.12 0.01 0.06 0.08 0.08 0.12 0.08
C2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.13 0.11 0.02 0.09 0.21 0.00 0.03 0.04 0.01 0.27 0.39 0.40 0.33
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.26 0.01 0.27 0.02 0.24 0.15 0.21 0.15 0.01 0.01 0.28 0.02 0.07 0.15 0.10 0.07
C4 0.02 0.01 0.03 0.26 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.11 0.00 0.03 0.10 0.11 0.15 0.13
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.10 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.06 0.05 0.19 0.02 0.10 0.01 0.02 0.08 0.05 0.02
C5 0.02 0.01 0.08 0.27 0.00 0.13 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.02 0.25 0.20 0.01 0.05 0.11 0.11 0.13 0.13
C5' 0.04 0.03 0.13 0.02 0.08 0.01 0.10 0.00 0.08 0.03 0.05 0.06 0.08 0.14 0.09 0.01 0.01 0.08 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.11 0.24 0.01 0.12 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.17 0.01 0.07 0.07 0.05 0.10 0.08
N1 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.07 0.01 0.01 0.06 0.08 0.12 0.07
N3 0.01 0.00 0.09 0.21 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.05 0.01 0.05 0.08 0.08 0.13 0.11
O2 0.02 0.01 0.21 0.15 0.01 0.05 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.27 0.02 0.09 0.10 0.11 0.13 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.22 0.19 0.25 0.08 0.22 0.13 0.17 0.10 0.00 0.05 0.24 0.13 0.18 0.32 0.43 0.27
O3' 0.22 0.12 0.03 0.01 0.11 0.02 0.20 0.14 0.17 0.07 0.05 0.27 0.05 0.00 0.15 0.15 0.21 0.20 0.22 0.21
O4 0.02 0.01 0.04 0.28 0.00 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.24 0.15 0.00 0.03 0.12 0.15 0.19 0.16
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.05 0.09 0.13 0.15 0.03 0.00 0.05 0.06 0.06 0.03
O5' 0.12 0.08 0.27 0.07 0.10 0.02 0.11 0.01 0.07 0.06 0.08 0.10 0.18 0.21 0.12 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.16 0.08 0.39 0.15 0.11 0.08 0.11 0.08 0.05 0.08 0.08 0.11 0.32 0.20 0.15 0.06 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.12 0.40 0.10 0.15 0.05 0.13 0.03 0.10 0.12 0.13 0.13 0.43 0.22 0.19 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.08 0.33 0.07 0.13 0.02 0.13 0.02 0.08 0.07 0.11 0.09 0.27 0.21 0.16 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00