ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48833

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.017, 0.039, 0.060, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.039 std_dev=0.021
N1 A 0, 0.017, 0.044, 0.070, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.044 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.020, 0.048, 0.076, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.048 std_dev=0.028
C6 A 0, 0.020, 0.050, 0.081, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.050 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.023, 0.056, 0.089, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.056 std_dev=0.033
O2 A 0, 0.033, 0.089, 0.144, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.089 std_dev=0.055
O4 A 0, 0.062, 0.124, 0.186, 0.178 max_d=0.178 avg_d=0.124 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.060, 0.123, 0.186, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.123 std_dev=0.063
C2' A 0, 0.040, 0.137, 0.234, 0.275 max_d=0.275 avg_d=0.137 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.072, 0.233, 0.393, 0.483 max_d=0.483 avg_d=0.233 std_dev=0.161
C3' A 0, 0.120, 0.302, 0.484, 0.486 max_d=0.486 avg_d=0.302 std_dev=0.182
C4' A 0, 0.149, 0.347, 0.544, 0.540 max_d=0.540 avg_d=0.347 std_dev=0.197
O3' A 0, 0.159, 0.377, 0.596, 0.587 max_d=0.587 avg_d=0.377 std_dev=0.218
C5' B 0, 0.169, 0.392, 0.615, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.392 std_dev=0.223
OP1 B 0, 0.173, 0.422, 0.670, 0.694 max_d=0.694 avg_d=0.422 std_dev=0.249
O5' A 0, 0.193, 0.455, 0.716, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.455 std_dev=0.261
C4' B 0, 0.225, 0.495, 0.766, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.495 std_dev=0.271
P B 0, 0.200, 0.490, 0.779, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.490 std_dev=0.290
C5' A 0, 0.230, 0.551, 0.871, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.551 std_dev=0.320
O3' B 0, 0.258, 0.585, 0.912, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.585 std_dev=0.327
C3' B 0, 0.266, 0.597, 0.929, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.597 std_dev=0.331
O5' B 0, 0.221, 0.555, 0.888, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.555 std_dev=0.334
O4' B 0, 0.272, 0.612, 0.953, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.612 std_dev=0.341
OP2 B 0, 0.262, 0.605, 0.949, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.605 std_dev=0.344
O2' B 0, 0.292, 0.648, 1.004, 0.938 max_d=0.938 avg_d=0.648 std_dev=0.356
C2' B 0, 0.298, 0.688, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.688 std_dev=0.391
P A 0, 0.292, 0.684, 1.075, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.684 std_dev=0.391
C1' B 0, 0.308, 0.707, 1.107, 1.126 max_d=1.126 avg_d=0.707 std_dev=0.399
OP1 A 0, 0.325, 0.763, 1.201, 1.177 max_d=1.177 avg_d=0.763 std_dev=0.438
OP2 A 0, 0.300, 0.741, 1.182, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.741 std_dev=0.441
C6 B 0, 0.322, 0.790, 1.257, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.790 std_dev=0.468
N1 B 0, 0.332, 0.802, 1.271, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.802 std_dev=0.469
C5 B 0, 0.360, 0.912, 1.464, 1.643 max_d=1.643 avg_d=0.912 std_dev=0.552
C2 B 0, 0.399, 0.973, 1.547, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.973 std_dev=0.574
O2 B 0, 0.426, 1.024, 1.623, 1.670 max_d=1.670 avg_d=1.024 std_dev=0.599
C4 B 0, 0.422, 1.074, 1.727, 1.893 max_d=1.893 avg_d=1.074 std_dev=0.653
N3 B 0, 0.436, 1.090, 1.744, 1.855 max_d=1.855 avg_d=1.090 std_dev=0.654
O4 B 0, 0.482, 1.239, 1.995, 2.176 max_d=2.176 avg_d=1.239 std_dev=0.756

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.08 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C2 0.04 0.00 0.05 0.05 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.04 0.02 0.02 0.07 0.04
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.04 0.04 0.01 0.03 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.04 0.05 0.05
C3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.01 0.02 0.11 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.03 0.03
C4 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.03 0.12 0.13 0.19 0.16
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.02 0.10 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.10 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.02 0.05 0.14 0.14 0.17 0.17
C5' 0.03 0.04 0.04 0.01 0.15 0.00 0.19 0.00 0.15 0.06 0.09 0.04 0.04 0.02 0.18 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.05 0.09 0.08 0.09 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.04
N3 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.02 0.03 0.07 0.07 0.13 0.10
O2 0.08 0.01 0.09 0.11 0.02 0.10 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.13 0.03 0.08 0.04 0.06 0.04 0.02
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.08 0.13 0.00 0.03 0.05 0.01 0.08 0.06 0.08 0.08
O3' 0.03 0.07 0.02 0.00 0.04 0.01 0.07 0.02 0.07 0.03 0.06 0.13 0.03 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03
O4 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.07 0.02 0.18 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.00 0.04 0.15 0.18 0.25 0.21
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.08 0.01 0.04 0.04 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04
O5' 0.01 0.02 0.05 0.05 0.12 0.01 0.14 0.01 0.09 0.03 0.07 0.04 0.08 0.04 0.15 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.03 0.02 0.04 0.03 0.13 0.04 0.14 0.06 0.08 0.02 0.07 0.06 0.06 0.04 0.18 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.07 0.05 0.03 0.19 0.02 0.17 0.03 0.09 0.04 0.13 0.04 0.08 0.03 0.25 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.01 0.04 0.05 0.03 0.16 0.01 0.17 0.01 0.10 0.04 0.10 0.02 0.08 0.03 0.21 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.09 0.09 0.09 0.08 0.06 0.10 0.08 0.07
C2 0.05 0.06 0.09 0.09 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.05 0.07 0.09 0.12 0.12 0.10 0.05 0.06 0.10 0.07 0.05
C2' 0.09 0.11 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.14 0.11 0.10 0.08 0.10 0.07 0.11 0.08 0.07
C3' 0.10 0.11 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.10 0.14 0.12 0.10 0.08 0.10 0.07 0.10 0.08 0.07
C4 0.13 0.15 0.16 0.16 0.09 0.13 0.07 0.12 0.08 0.12 0.13 0.18 0.16 0.18 0.09 0.12 0.19 0.15 0.16 0.16
C4' 0.09 0.10 0.10 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.09 0.13 0.11 0.10 0.08 0.09 0.07 0.10 0.08 0.07
C5 0.12 0.15 0.15 0.16 0.08 0.12 0.06 0.11 0.07 0.12 0.12 0.19 0.15 0.18 0.08 0.11 0.16 0.13 0.15 0.13
C5' 0.06 0.08 0.06 0.04 0.09 0.06 0.11 0.05 0.09 0.07 0.08 0.10 0.08 0.05 0.10 0.08 0.03 0.08 0.06 0.04
C6 0.10 0.12 0.12 0.12 0.07 0.10 0.06 0.10 0.07 0.10 0.10 0.15 0.12 0.15 0.06 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10
N1 0.06 0.08 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.07 0.06 0.10 0.09 0.07
N3 0.10 0.10 0.13 0.14 0.06 0.11 0.05 0.10 0.05 0.08 0.08 0.13 0.16 0.16 0.07 0.09 0.14 0.10 0.10 0.10
O2 0.09 0.10 0.12 0.12 0.16 0.11 0.17 0.10 0.14 0.11 0.13 0.09 0.16 0.15 0.17 0.09 0.09 0.15 0.10 0.10
O2' 0.11 0.13 0.11 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.12 0.16 0.12 0.11 0.09 0.12 0.09 0.11 0.10 0.08
O3' 0.09 0.11 0.10 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.07 0.09 0.09 0.13 0.12 0.09 0.07 0.09 0.06 0.08 0.05 0.05
O4 0.19 0.21 0.21 0.21 0.17 0.18 0.14 0.17 0.16 0.19 0.19 0.24 0.20 0.21 0.17 0.18 0.27 0.22 0.24 0.23
O4' 0.07 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.08 0.06 0.10 0.08 0.07
O5' 0.06 0.08 0.05 0.04 0.08 0.06 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.10 0.07 0.05 0.09 0.08 0.03 0.09 0.08 0.05
OP1 0.10 0.12 0.10 0.08 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.11 0.15 0.12 0.08 0.10 0.10 0.05 0.09 0.08 0.05
OP2 0.08 0.08 0.05 0.06 0.11 0.09 0.14 0.10 0.13 0.09 0.09 0.09 0.05 0.04 0.12 0.11 0.04 0.11 0.11 0.07
P 0.07 0.08 0.05 0.05 0.10 0.08 0.12 0.08 0.11 0.08 0.08 0.10 0.07 0.04 0.10 0.09 0.03 0.10 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.03 0.04
C2 0.02 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.01 0.08 0.08 0.07 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.04 0.03 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03 0.12 0.13 0.14 0.13
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.02
C5 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.04 0.13 0.13 0.13 0.14
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.06 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.12 0.11 0.09 0.10
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.08 0.06 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.01 0.10 0.10 0.11 0.11
O2 0.03 0.00 0.07 0.06 0.01 0.04 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.07 0.02 0.02 0.06 0.06 0.06 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.04 0.07 0.02 0.00 0.06 0.01 0.09 0.03 0.04 0.04
O4 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.06 0.00 0.04 0.12 0.14 0.16 0.15
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.06 0.04 0.03
O5' 0.05 0.08 0.02 0.05 0.12 0.01 0.13 0.01 0.12 0.09 0.10 0.06 0.03 0.09 0.12 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.08 0.04 0.04 0.13 0.06 0.13 0.07 0.11 0.08 0.10 0.06 0.04 0.03 0.14 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.07 0.03 0.03 0.14 0.01 0.13 0.01 0.09 0.06 0.11 0.06 0.03 0.04 0.16 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.03 0.03 0.13 0.02 0.14 0.01 0.10 0.07 0.11 0.05 0.03 0.04 0.15 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00