ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48835

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.007, 0.019, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.013, 0.031, 0.049, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.005, 0.024, 0.043, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.024 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.013, 0.034, 0.055, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.034 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.035, 0.083, 0.130, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.083 std_dev=0.047
O4 A 0, 0.012, 0.078, 0.143, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.078 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.078, 0.257, 0.436, 0.471 max_d=0.471 avg_d=0.257 std_dev=0.179
OP1 B 0, 0.102, 0.297, 0.493, 0.654 max_d=0.654 avg_d=0.297 std_dev=0.196
C2' A 0, 0.099, 0.310, 0.521, 0.604 max_d=0.604 avg_d=0.310 std_dev=0.211
P B 0, 0.184, 0.419, 0.655, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.419 std_dev=0.235
C4' A 0, 0.155, 0.546, 0.937, 0.978 max_d=0.978 avg_d=0.546 std_dev=0.391
C5' A 0, 0.133, 0.579, 1.026, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.579 std_dev=0.447
O2' A 0, 0.130, 0.666, 1.202, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.666 std_dev=0.536
OP2 B 0, 0.317, 0.912, 1.506, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.912 std_dev=0.594
O5' A 0, 0.251, 0.856, 1.461, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.856 std_dev=0.605
C3' A 0, 0.155, 0.815, 1.474, 1.640 max_d=1.640 avg_d=0.815 std_dev=0.660
OP1 A 0, 0.322, 1.331, 2.340, 2.574 max_d=2.574 avg_d=1.331 std_dev=1.009
P A 0, 0.321, 1.370, 2.420, 2.781 max_d=2.781 avg_d=1.370 std_dev=1.049
O5' B 0, 0.365, 1.466, 2.567, 2.818 max_d=2.818 avg_d=1.466 std_dev=1.101
O3' A 0, 0.184, 1.417, 2.650, 3.058 max_d=3.058 avg_d=1.417 std_dev=1.233
OP2 A 0, 0.330, 1.777, 3.225, 4.198 max_d=4.198 avg_d=1.777 std_dev=1.447
C5' B 0, 0.317, 2.021, 3.725, 4.318 max_d=4.318 avg_d=2.021 std_dev=1.704
C6 B 0, 0.477, 2.256, 4.036, 5.533 max_d=5.533 avg_d=2.256 std_dev=1.779
C5 B 0, -0.031, 1.966, 3.963, 6.243 max_d=6.243 avg_d=1.966 std_dev=1.997
O4' B 0, 0.755, 3.016, 5.278, 5.729 max_d=5.729 avg_d=3.016 std_dev=2.261
N1 B 0, 0.743, 3.095, 5.446, 6.404 max_d=6.404 avg_d=3.095 std_dev=2.351
C4' B 0, 0.399, 2.822, 5.245, 6.023 max_d=6.023 avg_d=2.822 std_dev=2.423
C4 B 0, -0.068, 2.471, 5.009, 7.892 max_d=7.892 avg_d=2.471 std_dev=2.539
C1' B 0, 0.794, 3.517, 6.240, 6.441 max_d=6.441 avg_d=3.517 std_dev=2.723
N3 B 0, 0.428, 3.235, 6.042, 8.648 max_d=8.648 avg_d=3.235 std_dev=2.807
C3' B 0, 0.483, 3.335, 6.187, 6.816 max_d=6.816 avg_d=3.335 std_dev=2.852
C2 B 0, 0.762, 3.615, 6.469, 8.028 max_d=8.028 avg_d=3.615 std_dev=2.853
O4 B 0, -0.370, 2.525, 5.420, 8.828 max_d=8.828 avg_d=2.525 std_dev=2.895
C2' B 0, 0.644, 3.952, 7.260, 7.777 max_d=7.777 avg_d=3.952 std_dev=3.308
O2 B 0, 0.926, 4.395, 7.865, 8.915 max_d=8.915 avg_d=4.395 std_dev=3.470
O3' B 0, 0.365, 3.902, 7.438, 8.336 max_d=8.336 avg_d=3.902 std_dev=3.537
O2' B 0, 0.638, 4.673, 8.708, 9.635 max_d=9.635 avg_d=4.673 std_dev=4.035

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.08 0.03 0.01 0.02 0.07 0.01 0.26 0.02 0.01 0.17 0.14 0.21 0.17
C2 0.03 0.00 0.10 0.23 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.01 0.00 0.01 0.24 0.10 0.01 0.08 0.31 0.18 0.51 0.40
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.03 0.13 0.18 0.16 0.02 0.05 0.19 0.00 0.05 0.04 0.02 0.55 0.59 0.67 0.57
C3' 0.02 0.23 0.01 0.00 0.42 0.01 0.48 0.03 0.44 0.27 0.32 0.14 0.05 0.01 0.44 0.02 0.32 0.33 0.38 0.30
C4 0.02 0.01 0.04 0.42 0.00 0.14 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.29 0.01 0.03 0.47 0.31 0.91 0.63
C4' 0.00 0.07 0.03 0.01 0.14 0.00 0.20 0.01 0.20 0.10 0.09 0.05 0.37 0.02 0.15 0.01 0.02 0.06 0.06 0.04
C5 0.03 0.03 0.13 0.48 0.01 0.20 0.00 0.12 0.00 0.02 0.02 0.04 0.36 0.45 0.01 0.04 0.47 0.26 0.90 0.60
C5' 0.08 0.05 0.18 0.03 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.03 0.05 0.08 0.19 0.22 0.08 0.02 0.01 0.19 0.04 0.01
C6 0.03 0.03 0.16 0.44 0.01 0.20 0.00 0.12 0.00 0.02 0.02 0.05 0.30 0.38 0.01 0.07 0.39 0.16 0.65 0.44
N1 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.10 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.21 0.08 0.02 0.01 0.28 0.12 0.44 0.33
N3 0.02 0.00 0.05 0.32 0.01 0.09 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.31 0.08 0.01 0.07 0.41 0.26 0.73 0.54
O2 0.07 0.01 0.19 0.14 0.02 0.05 0.04 0.08 0.05 0.03 0.01 0.00 0.20 0.30 0.01 0.12 0.26 0.17 0.39 0.34
O2' 0.01 0.24 0.00 0.05 0.36 0.37 0.36 0.19 0.30 0.21 0.31 0.20 0.00 0.09 0.40 0.26 0.28 0.43 0.49 0.34
O3' 0.26 0.10 0.05 0.01 0.29 0.02 0.45 0.22 0.38 0.08 0.08 0.30 0.09 0.00 0.34 0.17 0.23 0.22 0.36 0.19
O4 0.02 0.01 0.04 0.44 0.01 0.15 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.40 0.34 0.00 0.04 0.52 0.37 1.05 0.72
O4' 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.12 0.26 0.17 0.04 0.00 0.11 0.14 0.16 0.11
O5' 0.17 0.31 0.55 0.32 0.47 0.02 0.47 0.01 0.39 0.28 0.41 0.26 0.28 0.23 0.52 0.11 0.00 0.05 0.03 0.01
OP1 0.14 0.18 0.59 0.33 0.31 0.06 0.26 0.19 0.16 0.12 0.26 0.17 0.43 0.22 0.37 0.14 0.05 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.51 0.67 0.38 0.91 0.06 0.90 0.04 0.65 0.44 0.73 0.39 0.49 0.36 1.05 0.16 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.40 0.57 0.30 0.63 0.04 0.60 0.01 0.44 0.33 0.54 0.34 0.34 0.19 0.72 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.24 0.82 1.43 1.36 0.52 1.36 0.51 1.12 0.56 0.83 0.58 1.04 1.73 1.65 0.60 1.23 0.63 0.13 0.20 0.18
C2 0.78 0.40 0.91 0.93 0.29 0.92 0.31 0.86 0.26 0.45 0.23 0.56 1.03 1.13 0.43 0.83 0.48 0.08 0.15 0.16
C2' 1.40 1.01 1.70 1.61 0.68 1.51 0.63 1.16 0.67 0.98 0.78 1.27 2.08 2.00 0.75 1.31 0.68 0.27 0.24 0.08
C3' 1.17 0.84 1.43 1.31 0.59 1.19 0.57 0.85 0.52 0.79 0.64 1.11 1.80 1.66 0.69 1.06 0.43 0.41 0.33 0.09
C4 0.44 0.43 0.68 0.77 0.42 0.47 0.40 0.40 0.34 0.38 0.41 0.49 0.59 0.98 0.47 0.32 0.33 0.11 0.05 0.09
C4' 1.14 0.76 1.36 1.28 0.48 1.20 0.48 0.95 0.48 0.75 0.53 1.01 1.66 1.60 0.58 1.09 0.52 0.16 0.20 0.12
C5 0.35 0.31 0.69 0.81 0.38 0.45 0.39 0.40 0.27 0.27 0.31 0.39 0.63 1.11 0.45 0.18 0.35 0.08 0.03 0.11
C5' 0.98 0.62 1.27 1.23 0.32 1.06 0.34 0.87 0.34 0.61 0.38 0.87 1.49 1.58 0.44 0.89 0.49 0.09 0.15 0.12
C6 0.57 0.33 0.90 0.99 0.35 0.73 0.38 0.65 0.24 0.33 0.26 0.48 0.96 1.32 0.46 0.48 0.44 0.07 0.05 0.14
N1 0.86 0.51 1.08 1.10 0.37 1.01 0.39 0.90 0.35 0.53 0.34 0.68 1.24 1.38 0.48 0.86 0.53 0.08 0.12 0.17
N3 0.40 0.21 0.61 0.70 0.29 0.48 0.29 0.51 0.12 0.20 0.19 0.31 0.55 0.88 0.41 0.37 0.32 0.07 0.09 0.09
O2 1.06 0.61 1.08 1.02 0.35 1.17 0.35 1.07 0.44 0.68 0.38 0.79 1.28 1.14 0.46 1.18 0.58 0.11 0.24 0.22
O2' 2.36 1.87 2.69 2.52 1.14 2.44 1.04 1.94 1.36 1.84 1.51 2.21 3.16 2.90 0.99 2.22 1.37 0.36 0.40 0.62
O3' 1.68 1.37 1.88 1.68 0.90 1.61 0.81 1.22 0.94 1.30 1.13 1.66 2.28 1.97 0.86 1.54 0.78 0.20 0.19 0.27
O4 0.87 0.81 1.01 1.02 0.61 0.88 0.56 0.68 0.62 0.77 0.72 0.91 1.03 1.18 0.59 0.79 0.46 0.16 0.12 0.11
O4' 1.12 0.70 1.30 1.25 0.41 1.22 0.43 1.02 0.46 0.72 0.46 0.93 1.56 1.54 0.52 1.12 0.58 0.11 0.17 0.23
O5' 0.97 0.70 1.17 1.11 0.55 1.00 0.60 0.84 0.58 0.70 0.55 0.88 1.39 1.42 0.59 0.93 0.55 0.40 0.36 0.43
OP1 0.98 0.74 1.34 1.27 0.37 0.99 0.39 0.75 0.42 0.68 0.51 1.00 1.55 1.64 0.37 0.80 0.45 0.23 0.20 0.20
OP2 0.86 0.71 0.90 0.87 0.74 0.90 0.84 0.87 0.82 0.76 0.67 0.75 1.05 1.08 0.73 0.95 0.80 0.83 0.70 0.81
P 0.87 0.66 1.05 0.98 0.60 0.88 0.67 0.75 0.62 0.66 0.56 0.81 1.25 1.27 0.62 0.84 0.57 0.56 0.50 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.11 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.01 0.16 0.24 0.04 0.16
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.13 0.01 0.36 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.07 0.01 0.05 0.14 0.25 0.13 0.24
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.06 0.09 0.03 0.06 0.15 0.01 0.03 0.07 0.04 0.06 0.15 0.22 0.11
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.22 0.01 0.28 0.03 0.26 0.14 0.15 0.11 0.03 0.01 0.23 0.02 0.08 0.11 0.36 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.26 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.24 0.00 0.06 0.17 0.40 0.21 0.39
C4' 0.01 0.13 0.01 0.01 0.26 0.00 0.31 0.02 0.29 0.16 0.19 0.06 0.08 0.03 0.27 0.00 0.04 0.18 0.15 0.08
C5 0.03 0.01 0.08 0.28 0.01 0.31 0.00 0.60 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.32 0.02 0.07 0.16 0.37 0.13 0.36
C5' 0.11 0.36 0.06 0.03 0.57 0.02 0.60 0.00 0.53 0.35 0.47 0.27 0.09 0.06 0.59 0.03 0.02 0.22 0.14 0.05
C6 0.03 0.01 0.09 0.26 0.01 0.29 0.00 0.53 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.28 0.01 0.07 0.09 0.25 0.04 0.23
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.01 0.16 0.01 0.35 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.11 0.01 0.04 0.11 0.22 0.05 0.18
N3 0.01 0.00 0.06 0.15 0.01 0.19 0.01 0.47 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.12 0.01 0.05 0.15 0.32 0.19 0.32
O2 0.03 0.01 0.15 0.11 0.01 0.06 0.02 0.27 0.02 0.01 0.01 0.00 0.26 0.14 0.02 0.06 0.16 0.23 0.13 0.21
O2' 0.05 0.16 0.01 0.03 0.07 0.08 0.06 0.09 0.08 0.05 0.14 0.26 0.00 0.05 0.09 0.13 0.11 0.20 0.26 0.16
O3' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.24 0.03 0.32 0.06 0.28 0.11 0.12 0.14 0.05 0.00 0.26 0.03 0.26 0.16 0.60 0.32
O4 0.02 0.01 0.07 0.23 0.00 0.27 0.02 0.59 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.26 0.00 0.06 0.19 0.47 0.26 0.45
O4' 0.01 0.05 0.04 0.02 0.06 0.00 0.07 0.03 0.07 0.04 0.05 0.06 0.13 0.03 0.06 0.00 0.23 0.35 0.22 0.28
O5' 0.16 0.14 0.06 0.08 0.17 0.04 0.16 0.02 0.09 0.11 0.15 0.16 0.11 0.26 0.19 0.23 0.00 0.06 0.05 0.02
OP1 0.24 0.25 0.15 0.11 0.40 0.18 0.37 0.22 0.25 0.22 0.32 0.23 0.20 0.16 0.47 0.35 0.06 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.13 0.22 0.36 0.21 0.15 0.13 0.14 0.04 0.05 0.19 0.13 0.26 0.60 0.26 0.22 0.05 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.24 0.11 0.17 0.39 0.08 0.36 0.05 0.23 0.18 0.32 0.21 0.16 0.32 0.45 0.28 0.02 0.01 0.01 0.00