ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48837

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, -0.001, 0.007, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.001, 0.011, 0.021, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.011 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.007, 0.030, 0.053, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.030 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.020, 0.067, 0.113, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.067 std_dev=0.047
O2' A 0, 0.044, 0.127, 0.211, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.127 std_dev=0.084
C2' A 0, 0.033, 0.131, 0.228, 0.309 max_d=0.309 avg_d=0.131 std_dev=0.097
O4' A 0, 0.028, 0.136, 0.244, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.136 std_dev=0.108
C3' A 0, 0.053, 0.221, 0.388, 0.546 max_d=0.546 avg_d=0.221 std_dev=0.168
C4' A 0, 0.038, 0.213, 0.387, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.213 std_dev=0.174
OP2 A 0, 0.171, 0.424, 0.677, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.424 std_dev=0.253
C5' A 0, 0.098, 0.356, 0.613, 0.839 max_d=0.839 avg_d=0.356 std_dev=0.257
O5' A 0, 0.110, 0.374, 0.638, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.374 std_dev=0.264
O3' A 0, 0.048, 0.325, 0.603, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.325 std_dev=0.278
P A 0, 0.160, 0.442, 0.723, 0.874 max_d=0.874 avg_d=0.442 std_dev=0.281
P B 0, 0.219, 0.550, 0.881, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.550 std_dev=0.331
OP1 A 0, 0.235, 0.578, 0.922, 0.968 max_d=0.968 avg_d=0.578 std_dev=0.343
C3' B 0, 0.397, 0.761, 1.125, 1.140 max_d=1.140 avg_d=0.761 std_dev=0.364
OP1 B 0, 0.232, 0.608, 0.984, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.608 std_dev=0.376
OP2 B 0, 0.216, 0.669, 1.122, 1.173 max_d=1.173 avg_d=0.669 std_dev=0.453
O5' B 0, 0.235, 0.727, 1.220, 1.587 max_d=1.587 avg_d=0.727 std_dev=0.493
C4' B 0, 0.321, 0.814, 1.307, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.814 std_dev=0.493
O3' B 0, 0.406, 0.995, 1.584, 1.984 max_d=1.984 avg_d=0.995 std_dev=0.589
C5' B 0, 0.138, 0.856, 1.574, 2.331 max_d=2.331 avg_d=0.856 std_dev=0.718
O2' B 0, 0.484, 1.260, 2.035, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.260 std_dev=0.776
C2' B 0, 0.385, 1.221, 2.057, 2.806 max_d=2.806 avg_d=1.221 std_dev=0.836
O4' B 0, 0.102, 1.160, 2.219, 3.376 max_d=3.376 avg_d=1.160 std_dev=1.058
C1' B 0, 0.115, 1.407, 2.699, 4.130 max_d=4.130 avg_d=1.407 std_dev=1.292
N1 B 0, -0.067, 1.728, 3.523, 5.608 max_d=5.608 avg_d=1.728 std_dev=1.795
O2 B 0, 0.038, 1.938, 3.837, 6.010 max_d=6.010 avg_d=1.938 std_dev=1.899
C6 B 0, -0.212, 1.856, 3.924, 6.367 max_d=6.367 avg_d=1.856 std_dev=2.068
C2 B 0, -0.106, 1.976, 4.058, 6.485 max_d=6.485 avg_d=1.976 std_dev=2.082
C5 B 0, -0.384, 2.177, 4.738, 7.792 max_d=7.792 avg_d=2.177 std_dev=2.561
N3 B 0, -0.326, 2.327, 4.981, 8.123 max_d=8.123 avg_d=2.327 std_dev=2.653
C4 B 0, -0.465, 2.432, 5.329, 8.785 max_d=8.785 avg_d=2.432 std_dev=2.897
O4 B 0, -0.646, 2.767, 6.180, 10.268 max_d=10.268 avg_d=2.767 std_dev=3.413

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.09 0.11 0.09
C2 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.09 0.01 0.05 0.13 0.15 0.21 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.11 0.01 0.02 0.05 0.00 0.06 0.11 0.12 0.08
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.08 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.08 0.10 0.00 0.00 0.10 0.01 0.03 0.11 0.08 0.06
C4 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.00 0.02 0.16 0.21 0.28 0.22
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.15 0.21 0.27 0.21
C5' 0.03 0.07 0.01 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.07 0.06 0.09 0.05 0.04 0.02 0.10 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.13 0.17 0.21 0.17
N1 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.14 0.18 0.15
N3 0.01 0.00 0.05 0.08 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.11 0.02 0.05 0.15 0.19 0.25 0.20
O2 0.01 0.00 0.11 0.10 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.12 0.03 0.06 0.11 0.12 0.19 0.14
O2' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.01 0.03 0.08 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.07 0.07 0.03
O3' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.10 0.01 0.07 0.02 0.05 0.04 0.11 0.12 0.02 0.00 0.14 0.01 0.05 0.11 0.09 0.07
O4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.03 0.04 0.14 0.00 0.02 0.15 0.22 0.28 0.23
O4' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.05 0.08 0.06
O5' 0.08 0.13 0.06 0.03 0.16 0.02 0.15 0.01 0.13 0.12 0.15 0.11 0.02 0.05 0.15 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.09 0.15 0.11 0.11 0.21 0.06 0.21 0.04 0.17 0.14 0.19 0.12 0.07 0.11 0.22 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.21 0.12 0.08 0.28 0.03 0.27 0.02 0.21 0.18 0.25 0.19 0.07 0.09 0.28 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.16 0.08 0.06 0.22 0.02 0.21 0.01 0.17 0.15 0.20 0.14 0.03 0.07 0.23 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 0.61 0.39 0.15 1.14 0.12 1.29 0.20 1.03 0.71 0.81 0.42 0.33 0.06 1.31 0.35 0.21 0.19 0.12 0.09
C2 0.32 0.38 0.32 0.18 0.74 0.11 0.92 0.20 0.74 0.47 0.49 0.27 0.26 0.11 0.83 0.20 0.17 0.19 0.13 0.08
C2' 0.40 0.38 0.22 0.04 0.85 0.08 1.07 0.15 0.86 0.53 0.52 0.23 0.21 0.18 0.97 0.33 0.19 0.26 0.09 0.08
C3' 0.34 0.32 0.21 0.05 0.74 0.06 0.93 0.16 0.75 0.46 0.44 0.20 0.19 0.14 0.85 0.26 0.15 0.31 0.09 0.09
C4 0.14 0.22 0.20 0.24 0.20 0.13 0.26 0.15 0.20 0.16 0.22 0.28 0.16 0.31 0.21 0.20 0.14 0.19 0.21 0.09
C4' 0.51 0.62 0.39 0.15 1.13 0.12 1.24 0.20 0.99 0.70 0.81 0.42 0.34 0.07 1.32 0.35 0.20 0.22 0.12 0.09
C5 0.15 0.21 0.23 0.22 0.30 0.12 0.39 0.15 0.31 0.20 0.23 0.26 0.18 0.26 0.33 0.16 0.14 0.19 0.20 0.10
C5' 0.50 0.62 0.44 0.23 1.09 0.14 1.18 0.17 0.95 0.69 0.80 0.44 0.38 0.09 1.26 0.33 0.22 0.20 0.17 0.13
C6 0.25 0.30 0.29 0.20 0.57 0.11 0.70 0.16 0.56 0.36 0.39 0.25 0.23 0.16 0.65 0.16 0.15 0.19 0.18 0.10
N1 0.35 0.42 0.33 0.18 0.81 0.11 0.96 0.19 0.77 0.51 0.55 0.30 0.27 0.09 0.92 0.22 0.17 0.19 0.15 0.09
N3 0.16 0.21 0.24 0.21 0.36 0.12 0.50 0.18 0.40 0.23 0.24 0.24 0.19 0.23 0.40 0.14 0.14 0.20 0.18 0.08
O2 0.46 0.53 0.38 0.17 1.03 0.11 1.24 0.22 1.00 0.66 0.70 0.35 0.31 0.05 1.13 0.31 0.22 0.16 0.08 0.07
O2' 0.57 0.59 0.29 0.05 1.17 0.14 1.38 0.16 1.12 0.75 0.78 0.36 0.30 0.26 1.35 0.49 0.26 0.21 0.09 0.08
O3' 0.31 0.25 0.14 0.09 0.64 0.06 0.86 0.16 0.70 0.40 0.35 0.19 0.15 0.24 0.74 0.27 0.15 0.36 0.09 0.11
O4 0.22 0.32 0.18 0.28 0.28 0.14 0.20 0.13 0.18 0.24 0.34 0.36 0.15 0.45 0.30 0.31 0.15 0.16 0.24 0.10
O4' 0.58 0.76 0.49 0.24 1.31 0.15 1.39 0.22 1.11 0.82 0.98 0.56 0.41 0.09 1.51 0.38 0.23 0.16 0.14 0.11
O5' 0.43 0.49 0.44 0.30 0.86 0.15 0.97 0.09 0.80 0.57 0.62 0.34 0.38 0.22 0.97 0.28 0.24 0.21 0.24 0.18
OP1 0.41 0.45 0.43 0.31 0.79 0.16 0.90 0.07 0.75 0.54 0.57 0.32 0.37 0.24 0.89 0.27 0.24 0.24 0.26 0.21
OP2 0.33 0.34 0.44 0.40 0.57 0.19 0.68 0.11 0.58 0.41 0.41 0.24 0.37 0.41 0.63 0.20 0.24 0.28 0.30 0.27
P 0.40 0.47 0.46 0.35 0.79 0.15 0.89 0.06 0.73 0.54 0.58 0.33 0.38 0.30 0.90 0.24 0.22 0.24 0.26 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.49 0.06 0.31
C2 0.03 0.00 0.08 0.23 0.01 0.15 0.01 0.24 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.23 0.01 0.04 0.09 0.77 0.19 0.53
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.00 0.13 0.04 0.05 0.18 0.00 0.01 0.05 0.01 0.19 0.13 0.10 0.10
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.07 0.00 0.18 0.01 0.22 0.04 0.18 0.41 0.02 0.01 0.07 0.01 0.30 0.29 0.13 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.15 0.92 0.21 0.44
C4' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.04 0.00 0.13 0.01 0.16 0.02 0.12 0.24 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.10 0.15 0.10
C5 0.02 0.01 0.11 0.18 0.01 0.13 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.20 0.01 0.07 0.27 0.86 0.36 0.28
C5' 0.01 0.24 0.00 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.20 0.05 0.23 0.36 0.03 0.01 0.10 0.01 0.01 0.27 0.24 0.02
C6 0.02 0.03 0.13 0.22 0.02 0.16 0.00 0.20 0.00 0.01 0.02 0.04 0.06 0.22 0.02 0.09 0.26 0.74 0.29 0.25
N1 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.09 0.68 0.10 0.39
N3 0.03 0.01 0.05 0.18 0.00 0.12 0.01 0.23 0.02 0.02 0.00 0.00 0.05 0.19 0.00 0.03 0.09 0.88 0.19 0.55
O2 0.06 0.01 0.18 0.41 0.01 0.24 0.02 0.36 0.04 0.04 0.00 0.00 0.05 0.43 0.00 0.06 0.15 0.71 0.30 0.58
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.06 0.04 0.05 0.05 0.00 0.02 0.06 0.02 0.10 0.16 0.05 0.10
O3' 0.01 0.23 0.01 0.01 0.08 0.00 0.20 0.01 0.22 0.04 0.19 0.43 0.02 0.00 0.09 0.01 0.33 0.61 0.16 0.22
O4 0.03 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.01 0.10 0.02 0.02 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.04 0.15 0.96 0.24 0.45
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.09 0.01 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.00 0.14 0.50 0.15 0.33
O5' 0.04 0.09 0.19 0.30 0.15 0.01 0.27 0.01 0.26 0.09 0.09 0.15 0.10 0.33 0.15 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.49 0.77 0.13 0.29 0.92 0.10 0.86 0.27 0.74 0.68 0.88 0.71 0.16 0.61 0.96 0.50 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.19 0.10 0.13 0.21 0.15 0.36 0.24 0.29 0.10 0.19 0.30 0.05 0.16 0.24 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.31 0.53 0.10 0.08 0.44 0.10 0.28 0.02 0.25 0.39 0.55 0.58 0.10 0.22 0.45 0.33 0.00 0.00 0.00 0.00