ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48838

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N3 A 0, -0.001, 0.007, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.007 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.002, 0.013, 0.023, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.001, 0.013, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.003, 0.030, 0.057, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.030 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.001, 0.029, 0.057, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.029 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.011, 0.060, 0.108, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.060 std_dev=0.049
C2' A 0, 0.002, 0.051, 0.100, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.051 std_dev=0.049
O2' A 0, 0.045, 0.096, 0.146, 0.134 max_d=0.134 avg_d=0.096 std_dev=0.050
C4' A 0, 0.003, 0.107, 0.211, 0.302 max_d=0.302 avg_d=0.107 std_dev=0.104
C3' A 0, 0.007, 0.116, 0.226, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.116 std_dev=0.109
P B 0, 0.086, 0.215, 0.343, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.215 std_dev=0.128
O5' A 0, 0.020, 0.159, 0.299, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.159 std_dev=0.139
O3' A 0, 0.006, 0.151, 0.295, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.151 std_dev=0.145
C5' A 0, 0.005, 0.157, 0.310, 0.438 max_d=0.438 avg_d=0.157 std_dev=0.153
P A 0, 0.035, 0.211, 0.388, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.211 std_dev=0.177
OP1 A 0, 0.057, 0.250, 0.442, 0.541 max_d=0.541 avg_d=0.250 std_dev=0.192
OP2 A 0, 0.048, 0.247, 0.446, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.247 std_dev=0.199
OP1 B 0, 0.059, 0.318, 0.576, 0.727 max_d=0.727 avg_d=0.318 std_dev=0.259
C6 B 0, 0.121, 0.384, 0.648, 0.769 max_d=0.769 avg_d=0.384 std_dev=0.263
O5' B 0, 0.089, 0.366, 0.644, 0.837 max_d=0.837 avg_d=0.366 std_dev=0.278
OP2 B 0, 0.040, 0.437, 0.834, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.437 std_dev=0.397
N1 B 0, -0.006, 0.767, 1.539, 2.208 max_d=2.208 avg_d=0.767 std_dev=0.772
C5 B 0, -0.090, 0.879, 1.848, 2.726 max_d=2.726 avg_d=0.879 std_dev=0.969
C5' B 0, -0.360, 0.867, 2.095, 3.303 max_d=3.303 avg_d=0.867 std_dev=1.227
C2 B 0, -0.177, 1.063, 2.302, 3.452 max_d=3.452 avg_d=1.063 std_dev=1.239
N3 B 0, -0.172, 1.121, 2.415, 3.597 max_d=3.597 avg_d=1.121 std_dev=1.293
C4 B 0, -0.240, 1.159, 2.559, 3.864 max_d=3.864 avg_d=1.159 std_dev=1.399
O4' B 0, -0.381, 1.082, 2.546, 3.973 max_d=3.973 avg_d=1.082 std_dev=1.463
C1' B 0, -0.405, 1.190, 2.785, 4.336 max_d=4.336 avg_d=1.190 std_dev=1.595
C4' B 0, -0.633, 1.265, 3.163, 5.040 max_d=5.040 avg_d=1.265 std_dev=1.898
O2 B 0, -0.504, 1.476, 3.457, 5.376 max_d=5.376 avg_d=1.476 std_dev=1.981
O4 B 0, -0.596, 1.626, 3.849, 5.999 max_d=5.999 avg_d=1.626 std_dev=2.223
C3' B 0, -0.896, 1.486, 3.868, 6.235 max_d=6.235 avg_d=1.486 std_dev=2.382
C2' B 0, -0.855, 1.607, 4.069, 6.507 max_d=6.507 avg_d=1.607 std_dev=2.462
O2' B 0, -1.170, 2.101, 5.373, 8.617 max_d=8.617 avg_d=2.101 std_dev=3.271
O3' B 0, -1.298, 2.000, 5.298, 8.583 max_d=8.583 avg_d=2.000 std_dev=3.298

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.07 0.07 0.07
C2 0.02 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.13 0.14 0.17 0.16
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.04 0.04 0.08 0.07 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
C4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.00 0.01 0.16 0.19 0.22 0.20
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
C5 0.01 0.01 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.16 0.20 0.22 0.20
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.05 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.15 0.16 0.16 0.17
N1 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.11 0.12 0.13 0.14
N3 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.15 0.17 0.20 0.18
O2 0.03 0.00 0.06 0.07 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.02 0.12 0.13 0.16 0.15
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.08 0.07 0.02 0.00 0.09 0.00 0.04 0.08 0.05 0.06
O4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.01 0.16 0.21 0.24 0.21
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.01 0.00 0.05 0.07 0.04 0.06
O5' 0.06 0.13 0.02 0.01 0.16 0.01 0.16 0.01 0.15 0.11 0.15 0.12 0.03 0.04 0.16 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.14 0.03 0.03 0.19 0.03 0.20 0.05 0.16 0.12 0.17 0.13 0.03 0.08 0.21 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.17 0.02 0.01 0.22 0.01 0.22 0.01 0.16 0.13 0.20 0.16 0.03 0.05 0.24 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.02 0.01 0.20 0.02 0.20 0.01 0.17 0.14 0.18 0.15 0.04 0.06 0.21 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.20 0.68 0.23 0.39 0.95 0.28 0.47 0.19 0.12 0.24 1.00 0.75 0.10 0.48 1.24 0.54 0.06 0.15 0.45 0.13
C2 0.23 0.57 0.12 0.25 0.87 0.34 0.48 0.24 0.14 0.21 0.86 0.59 0.21 0.27 1.10 0.54 0.07 0.13 0.50 0.16
C2' 0.29 0.72 0.20 0.35 1.06 0.37 0.51 0.26 0.12 0.24 1.09 0.79 0.21 0.43 1.42 0.65 0.04 0.15 0.38 0.09
C3' 0.46 0.62 0.12 0.14 1.09 0.56 0.56 0.40 0.13 0.19 1.06 0.64 0.48 0.16 1.51 0.81 0.08 0.15 0.38 0.08
C4 0.59 0.30 0.51 0.42 0.90 0.84 0.65 0.61 0.19 0.15 0.68 0.25 0.90 0.58 1.21 0.83 0.07 0.04 0.47 0.16
C4' 0.33 0.65 0.11 0.26 1.03 0.42 0.52 0.28 0.13 0.20 1.03 0.70 0.30 0.32 1.39 0.67 0.04 0.14 0.45 0.11
C5 0.60 0.35 0.50 0.38 1.00 0.84 0.70 0.59 0.20 0.15 0.77 0.28 0.92 0.55 1.36 0.85 0.07 0.04 0.48 0.17
C5' 0.46 0.56 0.13 0.08 1.02 0.57 0.55 0.39 0.14 0.17 0.97 0.57 0.52 0.09 1.41 0.77 0.05 0.16 0.45 0.09
C6 0.47 0.47 0.27 0.13 1.02 0.66 0.65 0.46 0.18 0.16 0.88 0.42 0.66 0.21 1.38 0.76 0.05 0.05 0.49 0.16
N1 0.31 0.57 0.08 0.17 0.96 0.43 0.54 0.30 0.15 0.20 0.92 0.58 0.34 0.17 1.26 0.62 0.06 0.11 0.49 0.15
N3 0.39 0.41 0.20 0.09 0.84 0.56 0.54 0.41 0.16 0.15 0.73 0.37 0.51 0.15 1.09 0.66 0.05 0.07 0.50 0.17
O2 0.07 0.68 0.40 0.56 0.78 0.07 0.36 0.07 0.11 0.29 0.89 0.78 0.17 0.67 0.95 0.36 0.11 0.19 0.48 0.14
O2' 0.11 0.88 0.47 0.65 1.07 0.13 0.47 0.09 0.13 0.34 1.21 1.03 0.17 0.80 1.39 0.48 0.08 0.14 0.39 0.12
O3' 0.49 0.65 0.13 0.16 1.15 0.58 0.57 0.41 0.13 0.19 1.12 0.69 0.50 0.19 1.62 0.85 0.09 0.15 0.34 0.06
O4 0.73 0.21 0.78 0.72 0.83 1.05 0.68 0.77 0.19 0.21 0.54 0.29 1.18 0.97 1.15 0.92 0.10 0.09 0.42 0.15
O4' 0.22 0.65 0.19 0.35 0.94 0.30 0.48 0.20 0.13 0.23 0.98 0.71 0.15 0.42 1.24 0.55 0.08 0.13 0.49 0.14
O5' 0.65 0.44 0.40 0.23 1.02 0.80 0.58 0.57 0.17 0.22 0.88 0.41 0.84 0.30 1.43 0.93 0.14 0.19 0.38 0.05
OP1 0.76 0.43 0.56 0.39 1.09 0.94 0.65 0.67 0.21 0.27 0.90 0.39 1.06 0.51 1.56 1.03 0.18 0.19 0.37 0.06
OP2 0.91 0.33 0.82 0.68 0.97 1.14 0.62 0.83 0.21 0.35 0.72 0.36 1.34 0.88 1.41 1.14 0.25 0.21 0.32 0.07
P 0.76 0.37 0.58 0.43 0.99 0.95 0.59 0.69 0.18 0.26 0.81 0.34 1.06 0.55 1.42 1.02 0.19 0.21 0.35 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.04 0.00 0.06 0.19 0.14 0.10
C2 0.04 0.00 0.10 0.11 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.14 0.02 0.04 0.11 0.36 0.19 0.27
C2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.12 0.00 0.09 0.03 0.07 0.06 0.12 0.11 0.01 0.03 0.15 0.00 0.06 0.14 0.45 0.19
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.15 0.01 0.13 0.03 0.10 0.08 0.14 0.11 0.01 0.02 0.21 0.02 0.06 0.13 0.63 0.27
C4 0.03 0.01 0.12 0.15 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.11 0.19 0.00 0.03 0.12 0.64 0.27 0.20
C4' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.08 0.00 0.06 0.01 0.05 0.04 0.08 0.09 0.02 0.02 0.12 0.01 0.03 0.41 0.35 0.04
C5 0.02 0.01 0.09 0.13 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.16 0.00 0.02 0.12 0.50 0.46 0.05
C5' 0.03 0.09 0.03 0.03 0.12 0.01 0.10 0.00 0.08 0.06 0.11 0.10 0.00 0.03 0.16 0.03 0.01 0.41 0.34 0.02
C6 0.01 0.02 0.07 0.10 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.12 0.01 0.01 0.10 0.24 0.33 0.09
N1 0.01 0.02 0.06 0.08 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.09 0.03 0.01 0.09 0.20 0.09 0.13
N3 0.04 0.01 0.12 0.14 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.00 0.01 0.13 0.18 0.01 0.04 0.11 0.55 0.14 0.29
O2 0.06 0.01 0.11 0.11 0.01 0.09 0.02 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.15 0.14 0.02 0.06 0.12 0.33 0.35 0.32
O2' 0.01 0.11 0.01 0.01 0.11 0.02 0.06 0.00 0.04 0.05 0.13 0.15 0.00 0.03 0.13 0.03 0.04 0.28 0.45 0.12
O3' 0.04 0.14 0.03 0.02 0.19 0.02 0.16 0.03 0.12 0.09 0.18 0.14 0.03 0.00 0.25 0.03 0.06 0.20 0.81 0.29
O4 0.04 0.02 0.15 0.21 0.00 0.12 0.00 0.16 0.01 0.03 0.01 0.02 0.13 0.25 0.00 0.04 0.16 0.73 0.36 0.18
O4' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.03 0.04 0.00 0.05 0.39 0.05 0.20
O5' 0.06 0.11 0.06 0.06 0.12 0.03 0.12 0.01 0.10 0.09 0.11 0.12 0.04 0.06 0.16 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.36 0.14 0.13 0.64 0.41 0.50 0.41 0.24 0.20 0.55 0.33 0.28 0.20 0.73 0.39 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.19 0.45 0.63 0.27 0.35 0.46 0.34 0.33 0.09 0.14 0.35 0.45 0.81 0.36 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.27 0.19 0.27 0.20 0.04 0.05 0.02 0.09 0.13 0.29 0.32 0.12 0.29 0.18 0.20 0.00 0.00 0.01 0.00