ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48839

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, -0.001, 0.005, 0.011, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.005 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, -0.001, 0.006, 0.012, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, -0.003, 0.008, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.011
N1 A 0, -0.003, 0.008, 0.020, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.008 std_dev=0.011
O4 A 0, -0.006, 0.015, 0.036, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.015 std_dev=0.021
P B 0, 0.038, 0.213, 0.387, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.213 std_dev=0.175
OP2 B 0, 0.035, 0.437, 0.838, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.437 std_dev=0.402
OP1 B 0, -0.067, 0.453, 0.972, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.453 std_dev=0.519
O4' A 0, -0.253, 0.309, 0.870, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.309 std_dev=0.561
C2' A 0, -0.288, 0.347, 0.983, 1.617 max_d=1.617 avg_d=0.347 std_dev=0.635
C3' A 0, -0.309, 0.361, 1.031, 1.700 max_d=1.700 avg_d=0.361 std_dev=0.670
C4' A 0, -0.297, 0.382, 1.060, 1.737 max_d=1.737 avg_d=0.382 std_dev=0.679
O3' A 0, -0.348, 0.368, 1.085, 1.801 max_d=1.801 avg_d=0.368 std_dev=0.716
C5' A 0, -0.447, 0.588, 1.623, 2.655 max_d=2.655 avg_d=0.588 std_dev=1.035
O2' A 0, -0.476, 0.585, 1.647, 2.707 max_d=2.707 avg_d=0.585 std_dev=1.062
O5' B 0, -0.431, 0.722, 1.875, 3.015 max_d=3.015 avg_d=0.722 std_dev=1.153
O5' A 0, -0.508, 0.725, 1.958, 3.184 max_d=3.184 avg_d=0.725 std_dev=1.233
OP2 A 0, -0.536, 0.801, 2.138, 3.467 max_d=3.467 avg_d=0.801 std_dev=1.337
O4 B 0, -0.483, 0.967, 2.418, 3.835 max_d=3.835 avg_d=0.967 std_dev=1.451
C5' B 0, -0.598, 0.876, 2.350, 3.814 max_d=3.814 avg_d=0.876 std_dev=1.474
C5 B 0, -0.506, 0.989, 2.485, 3.948 max_d=3.948 avg_d=0.989 std_dev=1.496
C4 B 0, -0.570, 1.005, 2.580, 4.131 max_d=4.131 avg_d=1.005 std_dev=1.575
P A 0, -0.676, 0.976, 2.628, 4.271 max_d=4.271 avg_d=0.976 std_dev=1.652
C6 B 0, -0.625, 1.047, 2.719, 4.370 max_d=4.370 avg_d=1.047 std_dev=1.672
N3 B 0, -0.818, 1.145, 3.108, 5.061 max_d=5.061 avg_d=1.145 std_dev=1.963
O4' B 0, -0.873, 1.097, 3.067, 5.033 max_d=5.033 avg_d=1.097 std_dev=1.970
OP1 A 0, -0.818, 1.194, 3.207, 5.208 max_d=5.208 avg_d=1.194 std_dev=2.012
N1 B 0, -0.898, 1.203, 3.304, 5.397 max_d=5.397 avg_d=1.203 std_dev=2.101
C4' B 0, -1.020, 1.159, 3.339, 5.517 max_d=5.517 avg_d=1.159 std_dev=2.180
C2 B 0, -1.024, 1.284, 3.593, 5.896 max_d=5.896 avg_d=1.284 std_dev=2.308
C1' B 0, -1.068, 1.328, 3.723, 6.114 max_d=6.114 avg_d=1.328 std_dev=2.395
C2' B 0, -1.281, 1.520, 4.322, 7.120 max_d=7.120 avg_d=1.520 std_dev=2.801
O2 B 0, -1.306, 1.501, 4.309, 7.114 max_d=7.114 avg_d=1.501 std_dev=2.808
C3' B 0, -1.395, 1.538, 4.472, 7.404 max_d=7.404 avg_d=1.538 std_dev=2.934
O2' B 0, -1.474, 1.760, 4.994, 8.224 max_d=8.224 avg_d=1.760 std_dev=3.234
O3' B 0, -1.804, 2.050, 5.904, 9.757 max_d=9.757 avg_d=2.050 std_dev=3.854

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.27 0.03 0.00 0.09 0.13 0.38 0.16
C2 0.01 0.00 0.13 0.02 0.00 0.16 0.01 0.35 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.24 0.02 0.24 0.52 0.27 0.80 0.67
C2' 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.22 0.16 0.00 0.09 0.22 0.00 0.03 0.02 0.01 0.18 0.04 0.69 0.29
C3' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.00 0.14 0.02 0.14 0.07 0.05 0.05 0.01 0.00 0.10 0.02 0.01 0.16 0.41 0.03
C4 0.02 0.00 0.02 0.10 0.00 0.05 0.00 0.26 0.02 0.02 0.00 0.00 0.21 0.11 0.01 0.05 0.46 0.13 1.01 0.69
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.05 0.00 0.08 0.00 0.12 0.01 0.14 0.28 0.19 0.02 0.07 0.01 0.01 0.11 0.20 0.01
C5 0.01 0.01 0.12 0.14 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.43 0.04 0.01 0.12 0.24 0.22 0.89 0.44
C5' 0.09 0.35 0.22 0.02 0.26 0.00 0.09 0.00 0.03 0.17 0.36 0.45 0.01 0.17 0.29 0.00 0.00 0.16 0.34 0.01
C6 0.01 0.00 0.16 0.14 0.02 0.12 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.46 0.05 0.02 0.18 0.12 0.31 0.72 0.28
N1 0.01 0.01 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.02 0.11 0.17 0.02 0.02 0.26 0.08 0.66 0.39
N3 0.01 0.00 0.09 0.05 0.00 0.14 0.00 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.19 0.02 0.19 0.58 0.30 0.96 0.78
O2 0.01 0.00 0.22 0.05 0.00 0.28 0.00 0.45 0.01 0.02 0.00 0.00 0.44 0.33 0.01 0.41 0.63 0.47 0.73 0.74
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.21 0.19 0.43 0.01 0.46 0.11 0.05 0.44 0.00 0.02 0.22 0.11 0.12 0.16 0.42 0.05
O3' 0.27 0.24 0.03 0.00 0.11 0.02 0.04 0.17 0.05 0.17 0.19 0.33 0.02 0.00 0.11 0.20 0.14 0.31 0.12 0.21
O4 0.03 0.02 0.02 0.10 0.01 0.07 0.01 0.29 0.02 0.02 0.02 0.01 0.22 0.11 0.00 0.07 0.52 0.18 1.10 0.78
O4' 0.00 0.24 0.01 0.02 0.05 0.01 0.12 0.00 0.18 0.02 0.19 0.41 0.11 0.20 0.07 0.00 0.06 0.19 0.18 0.07
O5' 0.09 0.52 0.18 0.01 0.46 0.01 0.24 0.00 0.12 0.26 0.58 0.63 0.12 0.14 0.52 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.13 0.27 0.04 0.16 0.13 0.11 0.22 0.16 0.31 0.08 0.30 0.47 0.16 0.31 0.18 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.38 0.80 0.69 0.41 1.01 0.20 0.89 0.34 0.72 0.66 0.96 0.73 0.42 0.12 1.10 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.67 0.29 0.03 0.69 0.01 0.44 0.01 0.28 0.39 0.78 0.74 0.05 0.21 0.78 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 0.72 0.50 0.55 0.78 0.58 0.79 0.70 0.76 0.71 0.75 0.69 0.76 0.75 0.79 0.64 0.18 0.34 0.34 0.11
C2 0.36 0.54 0.21 0.24 0.71 0.24 0.73 0.43 0.65 0.53 0.62 0.48 0.42 0.29 0.76 0.37 0.02 0.32 0.35 0.10
C2' 0.57 0.61 0.49 0.56 0.61 0.56 0.62 0.65 0.63 0.61 0.61 0.62 0.80 0.81 0.60 0.58 0.06 0.18 0.13 0.13
C3' 0.98 1.00 0.93 0.97 0.96 0.98 0.96 1.03 0.99 1.00 0.98 1.03 1.28 1.27 0.93 0.98 0.39 0.49 0.35 0.21
C4 0.33 0.04 0.49 0.57 0.43 0.54 0.47 0.18 0.26 0.06 0.21 0.16 0.33 0.76 0.57 0.33 0.52 0.31 0.27 0.04
C4' 1.28 1.31 1.15 1.15 1.23 1.25 1.20 1.25 1.24 1.29 1.28 1.35 1.50 1.44 1.20 1.31 0.62 0.82 0.65 0.48
C5 0.26 0.05 0.42 0.51 0.45 0.43 0.49 0.06 0.30 0.07 0.24 0.12 0.26 0.68 0.58 0.23 0.44 0.34 0.30 0.05
C5' 1.46 1.52 1.26 1.17 1.44 1.38 1.40 1.36 1.42 1.48 1.50 1.57 1.63 1.38 1.42 1.52 0.74 1.17 0.92 0.73
C6 0.08 0.27 0.12 0.17 0.57 0.09 0.60 0.20 0.46 0.28 0.42 0.16 0.08 0.23 0.66 0.11 0.23 0.36 0.34 0.07
N1 0.34 0.51 0.19 0.19 0.69 0.24 0.71 0.45 0.63 0.51 0.60 0.44 0.41 0.26 0.74 0.37 0.03 0.36 0.36 0.10
N3 0.07 0.27 0.16 0.18 0.58 0.20 0.60 0.07 0.45 0.26 0.42 0.17 0.03 0.27 0.67 0.08 0.32 0.31 0.31 0.06
O2 0.67 0.78 0.55 0.66 0.82 0.61 0.83 0.74 0.82 0.77 0.80 0.76 0.76 0.80 0.83 0.67 0.28 0.28 0.32 0.13
O2' 0.31 0.35 0.24 0.37 0.34 0.32 0.34 0.38 0.35 0.35 0.34 0.36 0.52 0.68 0.33 0.31 0.14 0.26 0.20 0.40
O3' 1.39 1.40 1.41 1.49 1.32 1.42 1.33 1.43 1.37 1.40 1.36 1.42 1.75 1.87 1.29 1.36 0.81 0.70 0.59 0.49
O4 0.62 0.24 0.77 0.87 0.31 0.86 0.36 0.42 0.12 0.26 0.05 0.44 0.65 1.16 0.49 0.63 0.68 0.28 0.22 0.04
O4' 1.10 1.18 0.94 0.94 1.20 1.06 1.19 1.15 1.19 1.17 1.20 1.18 1.23 1.13 1.20 1.15 0.58 0.84 0.74 0.53
O5' 1.77 1.84 1.48 1.34 1.72 1.65 1.64 1.56 1.68 1.78 1.81 1.92 1.85 1.52 1.69 1.86 0.98 1.51 1.21 1.02
OP1 1.85 1.96 1.55 1.26 1.81 1.61 1.70 1.46 1.72 1.85 1.92 2.07 2.00 1.37 1.80 1.90 0.86 1.65 1.13 1.02
OP2 1.36 1.53 0.86 0.64 1.50 1.15 1.40 1.11 1.38 1.43 1.55 1.58 1.15 0.69 1.52 1.54 0.72 1.56 1.38 1.02
P 1.94 2.06 1.55 1.31 1.94 1.72 1.83 1.60 1.85 1.96 2.04 2.15 1.92 1.41 1.93 2.04 1.07 1.83 1.45 1.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.02 0.27 0.01 0.00 0.23 0.45 0.23 0.39
C2 0.03 0.00 0.07 0.12 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.21 0.02 0.03 0.45 0.56 0.40 0.63
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.19 0.07 0.01 0.04 0.14 0.00 0.02 0.01 0.02 0.16 0.14 0.13 0.17
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.24 0.00 0.28 0.01 0.25 0.15 0.17 0.07 0.02 0.00 0.25 0.01 0.25 0.25 0.25 0.26
C4 0.00 0.01 0.01 0.24 0.00 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.04 0.00 0.02 0.60 0.31 0.50 0.68
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.06 0.06 0.05 0.22 0.01 0.08 0.01 0.00 0.21 0.10 0.11
C5 0.02 0.01 0.06 0.28 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.28 0.14 0.00 0.03 0.63 0.19 0.51 0.66
C5' 0.05 0.03 0.19 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.04 0.02 0.16 0.04 0.00 0.00 0.06 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.25 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.23 0.11 0.00 0.03 0.59 0.28 0.45 0.62
N1 0.00 0.01 0.01 0.15 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.17 0.11 0.01 0.00 0.45 0.47 0.37 0.57
N3 0.01 0.00 0.04 0.17 0.01 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.12 0.02 0.02 0.52 0.48 0.45 0.68
O2 0.07 0.00 0.14 0.07 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.00 0.00 0.12 0.35 0.02 0.06 0.38 0.66 0.37 0.61
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.30 0.22 0.28 0.02 0.23 0.17 0.26 0.12 0.00 0.03 0.32 0.16 0.26 0.30 0.27 0.29
O3' 0.27 0.21 0.02 0.00 0.04 0.01 0.14 0.16 0.11 0.11 0.12 0.35 0.03 0.00 0.06 0.19 0.22 0.22 0.21 0.22
O4 0.01 0.02 0.01 0.25 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.32 0.06 0.00 0.01 0.62 0.26 0.52 0.69
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.06 0.16 0.19 0.01 0.00 0.11 0.45 0.16 0.30
O5' 0.23 0.45 0.16 0.25 0.60 0.00 0.63 0.00 0.59 0.45 0.52 0.38 0.26 0.22 0.62 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.45 0.56 0.14 0.25 0.31 0.21 0.19 0.06 0.28 0.47 0.48 0.66 0.30 0.22 0.26 0.45 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.23 0.40 0.13 0.25 0.50 0.10 0.51 0.20 0.45 0.37 0.45 0.37 0.27 0.21 0.52 0.16 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.39 0.63 0.17 0.26 0.68 0.11 0.66 0.02 0.62 0.57 0.68 0.61 0.29 0.22 0.69 0.30 0.01 0.00 0.00 0.00