ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48840

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.002, 0.011, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.026, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.008, 0.018, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.018, 0.042, 0.067, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.042 std_dev=0.025
O4 A 0, -0.003, 0.033, 0.068, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.033 std_dev=0.035
O4' A 0, 0.045, 0.184, 0.323, 0.403 max_d=0.403 avg_d=0.184 std_dev=0.139
C2' A 0, 0.074, 0.230, 0.385, 0.466 max_d=0.466 avg_d=0.230 std_dev=0.156
OP1 B 0, 0.179, 0.378, 0.576, 0.528 max_d=0.528 avg_d=0.378 std_dev=0.198
O2' A 0, 0.107, 0.306, 0.505, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.306 std_dev=0.199
O5' A 0, 0.174, 0.376, 0.579, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.376 std_dev=0.203
C4' A 0, 0.096, 0.300, 0.505, 0.614 max_d=0.614 avg_d=0.300 std_dev=0.204
C3' A 0, 0.108, 0.348, 0.587, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.348 std_dev=0.239
O3' A 0, 0.152, 0.484, 0.815, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.484 std_dev=0.332
C5' A 0, 0.167, 0.524, 0.880, 1.056 max_d=1.056 avg_d=0.524 std_dev=0.357
P A 0, 0.375, 0.767, 1.159, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.767 std_dev=0.392
OP2 B 0, -0.013, 0.467, 0.946, 1.139 max_d=1.139 avg_d=0.467 std_dev=0.480
OP2 A 0, 0.474, 0.963, 1.451, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.963 std_dev=0.489
P B 0, 0.092, 0.592, 1.093, 1.462 max_d=1.462 avg_d=0.592 std_dev=0.500
OP1 A 0, 0.507, 1.059, 1.612, 1.571 max_d=1.571 avg_d=1.059 std_dev=0.552
C5' B 0, 0.290, 1.180, 2.071, 2.766 max_d=2.766 avg_d=1.180 std_dev=0.891
O5' B 0, 0.018, 1.123, 2.228, 3.227 max_d=3.227 avg_d=1.123 std_dev=1.105
C4' B 0, -0.125, 1.432, 2.990, 4.065 max_d=4.065 avg_d=1.432 std_dev=1.558
O3' B 0, 0.058, 1.815, 3.572, 5.132 max_d=5.132 avg_d=1.815 std_dev=1.757
C3' B 0, -0.055, 1.804, 3.664, 4.992 max_d=4.992 avg_d=1.804 std_dev=1.860
O4' B 0, -0.094, 1.920, 3.933, 4.778 max_d=4.778 avg_d=1.920 std_dev=2.014
C6 B 0, -0.340, 2.261, 4.861, 5.700 max_d=5.700 avg_d=2.261 std_dev=2.600
C2' B 0, 0.017, 2.618, 5.218, 6.179 max_d=6.179 avg_d=2.618 std_dev=2.600
C1' B 0, -0.112, 2.560, 5.233, 5.855 max_d=5.855 avg_d=2.560 std_dev=2.672
O2' B 0, 0.158, 3.032, 5.907, 6.697 max_d=6.697 avg_d=3.032 std_dev=2.874
N1 B 0, -0.167, 2.717, 5.601, 6.656 max_d=6.656 avg_d=2.717 std_dev=2.884
C5 B 0, -0.517, 2.507, 5.531, 7.232 max_d=7.232 avg_d=2.507 std_dev=3.024
C2 B 0, 0.034, 3.539, 7.044, 8.994 max_d=8.994 avg_d=3.539 std_dev=3.505
C4 B 0, -0.484, 3.215, 6.913, 9.486 max_d=9.486 avg_d=3.215 std_dev=3.699
N3 B 0, -0.123, 3.709, 7.541, 10.105 max_d=10.105 avg_d=3.709 std_dev=3.832
O2 B 0, 0.280, 4.133, 7.985, 10.208 max_d=10.208 avg_d=4.133 std_dev=3.852
O4 B 0, -0.650, 3.514, 7.679, 11.044 max_d=11.044 avg_d=3.514 std_dev=4.165

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.05 0.11
C2 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.01 0.01 0.06 0.09 0.17 0.10
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.17 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.08 0.13 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.12 0.01 0.13 0.03 0.04 0.14 0.01 0.00 0.07 0.01 0.09 0.15 0.17 0.10
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.02 0.17 0.22 0.32 0.22
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.10 0.00 0.09 0.03 0.02 0.07 0.02 0.01 0.07 0.00 0.01 0.06 0.02 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.12 0.01 0.10 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.01 0.02 0.19 0.23 0.30 0.22
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.13 0.05 0.07 0.04 0.03 0.03 0.14 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.00 0.09 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.01 0.14 0.15 0.18 0.14
N1 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.09 0.12 0.09
N3 0.02 0.00 0.07 0.04 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.05 0.01 0.01 0.11 0.15 0.25 0.15
O2 0.04 0.00 0.17 0.14 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.16 0.01 0.01 0.03 0.09 0.13 0.09
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.01 0.09 0.18 0.00 0.03 0.05 0.02 0.04 0.06 0.09 0.04
O3' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.05 0.01 0.12 0.03 0.13 0.02 0.05 0.16 0.03 0.00 0.06 0.01 0.09 0.21 0.20 0.13
O4 0.01 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.02 0.19 0.28 0.38 0.26
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.08 0.18 0.11 0.18
O5' 0.02 0.06 0.05 0.09 0.17 0.01 0.19 0.01 0.14 0.06 0.11 0.03 0.04 0.09 0.19 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.10 0.09 0.08 0.15 0.22 0.06 0.23 0.03 0.15 0.09 0.15 0.09 0.06 0.21 0.28 0.18 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.05 0.17 0.13 0.17 0.32 0.02 0.30 0.02 0.18 0.12 0.25 0.13 0.09 0.20 0.38 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.10 0.05 0.10 0.22 0.06 0.22 0.01 0.14 0.09 0.15 0.09 0.04 0.13 0.26 0.18 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.96 1.89 0.89 0.53 2.61 0.10 2.19 0.31 1.61 1.50 2.38 1.79 0.58 0.23 3.08 0.51 0.42 0.02 0.07 0.18
C2 0.64 1.39 0.63 0.42 2.02 0.04 1.81 0.33 1.32 1.13 1.78 1.24 0.30 0.20 2.34 0.27 0.39 0.03 0.08 0.16
C2' 0.90 1.77 0.82 0.49 2.41 0.13 2.00 0.32 1.47 1.39 2.21 1.69 0.56 0.26 2.86 0.47 0.38 0.10 0.03 0.23
C3' 0.84 1.72 0.78 0.48 2.38 0.13 1.97 0.33 1.43 1.34 2.17 1.63 0.51 0.25 2.84 0.40 0.33 0.07 0.04 0.18
C4 0.10 0.78 0.26 0.26 1.50 0.31 1.39 0.37 0.91 0.62 1.19 0.57 0.29 0.22 1.82 0.23 0.40 0.09 0.18 0.18
C4' 0.97 1.96 0.91 0.54 2.67 0.10 2.18 0.31 1.60 1.53 2.47 1.87 0.60 0.24 3.20 0.49 0.38 0.04 0.02 0.16
C5 0.26 1.05 0.38 0.31 1.83 0.26 1.64 0.37 1.10 0.82 1.51 0.84 0.21 0.23 2.22 0.12 0.40 0.09 0.16 0.16
C5' 0.88 1.89 0.86 0.52 2.64 0.06 2.16 0.34 1.57 1.46 2.42 1.78 0.52 0.23 3.18 0.40 0.35 0.11 0.05 0.11
C6 0.52 1.39 0.57 0.39 2.17 0.13 1.89 0.36 1.32 1.09 1.87 1.21 0.20 0.20 2.59 0.12 0.40 0.05 0.08 0.14
N1 0.70 1.56 0.69 0.45 2.28 0.03 1.99 0.33 1.42 1.25 2.02 1.41 0.34 0.19 2.69 0.29 0.40 0.03 0.04 0.15
N3 0.30 0.96 0.38 0.30 1.59 0.19 1.47 0.36 1.02 0.78 1.32 0.78 0.11 0.16 1.87 0.06 0.39 0.04 0.04 0.15
O2 0.85 1.57 0.79 0.52 2.11 0.14 1.90 0.28 1.44 1.31 1.92 1.46 0.52 0.31 2.38 0.50 0.39 0.07 0.19 0.20
O2' 1.09 2.00 0.96 0.54 2.56 0.20 2.06 0.30 1.55 1.56 2.44 1.97 0.76 0.29 3.03 0.66 0.44 0.14 0.08 0.29
O3' 0.89 1.74 0.83 0.50 2.32 0.18 1.88 0.33 1.39 1.35 2.17 1.69 0.60 0.31 2.77 0.44 0.31 0.12 0.05 0.21
O4 0.20 0.41 0.21 0.23 1.14 0.45 1.10 0.38 0.66 0.31 0.80 0.18 0.54 0.30 1.43 0.47 0.41 0.13 0.30 0.23
O4' 0.99 2.00 0.95 0.57 2.75 0.10 2.27 0.30 1.67 1.57 2.53 1.90 0.62 0.25 3.28 0.52 0.43 0.05 0.06 0.15
O5' 0.74 1.72 0.74 0.47 2.52 0.10 2.11 0.38 1.50 1.34 2.26 1.58 0.35 0.20 3.05 0.28 0.31 0.18 0.10 0.12
OP1 0.72 1.78 0.71 0.40 2.60 0.15 2.13 0.46 1.51 1.35 2.36 1.65 0.31 0.12 3.17 0.24 0.37 0.26 0.15 0.18
OP2 0.56 1.52 0.57 0.40 2.38 0.29 2.04 0.51 1.43 1.19 2.07 1.32 0.09 0.14 2.90 0.28 0.32 0.39 0.24 0.31
P 0.63 1.66 0.65 0.38 2.49 0.18 2.06 0.47 1.44 1.26 2.23 1.51 0.26 0.14 3.04 0.16 0.39 0.27 0.16 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.19 1.02 0.12 0.42
C2 0.01 0.00 0.09 0.17 0.01 0.11 0.02 0.25 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.15 0.01 0.02 0.35 0.83 0.40 0.20
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.03 0.11 0.02 0.07 0.16 0.00 0.02 0.05 0.01 0.29 0.77 0.16 0.30
C3' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.18 0.00 0.18 0.04 0.18 0.09 0.20 0.21 0.01 0.00 0.22 0.01 0.39 0.41 0.35 0.27
C4 0.02 0.01 0.04 0.18 0.00 0.16 0.00 0.36 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.19 0.00 0.02 0.46 0.40 0.87 0.14
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.16 0.00 0.15 0.00 0.12 0.08 0.15 0.10 0.03 0.04 0.19 0.00 0.01 0.61 0.20 0.31
C5 0.01 0.02 0.09 0.18 0.00 0.15 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.22 0.01 0.01 0.45 0.27 0.92 0.21
C5' 0.04 0.25 0.03 0.04 0.36 0.00 0.32 0.00 0.24 0.19 0.33 0.21 0.03 0.05 0.41 0.01 0.01 0.05 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.18 0.01 0.12 0.00 0.24 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.20 0.01 0.02 0.40 0.45 0.66 0.05
N1 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.08 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.01 0.33 0.77 0.38 0.19
N3 0.02 0.00 0.07 0.20 0.00 0.15 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.19 0.01 0.03 0.41 0.64 0.64 0.06
O2 0.01 0.00 0.16 0.21 0.01 0.10 0.02 0.21 0.02 0.01 0.01 0.00 0.13 0.21 0.01 0.03 0.30 1.02 0.22 0.34
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.03 0.07 0.02 0.05 0.13 0.00 0.04 0.01 0.06 0.08 1.05 0.23 0.50
O3' 0.01 0.15 0.02 0.00 0.19 0.04 0.22 0.05 0.20 0.08 0.19 0.21 0.04 0.00 0.24 0.03 0.30 0.33 0.35 0.29
O4 0.02 0.01 0.05 0.22 0.00 0.19 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.00 0.02 0.48 0.32 1.02 0.24
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.00 0.10 1.06 0.30 0.54
O5' 0.19 0.35 0.29 0.39 0.46 0.01 0.45 0.01 0.40 0.33 0.41 0.30 0.08 0.30 0.48 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 1.02 0.83 0.77 0.41 0.40 0.61 0.27 0.05 0.45 0.77 0.64 1.02 1.05 0.33 0.32 1.06 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.12 0.40 0.16 0.35 0.87 0.20 0.92 0.30 0.66 0.38 0.64 0.22 0.23 0.35 1.02 0.30 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.42 0.20 0.30 0.27 0.14 0.31 0.21 0.02 0.05 0.19 0.06 0.34 0.50 0.29 0.24 0.54 0.01 0.00 0.01 0.00