ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48841

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.025, 0.046, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.025 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.013, 0.047, 0.082, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.047 std_dev=0.035
C4 A 0, 0.014, 0.056, 0.099, 0.102 max_d=0.102 avg_d=0.056 std_dev=0.042
N1 A 0, 0.017, 0.060, 0.103, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.060 std_dev=0.043
O2 A 0, 0.011, 0.059, 0.107, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.059 std_dev=0.048
C1' A 0, 0.020, 0.072, 0.125, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.072 std_dev=0.053
O4 A 0, 0.032, 0.112, 0.192, 0.181 max_d=0.181 avg_d=0.112 std_dev=0.080
O4' A 0, 0.135, 0.465, 0.795, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.465 std_dev=0.330
OP1 B 0, 0.146, 0.499, 0.853, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.499 std_dev=0.354
C2' A 0, 0.160, 0.547, 0.934, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.547 std_dev=0.387
P B 0, 0.197, 0.700, 1.203, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.700 std_dev=0.503
C3' A 0, 0.235, 0.804, 1.372, 1.207 max_d=1.207 avg_d=0.804 std_dev=0.568
C4' A 0, 0.243, 0.831, 1.419, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.831 std_dev=0.588
O2' A 0, 0.252, 0.871, 1.490, 1.381 max_d=1.381 avg_d=0.871 std_dev=0.619
O3' A 0, 0.305, 1.042, 1.779, 1.563 max_d=1.563 avg_d=1.042 std_dev=0.737
OP2 B 0, 0.274, 1.055, 1.837, 1.866 max_d=1.866 avg_d=1.055 std_dev=0.781
C5' A 0, 0.441, 1.507, 2.573, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.507 std_dev=1.066
O5' B 0, 0.478, 1.654, 2.831, 2.633 max_d=2.633 avg_d=1.654 std_dev=1.176
N3 B 0, 0.479, 1.712, 2.946, 2.854 max_d=2.854 avg_d=1.712 std_dev=1.233
O5' A 0, 0.542, 1.853, 3.164, 2.841 max_d=2.841 avg_d=1.853 std_dev=1.311
C4 B 0, 0.541, 1.868, 3.194, 2.953 max_d=2.953 avg_d=1.868 std_dev=1.326
C6 B 0, 0.620, 2.115, 3.611, 3.174 max_d=3.174 avg_d=2.115 std_dev=1.496
C5 B 0, 0.672, 2.313, 3.953, 3.627 max_d=3.627 avg_d=2.313 std_dev=1.640
O4 B 0, 0.702, 2.457, 4.212, 3.986 max_d=3.986 avg_d=2.457 std_dev=1.755
N1 B 0, 0.741, 2.558, 4.374, 4.043 max_d=4.043 avg_d=2.558 std_dev=1.816
C2 B 0, 0.756, 2.658, 4.561, 4.349 max_d=4.349 avg_d=2.658 std_dev=1.903
C5' B 0, 0.923, 3.174, 5.426, 4.973 max_d=4.973 avg_d=3.174 std_dev=2.251
P A 0, 1.069, 3.649, 6.230, 5.514 max_d=5.514 avg_d=3.649 std_dev=2.581
O4' B 0, 1.074, 3.714, 6.355, 5.906 max_d=5.906 avg_d=3.714 std_dev=2.641
C1' B 0, 1.096, 3.764, 6.432, 5.868 max_d=5.868 avg_d=3.764 std_dev=2.668
O2 B 0, 1.090, 3.815, 6.539, 6.194 max_d=6.194 avg_d=3.815 std_dev=2.725
C2' B 0, 1.212, 4.140, 7.068, 6.272 max_d=6.272 avg_d=4.140 std_dev=2.928
C4' B 0, 1.256, 4.308, 7.360, 6.684 max_d=6.684 avg_d=4.308 std_dev=3.052
OP2 A 0, 1.268, 4.329, 7.391, 6.544 max_d=6.544 avg_d=4.329 std_dev=3.062
C3' B 0, 1.452, 4.962, 8.472, 7.569 max_d=7.569 avg_d=4.962 std_dev=3.510
OP1 A 0, 1.463, 4.998, 8.534, 7.598 max_d=7.598 avg_d=4.998 std_dev=3.535
O2' B 0, 1.630, 5.566, 9.502, 8.369 max_d=8.369 avg_d=5.566 std_dev=3.936
O3' B 0, 1.969, 6.726, 11.483, 10.227 max_d=10.227 avg_d=6.726 std_dev=4.757

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.04 0.03 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.07 0.01 0.06 0.19 0.89 0.39
C2 0.04 0.00 0.11 0.16 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.17 0.04 0.02 0.11 0.35 1.17 0.53
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.07 0.02 0.09 0.18 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.16 0.59 0.16
C3' 0.02 0.16 0.01 0.00 0.17 0.01 0.12 0.02 0.09 0.12 0.18 0.16 0.04 0.02 0.18 0.01 0.05 0.33 0.36 0.13
C4 0.06 0.02 0.04 0.17 0.00 0.13 0.01 0.23 0.03 0.04 0.01 0.02 0.09 0.19 0.01 0.09 0.10 0.25 1.07 0.43
C4' 0.00 0.05 0.02 0.01 0.13 0.00 0.13 0.01 0.13 0.07 0.09 0.02 0.13 0.03 0.13 0.01 0.04 0.12 0.42 0.13
C5 0.03 0.02 0.05 0.12 0.01 0.13 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.14 0.01 0.09 0.08 0.13 0.90 0.31
C5' 0.04 0.11 0.03 0.02 0.23 0.01 0.26 0.00 0.24 0.14 0.16 0.06 0.13 0.01 0.23 0.03 0.01 0.23 0.13 0.04
C6 0.03 0.01 0.07 0.09 0.03 0.13 0.00 0.24 0.00 0.00 0.03 0.00 0.11 0.11 0.03 0.10 0.06 0.07 0.84 0.28
N1 0.02 0.01 0.02 0.12 0.04 0.07 0.01 0.14 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.12 0.05 0.04 0.06 0.20 1.00 0.41
N3 0.05 0.01 0.09 0.18 0.01 0.09 0.01 0.16 0.03 0.03 0.00 0.02 0.05 0.19 0.03 0.06 0.12 0.35 1.18 0.53
O2 0.05 0.00 0.18 0.16 0.02 0.02 0.02 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.17 0.04 0.02 0.13 0.44 1.21 0.60
O2' 0.02 0.03 0.00 0.04 0.09 0.13 0.12 0.13 0.11 0.06 0.05 0.05 0.00 0.07 0.09 0.12 0.22 0.27 0.37 0.13
O3' 0.03 0.17 0.05 0.02 0.19 0.03 0.14 0.01 0.11 0.12 0.19 0.17 0.07 0.00 0.20 0.03 0.15 0.59 0.18 0.33
O4 0.07 0.04 0.04 0.18 0.01 0.13 0.01 0.23 0.03 0.05 0.03 0.04 0.09 0.20 0.00 0.09 0.12 0.28 1.10 0.46
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.09 0.03 0.10 0.04 0.06 0.02 0.12 0.03 0.09 0.00 0.09 0.23 0.85 0.41
O5' 0.06 0.11 0.03 0.05 0.10 0.04 0.08 0.01 0.06 0.06 0.12 0.13 0.22 0.15 0.12 0.09 0.00 0.01 0.03 0.02
OP1 0.19 0.35 0.16 0.33 0.25 0.12 0.13 0.23 0.07 0.20 0.35 0.44 0.27 0.59 0.28 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.89 1.17 0.59 0.36 1.07 0.42 0.90 0.13 0.84 1.00 1.18 1.21 0.37 0.18 1.10 0.85 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.39 0.53 0.16 0.13 0.43 0.13 0.31 0.04 0.28 0.41 0.53 0.60 0.13 0.33 0.46 0.41 0.02 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 0.31 0.51 1.02 0.68 1.15 0.84 0.94 0.44 0.20 0.23 0.73 0.45 1.38 0.95 0.87 0.38 0.08 0.14 0.03
C2 0.51 0.16 0.46 0.94 0.70 0.99 0.86 0.83 0.49 0.08 0.26 0.53 0.44 1.21 0.93 0.69 0.34 0.05 0.16 0.01
C2' 0.97 0.59 0.81 1.37 0.52 1.49 0.67 1.21 0.24 0.46 0.22 1.07 0.75 1.80 0.82 1.20 0.59 0.16 0.09 0.19
C3' 1.07 0.70 0.92 1.46 0.42 1.54 0.56 1.22 0.17 0.56 0.29 1.18 0.89 1.93 0.73 1.26 0.61 0.19 0.11 0.19
C4 0.49 0.12 0.65 1.01 0.62 0.78 0.74 0.53 0.39 0.09 0.24 0.42 0.79 1.26 0.84 0.47 0.30 0.11 0.27 0.08
C4' 0.74 0.42 0.56 1.07 0.62 1.19 0.77 0.93 0.37 0.29 0.21 0.87 0.51 1.49 0.90 0.95 0.35 0.06 0.18 0.03
C5 0.57 0.18 0.69 1.08 0.63 0.87 0.74 0.59 0.36 0.13 0.20 0.52 0.84 1.40 0.87 0.56 0.30 0.11 0.29 0.07
C5' 0.79 0.48 0.64 1.13 0.52 1.20 0.67 0.92 0.28 0.34 0.19 0.93 0.62 1.55 0.80 0.96 0.37 0.11 0.19 0.00
C6 0.61 0.23 0.65 1.09 0.65 0.99 0.79 0.72 0.39 0.15 0.20 0.61 0.73 1.44 0.92 0.68 0.32 0.09 0.24 0.02
N1 0.60 0.25 0.56 1.04 0.68 1.06 0.83 0.83 0.43 0.15 0.23 0.64 0.56 1.37 0.94 0.75 0.35 0.06 0.19 0.01
N3 0.46 0.09 0.53 0.94 0.66 0.85 0.80 0.67 0.46 0.04 0.26 0.42 0.58 1.17 0.88 0.54 0.32 0.07 0.20 0.05
O2 0.46 0.18 0.32 0.81 0.75 1.01 0.92 0.92 0.56 0.13 0.31 0.52 0.21 1.05 0.96 0.73 0.34 0.05 0.09 0.05
O2' 0.72 0.36 0.51 1.10 0.79 1.32 0.95 1.09 0.49 0.23 0.26 0.85 0.39 1.51 1.11 1.03 0.42 0.08 0.09 0.07
O3' 1.20 0.83 1.00 1.57 0.37 1.67 0.50 1.32 0.16 0.68 0.39 1.34 0.97 2.09 0.68 1.41 0.67 0.20 0.15 0.23
O4 0.46 0.12 0.70 0.97 0.57 0.63 0.65 0.38 0.35 0.13 0.25 0.35 0.90 1.16 0.77 0.35 0.29 0.17 0.28 0.11
O4' 0.57 0.28 0.43 0.91 0.69 1.02 0.85 0.80 0.48 0.17 0.25 0.69 0.38 1.27 0.95 0.77 0.27 0.04 0.24 0.08
O5' 0.47 0.27 0.29 0.73 0.73 0.83 0.91 0.58 0.55 0.15 0.28 0.68 0.26 1.13 0.97 0.65 0.11 0.15 0.49 0.33
OP1 0.14 0.11 0.09 0.30 0.87 0.39 1.08 0.10 0.78 0.25 0.40 0.41 0.09 0.74 1.07 0.26 0.45 0.59 0.98 0.83
OP2 0.77 0.96 1.00 0.57 1.80 0.43 2.02 0.68 1.71 1.16 1.31 0.52 1.03 0.15 2.00 0.59 1.23 1.36 1.72 1.57
P 0.07 0.28 0.27 0.16 1.11 0.29 1.32 0.07 1.00 0.45 0.62 0.25 0.31 0.58 1.33 0.15 0.54 0.71 1.05 0.90

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.07 0.19 0.02 0.08
C2 0.01 0.00 0.08 0.01 0.03 0.09 0.03 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00 0.16 0.06 0.04 0.13 0.08 0.40 0.02 0.11
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.02 0.03 0.10 0.09 0.01 0.02 0.08 0.02 0.06 0.16 0.17 0.06
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.08 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.06 0.01 0.03 0.12 0.08 0.04
C4 0.02 0.03 0.07 0.06 0.00 0.06 0.00 0.17 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.28 0.88 0.18 0.39
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.00 0.15 0.01 0.17 0.02 0.05 0.21 0.02 0.02 0.06 0.01 0.01 0.18 0.13 0.02
C5 0.03 0.03 0.04 0.09 0.00 0.15 0.00 0.30 0.01 0.02 0.01 0.03 0.12 0.02 0.02 0.10 0.39 1.01 0.25 0.50
C5' 0.03 0.06 0.03 0.02 0.17 0.01 0.30 0.00 0.30 0.09 0.04 0.21 0.03 0.01 0.18 0.02 0.00 0.23 0.26 0.01
C6 0.03 0.00 0.02 0.08 0.02 0.17 0.01 0.30 0.00 0.01 0.03 0.01 0.16 0.02 0.02 0.13 0.36 0.82 0.18 0.42
N1 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.15 0.47 0.04 0.19
N3 0.00 0.01 0.10 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.03 0.14 0.05 0.03 0.09 0.16 0.62 0.09 0.23
O2 0.04 0.00 0.09 0.05 0.04 0.21 0.03 0.21 0.01 0.02 0.03 0.00 0.27 0.09 0.06 0.24 0.06 0.17 0.09 0.03
O2' 0.01 0.16 0.01 0.02 0.02 0.02 0.12 0.03 0.16 0.01 0.14 0.27 0.00 0.08 0.03 0.02 0.04 0.16 0.30 0.04
O3' 0.04 0.06 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.09 0.08 0.00 0.05 0.02 0.03 0.18 0.08 0.04
O4 0.02 0.04 0.08 0.06 0.00 0.06 0.02 0.18 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.05 0.00 0.03 0.30 0.97 0.22 0.43
O4' 0.01 0.13 0.02 0.01 0.03 0.01 0.10 0.02 0.13 0.01 0.09 0.24 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.09 0.10 0.03
O5' 0.07 0.08 0.06 0.03 0.28 0.01 0.39 0.00 0.36 0.15 0.16 0.06 0.04 0.03 0.30 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.19 0.40 0.16 0.12 0.88 0.18 1.01 0.23 0.82 0.47 0.62 0.17 0.16 0.18 0.97 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.02 0.17 0.08 0.18 0.13 0.25 0.26 0.18 0.04 0.09 0.09 0.30 0.08 0.22 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.11 0.06 0.04 0.39 0.02 0.50 0.01 0.42 0.19 0.23 0.03 0.04 0.04 0.43 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00