ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48842

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C2' A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C6 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.000, 0.029, 0.058, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.000, 0.047, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.047 std_dev=0.047
O4' A 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
O2' A 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C3' A 0, 0.000, 0.157, 0.314, 0.314 max_d=0.314 avg_d=0.157 std_dev=0.157
C4' A 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
O5' A 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
O3' A 0, 0.000, 0.265, 0.530, 0.530 max_d=0.530 avg_d=0.265 std_dev=0.265
OP1 A 0, 0.000, 0.349, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.349 std_dev=0.349
P A 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
OP1 B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
C5' A 0, 0.000, 0.377, 0.755, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C5 B 0, 0.000, 0.467, 0.933, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.467 std_dev=0.467
C6 B 0, 0.000, 0.483, 0.967, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.483 std_dev=0.483
O5' B 0, 0.000, 0.485, 0.971, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.485 std_dev=0.485
P B 0, 0.000, 0.513, 1.025, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.513 std_dev=0.513
C4 B 0, 0.000, 0.554, 1.109, 1.109 max_d=1.109 avg_d=0.554 std_dev=0.554
OP2 A 0, 0.000, 0.561, 1.123, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.561 std_dev=0.561
O4 B 0, 0.000, 0.572, 1.145, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.572 std_dev=0.572
N1 B 0, 0.000, 0.581, 1.162, 1.162 max_d=1.162 avg_d=0.581 std_dev=0.581
C2' B 0, 0.000, 0.601, 1.201, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.601 std_dev=0.601
C5' B 0, 0.000, 0.617, 1.233, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.617 std_dev=0.617
O4' B 0, 0.000, 0.623, 1.246, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.623 std_dev=0.623
N3 B 0, 0.000, 0.632, 1.264, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.632 std_dev=0.632
C1' B 0, 0.000, 0.637, 1.274, 1.274 max_d=1.274 avg_d=0.637 std_dev=0.637
C3' B 0, 0.000, 0.649, 1.298, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.649 std_dev=0.649
C2 B 0, 0.000, 0.650, 1.299, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.650 std_dev=0.650
C4' B 0, 0.000, 0.662, 1.324, 1.324 max_d=1.324 avg_d=0.662 std_dev=0.662
O2' B 0, 0.000, 0.690, 1.379, 1.379 max_d=1.379 avg_d=0.690 std_dev=0.690
OP2 B 0, 0.000, 0.702, 1.404, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.702 std_dev=0.702
O2 B 0, 0.000, 0.727, 1.453, 1.453 max_d=1.453 avg_d=0.727 std_dev=0.727
O3' B 0, 0.000, 0.786, 1.572, 1.572 max_d=1.572 avg_d=0.786 std_dev=0.786

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.05 0.17 0.13 0.11
C2 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.01 0.04 0.16 0.14 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.14 0.07 0.07
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.01
C4 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.03 0.03 0.08 0.08 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.09 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03
C5 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.00 0.01 0.05 0.05 0.08 0.08 0.03
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.15 0.00 0.18 0.00 0.15 0.06 0.09 0.00 0.00 0.01 0.17 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00
C6 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.05 0.01 0.15 0.12 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.18 0.14 0.10
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.06
O2 0.02 0.00 0.01 0.06 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.03 0.06 0.17 0.14 0.10
O2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.04 0.16 0.05 0.07
O3' 0.02 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.11 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.08 0.02 0.00
O4 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.06 0.00
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.16 0.17 0.13
O5' 0.05 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.05 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.17 0.16 0.14 0.06 0.08 0.05 0.08 0.06 0.15 0.18 0.12 0.17 0.16 0.08 0.04 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.13 0.14 0.07 0.00 0.08 0.06 0.08 0.06 0.12 0.14 0.11 0.14 0.05 0.02 0.06 0.17 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.09 0.07 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.08 0.10 0.06 0.10 0.07 0.00 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.01 0.05 0.06 0.04 0.06 0.05 0.08 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.06 0.05 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02
C2 0.09 0.12 0.04 0.03 0.15 0.03 0.16 0.00 0.14 0.13 0.14 0.10 0.04 0.02 0.16 0.07 0.05 0.06 0.02 0.00
C2' 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.02
C3' 0.04 0.06 0.06 0.05 0.06 0.05 0.03 0.05 0.03 0.03 0.07 0.07 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.03 0.05 0.02
C4 0.06 0.08 0.03 0.04 0.10 0.04 0.10 0.03 0.09 0.08 0.09 0.06 0.01 0.04 0.10 0.05 0.07 0.08 0.13 0.09
C4' 0.09 0.10 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.09 0.09 0.10 0.10 0.10 0.11 0.10 0.10 0.04 0.07 0.01 0.04
C5 0.03 0.01 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.03 0.03 0.04 0.02 0.06 0.10 0.05
C5' 0.15 0.16 0.18 0.17 0.17 0.16 0.17 0.16 0.17 0.15 0.16 0.15 0.18 0.17 0.17 0.16 0.10 0.12 0.05 0.09
C6 0.06 0.03 0.08 0.07 0.00 0.08 0.00 0.08 0.03 0.03 0.02 0.05 0.09 0.07 0.02 0.07 0.02 0.00 0.05 0.01
N1 0.00 0.04 0.03 0.04 0.08 0.04 0.09 0.07 0.05 0.04 0.06 0.02 0.03 0.04 0.09 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01
N3 0.12 0.14 0.08 0.07 0.16 0.08 0.17 0.06 0.16 0.15 0.15 0.12 0.06 0.07 0.16 0.11 0.10 0.00 0.09 0.06
O2 0.14 0.17 0.08 0.06 0.19 0.07 0.20 0.03 0.19 0.18 0.18 0.15 0.09 0.05 0.18 0.13 0.07 0.11 0.03 0.03
O2' 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.01 0.07 0.05 0.03 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.09 0.03 0.12 0.08
O3' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.06
O4 0.08 0.09 0.06 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.08 0.03 0.09 0.10 0.08 0.10 0.16 0.18 0.14
O4' 0.09 0.06 0.11 0.12 0.02 0.13 0.03 0.15 0.06 0.07 0.04 0.08 0.10 0.13 0.00 0.12 0.07 0.08 0.06 0.07
O5' 0.07 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.09 0.08 0.09 0.07 0.09 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02
OP1 0.05 0.03 0.03 0.06 0.02 0.06 0.04 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.01 0.06 0.01 0.05 0.13 0.14 0.21 0.16
OP2 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.08 0.04 0.08 0.08 0.08 0.07 0.05 0.06 0.08 0.05 0.12 0.12 0.16 0.13
P 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.13 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.08 0.01 0.03
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.05 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.12 0.05 0.07
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.06 0.01
C5 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.12 0.08 0.08
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C6 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.10 0.06 0.07
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.02 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.09 0.01 0.04
O2 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.00
O2' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.09 0.03
O4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.12 0.06 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01
O5' 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.02 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.05 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.08 0.03 0.02 0.12 0.01 0.12 0.02 0.10 0.08 0.09 0.05 0.02 0.02 0.12 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.01 0.05 0.06 0.05 0.06 0.08 0.04 0.06 0.02 0.01 0.05 0.05 0.09 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01
P 0.01 0.03 0.02 0.02 0.07 0.01 0.08 0.01 0.07 0.04 0.04 0.00 0.03 0.03 0.07 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00