ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48847

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 15, 8, 9, 9, 4, 1, 2, 4, 5, 2, 1, 5, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.017, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.016, 0.029, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.016 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.030, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.031, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.017 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.003, 0.019, 0.035, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.019 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.001, 0.018, 0.036, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.010, 0.040, 0.071, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.040 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.031, 0.091, 0.152, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.091 std_dev=0.061
O2' A 0, 0.060, 0.166, 0.272, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.166 std_dev=0.106
C2' A 0, 0.022, 0.131, 0.241, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.131 std_dev=0.110
O4' A 0, -0.003, 0.125, 0.253, 0.543 max_d=0.543 avg_d=0.125 std_dev=0.128
C3' A 0, 0.013, 0.238, 0.462, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.238 std_dev=0.224
C4' A 0, -0.008, 0.219, 0.445, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.219 std_dev=0.227
C4 B 0, 0.161, 0.487, 0.813, 1.241 max_d=1.241 avg_d=0.487 std_dev=0.326
C5' A 0, -0.004, 0.325, 0.654, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.325 std_dev=0.329
C5 B 0, 0.087, 0.421, 0.755, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.421 std_dev=0.334
O3' A 0, 0.026, 0.380, 0.735, 1.508 max_d=1.508 avg_d=0.380 std_dev=0.355
O4 B 0, 0.212, 0.591, 0.970, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.591 std_dev=0.379
C6 B 0, 0.072, 0.456, 0.839, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.456 std_dev=0.384
N3 B 0, 0.157, 0.548, 0.940, 1.553 max_d=1.553 avg_d=0.548 std_dev=0.391
O4' B 0, 0.147, 0.541, 0.935, 1.668 max_d=1.668 avg_d=0.541 std_dev=0.394
N1 B 0, 0.094, 0.495, 0.897, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.495 std_dev=0.401
C2 B 0, 0.126, 0.538, 0.950, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.538 std_dev=0.412
O5' A 0, -0.031, 0.450, 0.930, 2.387 max_d=2.387 avg_d=0.450 std_dev=0.481
P A 0, -0.007, 0.476, 0.958, 2.564 max_d=2.564 avg_d=0.476 std_dev=0.482
C1' B 0, 0.108, 0.607, 1.105, 2.473 max_d=2.473 avg_d=0.607 std_dev=0.498
OP1 A 0, -0.009, 0.496, 1.001, 2.535 max_d=2.535 avg_d=0.496 std_dev=0.505
OP2 A 0, 0.041, 0.553, 1.066, 2.663 max_d=2.663 avg_d=0.553 std_dev=0.513
O2 B 0, 0.132, 0.646, 1.161, 2.218 max_d=2.218 avg_d=0.646 std_dev=0.514
C4' B 0, 0.132, 0.685, 1.238, 2.081 max_d=2.081 avg_d=0.685 std_dev=0.553
C5' B 0, 0.132, 0.794, 1.457, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.794 std_dev=0.662
O3' B 0, 0.170, 0.870, 1.569, 2.691 max_d=2.691 avg_d=0.870 std_dev=0.700
C3' B 0, 0.104, 0.807, 1.510, 2.594 max_d=2.594 avg_d=0.807 std_dev=0.703
C2' B 0, 0.066, 0.788, 1.511, 3.566 max_d=3.566 avg_d=0.788 std_dev=0.723
O2' B 0, 0.029, 1.002, 1.974, 4.789 max_d=4.789 avg_d=1.002 std_dev=0.972
O5' B 0, -0.112, 1.043, 2.199, 4.009 max_d=4.009 avg_d=1.043 std_dev=1.155
OP2 B 0, -0.085, 1.243, 2.570, 4.577 max_d=4.577 avg_d=1.243 std_dev=1.328
P B 0, -0.384, 1.276, 2.936, 5.507 max_d=5.507 avg_d=1.276 std_dev=1.660
OP1 B 0, -0.740, 1.740, 4.219, 7.709 max_d=7.709 avg_d=1.740 std_dev=2.479

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.11 0.10 0.09
C2 0.03 0.00 0.08 0.13 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.15 0.02 0.03 0.20 0.19 0.19 0.19
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.05 0.02 0.08 0.12 0.01 0.02 0.07 0.01 0.12 0.17 0.09 0.10
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.16 0.00 0.13 0.01 0.11 0.09 0.15 0.14 0.02 0.01 0.17 0.01 0.16 0.21 0.09 0.13
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.20 0.01 0.03 0.30 0.30 0.32 0.31
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.08 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.06 0.07 0.02 0.08 0.00 0.01 0.08 0.10 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.13 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.18 0.01 0.04 0.32 0.30 0.31 0.31
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.11 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.08 0.05 0.07 0.03 0.12 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.11 0.01 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.03 0.27 0.24 0.21 0.24
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.04 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.19 0.17 0.16 0.17
N3 0.02 0.01 0.08 0.15 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.19 0.02 0.03 0.25 0.24 0.26 0.25
O2 0.05 0.00 0.12 0.14 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.15 0.03 0.06 0.15 0.15 0.16 0.15
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.04 0.07 0.03 0.07 0.04 0.02 0.06 0.10 0.00 0.04 0.05 0.06 0.05 0.11 0.07 0.05
O3' 0.01 0.15 0.02 0.01 0.20 0.02 0.18 0.03 0.13 0.09 0.19 0.15 0.04 0.00 0.23 0.02 0.16 0.22 0.12 0.14
O4 0.03 0.02 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.12 0.02 0.02 0.02 0.03 0.05 0.23 0.00 0.04 0.32 0.33 0.37 0.34
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06 0.02 0.04 0.00 0.07 0.08 0.14 0.08
O5' 0.09 0.20 0.12 0.16 0.30 0.01 0.32 0.01 0.27 0.19 0.25 0.15 0.05 0.16 0.32 0.07 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.11 0.19 0.17 0.21 0.30 0.08 0.30 0.09 0.24 0.17 0.24 0.15 0.11 0.22 0.33 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.19 0.09 0.09 0.32 0.10 0.31 0.14 0.21 0.16 0.26 0.16 0.07 0.12 0.37 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.19 0.10 0.13 0.31 0.02 0.31 0.01 0.24 0.17 0.25 0.15 0.05 0.14 0.34 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.14 0.17 0.18 0.22 0.14 0.20 0.15 0.33 0.15 0.14 0.17 0.20 0.34 0.23 0.15 0.16 1.14 2.02 1.00 1.53
C2 0.14 0.15 0.18 0.21 0.13 0.19 0.16 0.32 0.15 0.14 0.15 0.17 0.33 0.22 0.14 0.15 1.11 1.95 0.95 1.47
C2' 0.19 0.20 0.20 0.23 0.19 0.26 0.20 0.40 0.20 0.19 0.20 0.22 0.30 0.23 0.19 0.23 1.22 2.21 1.05 1.63
C3' 0.25 0.24 0.26 0.26 0.24 0.32 0.26 0.47 0.26 0.24 0.25 0.25 0.36 0.25 0.25 0.30 1.32 2.33 1.15 1.75
C4 0.17 0.13 0.25 0.20 0.12 0.23 0.15 0.36 0.18 0.15 0.13 0.14 0.40 0.23 0.15 0.18 1.19 1.97 1.02 1.56
C4' 0.15 0.17 0.18 0.19 0.16 0.21 0.16 0.37 0.16 0.15 0.18 0.20 0.35 0.20 0.17 0.19 1.22 2.13 1.08 1.64
C5 0.18 0.13 0.27 0.21 0.12 0.24 0.16 0.37 0.18 0.16 0.13 0.13 0.43 0.23 0.14 0.18 1.21 2.00 1.07 1.60
C5' 0.16 0.16 0.21 0.16 0.15 0.21 0.17 0.36 0.17 0.15 0.17 0.18 0.40 0.17 0.17 0.19 1.22 2.11 1.10 1.65
C6 0.15 0.13 0.23 0.19 0.12 0.22 0.15 0.36 0.17 0.14 0.13 0.14 0.40 0.21 0.13 0.17 1.20 2.02 1.06 1.59
N1 0.14 0.14 0.18 0.20 0.13 0.20 0.15 0.34 0.15 0.13 0.15 0.16 0.35 0.21 0.13 0.15 1.16 2.00 1.01 1.54
N3 0.14 0.13 0.18 0.20 0.11 0.19 0.15 0.33 0.15 0.13 0.13 0.14 0.33 0.21 0.13 0.15 1.13 1.94 0.95 1.48
O2 0.17 0.18 0.20 0.25 0.16 0.20 0.18 0.31 0.17 0.17 0.18 0.21 0.33 0.26 0.17 0.17 1.05 1.90 0.89 1.40
O2' 0.18 0.20 0.19 0.26 0.17 0.24 0.19 0.38 0.18 0.18 0.20 0.24 0.27 0.25 0.17 0.21 1.15 2.15 1.01 1.56
O3' 0.31 0.29 0.30 0.32 0.30 0.41 0.32 0.56 0.32 0.30 0.30 0.30 0.35 0.30 0.30 0.38 1.39 2.49 1.22 1.84
O4 0.21 0.16 0.30 0.23 0.15 0.25 0.17 0.37 0.20 0.18 0.15 0.16 0.44 0.25 0.18 0.20 1.21 1.95 1.02 1.57
O4' 0.13 0.15 0.18 0.21 0.13 0.18 0.14 0.32 0.14 0.13 0.16 0.19 0.37 0.23 0.14 0.14 1.13 1.97 1.02 1.53
O5' 0.31 0.31 0.34 0.27 0.31 0.31 0.32 0.41 0.32 0.31 0.31 0.31 0.50 0.28 0.32 0.32 1.23 2.13 1.02 1.65
OP1 0.34 0.31 0.39 0.30 0.31 0.34 0.33 0.44 0.35 0.32 0.31 0.31 0.54 0.30 0.32 0.35 1.24 2.11 1.06 1.66
OP2 0.41 0.37 0.49 0.36 0.37 0.40 0.39 0.48 0.41 0.39 0.36 0.36 0.64 0.34 0.37 0.41 1.25 2.07 1.07 1.65
P 0.36 0.32 0.42 0.30 0.33 0.35 0.35 0.44 0.37 0.34 0.32 0.32 0.57 0.30 0.33 0.36 1.25 2.07 1.05 1.65

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.19 0.02 0.00 0.47 0.75 0.17 0.48
C2 0.02 0.00 0.12 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.17 0.02 0.11 0.62 1.21 0.32 0.75
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.05 0.02 0.08 0.14 0.11 0.02 0.09 0.19 0.00 0.03 0.05 0.01 0.56 0.54 0.29 0.49
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.16 0.01 0.15 0.01 0.12 0.09 0.14 0.10 0.02 0.01 0.17 0.01 0.18 0.25 0.17 0.11
C4 0.02 0.01 0.05 0.16 0.00 0.07 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.15 0.14 0.00 0.03 0.87 1.60 0.56 1.10
C4' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.11 0.04 0.06 0.12 0.12 0.02 0.08 0.00 0.01 0.28 0.17 0.06
C5 0.01 0.01 0.08 0.15 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.12 0.01 0.08 0.94 1.57 0.61 1.16
C5' 0.06 0.12 0.14 0.01 0.15 0.00 0.18 0.00 0.17 0.10 0.13 0.15 0.08 0.13 0.16 0.01 0.01 0.28 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.12 0.01 0.11 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.22 0.09 0.01 0.11 0.89 1.35 0.50 1.02
N1 0.01 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.02 0.09 0.13 0.02 0.01 0.69 1.13 0.33 0.77
N3 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.10 0.16 0.01 0.08 0.73 1.43 0.43 0.92
O2 0.04 0.01 0.19 0.10 0.02 0.12 0.01 0.15 0.01 0.02 0.02 0.00 0.22 0.24 0.02 0.19 0.47 1.04 0.24 0.58
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.15 0.12 0.23 0.08 0.22 0.09 0.10 0.22 0.00 0.05 0.16 0.08 0.49 0.42 0.32 0.46
O3' 0.19 0.17 0.03 0.01 0.14 0.02 0.12 0.13 0.09 0.13 0.16 0.24 0.05 0.00 0.15 0.13 0.16 0.34 0.26 0.19
O4 0.02 0.02 0.05 0.17 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.16 0.15 0.00 0.04 0.89 1.71 0.61 1.16
O4' 0.00 0.11 0.01 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.08 0.19 0.08 0.13 0.04 0.00 0.30 0.73 0.15 0.35
O5' 0.47 0.62 0.56 0.18 0.87 0.01 0.94 0.01 0.89 0.69 0.73 0.47 0.49 0.16 0.89 0.30 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.75 1.21 0.54 0.25 1.60 0.28 1.57 0.28 1.35 1.13 1.43 1.04 0.42 0.34 1.71 0.73 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.32 0.29 0.17 0.56 0.17 0.61 0.21 0.50 0.33 0.43 0.24 0.32 0.26 0.61 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.48 0.75 0.49 0.11 1.10 0.06 1.16 0.02 1.02 0.77 0.92 0.58 0.46 0.19 1.16 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00