ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48848

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 1, 13, 6, 1, 4, 2, 1, 2, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.011, 0.022, 0.034, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.012, 0.026, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.013, 0.027, 0.041, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.017, 0.046, 0.074, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.046 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.035, 0.085, 0.135, 0.234 max_d=0.234 avg_d=0.085 std_dev=0.050
C5 B 0, 0.202, 0.382, 0.562, 0.792 max_d=0.792 avg_d=0.382 std_dev=0.180
C6 B 0, 0.292, 0.502, 0.713, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.502 std_dev=0.211
C4 B 0, 0.187, 0.421, 0.656, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.421 std_dev=0.234
O4 B 0, 0.283, 0.520, 0.757, 1.039 max_d=1.039 avg_d=0.520 std_dev=0.237
N3 B 0, 0.359, 0.684, 1.010, 1.589 max_d=1.589 avg_d=0.684 std_dev=0.325
N1 B 0, 0.128, 0.467, 0.806, 1.318 max_d=1.318 avg_d=0.467 std_dev=0.339
C1' B 0, 0.269, 0.649, 1.029, 1.665 max_d=1.665 avg_d=0.649 std_dev=0.380
C2 B 0, 0.271, 0.664, 1.057, 1.778 max_d=1.778 avg_d=0.664 std_dev=0.393
O3' B 0, 0.675, 1.097, 1.519, 2.123 max_d=2.123 avg_d=1.097 std_dev=0.422
O2 B 0, 0.467, 0.963, 1.458, 2.425 max_d=2.425 avg_d=0.963 std_dev=0.495
C2' B 0, 0.743, 1.263, 1.783, 1.924 max_d=1.924 avg_d=1.263 std_dev=0.520
O2' B 0, 1.245, 1.886, 2.526, 2.849 max_d=2.849 avg_d=1.886 std_dev=0.641
C3' B 0, 0.790, 1.433, 2.075, 2.280 max_d=2.280 avg_d=1.433 std_dev=0.643
O4' B 0, 0.763, 1.434, 2.105, 2.402 max_d=2.402 avg_d=1.434 std_dev=0.671
C4' B 0, 0.943, 1.799, 2.655, 2.880 max_d=2.880 avg_d=1.799 std_dev=0.856
O4' A 0, 0.630, 1.702, 2.775, 2.566 max_d=2.566 avg_d=1.702 std_dev=1.072
O5' B 0, 1.242, 2.318, 3.394, 4.086 max_d=4.086 avg_d=2.318 std_dev=1.076
C2' A 0, 0.681, 1.855, 3.029, 2.735 max_d=2.735 avg_d=1.855 std_dev=1.174
C5' B 0, 1.564, 2.831, 4.099, 4.405 max_d=4.405 avg_d=2.831 std_dev=1.267
C4' A 0, 0.817, 2.187, 3.557, 3.358 max_d=3.358 avg_d=2.187 std_dev=1.370
O2' A 0, 0.965, 2.522, 4.079, 3.754 max_d=3.754 avg_d=2.522 std_dev=1.557
OP2 B 0, 1.935, 3.607, 5.279, 5.520 max_d=5.520 avg_d=3.607 std_dev=1.672
C3' A 0, 0.977, 2.695, 4.414, 3.980 max_d=3.980 avg_d=2.695 std_dev=1.719
OP1 B 0, 2.459, 4.187, 5.916, 6.879 max_d=6.879 avg_d=4.187 std_dev=1.728
P B 0, 1.332, 3.064, 4.796, 5.371 max_d=5.371 avg_d=3.064 std_dev=1.732
O3' A 0, 1.277, 3.607, 5.938, 5.412 max_d=5.412 avg_d=3.607 std_dev=2.330
C5' A 0, 1.503, 4.096, 6.689, 6.175 max_d=6.175 avg_d=4.096 std_dev=2.593
O5' A 0, 1.877, 5.048, 8.219, 7.397 max_d=7.397 avg_d=5.048 std_dev=3.171
P A 0, 2.594, 7.110, 11.625, 10.397 max_d=10.397 avg_d=7.110 std_dev=4.515
OP2 A 0, 2.869, 7.794, 12.720, 11.374 max_d=11.374 avg_d=7.794 std_dev=4.925
OP1 A 0, 2.844, 7.975, 13.106, 11.790 max_d=11.790 avg_d=7.975 std_dev=5.131

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.01 0.11 0.10 0.19 0.13
C2 0.03 0.00 0.07 0.15 0.01 0.32 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.09 0.01 0.36 0.49 0.49 0.46 0.51
C2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.08 0.02 0.06 0.02 0.05 0.04 0.08 0.08 0.00 0.02 0.09 0.01 0.03 0.07 0.10 0.04
C3' 0.02 0.15 0.01 0.00 0.30 0.00 0.53 0.01 0.54 0.18 0.06 0.53 0.03 0.01 0.31 0.01 0.06 0.08 0.10 0.05
C4 0.02 0.01 0.08 0.30 0.00 0.16 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.32 0.00 0.03 0.55 0.67 0.94 0.70
C4' 0.02 0.32 0.02 0.00 0.16 0.00 0.47 0.01 0.52 0.08 0.17 0.71 0.14 0.04 0.16 0.01 0.02 0.09 0.06 0.02
C5 0.02 0.01 0.06 0.53 0.01 0.47 0.00 0.83 0.01 0.01 0.01 0.01 0.31 0.48 0.01 0.27 1.23 1.41 1.82 1.51
C5' 0.02 0.45 0.02 0.01 0.31 0.01 0.83 0.00 0.86 0.17 0.24 1.08 0.13 0.04 0.32 0.01 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.05 0.54 0.01 0.52 0.01 0.86 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.43 0.01 0.36 1.23 1.30 1.61 1.41
N1 0.01 0.01 0.04 0.18 0.01 0.08 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.14 0.01 0.01 0.32 0.32 0.48 0.37
N3 0.02 0.00 0.08 0.06 0.00 0.17 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.11 0.01 0.25 0.23 0.21 0.16 0.22
O2 0.05 0.00 0.08 0.53 0.01 0.71 0.01 1.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.39 0.37 0.01 0.64 1.34 1.37 1.48 1.44
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.15 0.14 0.31 0.13 0.32 0.08 0.10 0.39 0.00 0.08 0.16 0.13 0.08 0.09 0.10 0.07
O3' 0.05 0.09 0.02 0.01 0.32 0.04 0.48 0.04 0.43 0.14 0.11 0.37 0.08 0.00 0.36 0.04 0.11 0.11 0.13 0.09
O4 0.02 0.01 0.09 0.31 0.00 0.16 0.01 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.36 0.00 0.04 0.56 0.72 1.01 0.73
O4' 0.01 0.36 0.01 0.01 0.03 0.01 0.27 0.01 0.36 0.01 0.25 0.64 0.13 0.04 0.04 0.00 0.09 0.11 0.13 0.09
O5' 0.11 0.49 0.03 0.06 0.55 0.02 1.23 0.01 1.23 0.32 0.23 1.34 0.08 0.11 0.56 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.49 0.07 0.08 0.67 0.09 1.41 0.10 1.30 0.32 0.21 1.37 0.09 0.11 0.72 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.19 0.46 0.10 0.10 0.94 0.06 1.82 0.03 1.61 0.48 0.16 1.48 0.10 0.13 1.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.51 0.04 0.05 0.70 0.02 1.51 0.01 1.41 0.37 0.22 1.44 0.07 0.09 0.73 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.14 0.11 0.16 0.15 0.26 0.17 0.39 0.17 0.12 0.17 0.18 0.20 0.12 0.18 0.24 1.30 2.29 1.16 1.73
C2 0.13 0.13 0.11 0.15 0.14 0.24 0.18 0.36 0.17 0.12 0.15 0.15 0.17 0.12 0.17 0.22 1.26 2.25 1.05 1.67
C2' 0.24 0.16 0.33 0.36 0.18 0.37 0.27 0.50 0.29 0.22 0.16 0.16 0.30 0.27 0.19 0.32 1.41 2.50 1.33 1.86
C3' 0.41 0.42 0.46 0.45 0.36 0.44 0.35 0.53 0.38 0.40 0.41 0.46 0.50 0.42 0.33 0.40 1.45 2.60 1.29 1.92
C4 0.18 0.10 0.18 0.23 0.12 0.35 0.16 0.45 0.20 0.15 0.12 0.10 0.27 0.19 0.20 0.34 1.36 2.24 1.10 1.76
C4' 0.44 0.54 0.38 0.39 0.49 0.45 0.39 0.48 0.39 0.45 0.56 0.60 0.35 0.37 0.52 0.48 1.37 2.40 1.17 1.81
C5 0.18 0.10 0.17 0.23 0.12 0.38 0.14 0.50 0.19 0.14 0.12 0.10 0.28 0.19 0.20 0.38 1.39 2.26 1.19 1.81
C5' 0.68 0.94 0.51 0.51 0.82 0.56 0.54 0.49 0.53 0.71 1.00 1.08 0.53 0.57 0.90 0.67 1.36 2.38 1.15 1.80
C6 0.15 0.10 0.13 0.20 0.12 0.35 0.15 0.47 0.18 0.13 0.13 0.11 0.23 0.14 0.18 0.33 1.37 2.28 1.20 1.80
N1 0.13 0.11 0.10 0.17 0.13 0.28 0.17 0.41 0.17 0.12 0.14 0.14 0.19 0.12 0.17 0.26 1.32 2.27 1.14 1.74
N3 0.14 0.11 0.13 0.17 0.12 0.27 0.17 0.38 0.18 0.13 0.13 0.12 0.19 0.15 0.18 0.26 1.29 2.23 1.02 1.68
O2 0.14 0.16 0.13 0.14 0.16 0.20 0.19 0.33 0.17 0.14 0.18 0.19 0.17 0.14 0.18 0.19 1.20 2.22 0.98 1.60
O2' 0.23 0.32 0.31 0.36 0.30 0.36 0.26 0.52 0.28 0.22 0.39 0.40 0.29 0.24 0.40 0.31 1.41 2.47 1.48 1.87
O3' 0.38 0.34 0.48 0.47 0.29 0.46 0.34 0.60 0.36 0.36 0.31 0.36 0.55 0.43 0.24 0.40 1.50 2.76 1.39 2.00
O4 0.23 0.12 0.24 0.27 0.14 0.39 0.16 0.48 0.22 0.18 0.12 0.12 0.32 0.25 0.22 0.40 1.38 2.22 1.07 1.77
O4' 0.35 0.43 0.25 0.30 0.42 0.43 0.36 0.47 0.34 0.37 0.45 0.46 0.19 0.25 0.46 0.48 1.32 2.23 1.11 1.72
O5' 0.83 1.21 0.64 0.60 1.03 0.62 0.62 0.51 0.61 0.88 1.30 1.41 0.71 0.72 1.15 0.76 1.39 2.45 1.22 1.86
OP1 1.02 1.56 0.74 0.67 1.24 0.66 0.68 0.46 0.67 1.08 1.65 1.87 0.90 0.90 1.37 0.86 1.34 2.45 1.33 1.87
OP2 1.13 1.78 0.82 0.71 1.42 0.67 0.72 0.44 0.71 1.20 1.91 2.14 1.05 0.99 1.59 0.91 1.32 2.45 1.44 1.90
P 1.03 1.58 0.73 0.67 1.29 0.69 0.71 0.48 0.70 1.10 1.70 1.88 0.86 0.89 1.45 0.91 1.35 2.40 1.30 1.85

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.49 0.78 0.15 0.50
C2 0.02 0.00 0.10 0.04 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.19 0.06 0.01 0.12 0.69 1.36 0.31 0.83
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.04 0.02 0.08 0.09 0.10 0.02 0.08 0.17 0.00 0.02 0.05 0.01 0.50 0.49 0.20 0.41
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.07 0.02 0.01 0.03 0.01 0.16 0.25 0.19 0.12
C4 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.05 0.01 0.03 0.95 1.80 0.55 1.21
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.06 0.13 0.02 0.04 0.06 0.00 0.01 0.26 0.19 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.04 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.06 0.01 0.10 1.02 1.74 0.59 1.26
C5' 0.06 0.16 0.09 0.02 0.18 0.01 0.19 0.00 0.17 0.12 0.18 0.20 0.08 0.07 0.19 0.02 0.01 0.36 0.30 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.04 0.01 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.06 0.01 0.13 0.96 1.47 0.48 1.09
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.02 0.74 1.24 0.32 0.83
N3 0.01 0.00 0.08 0.03 0.01 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.06 0.01 0.09 0.81 1.63 0.43 1.03
O2 0.03 0.00 0.17 0.07 0.02 0.13 0.02 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.35 0.09 0.02 0.21 0.53 1.18 0.23 0.66
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.10 0.02 0.18 0.08 0.20 0.05 0.15 0.35 0.00 0.06 0.11 0.02 0.47 0.44 0.26 0.40
O3' 0.05 0.06 0.02 0.01 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.06 0.09 0.06 0.00 0.05 0.07 0.18 0.36 0.26 0.21
O4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.05 0.00 0.04 0.98 1.93 0.60 1.28
O4' 0.00 0.12 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.02 0.13 0.02 0.09 0.21 0.02 0.07 0.04 0.00 0.32 0.77 0.12 0.36
O5' 0.49 0.69 0.50 0.16 0.95 0.01 1.02 0.01 0.96 0.74 0.81 0.53 0.47 0.18 0.98 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.78 1.36 0.49 0.25 1.80 0.26 1.74 0.36 1.47 1.24 1.63 1.18 0.44 0.36 1.93 0.77 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.31 0.20 0.19 0.55 0.19 0.59 0.30 0.48 0.32 0.43 0.23 0.26 0.26 0.60 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.50 0.83 0.41 0.12 1.21 0.04 1.26 0.02 1.09 0.83 1.03 0.66 0.40 0.21 1.28 0.36 0.01 0.01 0.01 0.00